Doublet Group distance statistics: 52740

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C6	A	0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N3	A	0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1	A	0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C4	A	0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N9	A	0, 0.011, 0.034, 0.056, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.023
N6	A	0, 0.010, 0.037, 0.065, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.027
N7	A	0, 0.013, 0.040, 0.068, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.040 std_dev=0.027
C8	A	0, 0.010, 0.045, 0.081, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.045 std_dev=0.035
N1	B	0, 0.234, 0.432, 0.630, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.432 std_dev=0.198
O4'	A	0, 0.202, 0.424, 0.647, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.424 std_dev=0.222
C2	B	0, 0.221, 0.446, 0.672, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.446 std_dev=0.225
C6	B	0, 0.192, 0.471, 0.749, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.471 std_dev=0.278
N3	B	0, 0.138, 0.470, 0.801, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.470 std_dev=0.331
C2'	A	0, 0.159, 0.500, 0.840, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.500 std_dev=0.341
C4	B	0, 0.102, 0.472, 0.842, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.472 std_dev=0.370
N6	B	0, 0.213, 0.586, 0.960, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.586 std_dev=0.373
C5	B	0, 0.112, 0.487, 0.862, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.487 std_dev=0.375
C5'	A	0, 0.333, 0.721, 1.108, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.721 std_dev=0.387
C4'	A	0, 0.211, 0.604, 0.997, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.604 std_dev=0.393
P	A	0, 0.258, 0.694, 1.130, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.694 std_dev=0.436
O2'	B	0, 0.468, 0.922, 1.377, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.922 std_dev=0.454
OP2	A	0, 0.388, 0.854, 1.320, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.854 std_dev=0.466
O5'	A	0, 0.275, 0.763, 1.252, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.763 std_dev=0.489
N9	B	0, 0.104, 0.604, 1.104, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.604 std_dev=0.500
C3'	A	0, 0.223, 0.743, 1.264, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.743 std_dev=0.520
N7	B	0, 0.088, 0.628, 1.167, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.628 std_dev=0.539
C8	B	0, 0.093, 0.676, 1.259, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.676 std_dev=0.583
C1'	B	0, 0.159, 0.750, 1.341, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.750 std_dev=0.591
C2'	B	0, 0.316, 0.970, 1.624, 2.162 max_d=2.162 avg_d=0.970 std_dev=0.654
OP1	A	0, 0.631, 1.342, 2.053, 2.176 max_d=2.176 avg_d=1.342 std_dev=0.711
O2'	A	0, 0.378, 1.146, 1.914, 1.949 max_d=1.949 avg_d=1.146 std_dev=0.768
O4'	B	0, 0.196, 1.029, 1.863, 2.727 max_d=2.727 avg_d=1.029 std_dev=0.834
O3'	A	0, 0.474, 1.493, 2.511, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.493 std_dev=1.019
C4'	B	0, 0.348, 1.513, 2.678, 3.870 max_d=3.870 avg_d=1.513 std_dev=1.165
C3'	B	0, 0.322, 1.494, 2.666, 3.856 max_d=3.856 avg_d=1.494 std_dev=1.172
OP1	B	0, 0.613, 1.804, 2.996, 4.028 max_d=4.028 avg_d=1.804 std_dev=1.192
C5'	B	0, 0.453, 1.821, 3.188, 4.575 max_d=4.575 avg_d=1.821 std_dev=1.368
O3'	B	0, 0.550, 1.926, 3.302, 4.509 max_d=4.509 avg_d=1.926 std_dev=1.376
O5'	B	0, 0.171, 1.562, 2.952, 4.481 max_d=4.481 avg_d=1.562 std_dev=1.391
P	B	0, 0.107, 1.802, 3.496, 5.390 max_d=5.390 avg_d=1.802 std_dev=1.695
OP2	B	0, -0.338, 2.244, 4.825, 7.776 max_d=7.776 avg_d=2.244 std_dev=2.581

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.25	0.00	0.15	0.11	0.33	0.16
C2	0.02	0.00	0.20	0.21	0.01	0.06	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.29	0.33	0.09	0.11	0.13	0.37	0.18
C2'	0.00	0.20	0.00	0.01	0.10	0.03	0.03	0.18	0.08	0.10	0.15	0.20	0.04	0.06	0.01	0.00	0.08	0.02	0.39	0.42	0.60	0.43
C3'	0.01	0.21	0.01	0.00	0.21	0.01	0.26	0.04	0.27	0.24	0.25	0.18	0.29	0.27	0.18	0.02	0.01	0.02	0.15	0.22	0.15	0.14
C4	0.01	0.01	0.10	0.21	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.26	0.25	0.04	0.11	0.12	0.37	0.18
C4'	0.01	0.06	0.03	0.01	0.06	0.00	0.08	0.01	0.08	0.09	0.07	0.05	0.09	0.10	0.06	0.29	0.05	0.00	0.03	0.12	0.03	0.03
C5	0.01	0.01	0.03	0.26	0.00	0.08	0.00	0.12	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.31	0.23	0.01	0.13	0.16	0.38	0.21
C5'	0.08	0.09	0.18	0.04	0.10	0.01	0.12	0.00	0.12	0.15	0.10	0.08	0.13	0.15	0.11	0.09	0.20	0.02	0.01	0.13	0.03	0.03
C6	0.01	0.01	0.08	0.27	0.01	0.08	0.00	0.12	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.33	0.26	0.03	0.13	0.18	0.39	0.21
C8	0.01	0.01	0.10	0.24	0.00	0.09	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.23	0.15	0.08	0.15	0.15	0.38	0.21
N1	0.01	0.00	0.15	0.25	0.01	0.07	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.32	0.30	0.07	0.12	0.16	0.38	0.20
N3	0.02	0.00	0.20	0.18	0.00	0.05	0.00	0.08	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.25	0.33	0.10	0.10	0.11	0.36	0.17
N6	0.01	0.01	0.04	0.29	0.01	0.09	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.36	0.26	0.01	0.15	0.21	0.39	0.23
N7	0.01	0.01	0.06	0.27	0.00	0.10	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.30	0.20	0.05	0.17	0.20	0.39	0.23
N9	0.00	0.01	0.01	0.18	0.00	0.06	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.19	0.18	0.01	0.11	0.10	0.35	0.17
O2'	0.02	0.29	0.00	0.02	0.26	0.29	0.31	0.09	0.33	0.23	0.32	0.25	0.36	0.30	0.19	0.00	0.12	0.18	0.27	0.31	0.65	0.35
O3'	0.25	0.33	0.08	0.01	0.25	0.05	0.23	0.20	0.26	0.15	0.30	0.33	0.26	0.20	0.18	0.12	0.00	0.17	0.32	0.42	0.33	0.32
O4'	0.00	0.09	0.02	0.02	0.04	0.00	0.01	0.02	0.03	0.08	0.07	0.10	0.01	0.05	0.01	0.18	0.17	0.00	0.09	0.19	0.14	0.14
O5'	0.15	0.11	0.39	0.15	0.11	0.03	0.13	0.01	0.13	0.15	0.12	0.10	0.15	0.17	0.11	0.27	0.32	0.09	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.11	0.13	0.42	0.22	0.12	0.12	0.16	0.13	0.18	0.15	0.16	0.11	0.21	0.20	0.10	0.31	0.42	0.19	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.33	0.37	0.60	0.15	0.37	0.03	0.38	0.03	0.39	0.38	0.38	0.36	0.39	0.39	0.35	0.65	0.33	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.16	0.18	0.43	0.14	0.18	0.03	0.21	0.03	0.21	0.21	0.20	0.17	0.23	0.23	0.17	0.35	0.32	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.11	0.25	0.23	0.11	0.10	0.41	0.22	0.47	0.30	0.15	0.27	0.20	0.38	0.25	0.05	0.28	0.54	0.44	0.36	0.67	0.53	0.33
C2	0.19	0.19	0.20	0.26	0.21	0.47	0.29	0.70	0.30	0.30	0.25	0.16	0.35	0.34	0.21	0.39	0.54	0.32	0.76	1.01	1.09	0.77
C2'	0.25	0.31	0.22	0.40	0.23	0.72	0.25	0.80	0.27	0.22	0.26	0.31	0.33	0.28	0.20	0.24	0.89	0.66	0.64	0.85	0.84	0.60
C3'	0.18	0.24	0.36	0.22	0.05	0.54	0.16	0.65	0.19	0.18	0.10	0.25	0.35	0.27	0.06	0.50	0.65	0.52	0.48	0.78	0.72	0.49
C4	0.19	0.16	0.19	0.08	0.07	0.32	0.17	0.43	0.21	0.20	0.18	0.14	0.30	0.26	0.12	0.32	0.39	0.30	0.37	0.75	0.59	0.36
C4'	0.21	0.31	0.41	0.20	0.16	0.39	0.14	0.42	0.16	0.15	0.16	0.31	0.30	0.21	0.14	0.46	0.50	0.43	0.22	0.58	0.38	0.18
C5	0.28	0.14	0.21	0.20	0.15	0.21	0.15	0.27	0.14	0.31	0.14	0.16	0.23	0.30	0.24	0.28	0.23	0.22	0.19	0.67	0.49	0.21
C5'	0.27	0.38	0.46	0.30	0.27	0.31	0.28	0.31	0.30	0.28	0.31	0.36	0.40	0.34	0.25	0.46	0.41	0.36	0.16	0.51	0.36	0.15
C6	0.31	0.14	0.16	0.20	0.16	0.23	0.17	0.28	0.19	0.33	0.17	0.14	0.26	0.29	0.25	0.26	0.23	0.24	0.25	0.76	0.58	0.29
C8	0.25	0.18	0.28	0.24	0.18	0.19	0.19	0.24	0.11	0.31	0.09	0.20	0.25	0.33	0.24	0.30	0.23	0.25	0.13	0.54	0.48	0.21
N1	0.25	0.16	0.14	0.14	0.16	0.29	0.24	0.46	0.26	0.29	0.21	0.13	0.32	0.30	0.21	0.31	0.33	0.19	0.57	0.98	0.97	0.63
N3	0.16	0.20	0.19	0.23	0.18	0.50	0.27	0.66	0.29	0.23	0.25	0.17	0.34	0.30	0.15	0.39	0.59	0.44	0.63	0.89	0.87	0.62
N6	0.35	0.14	0.18	0.31	0.19	0.29	0.18	0.27	0.17	0.37	0.17	0.16	0.24	0.30	0.30	0.22	0.25	0.33	0.10	0.65	0.45	0.14
N7	0.31	0.17	0.28	0.31	0.22	0.20	0.20	0.22	0.08	0.37	0.11	0.21	0.17	0.36	0.30	0.29	0.19	0.23	0.10	0.53	0.48	0.20
N9	0.17	0.17	0.23	0.10	0.05	0.29	0.15	0.37	0.19	0.20	0.16	0.16	0.31	0.26	0.12	0.30	0.38	0.32	0.27	0.65	0.50	0.26
O2'	0.35	0.63	0.32	0.56	0.38	0.80	0.34	0.83	0.44	0.18	0.56	0.55	0.44	0.23	0.28	0.33	1.11	0.72	0.66	0.78	0.84	0.59
O3'	0.60	0.55	0.82	0.63	0.46	0.74	0.32	0.79	0.26	0.37	0.32	0.63	0.27	0.33	0.47	1.00	0.87	0.69	0.60	0.77	0.86	0.59
O4'	0.26	0.28	0.45	0.27	0.19	0.28	0.14	0.28	0.16	0.18	0.12	0.30	0.32	0.21	0.20	0.46	0.35	0.35	0.12	0.51	0.34	0.09
O5'	0.23	0.32	0.40	0.23	0.20	0.25	0.23	0.29	0.22	0.28	0.23	0.30	0.36	0.33	0.21	0.42	0.32	0.29	0.17	0.57	0.53	0.25
OP1	0.18	0.32	0.29	0.23	0.12	0.19	0.10	0.20	0.11	0.20	0.23	0.27	0.25	0.24	0.13	0.29	0.28	0.27	0.18	0.53	0.64	0.32
OP2	0.48	0.39	0.55	0.51	0.38	0.29	0.36	0.27	0.27	0.49	0.30	0.41	0.30	0.47	0.44	0.53	0.19	0.31	0.36	0.60	0.73	0.46
P	0.27	0.32	0.39	0.34	0.20	0.18	0.18	0.19	0.14	0.29	0.22	0.30	0.26	0.31	0.23	0.35	0.20	0.24	0.22	0.55	0.64	0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.06	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.00	0.00	0.01	0.32	0.01	0.19	0.26	0.27	0.18
C2	0.03	0.00	0.42	0.41	0.01	0.12	0.01	0.12	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.17	0.16	0.23	0.19	0.35	0.52	0.24
C2'	0.00	0.42	0.00	0.00	0.22	0.01	0.11	0.21	0.20	0.19	0.33	0.41	0.15	0.09	0.02	0.00	0.02	0.03	0.46	0.53	0.58	0.51
C3'	0.01	0.41	0.00	0.00	0.36	0.00	0.42	0.03	0.47	0.28	0.46	0.35	0.49	0.37	0.25	0.02	0.01	0.01	0.10	0.15	0.16	0.08
C4	0.02	0.01	0.22	0.36	0.00	0.11	0.00	0.10	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.15	0.10	0.12	0.15	0.34	0.47	0.20
C4'	0.01	0.12	0.01	0.00	0.11	0.00	0.15	0.00	0.15	0.20	0.13	0.11	0.18	0.21	0.11	0.28	0.02	0.00	0.03	0.20	0.18	0.03
C5	0.01	0.01	0.11	0.42	0.00	0.15	0.00	0.17	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.28	0.14	0.06	0.24	0.40	0.69	0.32
C5'	0.06	0.12	0.21	0.03	0.10	0.00	0.17	0.00	0.17	0.22	0.14	0.10	0.21	0.24	0.09	0.10	0.22	0.01	0.01	0.33	0.34	0.01
C6	0.01	0.01	0.20	0.47	0.00	0.15	0.00	0.17	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.24	0.18	0.11	0.29	0.43	0.77	0.37
C8	0.01	0.01	0.19	0.28	0.01	0.20	0.00	0.22	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.40	0.07	0.13	0.15	0.39	0.55	0.24
N1	0.02	0.00	0.33	0.46	0.00	0.13	0.01	0.14	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.16	0.16	0.18	0.26	0.40	0.68	0.33
N3	0.03	0.00	0.41	0.35	0.00	0.11	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.17	0.17	0.22	0.13	0.31	0.39	0.17
N6	0.01	0.01	0.15	0.49	0.00	0.18	0.00	0.21	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.30	0.24	0.08	0.34	0.47	0.91	0.45
N7	0.00	0.01	0.09	0.37	0.01	0.21	0.00	0.24	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.40	0.16	0.07	0.26	0.43	0.75	0.35
N9	0.00	0.01	0.02	0.25	0.00	0.11	0.00	0.09	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.21	0.08	0.01	0.08	0.32	0.37	0.15
O2'	0.01	0.17	0.00	0.02	0.15	0.28	0.28	0.10	0.24	0.40	0.16	0.17	0.30	0.40	0.21	0.00	0.06	0.20	0.36	0.41	0.69	0.46
O3'	0.32	0.16	0.02	0.01	0.10	0.02	0.14	0.22	0.18	0.07	0.16	0.17	0.24	0.16	0.08	0.06	0.00	0.22	0.30	0.48	0.38	0.32
O4'	0.01	0.23	0.03	0.01	0.12	0.00	0.06	0.01	0.11	0.13	0.18	0.22	0.08	0.07	0.01	0.20	0.22	0.00	0.09	0.11	0.17	0.06
O5'	0.19	0.19	0.46	0.10	0.15	0.03	0.24	0.01	0.29	0.15	0.26	0.13	0.34	0.26	0.08	0.36	0.30	0.09	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.26	0.35	0.53	0.15	0.34	0.20	0.40	0.33	0.43	0.39	0.40	0.31	0.47	0.43	0.32	0.41	0.48	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.27	0.52	0.58	0.16	0.47	0.18	0.69	0.34	0.77	0.55	0.68	0.39	0.91	0.75	0.37	0.69	0.38	0.17	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.18	0.24	0.51	0.08	0.20	0.03	0.32	0.01	0.37	0.24	0.33	0.17	0.45	0.35	0.15	0.46	0.32	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00