ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52741

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.011, 0.031, 0.052, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.020, 0.041, 0.061, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.041 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.007, 0.032, 0.057, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.032 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.086, 0.233, 0.379, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.233 std_dev=0.146
O4' A 0, 0.062, 0.212, 0.362, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.212 std_dev=0.150
O2' A 0, 0.126, 0.293, 0.459, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.293 std_dev=0.167
C4' A 0, 0.102, 0.330, 0.557, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.330 std_dev=0.227
N1 B 0, 0.160, 0.396, 0.632, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.396 std_dev=0.236
C3' A 0, 0.117, 0.359, 0.601, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.359 std_dev=0.242
C2 B 0, 0.143, 0.387, 0.631, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.387 std_dev=0.244
N3 B 0, 0.159, 0.441, 0.723, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.441 std_dev=0.282
C6 B 0, 0.156, 0.450, 0.744, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.450 std_dev=0.294
C4 B 0, 0.123, 0.457, 0.791, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.457 std_dev=0.334
C5 B 0, 0.123, 0.466, 0.809, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.466 std_dev=0.343
O3' A 0, 0.166, 0.515, 0.864, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.515 std_dev=0.349
N6 B 0, 0.209, 0.560, 0.912, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.560 std_dev=0.351
OP2 B 0, 0.217, 0.573, 0.929, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.573 std_dev=0.356
C5' A 0, 0.184, 0.563, 0.941, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.563 std_dev=0.379
N9 B 0, 0.171, 0.558, 0.946, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.558 std_dev=0.388
P B 0, 0.206, 0.595, 0.984, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.595 std_dev=0.389
C5' B 0, 0.228, 0.618, 1.008, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.618 std_dev=0.390
C4' B 0, 0.232, 0.650, 1.069, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.650 std_dev=0.419
C1' B 0, 0.206, 0.635, 1.063, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.635 std_dev=0.429
N7 B 0, 0.132, 0.566, 1.001, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.566 std_dev=0.434
O4' B 0, 0.208, 0.644, 1.081, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.644 std_dev=0.437
C8 B 0, 0.166, 0.608, 1.051, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.608 std_dev=0.442
O5' B 0, 0.266, 0.713, 1.161, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.713 std_dev=0.448
C3' B 0, 0.257, 0.705, 1.153, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.705 std_dev=0.448
OP2 A 0, 0.260, 0.709, 1.158, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.709 std_dev=0.449
OP1 B 0, 0.348, 0.805, 1.262, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.805 std_dev=0.457
O5' A 0, 0.192, 0.657, 1.122, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.657 std_dev=0.465
C2' B 0, 0.239, 0.729, 1.220, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.729 std_dev=0.491
O3' B 0, 0.252, 0.754, 1.256, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.754 std_dev=0.502
P A 0, 0.290, 0.796, 1.303, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.796 std_dev=0.506
O2' B 0, 0.163, 0.768, 1.373, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.768 std_dev=0.605
OP1 A 0, 0.399, 1.094, 1.790, 1.778 max_d=1.778 avg_d=1.094 std_dev=0.696

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.04 0.13 0.08
C2 0.02 0.00 0.14 0.10 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.17 0.13 0.08 0.12 0.06 0.18 0.06
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.08 0.05 0.12 0.13 0.08 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.08 0.08 0.06
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.05 0.08 0.09 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.10 0.03 0.04
C4 0.01 0.01 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.06 0.04 0.12 0.08 0.19 0.09
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.04 0.13 0.12 0.22 0.11
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.10 0.08 0.06 0.12 0.10 0.06 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.02 0.02 0.08 0.06 0.02 0.03 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.10 0.08 0.06 0.14 0.11 0.21 0.09
C8 0.01 0.02 0.05 0.05 0.01 0.02 0.02 0.10 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.14 0.16 0.22 0.16
N1 0.02 0.01 0.12 0.08 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.12 0.07 0.12 0.08 0.19 0.06
N3 0.02 0.01 0.13 0.09 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.16 0.11 0.07 0.11 0.06 0.18 0.07
N6 0.04 0.02 0.08 0.05 0.03 0.05 0.02 0.12 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.10 0.08 0.06 0.16 0.15 0.22 0.11
N7 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.17 0.24 0.15
N9 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.18 0.11
O2' 0.01 0.17 0.01 0.03 0.09 0.05 0.06 0.04 0.10 0.04 0.15 0.16 0.10 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02
O3' 0.03 0.13 0.03 0.01 0.06 0.03 0.05 0.01 0.08 0.06 0.12 0.11 0.08 0.02 0.01 0.07 0.00 0.03 0.03 0.14 0.04 0.04
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.05 0.11 0.09
O5' 0.07 0.12 0.06 0.03 0.12 0.02 0.13 0.01 0.14 0.14 0.12 0.11 0.16 0.14 0.11 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.04 0.06 0.08 0.10 0.08 0.02 0.12 0.04 0.11 0.16 0.08 0.06 0.15 0.17 0.09 0.06 0.14 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.18 0.08 0.03 0.19 0.05 0.22 0.01 0.21 0.22 0.19 0.18 0.22 0.24 0.18 0.05 0.04 0.11 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.08 0.06 0.06 0.04 0.09 0.03 0.11 0.01 0.09 0.16 0.06 0.07 0.11 0.15 0.11 0.02 0.04 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.16 0.23 0.22 0.17 0.19 0.17 0.19 0.17 0.20 0.12 0.17 0.22 0.20 0.19 0.23 0.24 0.19 0.22 0.12 0.26 0.15
C2 0.07 0.22 0.10 0.07 0.12 0.08 0.18 0.13 0.24 0.12 0.27 0.12 0.26 0.17 0.08 0.13 0.09 0.10 0.22 0.12 0.16 0.11
C2' 0.25 0.16 0.28 0.25 0.20 0.22 0.21 0.19 0.18 0.25 0.14 0.19 0.22 0.24 0.23 0.30 0.28 0.21 0.19 0.11 0.26 0.14
C3' 0.20 0.14 0.22 0.20 0.15 0.17 0.14 0.16 0.11 0.19 0.09 0.16 0.14 0.19 0.18 0.24 0.22 0.17 0.18 0.10 0.22 0.11
C4 0.15 0.04 0.17 0.15 0.10 0.14 0.15 0.15 0.15 0.18 0.08 0.07 0.23 0.20 0.15 0.18 0.17 0.14 0.19 0.09 0.21 0.11
C4' 0.19 0.20 0.19 0.19 0.15 0.18 0.11 0.20 0.10 0.14 0.14 0.19 0.10 0.13 0.16 0.18 0.21 0.18 0.24 0.14 0.25 0.16
C5 0.15 0.06 0.17 0.14 0.11 0.12 0.17 0.13 0.16 0.21 0.09 0.06 0.22 0.24 0.16 0.18 0.16 0.12 0.17 0.08 0.20 0.10
C5' 0.23 0.27 0.23 0.24 0.21 0.23 0.16 0.26 0.16 0.17 0.23 0.25 0.11 0.15 0.21 0.20 0.25 0.23 0.29 0.22 0.31 0.23
C6 0.12 0.15 0.14 0.10 0.13 0.08 0.21 0.10 0.22 0.21 0.20 0.09 0.25 0.24 0.14 0.16 0.11 0.09 0.18 0.09 0.15 0.09
C8 0.21 0.13 0.23 0.21 0.18 0.18 0.21 0.17 0.18 0.25 0.10 0.15 0.24 0.27 0.21 0.22 0.23 0.17 0.17 0.13 0.26 0.14
N1 0.08 0.25 0.12 0.07 0.18 0.05 0.24 0.11 0.28 0.17 0.28 0.17 0.28 0.22 0.13 0.15 0.08 0.06 0.21 0.12 0.14 0.11
N3 0.12 0.09 0.14 0.12 0.06 0.12 0.13 0.15 0.17 0.12 0.16 0.04 0.23 0.15 0.10 0.15 0.14 0.14 0.21 0.10 0.20 0.12
N6 0.15 0.17 0.15 0.11 0.17 0.08 0.23 0.08 0.23 0.26 0.21 0.13 0.25 0.29 0.18 0.17 0.11 0.09 0.18 0.11 0.13 0.09
N7 0.19 0.09 0.21 0.19 0.15 0.15 0.20 0.14 0.15 0.26 0.07 0.11 0.22 0.28 0.20 0.21 0.20 0.15 0.15 0.12 0.24 0.12
N9 0.19 0.11 0.22 0.20 0.15 0.17 0.18 0.18 0.16 0.21 0.07 0.14 0.23 0.22 0.19 0.21 0.22 0.17 0.20 0.11 0.25 0.14
O2' 0.29 0.21 0.33 0.30 0.24 0.26 0.24 0.23 0.22 0.27 0.20 0.24 0.24 0.26 0.27 0.36 0.33 0.26 0.21 0.13 0.28 0.17
O3' 0.21 0.13 0.23 0.21 0.15 0.18 0.15 0.15 0.11 0.21 0.09 0.15 0.13 0.19 0.19 0.26 0.23 0.18 0.17 0.09 0.22 0.10
O4' 0.20 0.21 0.20 0.20 0.16 0.19 0.12 0.21 0.11 0.14 0.15 0.20 0.14 0.13 0.17 0.18 0.21 0.19 0.25 0.15 0.25 0.16
O5' 0.26 0.30 0.25 0.27 0.24 0.26 0.19 0.28 0.19 0.19 0.27 0.28 0.13 0.17 0.24 0.22 0.28 0.25 0.31 0.25 0.33 0.26
OP1 0.16 0.19 0.14 0.16 0.13 0.17 0.09 0.20 0.09 0.13 0.17 0.17 0.04 0.11 0.14 0.11 0.17 0.18 0.21 0.21 0.27 0.19
OP2 0.31 0.24 0.30 0.30 0.26 0.31 0.23 0.30 0.20 0.29 0.21 0.26 0.15 0.26 0.29 0.29 0.32 0.31 0.28 0.32 0.38 0.29
P 0.18 0.19 0.17 0.19 0.15 0.19 0.12 0.20 0.11 0.15 0.17 0.18 0.06 0.13 0.17 0.15 0.20 0.19 0.22 0.21 0.28 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.09 0.04
C2 0.04 0.00 0.10 0.07 0.01 0.04 0.02 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.13 0.11 0.08 0.15 0.10 0.12 0.06
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.08 0.08 0.10 0.06 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.08 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.07 0.12 0.07 0.07 0.09 0.11 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.13 0.06 0.03
C4 0.03 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.06 0.05 0.17 0.09 0.11 0.05
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05 0.04 0.07 0.07 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.13 0.05 0.03
C5 0.03 0.02 0.05 0.07 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.03 0.20 0.10 0.14 0.08
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.11 0.10 0.07 0.13 0.13 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.14 0.01 0.01
C6 0.03 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.09 0.04 0.19 0.11 0.15 0.09
C8 0.01 0.02 0.08 0.12 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.13 0.03 0.20 0.08 0.12 0.05
N1 0.05 0.00 0.08 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.11 0.10 0.07 0.18 0.11 0.14 0.08
N3 0.04 0.01 0.10 0.07 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.13 0.11 0.08 0.15 0.10 0.11 0.05
N6 0.03 0.02 0.06 0.09 0.02 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.11 0.03 0.21 0.14 0.18 0.12
N7 0.01 0.03 0.07 0.11 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.13 0.02 0.22 0.11 0.15 0.08
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.16 0.09 0.11 0.03
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.07 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.11 0.13 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.12 0.08 0.04
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.09 0.13 0.10 0.11 0.11 0.13 0.04 0.02 0.00 0.01 0.09 0.15 0.06 0.04
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.07 0.08 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.10 0.12 0.10 0.06
O5' 0.10 0.15 0.05 0.04 0.17 0.02 0.20 0.01 0.19 0.20 0.18 0.15 0.21 0.22 0.16 0.04 0.09 0.10 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.10 0.10 0.12 0.13 0.09 0.13 0.10 0.14 0.11 0.08 0.11 0.10 0.14 0.11 0.09 0.12 0.15 0.12 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.12 0.08 0.06 0.11 0.05 0.14 0.01 0.15 0.12 0.14 0.11 0.18 0.15 0.11 0.08 0.06 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.03 0.08 0.01 0.09 0.05 0.08 0.05 0.12 0.08 0.03 0.04 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00