ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52742

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C2' A 0, 0.029, 0.092, 0.156, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.092 std_dev=0.064
O4' A 0, 0.010, 0.079, 0.148, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.079 std_dev=0.069
O3' A 0, 0.057, 0.129, 0.201, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.129 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.077 std_dev=0.077
O2' A 0, 0.072, 0.176, 0.281, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.176 std_dev=0.105
C4' A 0, 0.010, 0.116, 0.223, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.116 std_dev=0.106
C4 B 0, 0.121, 0.266, 0.411, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.266 std_dev=0.145
N3 B 0, 0.128, 0.274, 0.419, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.274 std_dev=0.146
C5 B 0, 0.123, 0.277, 0.430, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.277 std_dev=0.153
OP2 B 0, 0.108, 0.265, 0.423, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.265 std_dev=0.157
C6 B 0, 0.118, 0.275, 0.432, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.275 std_dev=0.157
C2 B 0, 0.127, 0.288, 0.450, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.288 std_dev=0.161
N9 B 0, 0.120, 0.282, 0.444, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.282 std_dev=0.162
C5' A 0, 0.051, 0.217, 0.383, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.217 std_dev=0.166
N1 B 0, 0.117, 0.284, 0.452, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.284 std_dev=0.167
O5' A 0, 0.132, 0.299, 0.467, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.299 std_dev=0.168
N6 B 0, 0.115, 0.291, 0.468, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.291 std_dev=0.176
O4' B 0, 0.116, 0.295, 0.475, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.295 std_dev=0.179
C4' B 0, 0.102, 0.281, 0.461, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.281 std_dev=0.180
N7 B 0, 0.127, 0.307, 0.486, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.307 std_dev=0.180
C1' B 0, 0.112, 0.295, 0.478, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.295 std_dev=0.183
C8 B 0, 0.128, 0.313, 0.498, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.313 std_dev=0.185
C5' B 0, 0.059, 0.250, 0.441, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.250 std_dev=0.191
O5' B 0, 0.063, 0.255, 0.447, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.255 std_dev=0.192
C3' B 0, 0.088, 0.286, 0.483, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.286 std_dev=0.198
P B 0, 0.101, 0.305, 0.508, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.305 std_dev=0.203
P A 0, 0.076, 0.285, 0.495, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.285 std_dev=0.210
C2' B 0, 0.096, 0.314, 0.532, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.314 std_dev=0.218
O3' B 0, 0.100, 0.324, 0.548, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.324 std_dev=0.224
OP1 A 0, 0.073, 0.311, 0.549, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.311 std_dev=0.238
O2' B 0, 0.111, 0.388, 0.666, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.388 std_dev=0.278
OP2 A 0, 0.094, 0.385, 0.677, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.385 std_dev=0.292
OP1 B 0, 0.159, 0.470, 0.781, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.470 std_dev=0.311

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.07 0.11 0.06 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.04 0.11 0.14 0.10 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.05 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.10 0.14 0.08 0.09
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.02 0.11 0.16 0.08 0.09
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.12 0.15 0.09 0.09
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.10 0.17 0.06 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.03 0.12 0.15 0.10 0.10
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.10 0.13 0.09 0.09
N6 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.12 0.15 0.10 0.09
N7 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.11 0.17 0.08 0.08
N9 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.09 0.14 0.06 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.00 0.06 0.03 0.07 0.03 0.08 0.07 0.07 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.08 0.05 0.05
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.05 0.02
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.10 0.08 0.06
O5' 0.07 0.11 0.06 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.12 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11 0.09 0.06 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.14 0.08 0.06 0.14 0.05 0.16 0.02 0.15 0.17 0.15 0.13 0.15 0.17 0.14 0.08 0.06 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.10 0.05 0.04 0.08 0.06 0.08 0.02 0.09 0.06 0.10 0.09 0.10 0.08 0.06 0.05 0.05 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.05 0.03 0.09 0.02 0.09 0.01 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.05 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.10 0.05 0.03 0.07 0.04 0.06 0.06 0.06 0.03 0.09 0.10 0.03 0.02 0.05 0.07 0.03 0.04 0.13 0.08 0.04 0.06
C2 0.05 0.11 0.06 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.11 0.10 0.08 0.07 0.04 0.08 0.07 0.09 0.07 0.04 0.05
C2' 0.06 0.12 0.05 0.03 0.09 0.05 0.06 0.07 0.06 0.04 0.10 0.11 0.03 0.03 0.06 0.08 0.03 0.05 0.15 0.10 0.05 0.08
C3' 0.04 0.08 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.04 0.13 0.09 0.05 0.07
C4 0.03 0.07 0.02 0.02 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04 0.02 0.06 0.08 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.12 0.08 0.04 0.06
C4' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.04 0.04 0.07 0.05 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.12 0.08 0.04 0.06
C5 0.04 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.04 0.06 0.07 0.03 0.03 0.04 0.05 0.14 0.09 0.04 0.07
C5' 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.06 0.06 0.07 0.04 0.07 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.12 0.08 0.05 0.06
C6 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.08 0.04 0.03 0.07 0.09 0.04 0.05 0.06 0.05 0.13 0.09 0.04 0.07
C8 0.06 0.08 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.05 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.06 0.06 0.04 0.07 0.15 0.10 0.04 0.08
N1 0.05 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.09 0.06 0.04 0.08 0.06 0.09 0.07 0.03 0.06
N3 0.05 0.11 0.05 0.05 0.09 0.06 0.07 0.07 0.08 0.05 0.10 0.11 0.09 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.10 0.08 0.04 0.05
N6 0.08 0.04 0.09 0.10 0.04 0.06 0.06 0.03 0.05 0.11 0.04 0.04 0.07 0.10 0.07 0.09 0.10 0.10 0.14 0.09 0.04 0.09
N7 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.03 0.08 0.04 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.10 0.07 0.06 0.05 0.08 0.16 0.10 0.04 0.08
N9 0.04 0.09 0.03 0.02 0.07 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.08 0.08 0.04 0.03 0.05 0.06 0.02 0.04 0.14 0.09 0.04 0.07
O2' 0.09 0.17 0.09 0.06 0.13 0.08 0.10 0.08 0.10 0.06 0.15 0.16 0.07 0.05 0.10 0.11 0.06 0.08 0.16 0.11 0.06 0.10
O3' 0.04 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.09 0.06 0.06 0.05
O4' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.06 0.04 0.04 0.07 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.12 0.08 0.04 0.05
O5' 0.11 0.08 0.11 0.11 0.08 0.11 0.08 0.10 0.09 0.12 0.09 0.07 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.13 0.08 0.04 0.11 0.05
OP1 0.14 0.18 0.16 0.16 0.16 0.16 0.16 0.20 0.17 0.14 0.18 0.17 0.17 0.15 0.15 0.16 0.15 0.12 0.24 0.19 0.11 0.16
OP2 0.08 0.17 0.10 0.09 0.12 0.09 0.14 0.10 0.18 0.09 0.19 0.14 0.21 0.11 0.09 0.11 0.09 0.05 0.14 0.09 0.08 0.07
P 0.08 0.12 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.12 0.13 0.08 0.14 0.10 0.15 0.09 0.08 0.09 0.10 0.07 0.15 0.10 0.06 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.08 0.10 0.09 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.09 0.06 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.08 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.10 0.05 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.10 0.11 0.05 0.07
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.10 0.04 0.05 0.05 0.09 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.08 0.09 0.06 0.05
C8 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.15 0.15 0.08 0.12
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.07 0.09 0.08 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.10 0.08 0.08
N6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.08 0.09 0.07 0.05
N7 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.14 0.14 0.08 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.09 0.12 0.04 0.08
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.06 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.09 0.07 0.05
O3' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.09 0.08 0.04
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.10 0.05 0.06
O5' 0.04 0.08 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.08 0.15 0.07 0.07 0.08 0.14 0.09 0.04 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.10 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.06 0.09 0.15 0.09 0.10 0.09 0.14 0.12 0.09 0.09 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.09 0.06 0.08 0.05 0.06 0.05 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.04 0.07 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.04 0.02 0.07 0.03 0.07 0.01 0.05 0.12 0.06 0.08 0.05 0.11 0.08 0.05 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00