Doublet Group distance statistics: 52744

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C6	A	0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1	A	0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C4	A	0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N9	A	0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.038 std_dev=0.022
N6	A	0, 0.013, 0.044, 0.075, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.044 std_dev=0.031
N7	A	0, 0.014, 0.045, 0.076, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.045 std_dev=0.031
C8	A	0, 0.024, 0.065, 0.105, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.065 std_dev=0.040
O4'	A	0, 0.127, 0.259, 0.391, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.259 std_dev=0.132
C2'	A	0, 0.129, 0.270, 0.411, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.270 std_dev=0.141
C5'	B	0, 0.174, 0.376, 0.577, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.376 std_dev=0.202
C4'	A	0, 0.202, 0.414, 0.625, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.414 std_dev=0.211
C3'	A	0, 0.205, 0.429, 0.652, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.429 std_dev=0.223
OP1	A	0, 0.217, 0.454, 0.691, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.454 std_dev=0.237
C2	B	0, 0.241, 0.486, 0.732, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.486 std_dev=0.246
N3	B	0, 0.246, 0.496, 0.746, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.496 std_dev=0.250
O2'	A	0, 0.203, 0.466, 0.729, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.466 std_dev=0.263
O3'	B	0, 0.254, 0.525, 0.797, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.525 std_dev=0.272
N1	B	0, 0.260, 0.538, 0.817, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.538 std_dev=0.279
C3'	B	0, 0.258, 0.541, 0.824, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.541 std_dev=0.283
C4'	B	0, 0.259, 0.542, 0.826, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.542 std_dev=0.283
C4	B	0, 0.277, 0.571, 0.865, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.571 std_dev=0.294
O2'	B	0, 0.284, 0.584, 0.883, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.584 std_dev=0.299
C2'	B	0, 0.291, 0.598, 0.904, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.598 std_dev=0.307
O4'	B	0, 0.292, 0.609, 0.926, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.609 std_dev=0.317
C6	B	0, 0.283, 0.602, 0.922, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.602 std_dev=0.320
C1'	B	0, 0.304, 0.629, 0.953, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.629 std_dev=0.325
N9	B	0, 0.296, 0.621, 0.946, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.621 std_dev=0.325
O5'	B	0, 0.242, 0.570, 0.899, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.570 std_dev=0.328
C5	B	0, 0.291, 0.620, 0.948, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.620 std_dev=0.329
P	A	0, 0.333, 0.672, 1.011, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.672 std_dev=0.339
C5'	A	0, 0.320, 0.663, 1.005, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.663 std_dev=0.343
O3'	A	0, 0.315, 0.670, 1.025, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.670 std_dev=0.355
N6	B	0, 0.300, 0.662, 1.024, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.662 std_dev=0.362
C8	B	0, 0.318, 0.692, 1.066, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.692 std_dev=0.374
N7	B	0, 0.314, 0.693, 1.071, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.693 std_dev=0.379
P	B	0, 0.317, 0.697, 1.078, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.697 std_dev=0.380
O5'	A	0, 0.385, 0.782, 1.179, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.782 std_dev=0.397
OP2	A	0, 0.463, 0.952, 1.441, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.952 std_dev=0.489
OP2	B	0, 0.454, 1.021, 1.588, 1.742 max_d=1.742 avg_d=1.021 std_dev=0.567
OP1	B	0, 0.621, 1.333, 2.045, 2.109 max_d=2.109 avg_d=1.333 std_dev=0.712

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.05	0.08	0.07	0.04
C2	0.01	0.00	0.06	0.07	0.00	0.04	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.12	0.08	0.01	0.04	0.13	0.11	0.09
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.04	0.01	0.04	0.00	0.05	0.04	0.06	0.06	0.04	0.03	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.04	0.07	0.02
C3'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.07	0.00	0.10	0.00	0.11	0.12	0.09	0.06	0.12	0.12	0.08	0.03	0.01	0.01	0.06	0.06	0.09	0.05
C4	0.01	0.00	0.04	0.07	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.06	0.07	0.01	0.04	0.12	0.11	0.08
C4'	0.00	0.04	0.01	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.07	0.09	0.05	0.03	0.09	0.09	0.05	0.06	0.01	0.00	0.01	0.03	0.09	0.02
C5	0.01	0.00	0.04	0.10	0.00	0.07	0.00	0.09	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.05	0.12	0.02	0.08	0.15	0.14	0.11
C5'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.06	0.00	0.09	0.00	0.10	0.11	0.08	0.04	0.13	0.12	0.06	0.05	0.02	0.01	0.01	0.01	0.10	0.01
C6	0.02	0.00	0.05	0.11	0.01	0.07	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.13	0.02	0.08	0.18	0.15	0.13
C8	0.01	0.00	0.04	0.12	0.00	0.09	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.03	0.14	0.02	0.10	0.11	0.12	0.09
N1	0.01	0.00	0.06	0.09	0.01	0.05	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.10	0.02	0.07	0.16	0.13	0.12
N3	0.01	0.00	0.06	0.06	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.11	0.07	0.01	0.03	0.11	0.10	0.07
N6	0.02	0.01	0.04	0.12	0.01	0.09	0.01	0.13	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.06	0.15	0.03	0.10	0.21	0.18	0.16
N7	0.01	0.00	0.03	0.12	0.00	0.09	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.03	0.15	0.02	0.11	0.16	0.15	0.12
N9	0.00	0.00	0.02	0.08	0.00	0.05	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.07	0.01	0.05	0.09	0.09	0.05
O2'	0.02	0.12	0.01	0.03	0.06	0.06	0.05	0.05	0.07	0.03	0.10	0.11	0.06	0.03	0.02	0.00	0.08	0.06	0.03	0.04	0.08	0.03
O3'	0.02	0.08	0.02	0.01	0.07	0.01	0.12	0.02	0.13	0.14	0.10	0.07	0.15	0.15	0.07	0.08	0.00	0.02	0.14	0.15	0.13	0.13
O4'	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.03	0.02	0.01	0.06	0.02	0.00	0.08	0.10	0.08	0.06
O5'	0.05	0.04	0.01	0.06	0.04	0.01	0.08	0.01	0.08	0.10	0.07	0.03	0.10	0.11	0.05	0.03	0.14	0.08	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.08	0.13	0.04	0.06	0.12	0.03	0.15	0.01	0.18	0.11	0.16	0.11	0.21	0.16	0.09	0.04	0.15	0.10	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.07	0.11	0.07	0.09	0.11	0.09	0.14	0.10	0.15	0.12	0.13	0.10	0.18	0.15	0.09	0.08	0.13	0.08	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.04	0.09	0.02	0.05	0.08	0.02	0.11	0.01	0.13	0.09	0.12	0.07	0.16	0.12	0.05	0.03	0.13	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.05	0.10	0.04	0.04	0.11	0.07	0.15	0.09	0.15	0.15	0.12	0.09	0.16	0.17	0.10	0.04	0.08	0.05	0.22	0.24	0.26	0.22
C2	0.07	0.06	0.06	0.07	0.02	0.11	0.07	0.12	0.13	0.03	0.11	0.03	0.19	0.07	0.04	0.06	0.08	0.11	0.34	0.19	0.55	0.27
C2'	0.08	0.10	0.06	0.05	0.12	0.06	0.17	0.08	0.17	0.19	0.13	0.09	0.20	0.21	0.13	0.04	0.06	0.06	0.17	0.30	0.27	0.20
C3'	0.06	0.09	0.05	0.06	0.08	0.07	0.11	0.10	0.10	0.15	0.09	0.08	0.12	0.15	0.09	0.06	0.05	0.07	0.11	0.37	0.16	0.14
C4	0.06	0.07	0.04	0.06	0.04	0.10	0.10	0.11	0.14	0.03	0.12	0.05	0.17	0.10	0.02	0.05	0.08	0.11	0.30	0.22	0.42	0.25
C4'	0.07	0.07	0.06	0.07	0.05	0.09	0.09	0.11	0.08	0.14	0.06	0.06	0.09	0.13	0.09	0.08	0.05	0.09	0.12	0.31	0.10	0.14
C5	0.08	0.04	0.06	0.07	0.02	0.11	0.04	0.11	0.10	0.04	0.09	0.03	0.14	0.04	0.05	0.06	0.09	0.12	0.29	0.22	0.41	0.25
C5'	0.05	0.12	0.05	0.07	0.04	0.09	0.04	0.11	0.05	0.08	0.09	0.10	0.05	0.07	0.04	0.10	0.08	0.08	0.12	0.31	0.11	0.14
C6	0.10	0.03	0.08	0.09	0.06	0.12	0.03	0.12	0.07	0.08	0.07	0.05	0.13	0.05	0.09	0.08	0.09	0.14	0.32	0.21	0.48	0.26
C8	0.04	0.08	0.03	0.03	0.04	0.08	0.08	0.09	0.11	0.05	0.10	0.05	0.12	0.08	0.02	0.05	0.07	0.09	0.23	0.23	0.28	0.22
N1	0.09	0.04	0.07	0.08	0.04	0.12	0.03	0.12	0.10	0.07	0.09	0.03	0.16	0.03	0.07	0.07	0.09	0.13	0.33	0.20	0.54	0.27
N3	0.06	0.08	0.05	0.06	0.05	0.10	0.11	0.12	0.15	0.04	0.12	0.05	0.20	0.12	0.03	0.06	0.08	0.10	0.33	0.21	0.50	0.27
N6	0.12	0.04	0.10	0.10	0.10	0.14	0.08	0.13	0.03	0.12	0.04	0.08	0.06	0.10	0.12	0.10	0.11	0.15	0.32	0.21	0.47	0.26
N7	0.07	0.04	0.04	0.06	0.02	0.10	0.03	0.10	0.07	0.04	0.08	0.03	0.10	0.04	0.04	0.05	0.08	0.11	0.25	0.23	0.34	0.23
N9	0.03	0.09	0.03	0.03	0.07	0.08	0.12	0.09	0.14	0.08	0.12	0.07	0.16	0.13	0.04	0.04	0.07	0.08	0.25	0.23	0.32	0.23
O2'	0.10	0.11	0.07	0.09	0.15	0.08	0.22	0.11	0.21	0.26	0.16	0.09	0.25	0.28	0.17	0.02	0.07	0.09	0.14	0.32	0.21	0.17
O3'	0.12	0.10	0.12	0.15	0.09	0.16	0.13	0.20	0.11	0.20	0.10	0.07	0.14	0.19	0.13	0.11	0.10	0.15	0.18	0.52	0.12	0.17
O4'	0.03	0.06	0.02	0.04	0.06	0.08	0.10	0.10	0.09	0.11	0.07	0.05	0.11	0.12	0.07	0.05	0.09	0.07	0.16	0.25	0.16	0.19
O5'	0.11	0.09	0.12	0.12	0.08	0.13	0.08	0.13	0.06	0.11	0.07	0.10	0.06	0.10	0.10	0.14	0.10	0.13	0.13	0.30	0.13	0.15
OP1	0.07	0.17	0.09	0.07	0.12	0.05	0.13	0.05	0.16	0.10	0.18	0.14	0.16	0.12	0.09	0.10	0.08	0.05	0.10	0.26	0.17	0.13
OP2	0.07	0.20	0.07	0.08	0.12	0.09	0.11	0.09	0.14	0.05	0.18	0.17	0.14	0.07	0.07	0.10	0.13	0.08	0.13	0.23	0.14	0.16
P	0.06	0.12	0.06	0.07	0.05	0.09	0.05	0.09	0.08	0.06	0.12	0.09	0.08	0.05	0.04	0.10	0.08	0.08	0.11	0.29	0.12	0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.00	0.08	0.15	0.05	0.06
C2	0.02	0.00	0.02	0.02	0.01	0.02	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.04	0.02	0.03	0.15	0.14	0.17	0.11
C2'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.04	0.01	0.03	0.22	0.10	0.03
C3'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.03	0.00	0.03	0.02	0.03	0.03	0.02	0.02	0.03	0.03	0.02	0.03	0.01	0.01	0.01	0.27	0.15	0.02
C4	0.01	0.01	0.02	0.03	0.00	0.01	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.01	0.02	0.15	0.13	0.18	0.09
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.05	0.02	0.00	0.01	0.23	0.12	0.02
C5	0.00	0.00	0.02	0.03	0.00	0.02	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.02	0.00	0.16	0.10	0.25	0.10
C5'	0.01	0.03	0.01	0.02	0.04	0.00	0.06	0.00	0.06	0.07	0.05	0.03	0.07	0.08	0.04	0.05	0.02	0.01	0.01	0.24	0.10	0.01
C6	0.01	0.00	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.04	0.02	0.01	0.17	0.10	0.27	0.10
C8	0.01	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.00	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.03	0.16	0.11	0.24	0.10
N1	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.05	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.02	0.16	0.12	0.23	0.10
N3	0.02	0.00	0.02	0.02	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.04	0.02	0.04	0.14	0.16	0.14	0.11
N6	0.01	0.01	0.02	0.03	0.00	0.02	0.00	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.03	0.01	0.18	0.10	0.32	0.11
N7	0.01	0.00	0.02	0.03	0.00	0.03	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.03	0.03	0.17	0.10	0.30	0.11
N9	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.13	0.13	0.15	0.08
O2'	0.01	0.04	0.00	0.03	0.03	0.05	0.03	0.05	0.04	0.01	0.04	0.04	0.03	0.02	0.01	0.00	0.10	0.04	0.09	0.24	0.17	0.07
O3'	0.03	0.02	0.04	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.03	0.01	0.02	0.03	0.03	0.01	0.10	0.00	0.03	0.06	0.34	0.30	0.04
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.04	0.01	0.03	0.00	0.04	0.03	0.00	0.08	0.14	0.04	0.06
O5'	0.08	0.15	0.03	0.01	0.15	0.01	0.16	0.01	0.17	0.16	0.16	0.14	0.18	0.17	0.13	0.09	0.06	0.08	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.15	0.14	0.22	0.27	0.13	0.23	0.10	0.24	0.10	0.11	0.12	0.16	0.10	0.10	0.13	0.24	0.34	0.14	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.05	0.17	0.10	0.15	0.18	0.12	0.25	0.10	0.27	0.24	0.23	0.14	0.32	0.30	0.15	0.17	0.30	0.04	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.06	0.11	0.03	0.02	0.09	0.02	0.10	0.01	0.10	0.10	0.10	0.11	0.11	0.11	0.08	0.07	0.04	0.06	0.00	0.00	0.01	0.00