Doublet Group distance statistics: 52746

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C4	A	0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C5	A	0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N3	A	0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N9	A	0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C6	A	0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N7	A	0, 0.016, 0.037, 0.058, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.037 std_dev=0.021
C8	A	0, 0.019, 0.042, 0.064, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.042 std_dev=0.023
N6	A	0, 0.016, 0.045, 0.075, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.045 std_dev=0.030
C2'	A	0, 0.044, 0.206, 0.367, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.206 std_dev=0.162
O4'	A	0, 0.038, 0.199, 0.361, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.199 std_dev=0.162
N3	B	0, 0.126, 0.337, 0.547, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.337 std_dev=0.211
C4'	A	0, 0.090, 0.303, 0.516, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.303 std_dev=0.213
O2'	A	0, 0.070, 0.305, 0.541, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.305 std_dev=0.236
C4	B	0, 0.158, 0.422, 0.686, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.422 std_dev=0.264
C3'	A	0, 0.018, 0.299, 0.581, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.299 std_dev=0.282
P	A	0, 0.084, 0.368, 0.652, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.368 std_dev=0.284
O3'	A	0, 0.048, 0.399, 0.749, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.399 std_dev=0.351
C2	B	0, 0.244, 0.626, 1.008, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.626 std_dev=0.382
O5'	A	0, 0.193, 0.598, 1.002, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.598 std_dev=0.404
N9	B	0, 0.235, 0.656, 1.077, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.656 std_dev=0.421
C5'	A	0, 0.165, 0.625, 1.084, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.625 std_dev=0.459
C5	B	0, 0.273, 0.746, 1.219, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.746 std_dev=0.473
N1	B	0, 0.333, 0.879, 1.424, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.879 std_dev=0.546
C1'	B	0, 0.281, 0.828, 1.376, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.828 std_dev=0.547
C6	B	0, 0.340, 0.926, 1.512, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.926 std_dev=0.586
C8	B	0, 0.288, 0.950, 1.612, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.950 std_dev=0.662
N7	B	0, 0.327, 1.014, 1.701, 1.869 max_d=1.869 avg_d=1.014 std_dev=0.687
C2'	B	0, 0.384, 1.079, 1.775, 1.878 max_d=1.878 avg_d=1.079 std_dev=0.696
OP1	A	0, 0.093, 0.886, 1.679, 2.231 max_d=2.231 avg_d=0.886 std_dev=0.793
N6	B	0, 0.452, 1.287, 2.122, 2.205 max_d=2.205 avg_d=1.287 std_dev=0.835
O4'	B	0, 0.279, 1.125, 1.972, 1.885 max_d=1.885 avg_d=1.125 std_dev=0.847
O2'	B	0, 0.453, 1.319, 2.186, 2.373 max_d=2.373 avg_d=1.319 std_dev=0.866
C3'	B	0, 0.371, 1.304, 2.238, 2.491 max_d=2.491 avg_d=1.304 std_dev=0.934
OP2	A	0, 0.151, 1.164, 2.176, 2.887 max_d=2.887 avg_d=1.164 std_dev=1.013
C4'	B	0, 0.333, 1.365, 2.396, 2.615 max_d=2.615 avg_d=1.365 std_dev=1.031
C5'	B	0, 0.565, 1.708, 2.850, 3.337 max_d=3.337 avg_d=1.708 std_dev=1.143
O3'	B	0, 0.356, 1.551, 2.746, 3.173 max_d=3.173 avg_d=1.551 std_dev=1.195
O5'	B	0, 0.637, 1.895, 3.154, 3.726 max_d=3.726 avg_d=1.895 std_dev=1.259
P	B	0, 0.594, 1.923, 3.251, 3.579 max_d=3.579 avg_d=1.923 std_dev=1.328
OP1	B	0, 0.664, 2.003, 3.343, 3.497 max_d=3.497 avg_d=2.003 std_dev=1.339
OP2	B	0, 0.561, 2.029, 3.497, 3.977 max_d=3.977 avg_d=2.029 std_dev=1.468

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01	0.04	0.03	0.01	0.15	0.37	0.75	0.29
C2	0.02	0.00	0.13	0.11	0.01	0.06	0.02	0.07	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.21	0.13	0.01	0.34	0.56	0.51	0.18
C2'	0.01	0.13	0.00	0.01	0.08	0.02	0.05	0.02	0.08	0.04	0.11	0.13	0.06	0.03	0.02	0.02	0.05	0.02	0.28	0.21	0.49	0.13
C3'	0.02	0.11	0.01	0.00	0.03	0.01	0.03	0.02	0.03	0.13	0.08	0.10	0.03	0.09	0.05	0.04	0.01	0.02	0.39	0.05	0.25	0.11
C4	0.01	0.01	0.08	0.03	0.00	0.02	0.01	0.05	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.11	0.04	0.02	0.35	0.55	0.56	0.19
C4'	0.00	0.06	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.00	0.03	0.07	0.04	0.06	0.04	0.06	0.02	0.12	0.01	0.00	0.02	0.22	0.51	0.17
C5	0.01	0.02	0.05	0.03	0.01	0.02	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.09	0.04	0.04	0.43	0.63	0.45	0.13
C5'	0.03	0.07	0.02	0.02	0.05	0.00	0.08	0.00	0.09	0.13	0.08	0.06	0.12	0.12	0.05	0.11	0.04	0.03	0.01	0.35	0.30	0.01
C6	0.01	0.02	0.08	0.03	0.02	0.03	0.01	0.09	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.02	0.13	0.04	0.05	0.45	0.64	0.40	0.10
C8	0.03	0.02	0.04	0.13	0.01	0.07	0.01	0.13	0.02	0.00	0.02	0.02	0.03	0.00	0.01	0.04	0.13	0.07	0.42	0.59	0.57	0.18
N1	0.01	0.02	0.11	0.08	0.02	0.04	0.01	0.08	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.02	0.18	0.09	0.03	0.41	0.62	0.44	0.13
N3	0.03	0.01	0.13	0.10	0.01	0.06	0.02	0.06	0.02	0.02	0.02	0.00	0.03	0.02	0.00	0.19	0.12	0.01	0.30	0.52	0.58	0.21
N6	0.02	0.02	0.06	0.03	0.02	0.04	0.02	0.12	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.03	0.03	0.11	0.04	0.07	0.49	0.67	0.35	0.05
N7	0.02	0.02	0.03	0.09	0.01	0.06	0.01	0.12	0.02	0.00	0.02	0.02	0.03	0.00	0.01	0.03	0.11	0.07	0.47	0.66	0.40	0.11
N9	0.01	0.01	0.02	0.05	0.00	0.02	0.01	0.05	0.02	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.00	0.03	0.06	0.03	0.31	0.51	0.65	0.24
O2'	0.04	0.21	0.02	0.04	0.11	0.12	0.09	0.11	0.13	0.04	0.18	0.19	0.11	0.03	0.03	0.00	0.10	0.10	0.22	0.10	0.55	0.14
O3'	0.03	0.13	0.05	0.01	0.04	0.01	0.04	0.04	0.04	0.13	0.09	0.12	0.04	0.11	0.06	0.10	0.00	0.02	0.35	0.19	0.11	0.16
O4'	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.00	0.04	0.03	0.05	0.07	0.03	0.01	0.07	0.07	0.03	0.10	0.02	0.00	0.14	0.38	0.82	0.38
O5'	0.15	0.34	0.28	0.39	0.35	0.02	0.43	0.01	0.45	0.42	0.41	0.30	0.49	0.47	0.31	0.22	0.35	0.14	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.37	0.56	0.21	0.05	0.55	0.22	0.63	0.35	0.64	0.59	0.62	0.52	0.67	0.66	0.51	0.10	0.19	0.38	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.75	0.51	0.49	0.25	0.56	0.51	0.45	0.30	0.40	0.57	0.44	0.58	0.35	0.40	0.65	0.55	0.11	0.82	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.29	0.18	0.13	0.11	0.19	0.17	0.13	0.01	0.10	0.18	0.13	0.21	0.05	0.11	0.24	0.14	0.16	0.38	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.19	0.19	0.24	0.16	0.19	0.19	0.38	0.28	0.45	0.35	0.27	0.19	0.64	0.46	0.21	0.37	0.20	0.23	0.32	0.16	0.33	0.16
C2	0.15	0.24	0.15	0.15	0.08	0.17	0.13	0.19	0.22	0.12	0.27	0.13	0.22	0.10	0.09	0.23	0.14	0.17	0.29	0.17	0.24	0.18
C2'	0.19	0.12	0.26	0.19	0.11	0.19	0.31	0.30	0.41	0.25	0.28	0.16	0.61	0.38	0.14	0.37	0.23	0.22	0.39	0.20	0.41	0.22
C3'	0.17	0.19	0.22	0.15	0.16	0.20	0.37	0.34	0.45	0.34	0.29	0.18	0.67	0.47	0.18	0.34	0.18	0.24	0.38	0.24	0.49	0.27
C4	0.19	0.12	0.18	0.15	0.10	0.22	0.21	0.29	0.21	0.23	0.14	0.10	0.28	0.27	0.17	0.26	0.15	0.25	0.36	0.15	0.36	0.18
C4'	0.20	0.25	0.25	0.18	0.23	0.23	0.44	0.35	0.51	0.43	0.33	0.22	0.75	0.56	0.26	0.38	0.21	0.27	0.31	0.23	0.42	0.22
C5	0.25	0.21	0.19	0.22	0.07	0.34	0.07	0.43	0.14	0.23	0.22	0.14	0.16	0.18	0.18	0.25	0.21	0.37	0.46	0.24	0.47	0.27
C5'	0.24	0.32	0.28	0.23	0.29	0.29	0.48	0.42	0.53	0.50	0.38	0.26	0.77	0.63	0.31	0.38	0.24	0.32	0.30	0.31	0.47	0.29
C6	0.27	0.15	0.23	0.26	0.05	0.36	0.12	0.41	0.19	0.12	0.20	0.09	0.23	0.13	0.13	0.33	0.28	0.38	0.49	0.21	0.45	0.26
C8	0.24	0.37	0.19	0.21	0.14	0.34	0.19	0.49	0.15	0.36	0.32	0.26	0.21	0.38	0.23	0.25	0.18	0.38	0.46	0.32	0.53	0.32
N1	0.16	0.16	0.16	0.16	0.06	0.20	0.09	0.24	0.12	0.15	0.16	0.12	0.14	0.14	0.07	0.27	0.17	0.21	0.36	0.13	0.31	0.17
N3	0.17	0.19	0.21	0.17	0.12	0.17	0.23	0.18	0.32	0.16	0.31	0.05	0.37	0.21	0.12	0.30	0.18	0.17	0.30	0.14	0.26	0.16
N6	0.38	0.19	0.37	0.41	0.11	0.55	0.24	0.58	0.33	0.12	0.29	0.12	0.42	0.26	0.15	0.49	0.46	0.56	0.67	0.34	0.58	0.41
N7	0.28	0.36	0.20	0.27	0.12	0.42	0.11	0.56	0.25	0.32	0.39	0.23	0.27	0.25	0.22	0.26	0.25	0.45	0.53	0.36	0.59	0.38
N9	0.20	0.23	0.20	0.16	0.14	0.24	0.28	0.35	0.27	0.32	0.15	0.20	0.39	0.39	0.21	0.29	0.16	0.28	0.37	0.20	0.40	0.21
O2'	0.28	0.09	0.37	0.30	0.11	0.27	0.32	0.30	0.49	0.22	0.38	0.17	0.71	0.37	0.16	0.51	0.37	0.27	0.42	0.24	0.36	0.24
O3'	0.16	0.13	0.22	0.15	0.14	0.18	0.37	0.32	0.48	0.31	0.32	0.13	0.71	0.46	0.16	0.34	0.18	0.22	0.39	0.23	0.49	0.27
O4'	0.23	0.28	0.27	0.20	0.26	0.25	0.46	0.34	0.51	0.45	0.32	0.24	0.75	0.58	0.29	0.39	0.23	0.29	0.28	0.20	0.34	0.17
O5'	0.42	0.46	0.40	0.35	0.39	0.48	0.50	0.53	0.45	0.64	0.42	0.38	0.57	0.69	0.47	0.49	0.34	0.55	0.31	0.45	0.54	0.45
OP1	0.77	0.47	0.62	0.82	0.54	1.04	0.56	1.32	0.38	0.87	0.41	0.47	0.33	0.81	0.72	0.55	0.78	1.02	1.30	1.25	1.45	1.26
OP2	0.52	0.98	0.58	0.62	0.61	0.58	0.51	0.76	0.61	0.45	0.90	0.83	0.49	0.47	0.50	0.53	0.64	0.50	0.79	0.51	0.73	0.52
P	0.27	0.54	0.19	0.31	0.19	0.46	0.17	0.70	0.16	0.41	0.46	0.40	0.11	0.42	0.25	0.16	0.28	0.46	0.64	0.54	0.74	0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.06	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.21	0.16	0.08	0.18
C2	0.02	0.00	0.11	0.12	0.01	0.05	0.01	0.17	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.21	0.17	0.02	0.58	0.54	0.56	0.56
C2'	0.01	0.11	0.00	0.00	0.06	0.00	0.06	0.03	0.08	0.06	0.10	0.10	0.07	0.05	0.03	0.00	0.02	0.01	0.27	0.27	0.14	0.25
C3'	0.02	0.12	0.00	0.00	0.11	0.00	0.16	0.02	0.16	0.18	0.15	0.09	0.18	0.19	0.11	0.03	0.00	0.02	0.35	0.34	0.17	0.31
C4	0.01	0.01	0.06	0.11	0.00	0.08	0.01	0.22	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.11	0.12	0.02	0.58	0.47	0.44	0.51
C4'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.08	0.00	0.13	0.01	0.12	0.19	0.08	0.03	0.15	0.19	0.09	0.05	0.04	0.01	0.02	0.09	0.20	0.05
C5	0.01	0.01	0.06	0.16	0.01	0.13	0.00	0.32	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.08	0.19	0.02	0.75	0.64	0.65	0.69
C5'	0.06	0.17	0.03	0.02	0.22	0.01	0.32	0.00	0.31	0.36	0.25	0.14	0.37	0.39	0.22	0.05	0.05	0.03	0.01	0.05	0.30	0.01
C6	0.01	0.01	0.08	0.16	0.01	0.12	0.00	0.31	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.12	0.21	0.02	0.78	0.72	0.77	0.76
C8	0.01	0.01	0.06	0.18	0.00	0.19	0.01	0.36	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.20	0.03	0.71	0.48	0.38	0.55
N1	0.02	0.01	0.10	0.15	0.01	0.08	0.01	0.25	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.18	0.20	0.02	0.70	0.66	0.71	0.69
N3	0.03	0.01	0.10	0.09	0.01	0.03	0.01	0.14	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.19	0.12	0.03	0.49	0.42	0.41	0.45
N6	0.01	0.01	0.07	0.18	0.01	0.15	0.01	0.37	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.10	0.24	0.03	0.84	0.82	0.90	0.86
N7	0.01	0.01	0.05	0.19	0.00	0.19	0.01	0.39	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.23	0.03	0.82	0.66	0.67	0.74
N9	0.00	0.01	0.03	0.11	0.00	0.09	0.00	0.22	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.10	0.02	0.50	0.35	0.25	0.39
O2'	0.02	0.21	0.00	0.03	0.11	0.05	0.08	0.05	0.12	0.03	0.18	0.19	0.10	0.03	0.03	0.00	0.05	0.07	0.06	0.20	0.07	0.05
O3'	0.02	0.17	0.02	0.00	0.12	0.04	0.19	0.05	0.21	0.20	0.20	0.12	0.24	0.23	0.10	0.05	0.00	0.02	0.26	0.39	0.19	0.26
O4'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.03	0.02	0.03	0.03	0.03	0.02	0.07	0.02	0.00	0.07	0.13	0.29	0.18
O5'	0.21	0.58	0.27	0.35	0.58	0.02	0.75	0.01	0.78	0.71	0.70	0.49	0.84	0.82	0.50	0.06	0.26	0.07	0.00	0.03	0.02	0.00
OP1	0.16	0.54	0.27	0.34	0.47	0.09	0.64	0.05	0.72	0.48	0.66	0.42	0.82	0.66	0.35	0.20	0.39	0.13	0.03	0.00	0.00	0.02
OP2	0.08	0.56	0.14	0.17	0.44	0.20	0.65	0.30	0.77	0.38	0.71	0.41	0.90	0.67	0.25	0.07	0.19	0.29	0.02	0.00	0.00	0.01
P	0.18	0.56	0.25	0.31	0.51	0.05	0.69	0.01	0.76	0.55	0.69	0.45	0.86	0.74	0.39	0.05	0.26	0.18	0.00	0.02	0.01	0.00