Doublet Group distance statistics: 52747

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3	A	0, 0.022, 0.053, 0.083, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.053 std_dev=0.030
N1	A	0, 0.025, 0.059, 0.093, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.059 std_dev=0.034
C2	A	0, 0.025, 0.060, 0.094, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.060 std_dev=0.035
C5	A	0, 0.025, 0.060, 0.095, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.060 std_dev=0.035
C4	A	0, 0.028, 0.066, 0.105, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.066 std_dev=0.038
C1'	A	0, 0.032, 0.075, 0.119, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.075 std_dev=0.044
N7	A	0, 0.034, 0.082, 0.129, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.082 std_dev=0.047
N6	A	0, 0.036, 0.086, 0.136, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.086 std_dev=0.050
N9	A	0, 0.045, 0.106, 0.167, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.106 std_dev=0.061
C8	A	0, 0.046, 0.110, 0.174, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.110 std_dev=0.064
N7	B	0, 0.135, 0.324, 0.513, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.324 std_dev=0.189
C8	B	0, 0.156, 0.411, 0.665, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.411 std_dev=0.254
C5	B	0, 0.212, 0.503, 0.793, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.503 std_dev=0.291
C2'	B	0, 0.024, 0.323, 0.622, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.323 std_dev=0.299
N6	B	0, 0.213, 0.514, 0.816, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.514 std_dev=0.301
C6	B	0, 0.250, 0.597, 0.943, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.597 std_dev=0.346
N9	B	0, 0.241, 0.596, 0.950, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.596 std_dev=0.354
C4	B	0, 0.285, 0.680, 1.075, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.680 std_dev=0.395
C1'	B	0, 0.283, 0.718, 1.153, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.718 std_dev=0.435
O4'	A	0, 0.350, 0.830, 1.310, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.830 std_dev=0.480
N1	B	0, 0.362, 0.862, 1.362, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.862 std_dev=0.500
C3'	B	0, 0.346, 0.863, 1.380, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.863 std_dev=0.517
O2'	B	0, 0.312, 0.846, 1.380, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.846 std_dev=0.534
N3	B	0, 0.396, 0.945, 1.494, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.945 std_dev=0.549
C2	B	0, 0.421, 1.004, 1.586, 1.401 max_d=1.401 avg_d=1.004 std_dev=0.582
C2'	A	0, 0.448, 1.061, 1.675, 1.445 max_d=1.445 avg_d=1.061 std_dev=0.613
OP2	A	0, 0.473, 1.166, 1.858, 1.711 max_d=1.711 avg_d=1.166 std_dev=0.693
O3'	B	0, 0.478, 1.191, 1.905, 1.890 max_d=1.890 avg_d=1.191 std_dev=0.714
O4'	B	0, 0.486, 1.213, 1.940, 1.793 max_d=1.793 avg_d=1.213 std_dev=0.727
P	A	0, 0.560, 1.340, 2.121, 1.945 max_d=1.945 avg_d=1.340 std_dev=0.780
O2'	A	0, 0.582, 1.385, 2.188, 1.966 max_d=1.966 avg_d=1.385 std_dev=0.803
C4'	A	0, 0.602, 1.426, 2.250, 1.969 max_d=1.969 avg_d=1.426 std_dev=0.824
C4'	B	0, 0.553, 1.381, 2.210, 2.081 max_d=2.081 avg_d=1.381 std_dev=0.829
C3'	A	0, 0.646, 1.531, 2.416, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.531 std_dev=0.885
O5'	A	0, 0.721, 1.708, 2.696, 2.355 max_d=2.355 avg_d=1.708 std_dev=0.988
C5'	A	0, 0.828, 1.963, 3.097, 2.691 max_d=2.691 avg_d=1.963 std_dev=1.134
O3'	A	0, 0.885, 2.100, 3.314, 2.877 max_d=2.877 avg_d=2.100 std_dev=1.214
OP1	A	0, 0.925, 2.205, 3.484, 3.104 max_d=3.104 avg_d=2.205 std_dev=1.279
C5'	B	0, 0.939, 2.256, 3.574, 3.264 max_d=3.264 avg_d=2.256 std_dev=1.318
O5'	B	0, 1.056, 2.514, 3.971, 3.547 max_d=3.547 avg_d=2.514 std_dev=1.457
P	B	0, 1.420, 3.365, 5.310, 4.650 max_d=4.650 avg_d=3.365 std_dev=1.945
OP1	B	0, 1.502, 3.566, 5.630, 4.995 max_d=4.995 avg_d=3.566 std_dev=2.064
OP2	B	0, 1.529, 3.619, 5.709, 4.888 max_d=4.888 avg_d=3.619 std_dev=2.090

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.00	0.00	0.02	0.02	0.02	0.03	0.04	0.01	0.01	0.00	0.02	0.11	0.00	0.03	0.10	0.12	0.04
C2	0.04	0.00	0.21	0.21	0.00	0.02	0.01	0.04	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.00	0.12	0.09	0.08	0.05	0.07	0.13	0.07
C2'	0.00	0.21	0.00	0.00	0.11	0.01	0.05	0.06	0.10	0.10	0.17	0.21	0.06	0.05	0.01	0.00	0.01	0.01	0.13	0.26	0.37	0.23
C3'	0.01	0.21	0.00	0.00	0.16	0.00	0.17	0.01	0.20	0.09	0.22	0.18	0.19	0.13	0.11	0.01	0.01	0.01	0.05	0.16	0.18	0.09
C4	0.02	0.00	0.11	0.16	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.06	0.05	0.05	0.06	0.10	0.06
C4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.04	0.04	0.03	0.02	0.05	0.05	0.03	0.13	0.01	0.00	0.02	0.09	0.08	0.02
C5	0.00	0.01	0.05	0.17	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.07	0.10	0.05	0.08	0.10	0.16	0.10
C5'	0.02	0.04	0.06	0.01	0.04	0.01	0.07	0.00	0.07	0.06	0.06	0.02	0.10	0.08	0.03	0.07	0.10	0.01	0.00	0.05	0.03	0.01
C6	0.02	0.01	0.10	0.20	0.01	0.04	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.13	0.06	0.09	0.12	0.19	0.11
C8	0.02	0.02	0.10	0.09	0.01	0.04	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.00	0.16	0.05	0.02	0.06	0.07	0.11	0.08
N1	0.03	0.00	0.17	0.22	0.01	0.03	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.13	0.07	0.07	0.10	0.17	0.10
N3	0.04	0.00	0.21	0.18	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.12	0.06	0.07	0.04	0.04	0.09	0.05
N6	0.01	0.01	0.06	0.19	0.01	0.05	0.01	0.10	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.07	0.15	0.06	0.11	0.15	0.23	0.14
N7	0.01	0.02	0.05	0.13	0.00	0.05	0.01	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.15	0.10	0.02	0.09	0.11	0.18	0.11
N9	0.00	0.00	0.01	0.11	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.07	0.02	0.01	0.04	0.04	0.07	0.05
O2'	0.02	0.12	0.00	0.01	0.02	0.13	0.07	0.07	0.03	0.16	0.06	0.12	0.07	0.15	0.07	0.00	0.03	0.09	0.06	0.21	0.41	0.20
O3'	0.11	0.09	0.01	0.01	0.06	0.01	0.10	0.10	0.13	0.05	0.13	0.06	0.15	0.10	0.02	0.03	0.00	0.08	0.15	0.04	0.08	0.05
O4'	0.00	0.08	0.01	0.01	0.05	0.00	0.05	0.01	0.06	0.02	0.07	0.07	0.06	0.02	0.01	0.09	0.08	0.00	0.02	0.03	0.03	0.06
O5'	0.03	0.05	0.13	0.05	0.05	0.02	0.08	0.00	0.09	0.06	0.07	0.04	0.11	0.09	0.04	0.06	0.15	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00
OP1	0.10	0.07	0.26	0.16	0.06	0.09	0.10	0.05	0.12	0.07	0.10	0.04	0.15	0.11	0.04	0.21	0.04	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00
OP2	0.12	0.13	0.37	0.18	0.10	0.08	0.16	0.03	0.19	0.11	0.17	0.09	0.23	0.18	0.07	0.41	0.08	0.03	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.04	0.07	0.23	0.09	0.06	0.02	0.10	0.01	0.11	0.08	0.10	0.05	0.14	0.11	0.05	0.20	0.05	0.06	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.04	0.06	0.04	0.05	0.04	0.12	0.05	0.16	0.07	0.05	0.08	0.04	0.10	0.05	0.04	0.03	0.05	0.14	0.20	0.22	0.25	0.22
C2	0.03	0.20	0.03	0.14	0.12	0.21	0.10	0.33	0.15	0.04	0.20	0.17	0.12	0.03	0.04	0.05	0.14	0.16	0.44	0.48	0.57	0.51
C2'	0.12	0.19	0.13	0.08	0.13	0.01	0.09	0.07	0.10	0.05	0.16	0.17	0.07	0.04	0.11	0.16	0.10	0.02	0.14	0.20	0.28	0.21
C3'	0.02	0.09	0.04	0.05	0.06	0.05	0.11	0.07	0.15	0.05	0.14	0.06	0.23	0.09	0.04	0.03	0.06	0.05	0.12	0.15	0.19	0.14
C4	0.04	0.11	0.06	0.09	0.07	0.13	0.07	0.20	0.10	0.04	0.12	0.08	0.11	0.05	0.04	0.04	0.09	0.12	0.27	0.32	0.37	0.31
C4'	0.22	0.27	0.22	0.20	0.26	0.24	0.29	0.23	0.32	0.24	0.30	0.26	0.38	0.27	0.24	0.24	0.19	0.25	0.25	0.25	0.25	0.23
C5	0.08	0.12	0.09	0.12	0.10	0.11	0.10	0.14	0.11	0.07	0.12	0.11	0.11	0.08	0.09	0.08	0.12	0.09	0.23	0.30	0.37	0.28
C5'	0.30	0.35	0.33	0.29	0.34	0.29	0.38	0.26	0.41	0.33	0.38	0.34	0.48	0.36	0.32	0.35	0.28	0.30	0.28	0.29	0.27	0.25
C6	0.12	0.16	0.11	0.14	0.15	0.12	0.12	0.16	0.13	0.09	0.15	0.17	0.11	0.07	0.13	0.11	0.16	0.10	0.29	0.39	0.51	0.38
C8	0.07	0.08	0.10	0.11	0.08	0.10	0.10	0.11	0.11	0.08	0.10	0.08	0.13	0.09	0.08	0.08	0.11	0.09	0.16	0.21	0.23	0.18
N1	0.11	0.21	0.08	0.15	0.16	0.16	0.13	0.27	0.15	0.04	0.19	0.20	0.12	0.04	0.11	0.10	0.17	0.09	0.43	0.50	0.63	0.52
N3	0.03	0.15	0.03	0.11	0.06	0.20	0.07	0.29	0.12	0.06	0.16	0.10	0.11	0.05	0.02	0.01	0.10	0.18	0.36	0.40	0.46	0.41
N6	0.18	0.17	0.15	0.17	0.17	0.15	0.13	0.14	0.13	0.13	0.15	0.18	0.10	0.10	0.17	0.16	0.19	0.18	0.25	0.39	0.52	0.34
N7	0.09	0.09	0.11	0.12	0.10	0.10	0.10	0.11	0.11	0.10	0.10	0.10	0.12	0.10	0.10	0.10	0.13	0.09	0.16	0.23	0.27	0.19
N9	0.05	0.08	0.07	0.08	0.06	0.12	0.07	0.16	0.10	0.06	0.10	0.06	0.12	0.06	0.05	0.05	0.08	0.12	0.21	0.25	0.28	0.24
O2'	0.15	0.35	0.20	0.10	0.22	0.06	0.18	0.17	0.24	0.09	0.34	0.29	0.20	0.09	0.15	0.24	0.12	0.06	0.23	0.30	0.39	0.32
O3'	0.18	0.29	0.17	0.17	0.24	0.22	0.27	0.23	0.33	0.20	0.34	0.25	0.39	0.23	0.20	0.17	0.16	0.23	0.26	0.27	0.29	0.26
O4'	0.25	0.27	0.24	0.22	0.27	0.27	0.28	0.27	0.29	0.25	0.27	0.27	0.31	0.26	0.26	0.26	0.20	0.30	0.27	0.27	0.25	0.25
O5'	0.22	0.27	0.28	0.24	0.26	0.21	0.30	0.19	0.33	0.26	0.30	0.25	0.40	0.30	0.24	0.28	0.24	0.21	0.23	0.26	0.25	0.21
OP1	0.21	0.34	0.27	0.20	0.28	0.17	0.31	0.12	0.37	0.23	0.38	0.30	0.43	0.28	0.24	0.29	0.20	0.18	0.14	0.16	0.16	0.12
OP2	0.07	0.13	0.08	0.09	0.09	0.09	0.11	0.13	0.16	0.08	0.17	0.10	0.21	0.09	0.07	0.08	0.10	0.07	0.11	0.13	0.16	0.15
P	0.12	0.21	0.18	0.14	0.17	0.10	0.20	0.08	0.24	0.15	0.23	0.18	0.29	0.19	0.14	0.19	0.14	0.10	0.11	0.14	0.15	0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.03	0.01
C2	0.01	0.00	0.12	0.12	0.01	0.02	0.02	0.04	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.07	0.15	0.07	0.04	0.02	0.07	0.04
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.07	0.01	0.06	0.00	0.09	0.04	0.12	0.11	0.09	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.04	0.02	0.02
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.10	0.00	0.11	0.00	0.13	0.05	0.14	0.10	0.15	0.08	0.06	0.01	0.01	0.00	0.02	0.04	0.02	0.01
C4	0.01	0.01	0.07	0.10	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.11	0.04	0.04	0.03	0.07	0.04
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.04	0.06	0.02	0.02	0.05	0.06	0.03	0.03	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.01
C5	0.01	0.02	0.06	0.11	0.01	0.04	0.00	0.06	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.14	0.02	0.08	0.08	0.12	0.09
C5'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.02	0.00	0.06	0.00	0.05	0.10	0.03	0.04	0.08	0.10	0.04	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01
C6	0.01	0.02	0.09	0.13	0.01	0.04	0.00	0.05	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.17	0.03	0.08	0.09	0.12	0.09
C8	0.01	0.02	0.04	0.05	0.01	0.06	0.00	0.10	0.01	0.00	0.00	0.02	0.02	0.00	0.01	0.05	0.06	0.03	0.11	0.07	0.12	0.11
N1	0.01	0.01	0.12	0.14	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.18	0.05	0.05	0.06	0.10	0.06
N3	0.01	0.00	0.11	0.10	0.01	0.02	0.02	0.04	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.06	0.12	0.07	0.03	0.01	0.05	0.03
N6	0.02	0.02	0.09	0.15	0.01	0.05	0.01	0.08	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.03	0.19	0.02	0.11	0.13	0.17	0.13
N7	0.00	0.02	0.01	0.08	0.02	0.06	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.03	0.02	0.00	0.01	0.04	0.10	0.01	0.12	0.10	0.15	0.13
N9	0.00	0.01	0.01	0.06	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.06	0.00	0.05	0.03	0.06	0.05
O2'	0.01	0.07	0.00	0.01	0.02	0.03	0.01	0.03	0.03	0.05	0.06	0.06	0.03	0.04	0.02	0.00	0.00	0.03	0.02	0.04	0.01	0.02
O3'	0.01	0.15	0.02	0.01	0.11	0.01	0.14	0.01	0.17	0.06	0.18	0.12	0.19	0.10	0.06	0.00	0.00	0.01	0.05	0.05	0.06	0.04
O4'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.04	0.00	0.02	0.01	0.03	0.03	0.05	0.07	0.02	0.01	0.00	0.03	0.01	0.00	0.04	0.03	0.05	0.03
O5'	0.02	0.04	0.01	0.02	0.04	0.01	0.08	0.01	0.08	0.11	0.05	0.03	0.11	0.12	0.05	0.02	0.05	0.04	0.00	0.02	0.00	0.01
OP1	0.03	0.02	0.04	0.04	0.03	0.03	0.08	0.02	0.09	0.07	0.06	0.01	0.13	0.10	0.03	0.04	0.05	0.03	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.03	0.07	0.02	0.02	0.07	0.01	0.12	0.00	0.12	0.12	0.10	0.05	0.17	0.15	0.06	0.01	0.06	0.05	0.00	0.01	0.00	0.00
P	0.01	0.04	0.02	0.01	0.04	0.01	0.09	0.01	0.09	0.11	0.06	0.03	0.13	0.13	0.05	0.02	0.04	0.03	0.01	0.00	0.00	0.00