ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52749

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.001, 0.019, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.018
N6 A 0, 0.015, 0.038, 0.061, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.038 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.010, 0.036, 0.061, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.036 std_dev=0.026
C4 B 0, 0.148, 0.440, 0.732, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.440 std_dev=0.292
N3 B 0, 0.191, 0.523, 0.855, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.523 std_dev=0.332
C5 B 0, 0.140, 0.508, 0.876, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.508 std_dev=0.368
C2 B 0, 0.202, 0.570, 0.939, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.570 std_dev=0.369
N9 B 0, 0.236, 0.628, 1.020, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.628 std_dev=0.392
O4' A 0, -0.112, 0.290, 0.691, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.290 std_dev=0.401
C2' A 0, -0.083, 0.330, 0.743, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.330 std_dev=0.413
OP1 A 0, 0.061, 0.491, 0.922, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.491 std_dev=0.431
N1 B 0, 0.125, 0.574, 1.024, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.574 std_dev=0.450
C1' B 0, 0.294, 0.794, 1.294, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.794 std_dev=0.500
C6 B 0, 0.007, 0.513, 1.019, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.513 std_dev=0.506
O4' B 0, 0.366, 0.888, 1.409, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.888 std_dev=0.521
C8 B 0, 0.218, 0.748, 1.279, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.748 std_dev=0.531
N7 B 0, 0.111, 0.694, 1.277, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.694 std_dev=0.583
C4' B 0, 0.400, 1.034, 1.669, 1.719 max_d=1.719 avg_d=1.034 std_dev=0.634
C3' B 0, 0.283, 0.931, 1.580, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.931 std_dev=0.649
O5' A 0, -0.093, 0.584, 1.262, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.584 std_dev=0.677
O3' B 0, 0.337, 1.014, 1.692, 1.654 max_d=1.654 avg_d=1.014 std_dev=0.678
C4' A 0, -0.193, 0.528, 1.250, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.528 std_dev=0.722
C3' A 0, -0.196, 0.556, 1.308, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.556 std_dev=0.752
O2' A 0, -0.192, 0.564, 1.320, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.564 std_dev=0.756
P A 0, -0.107, 0.664, 1.434, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.664 std_dev=0.771
N6 B 0, -0.139, 0.672, 1.483, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.672 std_dev=0.811
C5' B 0, 0.439, 1.291, 2.143, 2.357 max_d=2.357 avg_d=1.291 std_dev=0.852
C5' A 0, -0.209, 0.651, 1.510, 2.111 max_d=2.111 avg_d=0.651 std_dev=0.860
C2' B 0, 0.092, 1.025, 1.959, 2.504 max_d=2.504 avg_d=1.025 std_dev=0.933
P B 0, 0.294, 1.441, 2.588, 3.207 max_d=3.207 avg_d=1.441 std_dev=1.147
O3' A 0, -0.240, 0.924, 2.088, 2.922 max_d=2.922 avg_d=0.924 std_dev=1.164
O5' B 0, 0.307, 1.526, 2.746, 3.412 max_d=3.412 avg_d=1.526 std_dev=1.220
O2' B 0, 0.143, 1.470, 2.796, 3.589 max_d=3.589 avg_d=1.470 std_dev=1.326
OP1 B 0, 0.339, 2.114, 3.889, 4.848 max_d=4.848 avg_d=2.114 std_dev=1.775
OP2 B 0, 0.189, 1.988, 3.787, 4.913 max_d=4.913 avg_d=1.988 std_dev=1.799
OP2 A 0, -0.518, 1.299, 3.117, 4.436 max_d=4.436 avg_d=1.299 std_dev=1.818

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.27 0.00 0.17 0.38 0.06 0.12
C2 0.03 0.00 0.23 0.30 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.27 0.08 0.10 0.17 0.39 0.69 0.27
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.11 0.01 0.04 0.20 0.08 0.13 0.16 0.24 0.04 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.40 0.68 0.23 0.45
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.30 0.00 0.38 0.02 0.40 0.31 0.36 0.25 0.44 0.38 0.25 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.13 0.03
C4 0.02 0.01 0.11 0.30 0.00 0.11 0.01 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.28 0.03 0.05 0.14 0.41 0.53 0.22
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.11 0.00 0.18 0.00 0.17 0.21 0.12 0.04 0.21 0.22 0.12 0.27 0.03 0.01 0.02 0.20 0.19 0.02
C5 0.02 0.01 0.04 0.38 0.01 0.18 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.38 0.15 0.01 0.25 0.41 0.76 0.36
C5' 0.05 0.11 0.20 0.02 0.12 0.00 0.22 0.00 0.23 0.21 0.18 0.06 0.29 0.26 0.09 0.06 0.19 0.01 0.00 0.37 0.35 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.40 0.02 0.17 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.41 0.15 0.03 0.29 0.39 0.92 0.43
C8 0.01 0.02 0.13 0.31 0.00 0.21 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.31 0.18 0.09 0.14 0.44 0.41 0.22
N1 0.03 0.01 0.16 0.36 0.01 0.12 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.36 0.07 0.07 0.25 0.39 0.86 0.38
N3 0.03 0.01 0.24 0.25 0.00 0.04 0.02 0.06 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.20 0.13 0.11 0.11 0.40 0.50 0.18
N6 0.03 0.02 0.04 0.44 0.02 0.21 0.01 0.29 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.45 0.24 0.01 0.36 0.36 1.08 0.54
N7 0.02 0.01 0.09 0.38 0.01 0.22 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.39 0.24 0.06 0.27 0.42 0.74 0.39
N9 0.01 0.01 0.01 0.25 0.00 0.12 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.22 0.04 0.01 0.05 0.42 0.29 0.10
O2' 0.01 0.27 0.01 0.01 0.28 0.27 0.38 0.06 0.41 0.31 0.36 0.20 0.45 0.39 0.22 0.00 0.05 0.22 0.30 0.66 0.20 0.41
O3' 0.27 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.15 0.19 0.15 0.18 0.07 0.13 0.24 0.24 0.04 0.05 0.00 0.18 0.30 0.44 0.36 0.28
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.07 0.11 0.01 0.06 0.01 0.22 0.18 0.00 0.10 0.10 0.18 0.06
O5' 0.17 0.17 0.40 0.07 0.14 0.02 0.25 0.00 0.29 0.14 0.25 0.11 0.36 0.27 0.05 0.30 0.30 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.38 0.39 0.68 0.06 0.41 0.20 0.41 0.37 0.39 0.44 0.39 0.40 0.36 0.42 0.42 0.66 0.44 0.10 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.69 0.23 0.13 0.53 0.19 0.76 0.35 0.92 0.41 0.86 0.50 1.08 0.74 0.29 0.20 0.36 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.27 0.45 0.03 0.22 0.02 0.36 0.02 0.43 0.22 0.38 0.18 0.54 0.39 0.10 0.41 0.28 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.17 0.25 0.06 0.21 0.43 0.38 0.63 0.33 0.45 0.09 0.12 0.44 0.52 0.27 0.35 0.33 0.57 0.62 1.00 0.40 0.55
C2 0.23 0.31 0.43 0.30 0.17 0.54 0.10 0.72 0.15 0.08 0.23 0.31 0.14 0.10 0.10 0.82 0.64 0.47 0.59 0.66 0.69 0.53
C2' 0.16 0.15 0.42 0.17 0.15 0.33 0.42 0.58 0.45 0.43 0.18 0.18 0.66 0.58 0.19 0.61 0.20 0.44 0.60 1.01 0.52 0.58
C3' 0.16 0.15 0.29 0.13 0.23 0.33 0.41 0.51 0.49 0.34 0.36 0.10 0.64 0.46 0.21 0.37 0.34 0.42 0.49 0.92 0.27 0.46
C4 0.16 0.34 0.26 0.20 0.03 0.54 0.13 0.77 0.11 0.32 0.24 0.28 0.16 0.31 0.14 0.46 0.50 0.58 0.72 0.98 0.62 0.64
C4' 0.36 0.38 0.11 0.18 0.50 0.52 0.67 0.69 0.73 0.61 0.59 0.35 0.84 0.72 0.48 0.24 0.52 0.65 0.71 1.20 0.35 0.64
C5 0.22 0.43 0.25 0.29 0.15 0.63 0.07 0.90 0.23 0.29 0.39 0.35 0.22 0.22 0.14 0.37 0.55 0.60 0.86 1.15 0.76 0.77
C5' 0.38 0.35 0.21 0.21 0.50 0.52 0.69 0.70 0.76 0.64 0.58 0.33 0.94 0.76 0.50 0.36 0.50 0.62 0.75 1.32 0.33 0.68
C6 0.28 0.43 0.31 0.40 0.27 0.71 0.23 0.98 0.33 0.07 0.42 0.39 0.32 0.08 0.17 0.47 0.65 0.56 0.88 1.04 0.91 0.78
C8 0.23 0.38 0.16 0.17 0.09 0.55 0.26 0.80 0.12 0.52 0.31 0.22 0.23 0.55 0.28 0.25 0.41 0.59 0.83 1.30 0.56 0.75
N1 0.31 0.38 0.36 0.40 0.27 0.66 0.22 0.87 0.27 0.06 0.34 0.37 0.26 0.13 0.19 0.69 0.70 0.48 0.71 0.77 0.85 0.63
N3 0.15 0.26 0.39 0.20 0.04 0.49 0.11 0.68 0.10 0.22 0.16 0.24 0.16 0.23 0.08 0.70 0.53 0.53 0.60 0.75 0.59 0.54
N6 0.32 0.46 0.38 0.49 0.33 0.77 0.35 1.11 0.44 0.11 0.49 0.40 0.46 0.20 0.24 0.40 0.68 0.51 1.01 1.19 1.14 0.93
N7 0.25 0.44 0.25 0.27 0.09 0.62 0.07 0.90 0.23 0.45 0.43 0.30 0.24 0.40 0.23 0.30 0.48 0.59 0.92 1.37 0.72 0.84
N9 0.18 0.31 0.19 0.13 0.11 0.50 0.29 0.73 0.18 0.45 0.18 0.20 0.28 0.49 0.25 0.32 0.41 0.59 0.72 1.09 0.52 0.64
O2' 0.18 0.32 0.43 0.11 0.18 0.51 0.39 0.80 0.31 0.54 0.08 0.27 0.49 0.62 0.28 0.69 0.25 0.65 0.79 1.12 0.79 0.76
O3' 0.43 0.59 0.16 0.37 0.58 0.69 0.68 0.83 0.74 0.61 0.70 0.52 0.79 0.68 0.54 0.23 0.80 0.76 0.80 1.14 0.54 0.70
O4' 0.43 0.25 0.13 0.22 0.52 0.59 0.67 0.76 0.64 0.68 0.42 0.31 0.68 0.74 0.54 0.26 0.54 0.74 0.77 1.22 0.39 0.68
O5' 0.29 0.20 0.18 0.17 0.38 0.48 0.59 0.69 0.63 0.57 0.40 0.20 0.84 0.70 0.40 0.30 0.44 0.54 0.73 1.33 0.39 0.69
OP1 0.67 0.21 0.59 0.60 0.61 0.99 0.80 1.29 0.64 1.02 0.31 0.34 0.80 1.08 0.77 0.65 0.80 1.01 1.34 2.03 1.05 1.30
OP2 0.25 0.26 0.24 0.21 0.26 0.27 0.46 0.37 0.63 0.34 0.50 0.16 0.97 0.49 0.25 0.38 0.27 0.29 0.42 1.18 0.17 0.49
P 0.20 0.05 0.17 0.12 0.19 0.34 0.36 0.54 0.37 0.40 0.17 0.07 0.59 0.50 0.24 0.28 0.27 0.38 0.58 1.26 0.23 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.29 0.01 0.20 0.35 0.05 0.17
C2 0.03 0.00 0.32 0.36 0.01 0.09 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.16 0.11 0.17 0.44 0.57 0.22
C2' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.16 0.03 0.06 0.18 0.13 0.16 0.24 0.33 0.08 0.09 0.01 0.00 0.03 0.01 0.40 0.64 0.25 0.47
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.31 0.00 0.36 0.01 0.40 0.24 0.41 0.31 0.41 0.32 0.22 0.02 0.01 0.02 0.09 0.25 0.14 0.07
C4 0.01 0.01 0.16 0.31 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.09 0.06 0.15 0.47 0.47 0.20
C4' 0.00 0.09 0.03 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.12 0.11 0.11 0.08 0.12 0.13 0.07 0.30 0.01 0.00 0.01 0.22 0.18 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.36 0.00 0.11 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.31 0.14 0.02 0.16 0.53 0.64 0.24
C5' 0.08 0.07 0.18 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.04 0.07 0.06 0.07 0.07 0.02 0.13 0.22 0.02 0.01 0.36 0.36 0.01
C6 0.01 0.00 0.13 0.40 0.01 0.12 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.31 0.18 0.05 0.18 0.53 0.75 0.27
C8 0.01 0.01 0.16 0.24 0.00 0.11 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.31 0.09 0.08 0.16 0.56 0.40 0.19
N1 0.02 0.01 0.24 0.41 0.01 0.11 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.18 0.08 0.18 0.49 0.70 0.26
N3 0.03 0.00 0.33 0.31 0.01 0.08 0.00 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.16 0.11 0.16 0.42 0.44 0.19
N6 0.02 0.01 0.08 0.41 0.01 0.12 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.37 0.23 0.04 0.18 0.57 0.84 0.29
N7 0.01 0.01 0.09 0.32 0.01 0.13 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.36 0.17 0.05 0.16 0.59 0.64 0.25
N9 0.00 0.02 0.01 0.22 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.21 0.06 0.01 0.16 0.46 0.29 0.17
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.21 0.30 0.31 0.13 0.31 0.31 0.24 0.13 0.37 0.36 0.21 0.00 0.04 0.20 0.25 0.58 0.20 0.38
O3' 0.29 0.16 0.03 0.01 0.09 0.01 0.14 0.22 0.18 0.09 0.18 0.16 0.23 0.17 0.06 0.04 0.00 0.21 0.31 0.62 0.33 0.26
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.02 0.05 0.08 0.08 0.11 0.04 0.05 0.01 0.20 0.21 0.00 0.13 0.14 0.04 0.14
O5' 0.20 0.17 0.40 0.09 0.15 0.01 0.16 0.01 0.18 0.16 0.18 0.16 0.18 0.16 0.16 0.25 0.31 0.13 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.35 0.44 0.64 0.25 0.47 0.22 0.53 0.36 0.53 0.56 0.49 0.42 0.57 0.59 0.46 0.58 0.62 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.57 0.25 0.14 0.47 0.18 0.64 0.36 0.75 0.40 0.70 0.44 0.84 0.64 0.29 0.20 0.33 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.22 0.47 0.07 0.20 0.04 0.24 0.01 0.27 0.19 0.26 0.19 0.29 0.25 0.17 0.38 0.26 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00