Doublet Group distance statistics: 52750

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N1	A	0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C6	A	0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N9	A	0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.019
C2	A	0, 0.007, 0.026, 0.046, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N3	A	0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.021
C8	A	0, 0.001, 0.030, 0.058, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.030 std_dev=0.028
N7	A	0, 0.002, 0.031, 0.060, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.031 std_dev=0.029
N6	A	0, 0.010, 0.054, 0.097, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.054 std_dev=0.043
O4'	A	0, 0.055, 0.453, 0.850, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.453 std_dev=0.397
C6	B	0, 0.238, 0.646, 1.053, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.646 std_dev=0.407
N6	B	0, 0.233, 0.656, 1.079, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.656 std_dev=0.423
N1	B	0, 0.243, 0.669, 1.095, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.669 std_dev=0.426
C5	B	0, 0.259, 0.711, 1.164, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.711 std_dev=0.452
C4	B	0, 0.282, 0.751, 1.221, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.751 std_dev=0.469
O4'	B	0, 0.331, 0.801, 1.271, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.801 std_dev=0.470
N9	B	0, 0.304, 0.793, 1.283, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.793 std_dev=0.490
C2'	A	0, 0.034, 0.531, 1.028, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.531 std_dev=0.497
C2	B	0, 0.267, 0.774, 1.282, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.774 std_dev=0.508
N3	B	0, 0.295, 0.821, 1.347, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.821 std_dev=0.526
C4'	A	0, 0.039, 0.569, 1.100, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.569 std_dev=0.531
C8	B	0, 0.294, 0.827, 1.360, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.827 std_dev=0.533
C1'	B	0, 0.334, 0.870, 1.405, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.870 std_dev=0.535
N7	B	0, 0.271, 0.807, 1.342, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.807 std_dev=0.535
C3'	A	0, 0.028, 0.566, 1.105, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.566 std_dev=0.539
C4'	B	0, 0.404, 0.990, 1.576, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.990 std_dev=0.586
C5'	B	0, 0.300, 0.952, 1.605, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.952 std_dev=0.652
O5'	B	0, 0.284, 0.937, 1.589, 1.803 max_d=1.803 avg_d=0.937 std_dev=0.653
O5'	A	0, 0.317, 1.003, 1.689, 1.922 max_d=1.922 avg_d=1.003 std_dev=0.686
O3'	A	0, -0.087, 0.603, 1.292, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.603 std_dev=0.690
C2'	B	0, 0.462, 1.161, 1.860, 1.844 max_d=1.844 avg_d=1.161 std_dev=0.699
C3'	B	0, 0.491, 1.197, 1.904, 1.777 max_d=1.777 avg_d=1.197 std_dev=0.707
OP2	A	0, 0.553, 1.330, 2.106, 1.887 max_d=1.887 avg_d=1.330 std_dev=0.776
P	B	0, 0.143, 0.923, 1.704, 2.128 max_d=2.128 avg_d=0.923 std_dev=0.781
C5'	A	0, 0.180, 0.962, 1.744, 2.178 max_d=2.178 avg_d=0.962 std_dev=0.782
O2'	B	0, 0.418, 1.224, 2.031, 2.128 max_d=2.128 avg_d=1.224 std_dev=0.807
OP2	B	0, 0.278, 1.094, 1.909, 2.262 max_d=2.262 avg_d=1.094 std_dev=0.815
O2'	A	0, 0.043, 0.878, 1.713, 2.246 max_d=2.246 avg_d=0.878 std_dev=0.835
P	A	0, 0.488, 1.345, 2.202, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.345 std_dev=0.857
O3'	B	0, 0.588, 1.449, 2.309, 2.134 max_d=2.134 avg_d=1.449 std_dev=0.860
OP1	B	0, 0.078, 1.098, 2.119, 2.728 max_d=2.728 avg_d=1.098 std_dev=1.020
OP1	A	0, 0.497, 1.766, 3.034, 3.576 max_d=3.576 avg_d=1.766 std_dev=1.269

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.08	0.01	0.02	0.03	0.03	0.02	0.02	0.00	0.02	0.23	0.01	0.01	0.02	0.11	0.07
C2	0.03	0.00	0.31	0.17	0.01	0.09	0.01	0.14	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.53	0.17	0.14	0.22	0.10	0.14	0.10
C2'	0.00	0.31	0.00	0.00	0.16	0.02	0.08	0.15	0.13	0.12	0.23	0.31	0.10	0.06	0.01	0.00	0.02	0.02	0.28	0.18	0.51	0.36
C3'	0.00	0.17	0.00	0.00	0.16	0.01	0.18	0.01	0.20	0.14	0.19	0.14	0.20	0.18	0.12	0.00	0.00	0.04	0.10	0.02	0.16	0.10
C4	0.01	0.01	0.16	0.16	0.00	0.05	0.00	0.13	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.35	0.03	0.07	0.14	0.03	0.04	0.05
C4'	0.01	0.09	0.02	0.01	0.05	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.07	0.08	0.03	0.01	0.01	0.27	0.01	0.00	0.01	0.06	0.03	0.01
C5	0.00	0.01	0.08	0.18	0.00	0.03	0.00	0.16	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.33	0.04	0.01	0.14	0.04	0.06	0.06
C5'	0.08	0.14	0.15	0.01	0.13	0.00	0.16	0.00	0.17	0.15	0.16	0.12	0.19	0.16	0.12	0.13	0.20	0.02	0.00	0.09	0.03	0.00
C6	0.01	0.01	0.13	0.20	0.00	0.04	0.01	0.17	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.42	0.11	0.04	0.18	0.07	0.12	0.08
C8	0.02	0.02	0.12	0.14	0.01	0.01	0.01	0.15	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.00	0.00	0.08	0.12	0.08	0.08	0.03	0.03	0.06
N1	0.03	0.00	0.23	0.19	0.01	0.07	0.01	0.16	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.51	0.16	0.09	0.21	0.10	0.15	0.10
N3	0.03	0.00	0.31	0.14	0.00	0.08	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.47	0.11	0.16	0.19	0.07	0.07	0.07
N6	0.02	0.01	0.10	0.20	0.01	0.03	0.02	0.19	0.00	0.04	0.01	0.01	0.00	0.04	0.02	0.40	0.10	0.02	0.18	0.08	0.13	0.09
N7	0.02	0.01	0.06	0.18	0.01	0.01	0.00	0.16	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.00	0.01	0.17	0.04	0.05	0.12	0.04	0.04	0.06
N9	0.00	0.01	0.01	0.12	0.00	0.01	0.00	0.12	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.15	0.09	0.02	0.08	0.01	0.04	0.05
O2'	0.02	0.53	0.00	0.00	0.35	0.27	0.33	0.13	0.42	0.08	0.51	0.47	0.40	0.17	0.15	0.00	0.03	0.14	0.17	0.01	0.55	0.26
O3'	0.23	0.17	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.20	0.11	0.12	0.16	0.11	0.10	0.04	0.09	0.03	0.00	0.13	0.11	0.38	0.10	0.18
O4'	0.01	0.14	0.02	0.04	0.07	0.00	0.01	0.02	0.04	0.08	0.09	0.16	0.02	0.05	0.02	0.14	0.13	0.00	0.17	0.13	0.14	0.12
O5'	0.01	0.22	0.28	0.10	0.14	0.01	0.14	0.00	0.18	0.08	0.21	0.19	0.18	0.12	0.08	0.17	0.11	0.17	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.02	0.10	0.18	0.02	0.03	0.06	0.04	0.09	0.07	0.03	0.10	0.07	0.08	0.04	0.01	0.01	0.38	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.11	0.14	0.51	0.16	0.04	0.03	0.06	0.03	0.12	0.03	0.15	0.07	0.13	0.04	0.04	0.55	0.10	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.07	0.10	0.36	0.10	0.05	0.01	0.06	0.00	0.08	0.06	0.10	0.07	0.09	0.06	0.05	0.26	0.18	0.12	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.24	0.36	0.29	0.35	0.27	0.37	0.20	0.41	0.23	0.08	0.31	0.34	0.18	0.07	0.20	0.25	0.37	0.31	0.24	0.24	0.24	0.24
C2	0.17	0.11	0.20	0.21	0.14	0.11	0.20	0.10	0.10	0.35	0.08	0.11	0.15	0.37	0.22	0.18	0.22	0.12	0.31	0.28	0.40	0.30
C2'	0.15	0.19	0.07	0.04	0.10	0.15	0.19	0.11	0.26	0.04	0.26	0.11	0.30	0.15	0.03	0.18	0.04	0.22	0.05	0.00	0.33	0.09
C3'	0.21	0.11	0.14	0.10	0.19	0.10	0.23	0.05	0.19	0.37	0.14	0.12	0.22	0.34	0.25	0.17	0.07	0.19	0.13	0.03	0.09	0.00
C4	0.11	0.26	0.10	0.07	0.11	0.13	0.04	0.12	0.11	0.19	0.23	0.22	0.07	0.17	0.10	0.11	0.07	0.14	0.12	0.08	0.16	0.11
C4'	0.05	0.17	0.03	0.05	0.03	0.09	0.10	0.13	0.08	0.27	0.13	0.13	0.14	0.26	0.09	0.03	0.08	0.06	0.05	0.02	0.02	0.02
C5	0.10	0.26	0.10	0.07	0.08	0.10	0.04	0.08	0.08	0.21	0.23	0.20	0.07	0.20	0.11	0.12	0.07	0.12	0.17	0.12	0.22	0.14
C5'	0.05	0.25	0.03	0.05	0.05	0.01	0.06	0.03	0.09	0.27	0.21	0.19	0.11	0.25	0.08	0.04	0.06	0.05	0.19	0.22	0.23	0.23
C6	0.16	0.14	0.19	0.18	0.12	0.07	0.18	0.02	0.08	0.30	0.09	0.11	0.15	0.32	0.20	0.17	0.18	0.09	0.28	0.23	0.35	0.25
C8	0.23	0.44	0.23	0.25	0.29	0.32	0.20	0.31	0.25	0.07	0.37	0.42	0.19	0.06	0.18	0.24	0.28	0.30	0.10	0.11	0.04	0.09
N1	0.19	0.09	0.23	0.25	0.17	0.11	0.25	0.09	0.16	0.36	0.04	0.10	0.23	0.39	0.24	0.20	0.26	0.10	0.33	0.30	0.43	0.32
N3	0.13	0.18	0.14	0.12	0.10	0.10	0.10	0.09	0.06	0.27	0.15	0.15	0.06	0.27	0.15	0.13	0.12	0.12	0.20	0.18	0.26	0.20
N6	0.18	0.13	0.23	0.22	0.16	0.09	0.22	0.03	0.15	0.29	0.07	0.13	0.21	0.31	0.21	0.20	0.23	0.10	0.29	0.24	0.37	0.26
N7	0.14	0.41	0.13	0.12	0.19	0.20	0.11	0.18	0.19	0.12	0.34	0.34	0.14	0.09	0.10	0.17	0.14	0.19	0.10	0.05	0.12	0.06
N9	0.17	0.35	0.19	0.20	0.22	0.27	0.14	0.27	0.20	0.07	0.30	0.33	0.14	0.03	0.13	0.18	0.23	0.25	0.05	0.08	0.02	0.06
O2'	0.42	0.70	0.53	0.55	0.74	0.22	0.86	0.15	0.86	0.84	0.80	0.64	0.90	0.92	0.69	0.28	0.46	0.21	0.50	0.15	0.79	0.42
O3'	0.03	0.08	0.05	0.07	0.05	0.08	0.13	0.11	0.12	0.25	0.08	0.07	0.19	0.26	0.09	0.03	0.09	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00
O4'	0.18	0.31	0.21	0.25	0.15	0.33	0.04	0.36	0.10	0.15	0.22	0.29	0.11	0.18	0.07	0.23	0.29	0.27	0.10	0.14	0.01	0.09
O5'	0.15	0.08	0.12	0.12	0.16	0.05	0.26	0.04	0.23	0.38	0.13	0.06	0.31	0.41	0.22	0.12	0.11	0.09	0.18	0.11	0.19	0.16
OP1	0.28	0.09	0.31	0.37	0.23	0.29	0.31	0.31	0.24	0.49	0.13	0.10	0.31	0.49	0.33	0.31	0.42	0.24	0.45	0.51	0.53	0.49
OP2	0.05	0.08	0.05	0.09	0.07	0.02	0.15	0.06	0.15	0.22	0.10	0.05	0.23	0.26	0.10	0.05	0.13	0.03	0.16	0.17	0.21	0.17
P	0.10	0.10	0.10	0.14	0.07	0.06	0.15	0.08	0.12	0.30	0.09	0.06	0.19	0.32	0.15	0.10	0.17	0.06	0.23	0.25	0.30	0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.10	0.12	0.09	0.08
C2	0.01	0.00	0.17	0.17	0.01	0.04	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.21	0.13	0.18	0.17	0.24	0.15
C2'	0.00	0.17	0.00	0.00	0.10	0.01	0.06	0.01	0.10	0.06	0.14	0.16	0.09	0.02	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.07	0.03	0.02
C3'	0.01	0.17	0.00	0.00	0.14	0.00	0.15	0.01	0.18	0.08	0.18	0.14	0.19	0.12	0.08	0.01	0.00	0.01	0.03	0.06	0.04	0.02
C4	0.01	0.01	0.10	0.14	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.04	0.15	0.07	0.20	0.20	0.23	0.17
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.05	0.10	0.04	0.04	0.07	0.09	0.04	0.04	0.00	0.00	0.01	0.08	0.02	0.01
C5	0.01	0.01	0.06	0.15	0.00	0.06	0.00	0.11	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.17	0.04	0.27	0.28	0.32	0.26
C5'	0.01	0.08	0.01	0.01	0.06	0.00	0.11	0.00	0.10	0.18	0.08	0.07	0.14	0.17	0.08	0.04	0.01	0.01	0.00	0.09	0.01	0.00
C6	0.01	0.01	0.10	0.18	0.01	0.05	0.00	0.10	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.05	0.21	0.06	0.26	0.28	0.35	0.26
C8	0.01	0.01	0.06	0.08	0.01	0.10	0.01	0.18	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.06	0.08	0.08	0.31	0.32	0.30	0.30
N1	0.01	0.01	0.14	0.18	0.01	0.04	0.01	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.22	0.11	0.22	0.22	0.30	0.20
N3	0.01	0.00	0.16	0.14	0.00	0.04	0.01	0.07	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.10	0.16	0.13	0.15	0.14	0.19	0.11
N6	0.01	0.01	0.09	0.19	0.01	0.07	0.01	0.14	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.24	0.04	0.31	0.35	0.41	0.32
N7	0.01	0.01	0.02	0.12	0.00	0.09	0.00	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.13	0.04	0.32	0.35	0.38	0.34
N9	0.01	0.01	0.01	0.08	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.08	0.01	0.20	0.20	0.20	0.18
O2'	0.01	0.10	0.00	0.01	0.04	0.04	0.03	0.04	0.05	0.06	0.08	0.10	0.04	0.04	0.02	0.00	0.03	0.03	0.02	0.08	0.04	0.02
O3'	0.01	0.21	0.00	0.00	0.15	0.00	0.17	0.01	0.21	0.08	0.22	0.16	0.24	0.13	0.08	0.03	0.00	0.01	0.07	0.06	0.04	0.04
O4'	0.00	0.13	0.01	0.01	0.07	0.00	0.04	0.01	0.06	0.08	0.11	0.13	0.04	0.04	0.01	0.03	0.01	0.00	0.11	0.12	0.07	0.08
O5'	0.10	0.18	0.02	0.03	0.20	0.01	0.27	0.00	0.26	0.31	0.22	0.15	0.31	0.32	0.20	0.02	0.07	0.11	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.12	0.17	0.07	0.06	0.20	0.08	0.28	0.09	0.28	0.32	0.22	0.14	0.35	0.35	0.20	0.08	0.06	0.12	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.09	0.24	0.03	0.04	0.23	0.02	0.32	0.01	0.35	0.30	0.30	0.19	0.41	0.38	0.20	0.04	0.04	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.08	0.15	0.02	0.02	0.17	0.01	0.26	0.00	0.26	0.30	0.20	0.11	0.32	0.34	0.18	0.02	0.04	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00