Doublet Group distance statistics: 52752

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6	A	0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1'	A	0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3	A	0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1	A	0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C5	A	0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.010, 0.026, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.017
N9	A	0, 0.008, 0.030, 0.052, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.022
N6	A	0, 0.015, 0.039, 0.064, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.039 std_dev=0.025
N7	A	0, 0.011, 0.044, 0.077, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.033
C8	A	0, 0.015, 0.056, 0.097, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.056 std_dev=0.041
C2'	A	0, 0.035, 0.102, 0.169, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.102 std_dev=0.067
O4'	A	0, 0.025, 0.110, 0.196, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.110 std_dev=0.086
O2'	A	0, 0.065, 0.209, 0.353, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.209 std_dev=0.144
C3'	A	0, 0.024, 0.261, 0.498, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.261 std_dev=0.237
O3'	A	0, 0.072, 0.323, 0.575, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.323 std_dev=0.251
C1'	B	0, 0.115, 0.384, 0.653, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.384 std_dev=0.269
O2'	B	0, 0.137, 0.427, 0.718, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.427 std_dev=0.290
O4'	B	0, 0.159, 0.458, 0.758, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.458 std_dev=0.300
P	A	0, 0.151, 0.454, 0.757, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.454 std_dev=0.303
C4'	A	0, -0.018, 0.292, 0.602, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.292 std_dev=0.310
N9	B	0, 0.103, 0.431, 0.760, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.431 std_dev=0.329
C4	B	0, 0.067, 0.401, 0.736, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.401 std_dev=0.335
C2'	B	0, 0.119, 0.460, 0.802, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.460 std_dev=0.341
C4'	B	0, 0.197, 0.556, 0.915, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.556 std_dev=0.359
C5	B	0, 0.104, 0.463, 0.822, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.463 std_dev=0.359
C6	B	0, 0.095, 0.456, 0.818, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.456 std_dev=0.361
N3	B	0, 0.032, 0.401, 0.771, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.401 std_dev=0.370
N1	B	0, 0.055, 0.428, 0.801, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.428 std_dev=0.373
C2	B	0, 0.039, 0.428, 0.817, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.428 std_dev=0.389
C8	B	0, 0.145, 0.535, 0.924, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.535 std_dev=0.389
N6	B	0, 0.127, 0.521, 0.914, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.521 std_dev=0.393
C3'	B	0, 0.174, 0.571, 0.968, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.571 std_dev=0.397
N7	B	0, 0.151, 0.564, 0.978, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.564 std_dev=0.413
O3'	B	0, 0.215, 0.641, 1.068, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.641 std_dev=0.427
C5'	B	0, 0.220, 0.687, 1.153, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.687 std_dev=0.466
O5'	A	0, 0.096, 0.673, 1.249, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.673 std_dev=0.577
C5'	A	0, -0.068, 0.563, 1.193, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.563 std_dev=0.630
P	B	0, 0.083, 0.726, 1.369, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.726 std_dev=0.643
OP1	B	0, 0.100, 0.865, 1.629, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.865 std_dev=0.764
O5'	B	0, 0.117, 0.924, 1.731, 2.089 max_d=2.089 avg_d=0.924 std_dev=0.807
OP2	B	0, 0.148, 1.216, 2.284, 2.483 max_d=2.483 avg_d=1.216 std_dev=1.068
OP2	A	0, 0.474, 1.635, 2.797, 2.890 max_d=2.890 avg_d=1.635 std_dev=1.162
OP1	A	0, 0.380, 1.620, 2.860, 2.853 max_d=2.853 avg_d=1.620 std_dev=1.240

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.18	0.25	0.53	0.22
C2	0.01	0.00	0.07	0.19	0.01	0.14	0.01	0.41	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.15	0.16	0.01	0.09	0.44	0.80	0.18
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.05	0.01	0.05	0.07	0.07	0.01	0.08	0.07	0.07	0.03	0.02	0.00	0.00	0.02	0.15	0.19	0.69	0.26
C3'	0.00	0.19	0.00	0.00	0.16	0.01	0.19	0.04	0.23	0.10	0.22	0.15	0.25	0.16	0.10	0.02	0.01	0.01	0.14	0.31	0.65	0.27
C4	0.00	0.01	0.05	0.16	0.00	0.14	0.00	0.41	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.09	0.13	0.01	0.06	0.49	0.71	0.19
C4'	0.00	0.14	0.01	0.01	0.14	0.00	0.20	0.01	0.22	0.17	0.18	0.10	0.25	0.21	0.12	0.04	0.02	0.00	0.04	0.11	0.27	0.08
C5	0.01	0.01	0.05	0.19	0.00	0.20	0.00	0.52	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.17	0.01	0.03	0.67	0.69	0.19
C5'	0.13	0.41	0.07	0.04	0.41	0.01	0.52	0.00	0.55	0.47	0.49	0.34	0.60	0.55	0.36	0.04	0.08	0.05	0.02	0.13	0.06	0.02
C6	0.01	0.00	0.07	0.23	0.00	0.22	0.00	0.55	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.21	0.01	0.09	0.69	0.73	0.18
C8	0.01	0.01	0.01	0.10	0.00	0.17	0.00	0.47	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.09	0.01	0.15	0.67	0.55	0.21
N1	0.01	0.00	0.08	0.22	0.01	0.18	0.01	0.49	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.13	0.20	0.01	0.10	0.58	0.79	0.18
N3	0.00	0.00	0.07	0.15	0.00	0.10	0.00	0.34	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.15	0.13	0.01	0.09	0.37	0.76	0.20
N6	0.01	0.00	0.07	0.25	0.01	0.25	0.01	0.60	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.09	0.24	0.01	0.13	0.82	0.68	0.21
N7	0.01	0.01	0.03	0.16	0.00	0.21	0.00	0.55	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.15	0.01	0.08	0.79	0.60	0.20
N9	0.00	0.01	0.02	0.10	0.00	0.12	0.00	0.36	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.08	0.01	0.12	0.45	0.62	0.21
O2'	0.01	0.15	0.00	0.02	0.09	0.04	0.07	0.04	0.10	0.00	0.13	0.15	0.09	0.03	0.03	0.00	0.03	0.11	0.07	0.22	0.57	0.19
O3'	0.01	0.16	0.00	0.01	0.13	0.02	0.17	0.08	0.21	0.09	0.20	0.13	0.24	0.15	0.08	0.03	0.00	0.04	0.20	0.58	0.61	0.28
O4'	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.11	0.04	0.00	0.21	0.25	0.28	0.17
O5'	0.18	0.09	0.15	0.14	0.06	0.04	0.03	0.02	0.09	0.15	0.10	0.09	0.13	0.08	0.12	0.07	0.20	0.21	0.00	0.03	0.02	0.00
OP1	0.25	0.44	0.19	0.31	0.49	0.11	0.67	0.13	0.69	0.67	0.58	0.37	0.82	0.79	0.45	0.22	0.58	0.25	0.03	0.00	0.01	0.00
OP2	0.53	0.80	0.69	0.65	0.71	0.27	0.69	0.06	0.73	0.55	0.79	0.76	0.68	0.60	0.62	0.57	0.61	0.28	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.22	0.18	0.26	0.27	0.19	0.08	0.19	0.02	0.18	0.21	0.18	0.20	0.21	0.20	0.21	0.19	0.28	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.19	0.22	0.19	0.14	0.20	0.20	0.24	0.21	0.27	0.19	0.25	0.19	0.31	0.24	0.18	0.17	0.14	0.22	0.19	0.25	0.28	0.04
C2	0.26	0.11	0.23	0.22	0.19	0.27	0.14	0.28	0.05	0.22	0.04	0.18	0.13	0.17	0.23	0.27	0.22	0.28	0.13	0.13	0.45	0.22
C2'	0.20	0.24	0.20	0.15	0.22	0.20	0.25	0.21	0.29	0.20	0.28	0.22	0.34	0.24	0.20	0.20	0.15	0.22	0.20	0.26	0.31	0.04
C3'	0.12	0.28	0.14	0.10	0.22	0.14	0.27	0.16	0.33	0.19	0.33	0.23	0.37	0.26	0.17	0.10	0.10	0.13	0.25	0.27	0.25	0.03
C4	0.21	0.15	0.19	0.16	0.13	0.23	0.13	0.22	0.20	0.14	0.20	0.13	0.25	0.10	0.16	0.21	0.17	0.24	0.12	0.16	0.31	0.11
C4'	0.10	0.27	0.12	0.09	0.22	0.10	0.27	0.13	0.30	0.20	0.30	0.23	0.32	0.26	0.18	0.08	0.08	0.08	0.28	0.28	0.23	0.05
C5	0.23	0.12	0.21	0.19	0.08	0.25	0.09	0.23	0.18	0.13	0.19	0.08	0.22	0.07	0.16	0.23	0.21	0.26	0.12	0.14	0.23	0.10
C5'	0.37	0.58	0.36	0.29	0.52	0.21	0.52	0.15	0.55	0.42	0.58	0.55	0.51	0.47	0.45	0.37	0.26	0.27	0.51	0.31	0.20	0.21
C6	0.28	0.02	0.27	0.26	0.15	0.29	0.09	0.27	0.12	0.19	0.13	0.12	0.17	0.12	0.23	0.30	0.28	0.29	0.10	0.13	0.30	0.17
C8	0.17	0.22	0.16	0.14	0.20	0.19	0.26	0.18	0.29	0.21	0.27	0.19	0.30	0.26	0.18	0.14	0.15	0.19	0.30	0.25	0.10	0.07
N1	0.29	0.10	0.27	0.26	0.21	0.29	0.17	0.29	0.12	0.23	0.08	0.20	0.17	0.19	0.26	0.31	0.27	0.30	0.14	0.13	0.40	0.23
N3	0.22	0.14	0.19	0.17	0.15	0.24	0.10	0.24	0.13	0.17	0.15	0.15	0.19	0.11	0.19	0.23	0.17	0.25	0.10	0.14	0.42	0.17
N6	0.32	0.11	0.33	0.31	0.18	0.32	0.13	0.29	0.14	0.20	0.16	0.17	0.18	0.13	0.25	0.37	0.34	0.30	0.11	0.15	0.25	0.18
N7	0.18	0.19	0.17	0.16	0.14	0.21	0.19	0.20	0.24	0.13	0.24	0.13	0.26	0.16	0.13	0.18	0.19	0.22	0.23	0.18	0.10	0.03
N9	0.18	0.20	0.18	0.14	0.18	0.20	0.23	0.20	0.27	0.18	0.25	0.17	0.30	0.22	0.17	0.17	0.15	0.21	0.20	0.22	0.22	0.03
O2'	0.23	0.31	0.24	0.17	0.26	0.21	0.28	0.20	0.33	0.21	0.33	0.28	0.36	0.25	0.23	0.24	0.16	0.23	0.14	0.23	0.41	0.08
O3'	0.13	0.26	0.16	0.11	0.22	0.13	0.27	0.15	0.31	0.20	0.30	0.22	0.35	0.26	0.18	0.12	0.11	0.13	0.27	0.31	0.25	0.04
O4'	0.16	0.19	0.16	0.14	0.17	0.21	0.22	0.22	0.25	0.18	0.23	0.16	0.28	0.24	0.16	0.14	0.14	0.21	0.21	0.26	0.24	0.04
O5'	0.19	0.12	0.20	0.25	0.06	0.33	0.12	0.34	0.17	0.12	0.17	0.07	0.22	0.13	0.10	0.24	0.28	0.28	0.10	0.06	0.31	0.20
OP1	1.14	0.93	1.15	1.16	1.02	1.17	0.92	1.15	0.83	1.06	0.85	1.01	0.71	0.94	1.09	1.10	1.17	1.17	1.37	1.19	0.91	1.00
OP2	0.30	0.50	0.28	0.18	0.35	0.20	0.32	0.20	0.40	0.15	0.48	0.44	0.38	0.18	0.26	0.35	0.20	0.23	0.47	0.66	0.25	0.32
P	0.34	0.26	0.34	0.34	0.30	0.36	0.30	0.36	0.26	0.36	0.25	0.28	0.25	0.33	0.34	0.27	0.35	0.35	0.58	0.55	0.23	0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.03	0.05	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.00	0.08	0.10	0.12	0.03
C2	0.04	0.00	0.06	0.03	0.00	0.02	0.01	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.13	0.04	0.03	0.11	0.15	0.16	0.05
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.04	0.01	0.03	0.01	0.04	0.03	0.06	0.06	0.04	0.03	0.02	0.01	0.01	0.01	0.11	0.15	0.14	0.03
C3'	0.01	0.03	0.00	0.00	0.02	0.00	0.04	0.02	0.04	0.05	0.03	0.03	0.05	0.05	0.02	0.02	0.00	0.01	0.18	0.20	0.20	0.04
C4	0.02	0.00	0.04	0.02	0.00	0.01	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.07	0.02	0.01	0.09	0.14	0.14	0.02
C4'	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.04	0.01	0.04	0.06	0.02	0.03	0.06	0.06	0.02	0.08	0.01	0.00	0.02	0.23	0.25	0.01
C5	0.01	0.01	0.03	0.04	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.06	0.04	0.03	0.09	0.17	0.26	0.05
C5'	0.01	0.04	0.01	0.02	0.03	0.01	0.06	0.00	0.07	0.06	0.05	0.03	0.09	0.08	0.02	0.07	0.02	0.01	0.01	0.27	0.32	0.01
C6	0.01	0.00	0.04	0.04	0.00	0.04	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.08	0.04	0.03	0.10	0.18	0.32	0.08
C8	0.03	0.01	0.03	0.05	0.00	0.06	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.06	0.06	0.10	0.15	0.19	0.06
N1	0.03	0.00	0.06	0.03	0.00	0.02	0.01	0.05	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.11	0.04	0.01	0.11	0.17	0.26	0.07
N3	0.05	0.00	0.06	0.03	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.11	0.04	0.04	0.10	0.13	0.09	0.02
N6	0.01	0.00	0.04	0.05	0.01	0.06	0.01	0.09	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.08	0.06	0.05	0.11	0.19	0.42	0.11
N7	0.02	0.01	0.03	0.05	0.01	0.06	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.06	0.06	0.07	0.18	0.31	0.07
N9	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.09	0.12	0.10	0.03
O2'	0.03	0.13	0.01	0.02	0.07	0.08	0.06	0.07	0.08	0.02	0.11	0.11	0.08	0.02	0.01	0.00	0.01	0.07	0.05	0.16	0.19	0.03
O3'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.02	0.01	0.04	0.02	0.04	0.06	0.04	0.04	0.06	0.06	0.02	0.01	0.00	0.00	0.22	0.27	0.27	0.04
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.01	0.03	0.06	0.01	0.04	0.05	0.06	0.01	0.07	0.00	0.00	0.14	0.12	0.16	0.06
O5'	0.08	0.11	0.11	0.18	0.09	0.02	0.09	0.01	0.10	0.10	0.11	0.10	0.11	0.07	0.09	0.05	0.22	0.14	0.00	0.00	0.02	0.00
OP1	0.10	0.15	0.15	0.20	0.14	0.23	0.17	0.27	0.18	0.15	0.17	0.13	0.19	0.18	0.12	0.16	0.27	0.12	0.00	0.00	0.01	0.01
OP2	0.12	0.16	0.14	0.20	0.14	0.25	0.26	0.32	0.32	0.19	0.26	0.09	0.42	0.31	0.10	0.19	0.27	0.16	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.03	0.05	0.03	0.04	0.02	0.01	0.05	0.01	0.08	0.06	0.07	0.02	0.11	0.07	0.03	0.03	0.04	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00