Doublet Group distance statistics: 52753

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1'	A	0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3	A	0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1	A	0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C8	A	0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N7	A	0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N9	A	0, 0.011, 0.027, 0.042, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N6	A	0, 0.017, 0.045, 0.073, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.045 std_dev=0.028
C4	B	0, 0.104, 0.265, 0.425, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.265 std_dev=0.161
N9	B	0, 0.095, 0.260, 0.425, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.260 std_dev=0.165
N3	B	0, 0.113, 0.297, 0.480, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.297 std_dev=0.184
C8	B	0, 0.108, 0.300, 0.492, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.300 std_dev=0.192
N7	B	0, 0.159, 0.377, 0.595, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.377 std_dev=0.218
C1'	B	0, 0.170, 0.409, 0.648, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.409 std_dev=0.239
C5	B	0, 0.124, 0.368, 0.612, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.368 std_dev=0.244
C2	B	0, 0.108, 0.404, 0.701, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.404 std_dev=0.297
OP1	B	0, 0.224, 0.560, 0.896, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.560 std_dev=0.336
C2'	B	0, 0.185, 0.558, 0.932, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.558 std_dev=0.373
O4'	B	0, 0.269, 0.653, 1.036, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.653 std_dev=0.383
C6	B	0, 0.110, 0.499, 0.887, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.499 std_dev=0.388
N1	B	0, 0.094, 0.515, 0.936, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.515 std_dev=0.421
O2'	B	0, 0.239, 0.689, 1.139, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.689 std_dev=0.450
N6	B	0, 0.197, 0.688, 1.179, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.688 std_dev=0.491
C4'	B	0, 0.272, 0.818, 1.364, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.818 std_dev=0.546
C3'	B	0, 0.175, 0.729, 1.283, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.729 std_dev=0.554
P	B	0, 0.303, 0.906, 1.509, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.906 std_dev=0.603
C5'	B	0, 0.298, 0.925, 1.553, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.925 std_dev=0.628
O5'	B	0, 0.328, 1.005, 1.682, 1.677 max_d=1.677 avg_d=1.005 std_dev=0.677
OP2	B	0, 0.353, 1.111, 1.869, 1.849 max_d=1.849 avg_d=1.111 std_dev=0.758
O3'	B	0, 0.145, 1.046, 1.946, 1.988 max_d=1.988 avg_d=1.046 std_dev=0.901
O4'	A	0, 0.120, 1.292, 2.464, 2.487 max_d=2.487 avg_d=1.292 std_dev=1.172
C2'	A	0, 0.116, 1.344, 2.573, 2.584 max_d=2.584 avg_d=1.344 std_dev=1.228
O2'	A	0, 0.123, 1.545, 2.968, 2.971 max_d=2.971 avg_d=1.545 std_dev=1.422
C4'	A	0, 0.177, 1.841, 3.504, 3.552 max_d=3.552 avg_d=1.841 std_dev=1.664
C3'	A	0, 0.184, 2.078, 3.972, 3.997 max_d=3.997 avg_d=2.078 std_dev=1.894
O3'	A	0, 0.274, 2.909, 5.545, 5.566 max_d=5.566 avg_d=2.909 std_dev=2.636
C5'	A	0, 0.287, 3.243, 6.199, 6.256 max_d=6.256 avg_d=3.243 std_dev=2.956
O5'	A	0, 0.268, 3.737, 7.205, 7.252 max_d=7.252 avg_d=3.737 std_dev=3.469
P	A	0, 0.196, 5.096, 9.995, 10.063 max_d=10.063 avg_d=5.096 std_dev=4.900
OP2	A	0, 0.255, 5.380, 10.505, 10.583 max_d=10.583 avg_d=5.380 std_dev=5.125
OP1	A	0, 0.121, 5.957, 11.793, 11.955 max_d=11.955 avg_d=5.957 std_dev=5.836

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.10	0.09	0.30	0.06
C2	0.02	0.00	0.03	0.69	0.01	0.89	0.01	1.49	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.33	0.65	0.67	1.37	1.82	2.61	1.99
C2'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.03	0.03	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.08	0.25	0.04
C3'	0.01	0.69	0.00	0.00	0.34	0.00	0.16	0.01	0.31	0.32	0.55	0.66	0.22	0.17	0.02	0.00	0.00	0.00	0.02	0.09	0.31	0.05
C4	0.01	0.01	0.01	0.34	0.00	0.42	0.01	0.65	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.16	0.29	0.35	0.50	0.63	1.38	0.87
C4'	0.00	0.89	0.00	0.00	0.42	0.00	0.20	0.01	0.39	0.37	0.69	0.86	0.27	0.20	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.07	0.17	0.06
C5	0.01	0.01	0.01	0.16	0.01	0.20	0.00	0.34	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.08	0.15	0.15	0.19	0.27	1.21	0.60
C5'	0.01	1.49	0.00	0.01	0.65	0.01	0.34	0.00	0.67	0.55	1.17	1.36	0.47	0.31	0.04	0.02	0.01	0.00	0.00	0.09	0.36	0.01
C6	0.02	0.01	0.01	0.31	0.00	0.39	0.00	0.67	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.15	0.30	0.29	0.51	0.73	1.73	1.05
C8	0.01	0.02	0.03	0.32	0.01	0.37	0.01	0.55	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.14	0.28	0.31	0.65	0.75	0.17	0.41
N1	0.02	0.01	0.03	0.55	0.01	0.69	0.01	1.17	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.26	0.52	0.51	1.04	1.45	2.36	1.68
N3	0.02	0.01	0.03	0.66	0.01	0.86	0.02	1.36	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.30	0.59	0.69	1.21	1.50	2.16	1.67
N6	0.02	0.01	0.01	0.22	0.01	0.27	0.01	0.47	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.10	0.21	0.19	0.32	0.49	1.59	0.86
N7	0.00	0.02	0.02	0.17	0.01	0.20	0.00	0.31	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.00	0.00	0.06	0.16	0.17	0.45	0.53	0.51	0.13
N9	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.12	0.09	0.60	0.17
O2'	0.00	0.33	0.00	0.00	0.16	0.02	0.08	0.02	0.15	0.14	0.26	0.30	0.10	0.06	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.06	0.08	0.12
O3'	0.01	0.65	0.00	0.00	0.29	0.01	0.15	0.01	0.30	0.28	0.52	0.59	0.21	0.16	0.02	0.02	0.00	0.01	0.09	0.09	0.15	0.14
O4'	0.00	0.67	0.00	0.00	0.35	0.00	0.15	0.00	0.29	0.31	0.51	0.69	0.19	0.17	0.01	0.02	0.01	0.00	0.11	0.10	0.28	0.07
O5'	0.10	1.37	0.03	0.02	0.50	0.01	0.19	0.00	0.51	0.65	1.04	1.21	0.32	0.45	0.12	0.02	0.09	0.11	0.00	0.00	0.01	0.00
OP1	0.09	1.82	0.08	0.09	0.63	0.07	0.27	0.09	0.73	0.75	1.45	1.50	0.49	0.53	0.09	0.06	0.09	0.10	0.00	0.00	0.01	0.01
OP2	0.30	2.61	0.25	0.31	1.38	0.17	1.21	0.36	1.73	0.17	2.36	2.16	1.59	0.51	0.60	0.08	0.15	0.28	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.06	1.99	0.04	0.05	0.87	0.06	0.60	0.01	1.05	0.41	1.68	1.67	0.86	0.13	0.17	0.12	0.14	0.07	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.09	0.22	0.17	0.37	0.12	0.49	0.11	0.70	0.16	0.08	0.21	0.19	0.15	0.08	0.03	0.16	0.46	0.28	0.17	0.10	0.52	0.22
C2	0.09	0.32	0.11	0.06	0.21	0.21	0.21	0.36	0.28	0.07	0.33	0.27	0.25	0.10	0.11	0.13	0.06	0.19	0.48	0.17	0.27	0.16
C2'	0.70	0.58	0.66	0.59	0.63	0.53	0.58	0.41	0.53	0.65	0.54	0.63	0.47	0.58	0.69	0.66	0.52	0.65	1.12	1.06	1.48	1.29
C3'	0.84	0.98	0.72	0.71	1.08	0.58	1.21	0.63	1.19	1.29	1.09	0.95	1.24	1.33	1.10	0.50	0.53	0.78	1.47	1.52	2.29	1.91
C4	0.10	0.26	0.10	0.23	0.13	0.38	0.11	0.54	0.17	0.12	0.25	0.22	0.16	0.08	0.02	0.12	0.26	0.32	0.36	0.16	0.40	0.13
C4'	0.17	0.72	0.16	0.29	0.68	0.47	0.92	0.51	1.00	0.78	0.90	0.59	1.14	1.00	0.55	0.38	0.55	0.10	0.35	0.52	1.46	0.90
C5	0.14	0.25	0.10	0.21	0.06	0.36	0.05	0.49	0.13	0.18	0.23	0.19	0.12	0.12	0.08	0.11	0.22	0.37	0.36	0.19	0.36	0.13
C5'	0.11	1.01	0.33	0.49	0.95	0.74	1.40	0.66	1.55	1.16	1.35	0.76	1.84	1.57	0.72	0.76	0.89	0.23	0.22	0.48	1.78	0.95
C6	0.10	0.30	0.07	0.10	0.08	0.25	0.06	0.38	0.16	0.15	0.27	0.21	0.14	0.09	0.07	0.10	0.09	0.29	0.43	0.21	0.29	0.14
C8	0.19	0.19	0.21	0.38	0.03	0.52	0.05	0.64	0.09	0.20	0.17	0.14	0.09	0.14	0.11	0.20	0.43	0.45	0.22	0.16	0.45	0.18
N1	0.07	0.34	0.11	0.04	0.17	0.19	0.16	0.33	0.26	0.07	0.35	0.26	0.22	0.05	0.06	0.14	0.05	0.21	0.48	0.20	0.25	0.17
N3	0.09	0.28	0.08	0.15	0.19	0.29	0.17	0.46	0.23	0.06	0.28	0.24	0.21	0.09	0.10	0.11	0.17	0.22	0.42	0.15	0.35	0.12
N6	0.13	0.27	0.07	0.07	0.02	0.22	0.01	0.33	0.11	0.17	0.24	0.15	0.09	0.12	0.12	0.10	0.07	0.29	0.41	0.22	0.26	0.14
N7	0.22	0.19	0.18	0.31	0.02	0.45	0.05	0.55	0.08	0.23	0.17	0.13	0.08	0.16	0.15	0.17	0.33	0.45	0.28	0.19	0.39	0.14
N9	0.11	0.23	0.16	0.34	0.09	0.48	0.08	0.65	0.14	0.14	0.21	0.19	0.13	0.10	0.02	0.15	0.39	0.36	0.25	0.14	0.47	0.17
O2'	0.59	0.36	0.59	0.49	0.39	0.48	0.26	0.33	0.20	0.35	0.26	0.44	0.12	0.22	0.47	0.69	0.47	0.55	1.05	1.02	1.15	1.12
O3'	1.14	1.16	1.11	1.21	1.30	1.12	1.42	1.31	1.37	1.57	1.26	1.15	1.42	1.57	1.36	0.85	1.07	1.17	2.24	2.47	2.95	2.79
O4'	0.39	0.33	0.62	0.89	0.18	1.10	0.36	1.26	0.49	0.11	0.47	0.19	0.60	0.33	0.05	0.73	1.10	0.71	0.52	0.35	0.51	0.10
O5'	0.63	0.55	1.09	1.40	0.40	1.62	0.90	1.63	1.15	0.51	0.95	0.24	1.51	1.03	0.10	1.49	1.87	0.93	0.70	0.44	0.89	0.08
OP1	0.60	0.90	1.17	1.43	0.72	1.61	1.44	1.44	1.79	0.92	1.48	0.46	2.36	1.63	0.33	1.81	2.11	0.85	0.57	0.28	1.26	0.28
OP2	0.07	1.75	0.56	1.12	1.39	1.36	2.00	1.65	2.41	1.24	2.24	1.29	2.87	1.97	0.88	0.98	1.81	0.43	0.99	1.40	0.49	0.55
P	0.39	1.12	0.93	1.33	0.87	1.55	1.49	1.63	1.84	0.91	1.62	0.71	2.31	1.57	0.45	1.42	1.95	0.75	0.79	0.77	0.85	0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.02	0.00	0.00	0.02	0.02	0.03	0.04	0.05	0.01	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.16	0.08	0.46	0.11
C2	0.05	0.00	0.16	0.17	0.01	0.09	0.01	0.05	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.15	0.22	0.02	0.46	0.24	0.15	0.18
C2'	0.00	0.16	0.00	0.00	0.08	0.01	0.04	0.00	0.07	0.06	0.12	0.16	0.05	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.28	0.31	0.23	0.10
C3'	0.01	0.17	0.00	0.00	0.08	0.00	0.04	0.00	0.07	0.09	0.13	0.17	0.05	0.06	0.03	0.01	0.00	0.01	0.37	0.44	0.15	0.22
C4	0.02	0.01	0.08	0.08	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.11	0.01	0.46	0.21	0.23	0.14
C4'	0.00	0.09	0.01	0.00	0.03	0.00	0.03	0.00	0.02	0.10	0.05	0.09	0.04	0.08	0.01	0.05	0.00	0.00	0.01	0.17	0.43	0.08
C5	0.00	0.01	0.04	0.04	0.00	0.03	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.03	0.07	0.04	0.61	0.28	0.15	0.28
C5'	0.02	0.05	0.00	0.00	0.04	0.00	0.09	0.00	0.09	0.15	0.05	0.06	0.13	0.16	0.05	0.05	0.03	0.01	0.01	0.19	0.40	0.02
C6	0.02	0.01	0.07	0.07	0.01	0.02	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.07	0.11	0.03	0.64	0.33	0.17	0.34
C8	0.03	0.02	0.06	0.09	0.01	0.10	0.01	0.15	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.09	0.06	0.58	0.21	0.29	0.18
N1	0.04	0.00	0.12	0.13	0.02	0.05	0.01	0.05	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.12	0.18	0.02	0.57	0.30	0.14	0.28
N3	0.05	0.00	0.16	0.17	0.01	0.09	0.01	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.14	0.21	0.03	0.37	0.18	0.23	0.09
N6	0.01	0.01	0.05	0.05	0.01	0.04	0.00	0.13	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.09	0.05	0.73	0.39	0.27	0.44
N7	0.02	0.02	0.03	0.06	0.00	0.08	0.00	0.16	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.07	0.06	0.69	0.30	0.16	0.33
N9	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.01	0.39	0.15	0.35	0.07
O2'	0.00	0.15	0.00	0.01	0.06	0.05	0.03	0.05	0.07	0.05	0.12	0.14	0.05	0.02	0.00	0.00	0.02	0.02	0.05	0.20	0.34	0.06
O3'	0.00	0.22	0.01	0.00	0.11	0.00	0.07	0.03	0.11	0.09	0.18	0.21	0.09	0.07	0.03	0.02	0.00	0.01	0.32	0.58	0.06	0.29
O4'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.04	0.01	0.03	0.06	0.02	0.03	0.05	0.06	0.01	0.02	0.01	0.00	0.08	0.07	0.63	0.28
O5'	0.16	0.46	0.28	0.37	0.46	0.01	0.61	0.01	0.64	0.58	0.57	0.37	0.73	0.69	0.39	0.05	0.32	0.08	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.08	0.24	0.31	0.44	0.21	0.17	0.28	0.19	0.33	0.21	0.30	0.18	0.39	0.30	0.15	0.20	0.58	0.07	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.46	0.15	0.23	0.15	0.23	0.43	0.15	0.40	0.17	0.29	0.14	0.23	0.27	0.16	0.35	0.34	0.06	0.63	0.01	0.00	0.00	0.01
P	0.11	0.18	0.10	0.22	0.14	0.08	0.28	0.02	0.34	0.18	0.28	0.09	0.44	0.33	0.07	0.06	0.29	0.28	0.01	0.00	0.01	0.00