ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52754

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.015, 0.035, 0.055, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.035 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.013, 0.034, 0.055, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.034 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.019, 0.046, 0.073, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.046 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.020, 0.049, 0.079, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.049 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.023, 0.061, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.061 std_dev=0.037
N7 A 0, 0.026, 0.070, 0.113, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.070 std_dev=0.043
C8 A 0, 0.033, 0.085, 0.137, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.085 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.222, 0.527, 0.832, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.527 std_dev=0.305
C2' A 0, 0.282, 0.672, 1.061, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.672 std_dev=0.389
C8 B 0, 0.301, 0.721, 1.142, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.721 std_dev=0.420
C4 B 0, 0.300, 0.728, 1.155, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.728 std_dev=0.427
N7 B 0, 0.307, 0.747, 1.187, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.747 std_dev=0.440
N3 B 0, 0.318, 0.765, 1.213, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.765 std_dev=0.447
C4' A 0, 0.326, 0.776, 1.225, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.776 std_dev=0.449
N9 B 0, 0.326, 0.777, 1.228, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.777 std_dev=0.451
C5 B 0, 0.314, 0.770, 1.226, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.770 std_dev=0.456
O5' B 0, 0.290, 0.766, 1.243, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.766 std_dev=0.477
C2 B 0, 0.330, 0.808, 1.285, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.808 std_dev=0.477
C4' B 0, 0.319, 0.810, 1.300, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.810 std_dev=0.490
C5' A 0, 0.366, 0.871, 1.376, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.871 std_dev=0.505
C2' B 0, 0.347, 0.857, 1.367, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.857 std_dev=0.510
C3' A 0, 0.398, 0.943, 1.488, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.943 std_dev=0.545
C1' B 0, 0.404, 0.960, 1.515, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.960 std_dev=0.556
N1 B 0, 0.388, 0.949, 1.511, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.949 std_dev=0.562
C3' B 0, 0.369, 0.933, 1.496, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.933 std_dev=0.563
C6 B 0, 0.391, 0.956, 1.520, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.956 std_dev=0.565
O4' B 0, 0.415, 0.984, 1.552, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.984 std_dev=0.568
P B 0, 0.382, 0.988, 1.593, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.988 std_dev=0.606
N6 B 0, 0.503, 1.216, 1.928, 1.818 max_d=1.818 avg_d=1.216 std_dev=0.713
O2' B 0, 0.509, 1.226, 1.943, 1.798 max_d=1.798 avg_d=1.226 std_dev=0.717
O2' A 0, 0.555, 1.322, 2.090, 1.878 max_d=1.878 avg_d=1.322 std_dev=0.768
O3' B 0, 0.576, 1.393, 2.210, 2.090 max_d=2.090 avg_d=1.393 std_dev=0.817
C5' B 0, 0.584, 1.405, 2.225, 2.070 max_d=2.070 avg_d=1.405 std_dev=0.820
O3' A 0, 0.691, 1.635, 2.578, 2.189 max_d=2.189 avg_d=1.635 std_dev=0.944
OP2 B 0, 0.793, 1.877, 2.962, 2.560 max_d=2.560 avg_d=1.877 std_dev=1.085
OP1 B 0, 0.861, 2.049, 3.236, 2.902 max_d=2.902 avg_d=2.049 std_dev=1.188
O5' A 0, 0.879, 2.083, 3.287, 2.849 max_d=2.849 avg_d=2.083 std_dev=1.204
OP1 A 0, 1.277, 3.026, 4.775, 4.110 max_d=4.110 avg_d=3.026 std_dev=1.749
P A 0, 1.288, 3.051, 4.814, 4.146 max_d=4.146 avg_d=3.051 std_dev=1.763
OP2 A 0, 1.437, 3.402, 5.368, 4.609 max_d=4.609 avg_d=3.402 std_dev=1.966

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02
C2 0.01 0.00 0.10 0.13 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.02 0.03 0.06 0.19 0.04 0.09
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.11 0.02 0.07 0.06 0.11 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.04 0.01
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.15 0.10 0.15 0.12 0.15 0.12 0.09 0.01 0.01 0.01 0.21 0.10 0.20 0.11
C4 0.00 0.00 0.04 0.12 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.01 0.02 0.05 0.23 0.04 0.09
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.14 0.02 0.00 0.01 0.20 0.03 0.09
C5 0.00 0.00 0.00 0.14 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.03 0.01 0.06 0.36 0.05 0.16
C5' 0.05 0.07 0.11 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.11 0.08 0.06 0.10 0.11 0.08 0.03 0.13 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02
C6 0.00 0.00 0.02 0.15 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.04 0.02 0.06 0.37 0.05 0.17
C8 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.03 0.03 0.06 0.37 0.04 0.14
N1 0.00 0.00 0.06 0.15 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.02 0.03 0.06 0.29 0.05 0.14
N3 0.01 0.00 0.11 0.12 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.03 0.05 0.14 0.04 0.06
N6 0.01 0.00 0.01 0.15 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.07 0.02 0.06 0.45 0.06 0.21
N7 0.00 0.00 0.06 0.12 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.05 0.02 0.06 0.45 0.04 0.19
N9 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.03 0.01 0.04 0.21 0.03 0.07
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.12 0.14 0.16 0.03 0.18 0.13 0.15 0.07 0.20 0.17 0.09 0.00 0.03 0.10 0.10 0.07 0.13 0.06
O3' 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.13 0.04 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.03 0.03 0.00 0.10 0.27 0.20 0.30 0.13
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.10 0.10 0.00 0.06 0.05 0.03 0.09
O5' 0.03 0.06 0.04 0.21 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.10 0.27 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.05 0.19 0.07 0.10 0.23 0.20 0.36 0.04 0.37 0.37 0.29 0.14 0.45 0.45 0.21 0.07 0.20 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.04 0.04 0.20 0.04 0.03 0.05 0.10 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.13 0.30 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.09 0.01 0.11 0.09 0.09 0.16 0.02 0.17 0.14 0.14 0.06 0.21 0.19 0.07 0.06 0.13 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.10 0.22 0.10 0.10 0.06 0.11 0.21 0.10 0.13 0.08 0.13 0.14 0.15 0.11 0.33 0.13 0.09 0.07 0.35 0.42 0.05
C2 0.16 0.07 0.13 0.12 0.06 0.18 0.05 0.40 0.09 0.06 0.04 0.11 0.17 0.12 0.09 0.20 0.14 0.11 0.19 0.36 0.34 0.23
C2' 0.14 0.08 0.19 0.08 0.08 0.12 0.14 0.33 0.14 0.18 0.07 0.11 0.20 0.22 0.10 0.32 0.08 0.13 0.20 0.58 0.30 0.20
C3' 0.23 0.06 0.34 0.25 0.09 0.17 0.14 0.09 0.16 0.13 0.11 0.11 0.23 0.18 0.12 0.49 0.33 0.13 0.09 0.37 0.50 0.04
C4 0.12 0.07 0.16 0.04 0.03 0.12 0.09 0.33 0.10 0.08 0.05 0.11 0.15 0.14 0.02 0.27 0.06 0.08 0.11 0.31 0.37 0.13
C4' 0.25 0.16 0.40 0.31 0.15 0.19 0.11 0.05 0.10 0.12 0.11 0.20 0.11 0.12 0.16 0.55 0.40 0.11 0.12 0.27 0.49 0.09
C5 0.06 0.01 0.12 0.07 0.05 0.15 0.14 0.34 0.15 0.13 0.08 0.05 0.19 0.17 0.06 0.24 0.06 0.13 0.14 0.27 0.31 0.16
C5' 0.24 0.22 0.41 0.32 0.18 0.18 0.14 0.05 0.13 0.13 0.16 0.24 0.12 0.13 0.18 0.55 0.43 0.11 0.13 0.23 0.49 0.10
C6 0.09 0.05 0.11 0.13 0.10 0.20 0.18 0.39 0.20 0.15 0.12 0.07 0.25 0.20 0.10 0.20 0.12 0.14 0.19 0.28 0.27 0.22
C8 0.03 0.04 0.17 0.04 0.05 0.08 0.11 0.25 0.11 0.13 0.05 0.05 0.15 0.15 0.06 0.30 0.11 0.15 0.07 0.26 0.35 0.08
N1 0.12 0.03 0.12 0.16 0.07 0.21 0.13 0.41 0.15 0.13 0.07 0.08 0.24 0.18 0.10 0.19 0.16 0.13 0.21 0.32 0.28 0.25
N3 0.18 0.10 0.16 0.07 0.08 0.13 0.06 0.35 0.08 0.03 0.06 0.14 0.14 0.11 0.09 0.24 0.08 0.08 0.14 0.37 0.39 0.16
N6 0.11 0.13 0.10 0.16 0.16 0.22 0.23 0.40 0.28 0.18 0.22 0.11 0.32 0.23 0.14 0.19 0.14 0.17 0.20 0.25 0.23 0.24
N7 0.02 0.02 0.12 0.03 0.08 0.13 0.15 0.30 0.15 0.14 0.09 0.02 0.18 0.17 0.08 0.26 0.07 0.16 0.10 0.24 0.31 0.13
N9 0.10 0.08 0.19 0.05 0.06 0.07 0.10 0.26 0.10 0.11 0.06 0.11 0.14 0.14 0.05 0.31 0.10 0.10 0.08 0.30 0.38 0.08
O2' 0.11 0.13 0.10 0.16 0.08 0.24 0.09 0.44 0.07 0.15 0.08 0.14 0.10 0.16 0.09 0.15 0.17 0.18 0.29 0.67 0.28 0.25
O3' 0.46 0.20 0.57 0.51 0.25 0.46 0.17 0.29 0.12 0.25 0.13 0.28 0.11 0.17 0.32 0.69 0.58 0.38 0.36 0.15 0.78 0.32
O4' 0.25 0.17 0.38 0.28 0.16 0.16 0.11 0.06 0.10 0.13 0.12 0.20 0.09 0.12 0.17 0.50 0.35 0.11 0.14 0.19 0.51 0.12
O5' 0.35 0.28 0.60 0.50 0.24 0.32 0.15 0.12 0.14 0.15 0.19 0.33 0.10 0.12 0.24 0.80 0.66 0.16 0.25 0.12 0.55 0.18
OP1 0.20 0.20 0.48 0.53 0.13 0.42 0.18 0.32 0.24 0.13 0.25 0.13 0.28 0.16 0.12 0.71 0.77 0.17 0.37 0.13 0.61 0.33
OP2 0.38 0.34 0.71 0.67 0.29 0.44 0.20 0.28 0.18 0.19 0.24 0.38 0.12 0.15 0.28 0.91 0.89 0.20 0.39 0.09 0.63 0.31
P 0.38 0.19 0.71 0.68 0.21 0.49 0.13 0.32 0.09 0.18 0.10 0.26 0.07 0.12 0.25 0.94 0.89 0.24 0.42 0.12 0.66 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.11 0.39 0.14
C2 0.01 0.00 0.13 0.06 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.12 0.02 0.09 0.21 0.27 0.06
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.06 0.10 0.12 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.08 0.14 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.05 0.17 0.03 0.06 0.08 0.15 0.07 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.03 0.05
C4 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.02 0.07 0.18 0.30 0.07
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.08 0.16 0.04 0.01 0.11 0.15 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.18 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.02 0.05 0.18 0.25 0.04
C5' 0.03 0.10 0.01 0.01 0.14 0.00 0.21 0.00 0.20 0.25 0.16 0.08 0.24 0.27 0.14 0.04 0.02 0.01 0.00 0.19 0.15 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.05 0.02 0.05 0.20 0.21 0.05
C8 0.01 0.00 0.06 0.17 0.00 0.16 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.19 0.01 0.03 0.12 0.33 0.04
N1 0.01 0.00 0.10 0.03 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.07 0.02 0.07 0.22 0.23 0.05
N3 0.01 0.00 0.12 0.06 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.11 0.02 0.10 0.19 0.31 0.09
N6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.11 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.06 0.20 0.16 0.09
N7 0.01 0.00 0.04 0.15 0.00 0.15 0.00 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.17 0.01 0.06 0.15 0.25 0.05
N9 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.07 0.14 0.35 0.09
O2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.09 0.04 0.06 0.04 0.10 0.06 0.16 0.18 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.05 0.11 0.03
O3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.05 0.19 0.07 0.11 0.08 0.17 0.07 0.01 0.00 0.01 0.15 0.12 0.27 0.16
O4' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.16 0.08 0.50 0.22
O5' 0.11 0.09 0.03 0.04 0.07 0.01 0.05 0.00 0.05 0.03 0.07 0.10 0.06 0.06 0.07 0.04 0.15 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.11 0.21 0.08 0.06 0.18 0.09 0.18 0.19 0.20 0.12 0.22 0.19 0.20 0.15 0.14 0.05 0.12 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.39 0.27 0.14 0.03 0.30 0.18 0.25 0.15 0.21 0.33 0.23 0.31 0.16 0.25 0.35 0.11 0.27 0.50 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.06 0.04 0.05 0.07 0.03 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.09 0.09 0.05 0.09 0.03 0.16 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00