ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52755

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.008, 0.035, 0.062, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.035 std_dev=0.027
N7 A 0, -0.001, 0.030, 0.062, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.030 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.002, 0.036, 0.070, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.036 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.014, 0.051, 0.088, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.051 std_dev=0.037
C2' A 0, -0.004, 0.078, 0.159, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.078 std_dev=0.082
C4' A 0, 0.020, 0.134, 0.248, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.134 std_dev=0.114
C3' A 0, -0.005, 0.113, 0.232, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.113 std_dev=0.118
O2' A 0, -0.003, 0.129, 0.260, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.129 std_dev=0.132
O5' A 0, 0.067, 0.226, 0.385, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.226 std_dev=0.159
O3' A 0, 0.026, 0.196, 0.367, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.196 std_dev=0.170
C5' A 0, 0.018, 0.213, 0.407, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.213 std_dev=0.195
C4 B 0, 0.101, 0.348, 0.596, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.348 std_dev=0.247
C6 B 0, 0.052, 0.300, 0.549, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.300 std_dev=0.248
N3 B 0, 0.101, 0.349, 0.598, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.349 std_dev=0.248
C5 B 0, 0.083, 0.333, 0.583, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.333 std_dev=0.250
N6 B 0, 0.069, 0.320, 0.571, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.320 std_dev=0.251
N1 B 0, 0.037, 0.289, 0.541, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.289 std_dev=0.252
C2 B 0, 0.071, 0.324, 0.576, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.324 std_dev=0.252
O4' B 0, 0.136, 0.389, 0.642, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.389 std_dev=0.253
N9 B 0, 0.123, 0.387, 0.652, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.387 std_dev=0.265
C4' B 0, 0.109, 0.375, 0.642, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.375 std_dev=0.267
N7 B 0, 0.100, 0.372, 0.643, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.372 std_dev=0.271
C5' B 0, 0.085, 0.362, 0.639, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.362 std_dev=0.277
C8 B 0, 0.120, 0.398, 0.677, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.398 std_dev=0.279
C1' B 0, 0.133, 0.425, 0.718, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.425 std_dev=0.292
P A 0, 0.066, 0.371, 0.675, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.371 std_dev=0.304
C3' B 0, 0.110, 0.457, 0.803, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.457 std_dev=0.346
C2' B 0, 0.122, 0.468, 0.814, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.468 std_dev=0.346
OP2 B 0, 0.103, 0.451, 0.799, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.451 std_dev=0.348
O2' B 0, 0.116, 0.503, 0.890, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.503 std_dev=0.387
OP1 B 0, 0.069, 0.462, 0.854, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.462 std_dev=0.392
O3' B 0, 0.098, 0.520, 0.943, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.520 std_dev=0.423
P B 0, 0.095, 0.518, 0.941, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.518 std_dev=0.423
OP1 A 0, 0.081, 0.512, 0.943, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.512 std_dev=0.431
O5' B 0, 0.083, 0.632, 1.182, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.632 std_dev=0.549
OP2 A 0, -0.035, 0.702, 1.440, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.702 std_dev=0.737

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.34 0.16
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.01 0.09 0.17 0.45 0.19
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.15 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.02 0.03 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.02 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.09 0.16 0.45 0.20
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.02 0.02 0.08 0.07 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.13 0.06
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.14 0.23 0.51 0.23
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.10 0.00 0.11 0.10 0.08 0.02 0.14 0.12 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.10 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.15 0.26 0.52 0.24
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.14 0.19 0.50 0.22
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.12 0.22 0.48 0.21
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.07 0.13 0.42 0.18
N6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.08 0.02 0.14 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.08 0.03 0.19 0.32 0.54 0.26
N7 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.16 0.26 0.56 0.24
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.12 0.42 0.19
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.09 0.14 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.02 0.05 0.08 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.19 0.15 0.11
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.07 0.35 0.19
O5' 0.05 0.09 0.01 0.05 0.09 0.01 0.14 0.01 0.15 0.14 0.12 0.07 0.19 0.16 0.08 0.03 0.09 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.17 0.03 0.10 0.16 0.08 0.23 0.10 0.26 0.19 0.22 0.13 0.32 0.26 0.12 0.09 0.19 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.34 0.45 0.15 0.02 0.45 0.13 0.51 0.03 0.52 0.50 0.48 0.42 0.54 0.56 0.42 0.14 0.15 0.35 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.16 0.19 0.05 0.03 0.20 0.06 0.23 0.01 0.24 0.22 0.21 0.18 0.26 0.24 0.19 0.04 0.11 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.18 0.22 0.22 0.15 0.25 0.06 0.28 0.02 0.10 0.07 0.22 0.11 0.05 0.17 0.26 0.22 0.25 0.33 0.23 0.12 0.17
C2 0.17 0.13 0.18 0.18 0.08 0.21 0.13 0.20 0.20 0.08 0.21 0.08 0.24 0.11 0.10 0.23 0.20 0.19 0.20 0.16 0.06 0.08
C2' 0.21 0.14 0.21 0.21 0.13 0.24 0.05 0.27 0.01 0.09 0.05 0.18 0.09 0.04 0.15 0.24 0.21 0.23 0.33 0.22 0.10 0.16
C3' 0.24 0.20 0.23 0.23 0.18 0.27 0.10 0.30 0.07 0.13 0.12 0.23 0.02 0.08 0.19 0.26 0.23 0.25 0.33 0.21 0.11 0.17
C4 0.21 0.10 0.21 0.21 0.10 0.25 0.03 0.27 0.10 0.06 0.09 0.17 0.18 0.03 0.13 0.25 0.22 0.24 0.30 0.21 0.09 0.15
C4' 0.25 0.25 0.25 0.23 0.21 0.27 0.14 0.31 0.11 0.14 0.18 0.27 0.02 0.10 0.21 0.28 0.24 0.26 0.31 0.20 0.09 0.15
C5 0.22 0.08 0.22 0.22 0.11 0.26 0.02 0.29 0.10 0.07 0.07 0.17 0.18 0.03 0.14 0.25 0.23 0.25 0.33 0.23 0.10 0.16
C5' 0.28 0.31 0.27 0.25 0.26 0.29 0.19 0.34 0.18 0.18 0.25 0.30 0.10 0.15 0.25 0.30 0.25 0.28 0.27 0.16 0.07 0.12
C6 0.19 0.05 0.19 0.20 0.03 0.25 0.09 0.26 0.17 0.03 0.16 0.07 0.22 0.08 0.09 0.23 0.21 0.23 0.29 0.21 0.07 0.12
C8 0.25 0.22 0.24 0.24 0.20 0.28 0.10 0.31 0.04 0.13 0.10 0.25 0.09 0.08 0.20 0.27 0.24 0.28 0.38 0.26 0.14 0.21
N1 0.14 0.14 0.16 0.17 0.07 0.21 0.14 0.21 0.21 0.06 0.22 0.05 0.25 0.12 0.06 0.21 0.19 0.18 0.20 0.16 0.06 0.08
N3 0.19 0.09 0.20 0.19 0.08 0.22 0.08 0.23 0.15 0.06 0.15 0.12 0.21 0.08 0.11 0.24 0.21 0.21 0.24 0.18 0.07 0.11
N6 0.21 0.08 0.21 0.22 0.07 0.27 0.11 0.28 0.18 0.06 0.16 0.09 0.22 0.10 0.11 0.25 0.23 0.26 0.33 0.23 0.07 0.14
N7 0.26 0.17 0.24 0.25 0.18 0.28 0.08 0.31 0.02 0.13 0.05 0.23 0.12 0.07 0.20 0.27 0.25 0.28 0.38 0.26 0.14 0.21
N9 0.23 0.17 0.22 0.22 0.15 0.26 0.05 0.29 0.03 0.09 0.04 0.21 0.13 0.04 0.16 0.26 0.22 0.25 0.33 0.23 0.12 0.17
O2' 0.19 0.12 0.19 0.19 0.11 0.22 0.05 0.24 0.03 0.08 0.03 0.16 0.10 0.04 0.13 0.22 0.19 0.20 0.33 0.22 0.10 0.16
O3' 0.24 0.19 0.23 0.24 0.18 0.27 0.10 0.31 0.07 0.13 0.11 0.22 0.01 0.08 0.19 0.26 0.24 0.26 0.34 0.22 0.12 0.18
O4' 0.25 0.26 0.24 0.23 0.21 0.27 0.12 0.30 0.08 0.13 0.17 0.27 0.04 0.08 0.20 0.28 0.23 0.26 0.33 0.23 0.12 0.17
O5' 0.18 0.20 0.17 0.16 0.15 0.21 0.09 0.28 0.08 0.08 0.15 0.20 0.07 0.05 0.14 0.19 0.16 0.19 0.26 0.11 0.02 0.08
OP1 0.06 0.10 0.08 0.09 0.04 0.10 0.07 0.18 0.05 0.12 0.06 0.08 0.11 0.14 0.06 0.06 0.10 0.05 0.32 0.20 0.25 0.22
OP2 0.39 0.44 0.40 0.35 0.46 0.30 0.54 0.27 0.57 0.50 0.51 0.42 0.64 0.55 0.45 0.39 0.34 0.32 0.38 0.22 0.27 0.25
P 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.11 0.12 0.21 0.14 0.11 0.11 0.08 0.22 0.15 0.08 0.07 0.07 0.07 0.27 0.09 0.06 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.23 0.13 0.10
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.21 0.19 0.07 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.24 0.16 0.09
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.04 0.03 0.08 0.08 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.25 0.14 0.09
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.18 0.20 0.09 0.09
C4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.04 0.02 0.08 0.08 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.19 0.06 0.03
C5 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02 0.19 0.19 0.09 0.10
C5' 0.04 0.09 0.02 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.16 0.17 0.12 0.08 0.19 0.19 0.11 0.03 0.03 0.02 0.01 0.24 0.09 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02 0.21 0.18 0.08 0.10
C8 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.13 0.18 0.11 0.09
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.22 0.19 0.07 0.10
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.19 0.20 0.08 0.08
N6 0.03 0.01 0.06 0.08 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.07 0.03 0.20 0.17 0.07 0.10
N7 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.08 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.16 0.17 0.09 0.09
N9 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.11 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.15 0.21 0.11 0.10
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.21 0.14 0.06
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.07 0.04 0.02 0.07 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.19 0.22 0.16 0.08
O4' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.23 0.11 0.10
O5' 0.12 0.21 0.02 0.04 0.18 0.02 0.19 0.01 0.21 0.13 0.22 0.19 0.20 0.16 0.15 0.05 0.19 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.23 0.19 0.24 0.25 0.20 0.19 0.19 0.24 0.18 0.18 0.19 0.20 0.17 0.17 0.21 0.21 0.22 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.07 0.16 0.14 0.09 0.06 0.09 0.09 0.08 0.11 0.07 0.08 0.07 0.09 0.11 0.14 0.16 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.03 0.10 0.01 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.06 0.08 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00