Doublet Group distance statistics: 52757

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2	A	0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6	A	0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1	A	0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1'	A	0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N7	A	0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C8	A	0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N9	A	0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N6	A	0, 0.007, 0.032, 0.056, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.032 std_dev=0.024
C2	B	0, 0.133, 0.454, 0.775, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.454 std_dev=0.321
N3	B	0, 0.053, 0.432, 0.810, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.432 std_dev=0.379
N1	B	0, 0.190, 0.664, 1.137, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.664 std_dev=0.474
C4	B	0, 0.163, 0.669, 1.175, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.669 std_dev=0.506
O4'	A	0, -0.133, 0.454, 1.041, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.454 std_dev=0.587
C2'	A	0, -0.141, 0.449, 1.038, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.449 std_dev=0.590
C6	B	0, 0.246, 0.841, 1.437, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.841 std_dev=0.595
C5	B	0, 0.246, 0.852, 1.458, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.852 std_dev=0.606
N9	B	0, 0.230, 0.899, 1.568, 1.605 max_d=1.605 avg_d=0.899 std_dev=0.669
C3'	B	0, 0.292, 1.014, 1.735, 1.623 max_d=1.623 avg_d=1.014 std_dev=0.722
C2'	B	0, 0.166, 0.897, 1.627, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.897 std_dev=0.730
O3'	B	0, 0.276, 1.020, 1.764, 1.753 max_d=1.753 avg_d=1.020 std_dev=0.744
N6	B	0, 0.312, 1.067, 1.823, 1.642 max_d=1.642 avg_d=1.067 std_dev=0.755
C1'	B	0, 0.255, 1.040, 1.825, 1.896 max_d=1.896 avg_d=1.040 std_dev=0.785
N7	B	0, 0.326, 1.119, 1.911, 1.732 max_d=1.732 avg_d=1.119 std_dev=0.792
C8	B	0, 0.321, 1.123, 1.925, 1.822 max_d=1.822 avg_d=1.123 std_dev=0.802
O2'	A	0, -0.126, 0.771, 1.668, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.771 std_dev=0.897
P	B	0, 0.214, 1.125, 2.037, 2.233 max_d=2.233 avg_d=1.125 std_dev=0.912
C3'	A	0, -0.180, 0.737, 1.654, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.737 std_dev=0.917
O2'	B	0, 0.282, 1.222, 2.163, 2.288 max_d=2.288 avg_d=1.222 std_dev=0.941
O4'	B	0, 0.392, 1.345, 2.297, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.345 std_dev=0.953
C4'	A	0, -0.182, 0.785, 1.751, 2.147 max_d=2.147 avg_d=0.785 std_dev=0.967
C4'	B	0, 0.394, 1.371, 2.347, 2.198 max_d=2.198 avg_d=1.371 std_dev=0.976
O5'	B	0, 0.431, 1.476, 2.521, 2.281 max_d=2.281 avg_d=1.476 std_dev=1.045
O3'	A	0, -0.192, 1.041, 2.273, 2.772 max_d=2.772 avg_d=1.041 std_dev=1.232
C5'	B	0, 0.355, 1.609, 2.863, 3.058 max_d=3.058 avg_d=1.609 std_dev=1.254
O5'	A	0, 0.499, 1.788, 3.078, 2.994 max_d=2.994 avg_d=1.788 std_dev=1.290
OP1	B	0, 0.108, 1.403, 2.697, 3.123 max_d=3.123 avg_d=1.403 std_dev=1.295
C5'	A	0, -0.225, 1.162, 2.550, 3.112 max_d=3.112 avg_d=1.162 std_dev=1.387
OP2	B	0, 0.552, 1.999, 3.446, 3.379 max_d=3.379 avg_d=1.999 std_dev=1.447
P	A	0, 0.626, 2.265, 3.905, 3.826 max_d=3.826 avg_d=2.265 std_dev=1.640
OP2	A	0, 0.787, 2.690, 4.593, 4.110 max_d=4.110 avg_d=2.690 std_dev=1.903
OP1	A	0, 0.923, 3.168, 5.413, 4.931 max_d=4.931 avg_d=3.168 std_dev=2.245

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.33	0.00	0.31	0.13	0.42	0.11
C2	0.01	0.00	0.31	0.21	0.00	0.12	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.06	0.29	0.25	0.41	0.11	0.60	0.20
C2'	0.00	0.31	0.00	0.00	0.17	0.01	0.10	0.13	0.16	0.13	0.25	0.30	0.12	0.04	0.02	0.00	0.04	0.01	0.59	0.78	0.85	0.61
C3'	0.01	0.21	0.00	0.00	0.27	0.00	0.38	0.02	0.38	0.41	0.30	0.16	0.43	0.45	0.27	0.02	0.00	0.02	0.35	0.80	0.41	0.41
C4	0.00	0.00	0.17	0.27	0.00	0.03	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.15	0.14	0.12	0.40	0.14	0.58	0.22
C4'	0.01	0.12	0.01	0.00	0.03	0.00	0.14	0.00	0.09	0.34	0.04	0.13	0.14	0.30	0.13	0.29	0.04	0.00	0.00	0.19	0.03	0.03
C5	0.00	0.00	0.10	0.38	0.00	0.14	0.00	0.26	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.30	0.06	0.05	0.43	0.31	0.69	0.36
C5'	0.01	0.07	0.13	0.02	0.11	0.00	0.26	0.00	0.21	0.47	0.07	0.08	0.29	0.46	0.19	0.15	0.17	0.01	0.01	0.28	0.19	0.01
C6	0.00	0.00	0.16	0.38	0.00	0.09	0.00	0.21	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.25	0.03	0.11	0.45	0.33	0.73	0.38
C8	0.01	0.00	0.13	0.41	0.00	0.34	0.00	0.47	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.42	0.20	0.17	0.42	0.30	0.61	0.37
N1	0.01	0.00	0.25	0.30	0.00	0.04	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.13	0.15	0.19	0.44	0.23	0.69	0.29
N3	0.01	0.00	0.30	0.16	0.00	0.13	0.00	0.08	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.07	0.34	0.24	0.39	0.05	0.54	0.15
N6	0.01	0.01	0.12	0.43	0.00	0.14	0.01	0.29	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.32	0.11	0.07	0.48	0.44	0.82	0.46
N7	0.01	0.00	0.04	0.45	0.01	0.30	0.00	0.46	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.42	0.23	0.10	0.45	0.41	0.73	0.46
N9	0.00	0.01	0.02	0.27	0.01	0.13	0.00	0.19	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.23	0.07	0.01	0.37	0.09	0.53	0.20
O2'	0.00	0.06	0.00	0.02	0.15	0.29	0.30	0.15	0.25	0.42	0.13	0.07	0.32	0.42	0.23	0.00	0.06	0.22	0.21	0.51	0.64	0.34
O3'	0.33	0.29	0.04	0.00	0.14	0.04	0.06	0.17	0.03	0.20	0.15	0.34	0.11	0.23	0.07	0.06	0.00	0.21	0.14	0.66	0.10	0.18
O4'	0.00	0.25	0.01	0.02	0.12	0.00	0.05	0.01	0.11	0.17	0.19	0.24	0.07	0.10	0.01	0.22	0.21	0.00	0.08	0.24	0.10	0.17
O5'	0.31	0.41	0.59	0.35	0.40	0.00	0.43	0.01	0.45	0.42	0.44	0.39	0.48	0.45	0.37	0.21	0.14	0.08	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.13	0.11	0.78	0.80	0.14	0.19	0.31	0.28	0.33	0.30	0.23	0.05	0.44	0.41	0.09	0.51	0.66	0.24	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.42	0.60	0.85	0.41	0.58	0.03	0.69	0.19	0.73	0.61	0.69	0.54	0.82	0.73	0.53	0.64	0.10	0.10	0.02	0.00	0.00	0.00
P	0.11	0.20	0.61	0.41	0.22	0.03	0.36	0.01	0.38	0.37	0.29	0.15	0.46	0.46	0.20	0.34	0.18	0.17	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.46	0.34	0.41	0.36	0.36	0.41	0.32	0.39	0.20	0.43	0.25	0.37	0.10	0.39	0.42	0.48	0.35	0.46	0.18	0.23	0.72	0.30
C2	0.55	0.25	0.55	0.49	0.33	0.51	0.13	0.39	0.14	0.26	0.16	0.37	0.23	0.08	0.41	0.62	0.51	0.52	0.30	0.17	0.58	0.11
C2'	0.71	0.54	0.66	0.54	0.54	0.60	0.40	0.47	0.27	0.51	0.36	0.61	0.12	0.41	0.59	0.80	0.54	0.67	0.21	0.16	0.67	0.20
C3'	0.48	0.08	0.33	0.29	0.26	0.42	0.23	0.38	0.06	0.45	0.11	0.19	0.16	0.37	0.40	0.42	0.24	0.53	0.17	0.21	0.63	0.20
C4	0.53	0.32	0.48	0.43	0.37	0.47	0.25	0.39	0.16	0.41	0.25	0.38	0.17	0.28	0.45	0.55	0.43	0.51	0.20	0.10	0.63	0.18
C4'	0.21	0.32	0.24	0.37	0.20	0.31	0.25	0.45	0.32	0.33	0.40	0.21	0.37	0.34	0.24	0.12	0.39	0.27	0.47	0.63	0.93	0.61
C5	0.54	0.30	0.49	0.44	0.36	0.49	0.25	0.41	0.23	0.41	0.27	0.36	0.27	0.24	0.45	0.55	0.44	0.55	0.29	0.13	0.56	0.15
C5'	0.21	0.43	0.30	0.45	0.22	0.35	0.25	0.51	0.37	0.31	0.50	0.29	0.42	0.30	0.22	0.19	0.50	0.28	0.54	0.77	0.95	0.67
C6	0.55	0.26	0.51	0.48	0.33	0.52	0.24	0.41	0.25	0.35	0.25	0.33	0.32	0.20	0.43	0.58	0.49	0.57	0.39	0.05	0.48	0.04
C8	0.51	0.33	0.44	0.40	0.36	0.47	0.29	0.44	0.22	0.46	0.29	0.36	0.18	0.36	0.45	0.50	0.39	0.53	0.26	0.32	0.64	0.28
N1	0.58	0.23	0.56	0.52	0.32	0.55	0.20	0.43	0.22	0.29	0.21	0.32	0.30	0.16	0.43	0.62	0.53	0.57	0.43	0.19	0.50	0.10
N3	0.51	0.31	0.50	0.44	0.36	0.46	0.19	0.36	0.07	0.33	0.18	0.39	0.16	0.20	0.42	0.57	0.45	0.48	0.18	0.04	0.63	0.15
N6	0.51	0.24	0.49	0.47	0.29	0.52	0.26	0.42	0.28	0.32	0.26	0.29	0.36	0.25	0.38	0.56	0.49	0.56	0.51	0.08	0.36	0.04
N7	0.52	0.31	0.45	0.41	0.35	0.48	0.27	0.44	0.25	0.44	0.29	0.35	0.27	0.29	0.44	0.51	0.41	0.54	0.30	0.29	0.57	0.23
N9	0.50	0.34	0.45	0.40	0.38	0.45	0.30	0.41	0.18	0.44	0.27	0.38	0.07	0.37	0.45	0.51	0.39	0.50	0.20	0.22	0.67	0.26
O2'	0.65	0.75	0.70	0.59	0.58	0.56	0.45	0.43	0.44	0.44	0.61	0.72	0.31	0.40	0.55	0.84	0.64	0.56	0.17	0.18	0.74	0.28
O3'	0.19	0.54	0.30	0.38	0.31	0.25	0.35	0.35	0.48	0.30	0.61	0.38	0.52	0.33	0.25	0.18	0.42	0.20	0.35	0.54	0.89	0.54
O4'	0.22	0.21	0.20	0.33	0.18	0.33	0.24	0.49	0.24	0.36	0.27	0.12	0.30	0.37	0.25	0.10	0.32	0.29	0.51	0.63	0.96	0.64
O5'	0.53	0.25	0.46	0.61	0.37	0.68	0.41	0.87	0.34	0.64	0.33	0.25	0.40	0.60	0.52	0.38	0.59	0.66	0.88	0.97	0.99	0.88
OP1	0.57	0.60	0.48	0.40	0.50	0.50	0.53	0.47	0.58	0.62	0.66	0.51	0.65	0.58	0.55	0.53	0.40	0.62	0.26	0.26	0.52	0.18
OP2	0.82	0.16	0.67	0.79	0.50	0.97	0.47	1.14	0.25	0.87	0.18	0.33	0.24	0.73	0.74	0.67	0.74	0.99	1.09	1.03	0.86	0.94
P	0.50	0.21	0.31	0.34	0.26	0.54	0.25	0.65	0.15	0.56	0.28	0.16	0.20	0.46	0.44	0.35	0.28	0.63	0.55	0.48	0.49	0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.04	0.03	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.09	0.24	0.45	0.12
C2	0.03	0.00	0.03	0.13	0.01	0.07	0.00	0.16	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.07	0.13	0.01	0.36	0.23	0.89	0.44
C2'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.03	0.03	0.04	0.04	0.03	0.01	0.00	0.01	0.00	0.19	0.38	0.47	0.14
C3'	0.01	0.13	0.00	0.00	0.09	0.00	0.10	0.01	0.13	0.05	0.14	0.11	0.16	0.08	0.04	0.01	0.00	0.01	0.25	0.44	0.44	0.20
C4	0.01	0.01	0.02	0.09	0.00	0.07	0.00	0.15	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.00	0.03	0.08	0.02	0.31	0.26	0.86	0.44
C4'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.07	0.00	0.12	0.00	0.13	0.10	0.11	0.05	0.18	0.12	0.05	0.03	0.02	0.00	0.00	0.38	0.13	0.09
C5	0.01	0.00	0.02	0.10	0.00	0.12	0.00	0.23	0.01	0.02	0.02	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.08	0.06	0.41	0.45	1.05	0.62
C5'	0.02	0.16	0.01	0.01	0.15	0.00	0.23	0.00	0.26	0.18	0.23	0.12	0.33	0.23	0.11	0.03	0.02	0.00	0.01	0.23	0.03	0.01
C6	0.01	0.01	0.03	0.13	0.01	0.13	0.01	0.26	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.03	0.02	0.04	0.11	0.06	0.47	0.50	1.11	0.66
C8	0.03	0.01	0.03	0.05	0.00	0.10	0.02	0.18	0.03	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.00	0.03	0.04	0.07	0.29	0.41	0.93	0.56
N1	0.01	0.00	0.03	0.14	0.02	0.11	0.02	0.23	0.00	0.03	0.00	0.00	0.03	0.03	0.02	0.06	0.13	0.03	0.44	0.38	1.03	0.58
N3	0.04	0.00	0.04	0.11	0.00	0.05	0.00	0.12	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.06	0.11	0.02	0.28	0.19	0.78	0.35
N6	0.03	0.02	0.04	0.16	0.02	0.18	0.03	0.33	0.00	0.07	0.03	0.01	0.00	0.07	0.04	0.03	0.13	0.10	0.54	0.67	1.22	0.78
N7	0.02	0.00	0.03	0.08	0.01	0.12	0.01	0.23	0.03	0.00	0.03	0.01	0.07	0.00	0.00	0.02	0.05	0.07	0.39	0.57	1.12	0.70
N9	0.01	0.01	0.01	0.04	0.00	0.05	0.02	0.11	0.02	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.00	0.01	0.03	0.02	0.23	0.23	0.75	0.37
O2'	0.01	0.07	0.00	0.01	0.03	0.03	0.02	0.03	0.04	0.03	0.06	0.06	0.03	0.02	0.01	0.00	0.03	0.01	0.06	0.51	0.26	0.11
O3'	0.01	0.13	0.01	0.00	0.08	0.02	0.08	0.02	0.11	0.04	0.13	0.11	0.13	0.05	0.03	0.03	0.00	0.01	0.22	0.59	0.36	0.19
O4'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.06	0.00	0.06	0.07	0.03	0.02	0.10	0.07	0.02	0.01	0.01	0.00	0.12	0.25	0.24	0.00
O5'	0.09	0.36	0.19	0.25	0.31	0.00	0.41	0.01	0.47	0.29	0.44	0.28	0.54	0.39	0.23	0.06	0.22	0.12	0.00	0.01	0.03	0.01
OP1	0.24	0.23	0.38	0.44	0.26	0.38	0.45	0.23	0.50	0.41	0.38	0.19	0.67	0.57	0.23	0.51	0.59	0.25	0.01	0.00	0.00	0.00
OP2	0.45	0.89	0.47	0.44	0.86	0.13	1.05	0.03	1.11	0.93	1.03	0.78	1.22	1.12	0.75	0.26	0.36	0.24	0.03	0.00	0.00	0.01
P	0.12	0.44	0.14	0.20	0.44	0.09	0.62	0.01	0.66	0.56	0.58	0.35	0.78	0.70	0.37	0.11	0.19	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00