ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52758

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.003, 0.021, 0.040, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.002, 0.024, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.024 std_dev=0.021
N6 A 0, -0.004, 0.027, 0.058, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.027 std_dev=0.031
N7 A 0, -0.001, 0.031, 0.063, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.031 std_dev=0.032
C8 A 0, 0.001, 0.039, 0.077, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.039 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.000, 0.102, 0.203, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.102 std_dev=0.102
C3' A 0, 0.026, 0.147, 0.268, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.147 std_dev=0.121
O4' A 0, -0.010, 0.125, 0.259, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.125 std_dev=0.135
C4' A 0, 0.017, 0.195, 0.372, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.195 std_dev=0.177
O2' A 0, 0.021, 0.256, 0.491, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.256 std_dev=0.235
C5' A 0, 0.003, 0.250, 0.498, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.250 std_dev=0.247
O5' A 0, 0.013, 0.264, 0.516, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.264 std_dev=0.252
OP1 A 0, -0.057, 0.338, 0.734, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.338 std_dev=0.395
P A 0, -0.033, 0.371, 0.776, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.371 std_dev=0.404
C4 B 0, 0.066, 0.485, 0.903, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.485 std_dev=0.418
N9 B 0, 0.023, 0.449, 0.875, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.449 std_dev=0.426
C8 B 0, 0.036, 0.462, 0.889, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.462 std_dev=0.427
C2 B 0, 0.122, 0.549, 0.977, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.549 std_dev=0.427
N3 B 0, 0.086, 0.521, 0.957, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.521 std_dev=0.436
C5 B 0, 0.084, 0.545, 1.006, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.545 std_dev=0.461
O3' A 0, -0.050, 0.418, 0.887, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.418 std_dev=0.469
N1 B 0, 0.136, 0.607, 1.079, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.607 std_dev=0.472
OP2 A 0, -0.005, 0.468, 0.940, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.468 std_dev=0.473
C1' B 0, -0.009, 0.472, 0.954, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.472 std_dev=0.482
N7 B 0, 0.068, 0.556, 1.043, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.556 std_dev=0.487
C6 B 0, 0.116, 0.633, 1.150, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.633 std_dev=0.517
O4' B 0, -0.038, 0.484, 1.006, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.484 std_dev=0.522
C2' B 0, 0.010, 0.549, 1.089, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.549 std_dev=0.540
C4' B 0, -0.011, 0.538, 1.087, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.538 std_dev=0.549
C5' B 0, -0.012, 0.540, 1.092, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.540 std_dev=0.552
O2' B 0, 0.016, 0.586, 1.156, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.586 std_dev=0.570
C3' B 0, 0.004, 0.573, 1.143, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.573 std_dev=0.570
O5' B 0, -0.047, 0.530, 1.108, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.530 std_dev=0.577
OP1 B 0, 0.057, 0.665, 1.273, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.665 std_dev=0.608
P B 0, -0.050, 0.591, 1.232, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.591 std_dev=0.641
N6 B 0, 0.127, 0.781, 1.434, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.781 std_dev=0.653
O3' B 0, 0.001, 0.663, 1.325, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.663 std_dev=0.662
OP2 B 0, -0.151, 0.534, 1.219, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.534 std_dev=0.685

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.28 0.00 0.04 0.08 0.11 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.42 0.05 0.07 0.09 0.17 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.00 0.10 0.01 0.06 0.05 0.06 0.02
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.02 0.08 0.10 0.17 0.09
C4' 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.27 0.02 0.11 0.12 0.18 0.11
C5' 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.05 0.06 0.01 0.04 0.11 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.31 0.01 0.11 0.12 0.19 0.12
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.14 0.05 0.12 0.13 0.17 0.12
N1 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.38 0.02 0.09 0.10 0.18 0.10
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.41 0.05 0.06 0.08 0.16 0.07
N6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.28 0.03 0.13 0.14 0.20 0.14
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.17 0.05 0.13 0.14 0.18 0.14
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.24 0.01 0.08 0.10 0.15 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.12 0.01 0.09 0.09 0.12 0.04 0.00 0.09 0.02 0.10 0.02 0.02 0.06
O3' 0.28 0.42 0.10 0.00 0.32 0.06 0.27 0.11 0.31 0.14 0.38 0.41 0.28 0.17 0.24 0.09 0.00 0.21 0.13 0.42 0.33 0.27
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.02 0.21 0.00 0.07 0.08 0.10 0.05
O5' 0.04 0.07 0.06 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.11 0.12 0.09 0.06 0.13 0.13 0.08 0.10 0.13 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.09 0.05 0.12 0.10 0.07 0.12 0.05 0.12 0.13 0.10 0.08 0.14 0.14 0.10 0.02 0.42 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.17 0.06 0.13 0.17 0.06 0.18 0.01 0.19 0.17 0.18 0.16 0.20 0.18 0.15 0.02 0.33 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.02 0.07 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.12 0.10 0.07 0.14 0.14 0.08 0.06 0.27 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.07 0.15 0.04 0.23 0.11 0.35 0.17 0.03 0.17 0.05 0.22 0.06 0.05 0.03 0.14 0.22 0.33 0.38 0.37 0.38
C2 0.12 0.04 0.04 0.08 0.06 0.15 0.04 0.25 0.12 0.09 0.13 0.06 0.19 0.06 0.10 0.04 0.03 0.17 0.21 0.24 0.21 0.23
C2' 0.04 0.10 0.03 0.11 0.06 0.18 0.12 0.30 0.17 0.04 0.15 0.04 0.22 0.10 0.02 0.02 0.11 0.16 0.30 0.35 0.34 0.35
C3' 0.03 0.15 0.04 0.12 0.13 0.20 0.21 0.32 0.26 0.13 0.22 0.10 0.31 0.21 0.08 0.01 0.14 0.14 0.34 0.43 0.41 0.42
C4 0.16 0.05 0.08 0.14 0.07 0.21 0.05 0.30 0.12 0.11 0.13 0.05 0.17 0.06 0.13 0.05 0.10 0.23 0.27 0.30 0.28 0.29
C4' 0.04 0.17 0.03 0.11 0.15 0.19 0.21 0.32 0.24 0.14 0.22 0.13 0.27 0.20 0.11 0.02 0.13 0.12 0.33 0.42 0.40 0.40
C5 0.25 0.08 0.17 0.20 0.16 0.26 0.10 0.33 0.09 0.17 0.09 0.17 0.12 0.12 0.21 0.13 0.16 0.30 0.29 0.32 0.30 0.31
C5' 0.05 0.16 0.00 0.10 0.14 0.16 0.18 0.26 0.20 0.13 0.19 0.13 0.22 0.17 0.11 0.03 0.13 0.08 0.29 0.40 0.37 0.37
C6 0.25 0.14 0.17 0.20 0.20 0.25 0.14 0.32 0.11 0.19 0.10 0.22 0.12 0.15 0.23 0.15 0.15 0.28 0.27 0.30 0.27 0.29
C8 0.24 0.05 0.18 0.23 0.11 0.29 0.05 0.36 0.08 0.14 0.09 0.10 0.13 0.07 0.18 0.14 0.21 0.33 0.34 0.37 0.35 0.37
N1 0.18 0.08 0.10 0.13 0.15 0.19 0.11 0.27 0.09 0.15 0.08 0.15 0.14 0.12 0.17 0.08 0.08 0.22 0.23 0.26 0.23 0.25
N3 0.09 0.11 0.02 0.07 0.00 0.14 0.08 0.25 0.18 0.05 0.19 0.03 0.23 0.05 0.06 0.04 0.03 0.16 0.22 0.26 0.23 0.25
N6 0.31 0.22 0.24 0.25 0.25 0.28 0.19 0.34 0.15 0.24 0.16 0.28 0.14 0.19 0.27 0.22 0.20 0.33 0.30 0.32 0.29 0.31
N7 0.29 0.09 0.22 0.26 0.17 0.30 0.10 0.36 0.08 0.19 0.09 0.18 0.11 0.12 0.23 0.19 0.22 0.34 0.33 0.36 0.33 0.35
N9 0.17 0.06 0.10 0.17 0.04 0.24 0.05 0.34 0.12 0.10 0.13 0.03 0.17 0.03 0.12 0.06 0.15 0.26 0.31 0.35 0.33 0.34
O2' 0.09 0.07 0.07 0.16 0.05 0.23 0.07 0.37 0.12 0.09 0.11 0.04 0.16 0.07 0.08 0.01 0.15 0.20 0.37 0.39 0.41 0.42
O3' 0.20 0.53 0.18 0.05 0.47 0.10 0.61 0.27 0.69 0.42 0.64 0.44 0.78 0.59 0.36 0.16 0.01 0.01 0.32 0.53 0.47 0.48
O4' 0.05 0.16 0.04 0.14 0.12 0.22 0.17 0.34 0.21 0.04 0.21 0.12 0.23 0.12 0.05 0.02 0.14 0.20 0.33 0.38 0.37 0.37
O5' 0.09 0.05 0.11 0.17 0.04 0.21 0.09 0.26 0.12 0.06 0.10 0.02 0.16 0.10 0.04 0.08 0.19 0.18 0.28 0.37 0.34 0.34
OP1 0.04 0.08 0.02 0.05 0.08 0.07 0.12 0.11 0.14 0.10 0.12 0.06 0.17 0.13 0.07 0.04 0.09 0.02 0.14 0.24 0.22 0.21
OP2 0.07 0.03 0.06 0.09 0.04 0.11 0.06 0.13 0.07 0.06 0.05 0.05 0.11 0.07 0.05 0.02 0.09 0.12 0.14 0.19 0.17 0.17
P 0.02 0.07 0.03 0.07 0.07 0.09 0.12 0.12 0.14 0.09 0.11 0.04 0.17 0.12 0.05 0.01 0.10 0.07 0.15 0.24 0.21 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.01 0.06 0.05 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.08 0.13 0.03 0.04 0.12 0.14 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.10 0.10 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.09 0.13 0.05 0.01 0.12 0.13 0.06 0.05 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03 0.18 0.17 0.20 0.18
C5' 0.03 0.08 0.01 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.18 0.21 0.13 0.05 0.23 0.23 0.11 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.09 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.03 0.18 0.17 0.20 0.18
C8 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.13 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.13 0.04 0.21 0.20 0.23 0.21
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.11 0.12 0.12
N3 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03
N6 0.02 0.00 0.05 0.12 0.01 0.12 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.13 0.04 0.24 0.22 0.27 0.24
N7 0.02 0.01 0.07 0.14 0.00 0.13 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.15 0.04 0.25 0.23 0.27 0.25
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.10 0.12 0.11 0.10
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.07 0.04 0.06
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.02 0.08 0.13 0.01 0.07 0.13 0.15 0.04 0.03 0.00 0.00 0.02 0.10 0.02 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.04
O5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.18 0.21 0.11 0.02 0.24 0.25 0.10 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.06 0.06 0.06 0.08 0.10 0.06 0.17 0.01 0.17 0.20 0.11 0.05 0.22 0.23 0.12 0.07 0.10 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.05 0.03 0.04 0.10 0.04 0.20 0.01 0.20 0.23 0.12 0.02 0.27 0.27 0.11 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.02 0.03 0.09 0.03 0.18 0.00 0.18 0.21 0.12 0.03 0.24 0.25 0.10 0.06 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00