Doublet Group distance statistics: 52759

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N1	A	0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C6	A	0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C5	A	0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4	A	0, 0.003, 0.025, 0.046, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.021
N3	A	0, 0.002, 0.029, 0.056, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.029 std_dev=0.027
N6	A	0, 0.003, 0.034, 0.065, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.031
N9	A	0, 0.003, 0.034, 0.065, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.031
N7	A	0, 0.003, 0.034, 0.066, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.034 std_dev=0.032
C8	A	0, 0.001, 0.039, 0.077, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.039 std_dev=0.038
O4'	A	0, 0.010, 0.055, 0.100, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.045
C2'	A	0, 0.006, 0.067, 0.128, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.067 std_dev=0.061
O2'	A	0, 0.032, 0.111, 0.190, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.111 std_dev=0.079
C3'	A	0, 0.039, 0.135, 0.230, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.135 std_dev=0.095
C4'	A	0, 0.022, 0.137, 0.252, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.137 std_dev=0.115
C6	B	0, 0.075, 0.259, 0.443, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.259 std_dev=0.184
O3'	A	0, 0.008, 0.198, 0.389, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.198 std_dev=0.191
C5	B	0, 0.081, 0.288, 0.495, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.288 std_dev=0.207
N9	B	0, 0.075, 0.296, 0.517, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.296 std_dev=0.221
C4	B	0, 0.064, 0.286, 0.509, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.286 std_dev=0.223
N6	B	0, 0.096, 0.342, 0.587, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.342 std_dev=0.245
C5'	A	0, -0.024, 0.221, 0.467, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.221 std_dev=0.246
P	B	0, 0.102, 0.348, 0.595, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.348 std_dev=0.246
C1'	B	0, 0.081, 0.333, 0.586, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.333 std_dev=0.253
N1	B	0, 0.078, 0.347, 0.615, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.347 std_dev=0.268
OP2	B	0, 0.090, 0.369, 0.648, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.369 std_dev=0.279
O5'	A	0, -0.003, 0.297, 0.598, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.297 std_dev=0.301
O4'	B	0, 0.126, 0.431, 0.736, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.431 std_dev=0.305
C2'	B	0, 0.084, 0.401, 0.718, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.401 std_dev=0.317
C8	B	0, 0.116, 0.435, 0.753, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.435 std_dev=0.319
O5'	B	0, 0.136, 0.469, 0.801, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.469 std_dev=0.333
N7	B	0, 0.124, 0.461, 0.797, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.461 std_dev=0.336
N3	B	0, 0.080, 0.442, 0.805, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.442 std_dev=0.362
C4'	B	0, 0.144, 0.528, 0.912, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.528 std_dev=0.384
O2'	B	0, 0.096, 0.481, 0.865, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.481 std_dev=0.385
C2	B	0, 0.092, 0.479, 0.867, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.479 std_dev=0.387
C3'	B	0, 0.125, 0.523, 0.921, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.523 std_dev=0.398
OP1	B	0, 0.116, 0.553, 0.990, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.553 std_dev=0.437
P	A	0, -0.077, 0.417, 0.912, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.417 std_dev=0.495
OP2	A	0, -0.072, 0.431, 0.933, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.431 std_dev=0.503
C5'	B	0, 0.187, 0.715, 1.243, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.715 std_dev=0.528
O3'	B	0, 0.103, 0.667, 1.230, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.667 std_dev=0.564
OP1	A	0, -0.061, 0.585, 1.231, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.585 std_dev=0.646

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.03	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.04	0.09	0.04	0.04
C2	0.04	0.00	0.08	0.12	0.03	0.11	0.03	0.17	0.01	0.04	0.01	0.00	0.01	0.03	0.04	0.05	0.14	0.06	0.25	0.29	0.25	0.25
C2'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.04	0.01	0.05	0.02	0.06	0.02	0.07	0.06	0.07	0.03	0.02	0.00	0.01	0.00	0.03	0.12	0.06	0.06
C3'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.08	0.00	0.09	0.02	0.10	0.05	0.12	0.10	0.12	0.07	0.04	0.02	0.00	0.01	0.02	0.11	0.05	0.06
C4	0.02	0.03	0.04	0.08	0.00	0.07	0.00	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.04	0.18	0.23	0.17	0.18
C4'	0.01	0.11	0.01	0.00	0.07	0.00	0.07	0.00	0.07	0.03	0.10	0.11	0.08	0.04	0.04	0.03	0.01	0.01	0.00	0.06	0.02	0.01
C5	0.01	0.03	0.05	0.09	0.00	0.07	0.00	0.11	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.10	0.03	0.19	0.28	0.22	0.21
C5'	0.02	0.17	0.02	0.02	0.11	0.00	0.11	0.00	0.13	0.06	0.16	0.16	0.13	0.08	0.06	0.03	0.02	0.01	0.01	0.05	0.02	0.01
C6	0.01	0.01	0.06	0.10	0.01	0.07	0.00	0.13	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.02	0.01	0.01	0.12	0.03	0.22	0.31	0.26	0.25
C8	0.01	0.04	0.02	0.05	0.01	0.03	0.01	0.06	0.02	0.00	0.03	0.02	0.02	0.00	0.00	0.04	0.04	0.02	0.12	0.20	0.14	0.14
N1	0.03	0.01	0.07	0.12	0.01	0.10	0.02	0.16	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.03	0.03	0.14	0.04	0.25	0.32	0.28	0.27
N3	0.03	0.00	0.06	0.10	0.01	0.11	0.01	0.16	0.04	0.02	0.02	0.00	0.04	0.01	0.02	0.05	0.12	0.06	0.22	0.24	0.18	0.20
N6	0.01	0.01	0.07	0.12	0.01	0.08	0.00	0.13	0.00	0.02	0.01	0.04	0.00	0.03	0.01	0.02	0.13	0.03	0.23	0.34	0.29	0.27
N7	0.00	0.03	0.03	0.07	0.01	0.04	0.00	0.08	0.02	0.00	0.03	0.01	0.03	0.00	0.01	0.04	0.06	0.01	0.15	0.25	0.19	0.18
N9	0.00	0.04	0.02	0.04	0.01	0.04	0.01	0.06	0.01	0.00	0.03	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.03	0.02	0.11	0.17	0.11	0.11
O2'	0.01	0.05	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.04	0.03	0.05	0.02	0.04	0.02	0.00	0.03	0.01	0.02	0.12	0.05	0.06
O3'	0.01	0.14	0.01	0.00	0.09	0.01	0.10	0.02	0.12	0.04	0.14	0.12	0.13	0.06	0.03	0.03	0.00	0.01	0.02	0.13	0.07	0.07
O4'	0.00	0.06	0.00	0.01	0.04	0.01	0.03	0.01	0.03	0.02	0.04	0.06	0.03	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.04	0.06	0.02	0.02
O5'	0.04	0.25	0.03	0.02	0.18	0.00	0.19	0.01	0.22	0.12	0.25	0.22	0.23	0.15	0.11	0.02	0.02	0.04	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.09	0.29	0.12	0.11	0.23	0.06	0.28	0.05	0.31	0.20	0.32	0.24	0.34	0.25	0.17	0.12	0.13	0.06	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.04	0.25	0.06	0.05	0.17	0.02	0.22	0.02	0.26	0.14	0.28	0.18	0.29	0.19	0.11	0.05	0.07	0.02	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.04	0.25	0.06	0.06	0.18	0.01	0.21	0.01	0.25	0.14	0.27	0.20	0.27	0.18	0.11	0.06	0.07	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.10	0.06	0.02	0.14	0.02	0.15	0.07	0.36	0.09	0.15	0.06	0.06	0.16	0.15	0.08	0.10	0.16	0.04	0.27	0.16	0.18	0.06
C2	0.16	0.07	0.14	0.09	0.11	0.05	0.13	0.01	0.06	0.24	0.03	0.09	0.11	0.24	0.17	0.15	0.09	0.09	0.34	0.09	0.18	0.09
C2'	0.09	0.06	0.04	0.19	0.05	0.13	0.14	0.36	0.16	0.15	0.11	0.02	0.24	0.19	0.06	0.07	0.19	0.05	0.27	0.21	0.12	0.09
C3'	0.11	0.08	0.04	0.14	0.06	0.01	0.16	0.14	0.20	0.14	0.16	0.03	0.30	0.20	0.07	0.08	0.14	0.15	0.15	0.03	0.15	0.00
C4	0.15	0.09	0.12	0.02	0.09	0.05	0.09	0.14	0.04	0.20	0.04	0.10	0.11	0.18	0.15	0.16	0.03	0.07	0.34	0.14	0.18	0.09
C4'	0.11	0.08	0.04	0.15	0.02	0.06	0.10	0.24	0.15	0.13	0.12	0.04	0.24	0.15	0.07	0.07	0.17	0.09	0.15	0.02	0.16	0.01
C5	0.12	0.11	0.12	0.04	0.07	0.08	0.05	0.15	0.03	0.14	0.07	0.12	0.09	0.13	0.10	0.15	0.05	0.08	0.38	0.19	0.14	0.13
C5'	0.11	0.12	0.02	0.12	0.03	0.00	0.10	0.12	0.18	0.10	0.17	0.08	0.27	0.12	0.05	0.07	0.13	0.13	0.10	0.14	0.16	0.07
C6	0.11	0.11	0.13	0.08	0.08	0.05	0.07	0.07	0.01	0.15	0.08	0.10	0.07	0.15	0.10	0.14	0.08	0.07	0.39	0.17	0.13	0.14
C8	0.08	0.11	0.08	0.11	0.04	0.19	0.06	0.33	0.09	0.08	0.08	0.11	0.13	0.10	0.03	0.14	0.12	0.15	0.37	0.25	0.12	0.13
N1	0.14	0.08	0.14	0.10	0.10	0.05	0.12	0.01	0.04	0.20	0.05	0.09	0.09	0.21	0.14	0.15	0.10	0.07	0.37	0.12	0.15	0.12
N3	0.18	0.08	0.14	0.06	0.13	0.04	0.13	0.06	0.06	0.26	0.03	0.11	0.10	0.24	0.19	0.17	0.05	0.11	0.31	0.08	0.21	0.07
N6	0.07	0.15	0.11	0.07	0.06	0.07	0.03	0.09	0.03	0.08	0.12	0.12	0.03	0.08	0.06	0.12	0.08	0.10	0.42	0.22	0.10	0.17
N7	0.09	0.14	0.10	0.07	0.07	0.16	0.04	0.24	0.08	0.05	0.10	0.14	0.11	0.07	0.04	0.15	0.08	0.15	0.39	0.25	0.11	0.15
N9	0.13	0.08	0.08	0.06	0.05	0.11	0.06	0.26	0.06	0.15	0.06	0.09	0.13	0.14	0.10	0.14	0.08	0.06	0.32	0.17	0.18	0.08
O2'	0.05	0.02	0.09	0.32	0.06	0.29	0.14	0.65	0.14	0.17	0.08	0.01	0.22	0.21	0.08	0.04	0.34	0.05	0.26	0.38	0.04	0.18
O3'	0.11	0.10	0.10	0.20	0.10	0.04	0.21	0.14	0.25	0.19	0.19	0.04	0.35	0.27	0.09	0.08	0.20	0.19	0.01	0.02	0.01	0.00
O4'	0.12	0.07	0.03	0.11	0.03	0.08	0.07	0.26	0.09	0.17	0.07	0.07	0.16	0.15	0.10	0.10	0.13	0.06	0.22	0.06	0.21	0.01
O5'	0.16	0.17	0.05	0.01	0.07	0.14	0.09	0.10	0.21	0.10	0.22	0.12	0.30	0.05	0.09	0.11	0.02	0.21	0.06	0.28	0.28	0.16
OP1	0.10	0.31	0.14	0.12	0.21	0.12	0.28	0.14	0.38	0.12	0.38	0.23	0.49	0.23	0.13	0.09	0.11	0.17	0.10	0.33	0.02	0.06
OP2	0.13	0.25	0.05	0.03	0.13	0.15	0.15	0.17	0.28	0.07	0.31	0.18	0.37	0.05	0.08	0.08	0.02	0.20	0.13	0.30	0.17	0.10
P	0.11	0.24	0.06	0.05	0.12	0.12	0.17	0.11	0.28	0.02	0.29	0.17	0.39	0.10	0.06	0.06	0.04	0.18	0.11	0.29	0.13	0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.17	0.22	0.19	0.06
C2	0.02	0.00	0.20	0.21	0.00	0.06	0.00	0.07	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.16	0.24	0.06	0.35	0.26	0.11	0.18
C2'	0.00	0.20	0.00	0.00	0.10	0.00	0.05	0.02	0.09	0.09	0.15	0.20	0.05	0.05	0.00	0.00	0.02	0.01	0.26	0.41	0.06	0.22
C3'	0.01	0.21	0.00	0.00	0.13	0.00	0.09	0.03	0.13	0.05	0.19	0.20	0.10	0.01	0.04	0.02	0.00	0.00	0.29	0.49	0.06	0.28
C4	0.01	0.00	0.10	0.13	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.06	0.13	0.03	0.36	0.26	0.13	0.18
C4'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.04	0.00	0.04	0.00	0.04	0.02	0.05	0.05	0.03	0.02	0.03	0.02	0.02	0.00	0.00	0.23	0.26	0.01
C5	0.00	0.00	0.05	0.09	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.10	0.02	0.47	0.31	0.14	0.26
C5'	0.01	0.07	0.02	0.03	0.07	0.00	0.08	0.00	0.08	0.08	0.07	0.06	0.07	0.08	0.06	0.01	0.05	0.01	0.00	0.26	0.38	0.00
C6	0.01	0.01	0.09	0.13	0.00	0.04	0.01	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.15	0.04	0.48	0.32	0.15	0.29
C8	0.01	0.01	0.09	0.05	0.01	0.02	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.08	0.06	0.04	0.47	0.31	0.14	0.25
N1	0.02	0.00	0.15	0.19	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.00	0.12	0.22	0.05	0.43	0.29	0.12	0.24
N3	0.03	0.00	0.20	0.20	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.15	0.21	0.05	0.30	0.24	0.13	0.13
N6	0.01	0.01	0.05	0.10	0.01	0.03	0.01	0.07	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.03	0.02	0.03	0.13	0.04	0.55	0.37	0.22	0.37
N7	0.01	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.06	0.01	0.01	0.52	0.33	0.17	0.31
N9	0.00	0.01	0.00	0.04	0.00	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.03	0.01	0.34	0.26	0.15	0.15
O2'	0.02	0.16	0.00	0.02	0.06	0.02	0.02	0.01	0.06	0.08	0.12	0.15	0.03	0.06	0.02	0.00	0.05	0.02	0.10	0.33	0.06	0.11
O3'	0.01	0.24	0.02	0.00	0.13	0.02	0.10	0.05	0.15	0.06	0.22	0.21	0.13	0.01	0.03	0.05	0.00	0.01	0.17	0.52	0.09	0.27
O4'	0.00	0.06	0.01	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.04	0.04	0.05	0.05	0.04	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.09	0.36	0.11
O5'	0.17	0.35	0.26	0.29	0.36	0.00	0.47	0.00	0.48	0.47	0.43	0.30	0.55	0.52	0.34	0.10	0.17	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.22	0.26	0.41	0.49	0.26	0.23	0.31	0.26	0.32	0.31	0.29	0.24	0.37	0.33	0.26	0.33	0.52	0.09	0.01	0.00	0.02	0.01
OP2	0.19	0.11	0.06	0.06	0.13	0.26	0.14	0.38	0.15	0.14	0.12	0.13	0.22	0.17	0.15	0.06	0.09	0.36	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.06	0.18	0.22	0.28	0.18	0.01	0.26	0.00	0.29	0.25	0.24	0.13	0.37	0.31	0.15	0.11	0.27	0.11	0.00	0.01	0.01	0.00