ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52761

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.010, 0.034, 0.059, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.034 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.033 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.011, 0.039, 0.067, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.039 std_dev=0.028
O3' A 0, 0.034, 0.117, 0.200, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.117 std_dev=0.083
C2 B 0, 0.052, 0.180, 0.307, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.180 std_dev=0.127
C4' A 0, 0.056, 0.191, 0.326, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.191 std_dev=0.135
C3' A 0, 0.062, 0.212, 0.362, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.212 std_dev=0.150
N3 B 0, 0.064, 0.220, 0.376, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.220 std_dev=0.156
N1 B 0, 0.065, 0.223, 0.381, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.223 std_dev=0.158
O4' A 0, 0.074, 0.252, 0.431, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.252 std_dev=0.179
C2' A 0, 0.083, 0.284, 0.486, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.284 std_dev=0.201
C6 B 0, 0.100, 0.343, 0.585, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.343 std_dev=0.243
C4 B 0, 0.101, 0.345, 0.589, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.345 std_dev=0.244
O5' A 0, 0.115, 0.394, 0.672, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.394 std_dev=0.279
C5 B 0, 0.118, 0.403, 0.689, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.403 std_dev=0.286
N6 B 0, 0.119, 0.411, 0.702, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.411 std_dev=0.291
C5' A 0, 0.122, 0.418, 0.714, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.418 std_dev=0.296
O2' A 0, 0.134, 0.457, 0.781, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.457 std_dev=0.324
N9 B 0, 0.141, 0.483, 0.825, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.483 std_dev=0.342
N7 B 0, 0.156, 0.533, 0.910, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.533 std_dev=0.377
OP1 A 0, 0.159, 0.546, 0.932, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.546 std_dev=0.387
C8 B 0, 0.165, 0.565, 0.965, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.565 std_dev=0.400
C1' B 0, 0.170, 0.581, 0.993, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.581 std_dev=0.411
C2' B 0, 0.171, 0.585, 0.999, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.585 std_dev=0.414
P A 0, 0.183, 0.627, 1.071, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.627 std_dev=0.444
O4' B 0, 0.185, 0.632, 1.079, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.632 std_dev=0.447
C4' B 0, 0.217, 0.741, 1.264, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.741 std_dev=0.524
O2' B 0, 0.232, 0.791, 1.350, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.791 std_dev=0.559
OP2 A 0, 0.231, 0.792, 1.352, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.792 std_dev=0.560
C3' B 0, 0.237, 0.808, 1.380, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.808 std_dev=0.572
C5' B 0, 0.239, 0.815, 1.391, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.815 std_dev=0.576
O5' B 0, 0.252, 0.860, 1.467, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.860 std_dev=0.608
O3' B 0, 0.316, 1.081, 1.845, 1.647 max_d=1.647 avg_d=1.081 std_dev=0.765
P B 0, 0.358, 1.225, 2.091, 1.863 max_d=1.863 avg_d=1.225 std_dev=0.866
OP1 B 0, 0.372, 1.274, 2.175, 1.955 max_d=1.955 avg_d=1.274 std_dev=0.901
OP2 B 0, 0.436, 1.491, 2.545, 2.272 max_d=2.272 avg_d=1.491 std_dev=1.054

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02
C2 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02
C5' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.10 0.06
N1 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02
N3 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03
N7 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.09 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03
O2' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.07 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04
O3' 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.07 0.05
O5' 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.10 0.03 0.02 0.06 0.09 0.06 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.08 0.07 0.12 0.09 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.07 0.12 0.10 0.10 0.04 0.06 0.10 0.05 0.05 0.05 0.05
C2 0.13 0.04 0.11 0.12 0.09 0.11 0.07 0.12 0.05 0.11 0.03 0.07 0.04 0.08 0.11 0.12 0.06 0.12 0.06 0.07 0.07 0.08
C2' 0.05 0.03 0.02 0.09 0.03 0.09 0.04 0.10 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.04 0.04 0.04
C3' 0.05 0.04 0.02 0.09 0.04 0.09 0.05 0.10 0.06 0.05 0.04 0.03 0.07 0.05 0.05 0.04 0.03 0.07 0.04 0.05 0.04 0.04
C4 0.12 0.06 0.10 0.13 0.10 0.12 0.10 0.12 0.08 0.12 0.06 0.07 0.08 0.10 0.12 0.09 0.07 0.12 0.06 0.07 0.06 0.07
C4' 0.05 0.03 0.03 0.08 0.04 0.07 0.05 0.08 0.06 0.06 0.04 0.03 0.08 0.06 0.05 0.02 0.00 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03
C5 0.15 0.06 0.12 0.15 0.11 0.13 0.11 0.13 0.09 0.14 0.06 0.08 0.07 0.12 0.14 0.12 0.10 0.14 0.07 0.07 0.06 0.07
C5' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
C6 0.16 0.05 0.14 0.15 0.11 0.14 0.09 0.13 0.06 0.14 0.04 0.08 0.05 0.11 0.14 0.16 0.10 0.15 0.07 0.08 0.07 0.08
C8 0.12 0.06 0.09 0.14 0.10 0.12 0.13 0.11 0.12 0.14 0.08 0.07 0.13 0.14 0.12 0.06 0.09 0.11 0.06 0.06 0.05 0.05
N1 0.15 0.04 0.13 0.13 0.09 0.12 0.07 0.13 0.04 0.12 0.03 0.07 0.04 0.09 0.13 0.15 0.08 0.13 0.07 0.08 0.07 0.09
N3 0.11 0.05 0.09 0.12 0.08 0.11 0.07 0.12 0.06 0.11 0.05 0.06 0.06 0.08 0.10 0.09 0.05 0.11 0.06 0.07 0.06 0.07
N6 0.19 0.05 0.17 0.17 0.12 0.15 0.10 0.13 0.06 0.16 0.04 0.09 0.05 0.12 0.17 0.20 0.14 0.18 0.07 0.08 0.07 0.09
N7 0.14 0.06 0.11 0.15 0.12 0.13 0.13 0.12 0.11 0.16 0.07 0.08 0.10 0.15 0.14 0.10 0.11 0.13 0.06 0.06 0.06 0.06
N9 0.12 0.08 0.09 0.13 0.10 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.09 0.08 0.12 0.12 0.11 0.07 0.07 0.11 0.06 0.06 0.05 0.06
O2' 0.06 0.04 0.03 0.10 0.04 0.10 0.04 0.12 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07
O3' 0.05 0.04 0.02 0.09 0.04 0.08 0.05 0.09 0.06 0.05 0.05 0.03 0.08 0.05 0.04 0.03 0.03 0.07 0.03 0.03 0.03 0.04
O4' 0.10 0.07 0.09 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.12 0.09 0.07 0.15 0.12 0.11 0.05 0.04 0.09 0.05 0.05 0.04 0.05
O5' 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.08 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04
OP1 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.10 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02
OP2 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.04 0.05 0.04 0.02 0.03
P 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.00 0.09 0.14 0.20 0.13
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.03 0.10 0.12 0.16 0.11
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.13 0.20 0.29 0.21
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.06
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.10 0.13 0.19 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.07 0.10 0.16 0.11
C5' 0.03 0.04 0.07 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00
C6 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.08 0.10 0.15 0.10
C8 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.03 0.02 0.07 0.12 0.22 0.14
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.08 0.10 0.15 0.10
N3 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.09 0.04 0.11 0.13 0.17 0.12
N6 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.11 0.09 0.02 0.06 0.09 0.14 0.09
N7 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.11 0.05 0.00 0.06 0.10 0.18 0.11
N9 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.10 0.14 0.22 0.14
O2' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.05 0.07 0.11 0.03 0.04 0.11 0.11 0.04 0.00 0.02 0.02 0.13 0.22 0.35 0.23
O3' 0.08 0.10 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.04 0.09 0.03 0.09 0.09 0.09 0.05 0.07 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.08 0.10 0.06
O5' 0.09 0.10 0.13 0.01 0.10 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.08 0.11 0.06 0.06 0.10 0.13 0.05 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.14 0.12 0.20 0.09 0.13 0.06 0.10 0.04 0.10 0.12 0.10 0.13 0.09 0.10 0.14 0.22 0.02 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.16 0.29 0.10 0.19 0.05 0.16 0.01 0.15 0.22 0.15 0.17 0.14 0.18 0.22 0.35 0.05 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.11 0.21 0.06 0.13 0.02 0.11 0.00 0.10 0.14 0.10 0.12 0.09 0.11 0.14 0.23 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00