ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52762

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.004, 0.053, 0.101, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.053 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.016, 0.067, 0.118, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.067 std_dev=0.051
O2' A 0, 0.021, 0.095, 0.169, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.095 std_dev=0.074
C3' A 0, 0.021, 0.098, 0.176, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.098 std_dev=0.077
C4' A 0, 0.014, 0.091, 0.169, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.091 std_dev=0.077
O3' A 0, 0.042, 0.159, 0.276, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.159 std_dev=0.117
C5' A 0, 0.012, 0.150, 0.288, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.150 std_dev=0.138
C4 B 0, 0.056, 0.227, 0.398, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.227 std_dev=0.171
N9 B 0, 0.052, 0.223, 0.394, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.223 std_dev=0.171
O5' A 0, -0.024, 0.161, 0.345, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.161 std_dev=0.184
C8 B 0, 0.047, 0.260, 0.472, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.260 std_dev=0.213
C5 B 0, 0.043, 0.257, 0.471, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.257 std_dev=0.214
P A 0, 0.038, 0.273, 0.509, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.273 std_dev=0.236
N7 B 0, -0.049, 0.247, 0.543, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.247 std_dev=0.296
O4' B 0, 0.090, 0.394, 0.699, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.394 std_dev=0.305
N3 B 0, 0.124, 0.430, 0.736, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.430 std_dev=0.306
C1' B 0, 0.129, 0.450, 0.771, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.450 std_dev=0.321
OP1 B 0, 0.131, 0.459, 0.788, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.459 std_dev=0.329
C3' B 0, 0.070, 0.401, 0.732, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.401 std_dev=0.331
C4' B 0, 0.063, 0.409, 0.755, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.409 std_dev=0.346
P B 0, 0.095, 0.448, 0.801, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.448 std_dev=0.353
C5' B 0, 0.087, 0.452, 0.818, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.452 std_dev=0.365
OP2 A 0, 0.014, 0.391, 0.768, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.391 std_dev=0.377
OP1 A 0, 0.142, 0.519, 0.897, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.519 std_dev=0.377
C6 B 0, 0.053, 0.442, 0.831, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.442 std_dev=0.389
C2 B 0, 0.133, 0.546, 0.959, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.546 std_dev=0.413
OP2 B 0, 0.081, 0.496, 0.911, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.496 std_dev=0.415
O3' B 0, 0.184, 0.639, 1.094, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.639 std_dev=0.455
N1 B 0, 0.104, 0.561, 1.017, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.561 std_dev=0.456
O5' B 0, 0.180, 0.660, 1.141, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.660 std_dev=0.481
N6 B 0, 0.029, 0.583, 1.136, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.583 std_dev=0.554
C2' B 0, 0.102, 0.706, 1.311, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.706 std_dev=0.604
O2' B 0, -0.064, 1.116, 2.295, 2.747 max_d=2.747 avg_d=1.116 std_dev=1.179

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.01 0.06
C2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.08 0.01 0.02 0.18 0.05 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.03 0.04
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.06 0.01
C4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.18 0.05 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.03 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.17 0.08 0.10
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.03 0.01 0.06 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.07 0.18 0.09 0.10
C8 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.17 0.08 0.09
N1 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.18 0.07 0.09
N3 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.08 0.00 0.02 0.18 0.03 0.07
N6 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.08 0.18 0.12 0.12
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.10 0.17 0.11 0.11
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.17 0.04 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.07 0.08 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.14 0.04 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.08 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.10 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.17 0.03 0.07
O5' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.04 0.02 0.08 0.10 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.17 0.18 0.14 0.09 0.18 0.11 0.17 0.04 0.18 0.17 0.18 0.18 0.18 0.17 0.17 0.14 0.07 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.03 0.08 0.03 0.09 0.08 0.07 0.03 0.12 0.11 0.04 0.04 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.04 0.01 0.08 0.03 0.10 0.00 0.10 0.09 0.09 0.07 0.12 0.11 0.07 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.29 0.24 0.11 0.07 0.04 0.05 0.05 0.21 0.20 0.33 0.19 0.24 0.17 0.06 0.49 0.08 0.02 0.27 0.11 0.04 0.03
C2 0.07 0.18 0.06 0.08 0.05 0.08 0.17 0.09 0.15 0.20 0.05 0.15 0.26 0.27 0.08 0.05 0.31 0.07 0.29 0.31 0.27 0.12
C2' 0.03 0.34 0.21 0.12 0.09 0.05 0.04 0.06 0.20 0.19 0.35 0.22 0.18 0.18 0.04 0.42 0.08 0.03 0.29 0.15 0.07 0.01
C3' 0.08 0.30 0.31 0.08 0.06 0.04 0.04 0.04 0.21 0.21 0.33 0.19 0.23 0.16 0.08 0.53 0.05 0.04 0.24 0.16 0.07 0.05
C4 0.01 0.25 0.15 0.10 0.05 0.03 0.04 0.05 0.08 0.20 0.22 0.17 0.02 0.22 0.05 0.24 0.15 0.01 0.31 0.24 0.16 0.06
C4' 0.14 0.27 0.38 0.07 0.04 0.05 0.05 0.04 0.23 0.23 0.33 0.15 0.30 0.15 0.11 0.68 0.05 0.07 0.19 0.11 0.05 0.05
C5 0.02 0.20 0.14 0.10 0.06 0.03 0.01 0.05 0.07 0.15 0.17 0.16 0.03 0.16 0.03 0.15 0.10 0.03 0.33 0.30 0.20 0.09
C5' 0.21 0.22 0.49 0.06 0.00 0.09 0.04 0.08 0.22 0.25 0.29 0.09 0.31 0.13 0.16 0.79 0.06 0.12 0.13 0.12 0.08 0.09
C6 0.06 0.14 0.07 0.08 0.02 0.04 0.08 0.08 0.05 0.14 0.08 0.13 0.09 0.17 0.03 0.04 0.18 0.04 0.32 0.37 0.29 0.15
C8 0.05 0.25 0.26 0.14 0.09 0.08 0.09 0.08 0.21 0.14 0.27 0.17 0.23 0.07 0.04 0.40 0.05 0.07 0.31 0.16 0.04 0.02
N1 0.08 0.12 0.06 0.08 0.03 0.08 0.15 0.11 0.14 0.17 0.04 0.12 0.22 0.23 0.06 0.11 0.29 0.07 0.30 0.36 0.32 0.16
N3 0.04 0.24 0.10 0.08 0.04 0.05 0.12 0.06 0.05 0.22 0.18 0.17 0.16 0.28 0.08 0.17 0.25 0.05 0.29 0.26 0.20 0.08
N6 0.08 0.12 0.04 0.07 0.05 0.04 0.06 0.09 0.07 0.08 0.09 0.11 0.09 0.11 0.01 0.16 0.14 0.05 0.33 0.43 0.36 0.20
N7 0.05 0.21 0.22 0.13 0.09 0.07 0.07 0.08 0.16 0.11 0.21 0.16 0.15 0.06 0.04 0.26 0.05 0.08 0.34 0.26 0.11 0.04
N9 0.04 0.27 0.22 0.11 0.07 0.04 0.04 0.05 0.18 0.19 0.29 0.18 0.18 0.17 0.05 0.39 0.07 0.03 0.30 0.17 0.07 0.02
O2' 0.01 0.37 0.18 0.12 0.10 0.05 0.05 0.06 0.20 0.19 0.38 0.25 0.18 0.18 0.03 0.43 0.11 0.03 0.28 0.13 0.06 0.02
O3' 0.07 0.33 0.31 0.08 0.08 0.04 0.05 0.04 0.22 0.21 0.36 0.21 0.24 0.16 0.07 0.54 0.05 0.04 0.23 0.18 0.08 0.06
O4' 0.13 0.25 0.35 0.09 0.04 0.04 0.06 0.04 0.23 0.22 0.31 0.14 0.31 0.15 0.10 0.66 0.06 0.05 0.22 0.06 0.04 0.06
O5' 0.22 0.18 0.51 0.08 0.03 0.12 0.02 0.11 0.18 0.26 0.24 0.07 0.26 0.14 0.17 0.74 0.08 0.14 0.13 0.19 0.10 0.13
OP1 0.23 0.27 0.54 0.05 0.17 0.07 0.24 0.06 0.35 0.21 0.35 0.18 0.46 0.21 0.18 0.81 0.11 0.11 0.06 0.04 0.07 0.07
OP2 0.21 0.20 0.53 0.07 0.09 0.06 0.13 0.05 0.25 0.19 0.28 0.11 0.34 0.12 0.15 0.79 0.16 0.08 0.12 0.06 0.08 0.07
P 0.20 0.20 0.51 0.03 0.09 0.05 0.14 0.04 0.25 0.19 0.28 0.11 0.34 0.12 0.14 0.74 0.10 0.08 0.11 0.09 0.04 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.33 0.00 0.03 0.22 0.17 0.04
C2 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.11 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.57 0.10 0.18 0.11 0.17 0.05
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.16 0.02 0.07 0.06 0.08 0.00 0.05 0.01 0.00 0.08 0.03 0.38 0.41 0.31 0.25
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.17 0.02 0.14 0.30 0.04 0.05 0.19 0.28 0.14 0.01 0.02 0.01 0.11 0.09 0.02 0.15
C4 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.34 0.05 0.18 0.09 0.11 0.08
C4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.02 0.17 0.05 0.11 0.06 0.14 0.05 0.24 0.02 0.00 0.01 0.09 0.09 0.05
C5 0.00 0.00 0.00 0.17 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.19 0.01 0.28 0.04 0.04 0.18
C5' 0.04 0.06 0.16 0.02 0.02 0.00 0.08 0.00 0.06 0.15 0.02 0.08 0.11 0.15 0.04 0.07 0.17 0.02 0.00 0.12 0.12 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.14 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.28 0.03 0.30 0.06 0.05 0.19
C8 0.00 0.00 0.07 0.30 0.00 0.17 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.38 0.08 0.07 0.25 0.03 0.08 0.20
N1 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.45 0.07 0.25 0.03 0.10 0.12
N3 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.11 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.56 0.10 0.13 0.15 0.20 0.02
N6 0.00 0.00 0.00 0.19 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.19 0.01 0.36 0.14 0.10 0.25
N7 0.00 0.00 0.05 0.28 0.00 0.14 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.40 0.03 0.05 0.32 0.11 0.12 0.26
N9 0.00 0.00 0.01 0.14 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.19 0.01 0.14 0.11 0.08 0.08
O2' 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.24 0.27 0.07 0.24 0.38 0.11 0.05 0.32 0.40 0.19 0.00 0.11 0.16 0.29 0.43 0.16 0.20
O3' 0.33 0.57 0.08 0.02 0.34 0.02 0.19 0.17 0.28 0.08 0.45 0.56 0.19 0.03 0.19 0.11 0.00 0.20 0.08 0.34 0.38 0.48
O4' 0.00 0.10 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.16 0.20 0.00 0.12 0.18 0.14 0.01
O5' 0.03 0.18 0.38 0.11 0.18 0.01 0.28 0.00 0.30 0.25 0.25 0.13 0.36 0.32 0.14 0.29 0.08 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.22 0.11 0.41 0.09 0.09 0.09 0.04 0.12 0.06 0.03 0.03 0.15 0.14 0.11 0.11 0.43 0.34 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.17 0.31 0.02 0.11 0.09 0.04 0.12 0.05 0.08 0.10 0.20 0.10 0.12 0.08 0.16 0.38 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.25 0.15 0.08 0.05 0.18 0.00 0.19 0.20 0.12 0.02 0.25 0.26 0.08 0.20 0.48 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00