ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52766

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C4' A 0, 0.000, 0.173, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.173 std_dev=0.173
O2' A 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
C3' A 0, 0.000, 0.240, 0.480, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.240 std_dev=0.240
C5' A 0, 0.000, 0.259, 0.519, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.259 std_dev=0.259
O5' A 0, 0.000, 0.336, 0.672, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.336 std_dev=0.336
N6 B 0, 0.000, 0.368, 0.736, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.368 std_dev=0.368
OP1 B 0, 0.000, 0.401, 0.802, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.401 std_dev=0.401
C6 B 0, 0.000, 0.406, 0.811, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.406 std_dev=0.406
O3' A 0, 0.000, 0.408, 0.816, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.408 std_dev=0.408
C5 B 0, 0.000, 0.410, 0.821, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.410 std_dev=0.410
C4 B 0, 0.000, 0.430, 0.860, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.430 std_dev=0.430
P B 0, 0.000, 0.445, 0.891, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.445 std_dev=0.445
O5' B 0, 0.000, 0.454, 0.909, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.454 std_dev=0.454
N9 B 0, 0.000, 0.462, 0.924, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.462 std_dev=0.462
P A 0, 0.000, 0.468, 0.936, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.468 std_dev=0.468
O4' B 0, 0.000, 0.474, 0.949, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.474 std_dev=0.474
C1' B 0, 0.000, 0.476, 0.951, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.476 std_dev=0.476
C2' B 0, 0.000, 0.478, 0.956, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.478 std_dev=0.478
N7 B 0, 0.000, 0.479, 0.958, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.479 std_dev=0.479
O2' B 0, 0.000, 0.479, 0.959, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.479 std_dev=0.479
N3 B 0, 0.000, 0.486, 0.971, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.486 std_dev=0.486
C5' B 0, 0.000, 0.496, 0.992, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.496 std_dev=0.496
N1 B 0, 0.000, 0.504, 1.007, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.504 std_dev=0.504
C4' B 0, 0.000, 0.509, 1.018, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.509 std_dev=0.509
C8 B 0, 0.000, 0.522, 1.044, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.522 std_dev=0.522
C3' B 0, 0.000, 0.529, 1.057, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.529 std_dev=0.529
C2 B 0, 0.000, 0.542, 1.085, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.542 std_dev=0.542
OP2 B 0, 0.000, 0.544, 1.088, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.544 std_dev=0.544
OP1 A 0, 0.000, 0.547, 1.093, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.547 std_dev=0.547
O3' B 0, 0.000, 0.566, 1.132, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.566 std_dev=0.566
OP2 A 0, 0.000, 0.591, 1.182, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.591 std_dev=0.591

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03
C2 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.09 0.07 0.14 0.09
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.04 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.09 0.12 0.07 0.03 0.11 0.13 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.09 0.05 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.10 0.11 0.14 0.11
C4' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.02 0.00 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.14 0.16 0.21 0.16
C5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.05 0.02 0.10 0.10 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.15 0.15 0.22 0.16
C8 0.01 0.00 0.06 0.12 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.14 0.00 0.14 0.19 0.19 0.16
N1 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.12 0.11 0.19 0.13
N3 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.07 0.06 0.11 0.07
N6 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.12 0.01 0.17 0.19 0.27 0.20
N7 0.01 0.00 0.05 0.13 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.01 0.16 0.21 0.24 0.19
N9 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.09 0.12 0.12 0.10
O2' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.04 0.05
O3' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.11 0.02 0.10 0.14 0.06 0.01 0.12 0.15 0.07 0.02 0.00 0.00 0.05 0.14 0.09 0.11
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01
O5' 0.02 0.09 0.02 0.03 0.10 0.01 0.14 0.00 0.15 0.14 0.12 0.07 0.17 0.16 0.09 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.07 0.09 0.09 0.11 0.05 0.16 0.01 0.15 0.19 0.11 0.06 0.19 0.21 0.12 0.09 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.14 0.04 0.05 0.14 0.01 0.21 0.01 0.22 0.19 0.19 0.11 0.27 0.24 0.12 0.04 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.09 0.05 0.06 0.11 0.02 0.16 0.00 0.16 0.16 0.13 0.07 0.20 0.19 0.10 0.05 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.09 0.12 0.07 0.17 0.04 0.22 0.00 0.17 0.31 0.11 0.10 0.18 0.31 0.21 0.14 0.05 0.10 0.01 0.13 0.03 0.05
C2 0.03 0.11 0.03 0.07 0.03 0.11 0.03 0.11 0.01 0.09 0.08 0.09 0.03 0.11 0.01 0.00 0.09 0.09 0.11 0.15 0.06 0.09
C2' 0.14 0.06 0.10 0.05 0.15 0.04 0.18 0.00 0.14 0.28 0.09 0.08 0.15 0.26 0.19 0.11 0.03 0.11 0.00 0.13 0.04 0.06
C3' 0.09 0.03 0.06 0.03 0.09 0.03 0.12 0.00 0.08 0.21 0.04 0.04 0.09 0.19 0.13 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01
C4 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.09 0.11 0.12 0.08 0.16 0.01 0.02 0.11 0.19 0.07 0.04 0.07 0.06 0.12 0.18 0.09 0.12
C4' 0.11 0.08 0.09 0.05 0.13 0.04 0.17 0.01 0.13 0.24 0.10 0.08 0.14 0.24 0.16 0.09 0.04 0.08 0.02 0.07 0.02 0.01
C5 0.06 0.07 0.06 0.12 0.01 0.16 0.05 0.18 0.04 0.08 0.02 0.07 0.08 0.12 0.00 0.01 0.13 0.13 0.18 0.22 0.15 0.17
C5' 0.06 0.06 0.05 0.04 0.09 0.02 0.11 0.00 0.10 0.15 0.08 0.06 0.10 0.16 0.10 0.05 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01
C6 0.11 0.16 0.10 0.14 0.09 0.18 0.03 0.19 0.05 0.01 0.12 0.15 0.01 0.04 0.07 0.05 0.16 0.17 0.19 0.21 0.15 0.16
C8 0.05 0.06 0.01 0.06 0.12 0.11 0.17 0.17 0.14 0.20 0.10 0.06 0.16 0.22 0.13 0.06 0.06 0.06 0.18 0.24 0.17 0.19
N1 0.08 0.16 0.07 0.12 0.08 0.16 0.03 0.16 0.06 0.03 0.13 0.14 0.01 0.05 0.05 0.04 0.14 0.14 0.15 0.18 0.10 0.13
N3 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.07 0.09 0.09 0.05 0.15 0.02 0.03 0.09 0.18 0.06 0.04 0.05 0.04 0.08 0.14 0.05 0.07
N6 0.16 0.24 0.14 0.19 0.16 0.23 0.10 0.23 0.12 0.06 0.20 0.22 0.05 0.03 0.13 0.10 0.21 0.22 0.22 0.23 0.18 0.19
N7 0.06 0.01 0.07 0.13 0.02 0.19 0.09 0.22 0.09 0.09 0.04 0.03 0.12 0.13 0.02 0.01 0.14 0.16 0.22 0.25 0.20 0.21
N9 0.08 0.05 0.05 0.01 0.12 0.05 0.18 0.09 0.14 0.24 0.08 0.06 0.16 0.26 0.15 0.08 0.02 0.00 0.10 0.18 0.10 0.12
O2' 0.14 0.07 0.09 0.03 0.15 0.03 0.20 0.01 0.16 0.29 0.10 0.09 0.18 0.28 0.19 0.10 0.01 0.11 0.00 0.14 0.07 0.06
O3' 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.07 0.05 0.04 0.14 0.00 0.02 0.05 0.13 0.06 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
O4' 0.17 0.13 0.15 0.10 0.20 0.07 0.24 0.03 0.19 0.32 0.15 0.14 0.20 0.32 0.23 0.17 0.09 0.12 0.02 0.10 0.01 0.02
O5' 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.08 0.04 0.03 0.05 0.08 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01
OP1 0.07 0.00 0.08 0.09 0.01 0.10 0.02 0.11 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.04 0.09
OP2 0.12 0.05 0.11 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.05 0.12 0.04 0.07 0.04 0.09 0.11 0.10 0.07 0.12 0.06 0.06 0.02 0.04
P 0.06 0.01 0.05 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.08 0.07 0.08 0.00 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.02 0.06 0.06 0.10 0.03 0.06
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.04
C5' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01
C8 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03 0.10 0.12 0.13 0.13
N1 0.01 0.00 0.07 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.02 0.05 0.05 0.08 0.00 0.03
N3 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.01 0.06 0.05 0.08 0.02 0.05
N6 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.02 0.05 0.02
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.09 0.12 0.11
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.05
O2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.07 0.13 0.13 0.06 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.05 0.04 0.06 0.06
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
O5' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.05 0.05 0.00 0.08 0.04 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.12 0.08 0.08 0.02 0.09 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.04 0.13 0.00 0.02 0.05 0.12 0.06 0.00 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.13 0.03 0.05 0.02 0.11 0.05 0.00 0.06 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00