ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52768

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N6 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4' A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C3' A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O5' A 0, 0.000, 0.043, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.043
O3' A 0, 0.000, 0.044, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C5' A 0, 0.000, 0.064, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.064 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
P A 0, 0.000, 0.068, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.068 std_dev=0.068
OP2 A 0, 0.000, 0.072, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.072 std_dev=0.072
OP1 A 0, 0.000, 0.095, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.095 std_dev=0.095
O4' B 0, 0.000, 0.177, 0.354, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.177 std_dev=0.177
N6 B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
N7 B 0, 0.000, 0.195, 0.389, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C1' B 0, 0.000, 0.198, 0.397, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C6 B 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
C5 B 0, 0.000, 0.202, 0.404, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.202 std_dev=0.202
C8 B 0, 0.000, 0.206, 0.412, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.206 std_dev=0.206
N9 B 0, 0.000, 0.214, 0.429, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.214 std_dev=0.214
C4 B 0, 0.000, 0.217, 0.434, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.217 std_dev=0.217
O2' B 0, 0.000, 0.218, 0.435, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.218 std_dev=0.218
C4' B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
N1 B 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
N3 B 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
C2 B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
C2' B 0, 0.000, 0.246, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.246 std_dev=0.246
C3' B 0, 0.000, 0.270, 0.541, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.270 std_dev=0.270
O3' B 0, 0.000, 0.284, 0.569, 0.569 max_d=0.569 avg_d=0.284 std_dev=0.284
P B 0, 0.000, 0.296, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.296 std_dev=0.296
C5' B 0, 0.000, 0.302, 0.604, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.302 std_dev=0.302
OP2 B 0, 0.000, 0.304, 0.608, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.304 std_dev=0.304
OP1 B 0, 0.000, 0.329, 0.658, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.329 std_dev=0.329
O5' B 0, 0.000, 0.354, 0.707, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.354 std_dev=0.354

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03
O3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.07 0.04 0.05
O5' 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.05 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.15 0.02 0.00 0.10 0.03 0.10 0.06 0.13 0.01 0.15 0.12 0.12 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.08 0.14 0.10 0.10
C2 0.04 0.06 0.03 0.05 0.00 0.08 0.01 0.12 0.05 0.06 0.08 0.03 0.07 0.04 0.03 0.02 0.05 0.06 0.13 0.14 0.12 0.13
C2' 0.04 0.16 0.04 0.04 0.11 0.01 0.10 0.00 0.13 0.02 0.16 0.14 0.12 0.05 0.06 0.03 0.03 0.02 0.02 0.09 0.06 0.06
C3' 0.07 0.17 0.08 0.08 0.13 0.05 0.12 0.04 0.14 0.06 0.17 0.16 0.12 0.08 0.10 0.05 0.07 0.06 0.01 0.07 0.05 0.04
C4 0.04 0.10 0.03 0.04 0.03 0.07 0.04 0.11 0.10 0.06 0.12 0.06 0.10 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.11 0.15 0.12 0.12
C4' 0.09 0.18 0.08 0.08 0.15 0.04 0.13 0.02 0.15 0.08 0.17 0.17 0.13 0.09 0.11 0.06 0.06 0.06 0.01 0.14 0.08 0.08
C5 0.06 0.08 0.06 0.07 0.02 0.09 0.01 0.11 0.06 0.09 0.10 0.02 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.08 0.12 0.16 0.12 0.13
C5' 0.10 0.21 0.09 0.08 0.16 0.06 0.14 0.05 0.16 0.07 0.19 0.20 0.14 0.09 0.12 0.06 0.06 0.09 0.02 0.16 0.09 0.08
C6 0.08 0.03 0.07 0.09 0.04 0.10 0.04 0.13 0.01 0.10 0.05 0.01 0.03 0.09 0.08 0.06 0.08 0.08 0.13 0.16 0.13 0.13
C8 0.05 0.13 0.04 0.05 0.03 0.07 0.04 0.09 0.10 0.07 0.14 0.08 0.09 0.03 0.04 0.04 0.05 0.06 0.09 0.16 0.11 0.11
N1 0.06 0.03 0.05 0.07 0.03 0.09 0.03 0.13 0.02 0.09 0.05 0.01 0.04 0.07 0.06 0.04 0.07 0.08 0.14 0.15 0.13 0.13
N3 0.02 0.09 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.11 0.09 0.04 0.11 0.06 0.10 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.12 0.14 0.11 0.12
N6 0.09 0.01 0.09 0.10 0.08 0.11 0.07 0.13 0.03 0.12 0.01 0.05 0.01 0.11 0.10 0.08 0.10 0.09 0.14 0.17 0.14 0.14
N7 0.07 0.10 0.07 0.07 0.01 0.08 0.01 0.10 0.06 0.10 0.12 0.03 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.10 0.16 0.12 0.12
N9 0.03 0.13 0.02 0.03 0.06 0.06 0.07 0.09 0.11 0.04 0.14 0.09 0.11 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.09 0.15 0.11 0.11
O2' 0.03 0.15 0.04 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.15 0.12 0.11 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.06 0.06
O3' 0.09 0.17 0.10 0.10 0.14 0.06 0.14 0.04 0.15 0.09 0.16 0.16 0.13 0.10 0.12 0.08 0.09 0.07 0.01 0.04 0.03 0.02
O4' 0.04 0.17 0.04 0.02 0.13 0.02 0.13 0.06 0.15 0.05 0.17 0.15 0.13 0.08 0.08 0.02 0.01 0.01 0.08 0.17 0.11 0.11
O5' 0.04 0.18 0.03 0.03 0.11 0.01 0.10 0.02 0.13 0.02 0.17 0.16 0.12 0.05 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.13 0.08 0.07
OP1 0.09 0.13 0.09 0.10 0.02 0.10 0.01 0.10 0.06 0.10 0.12 0.09 0.05 0.06 0.07 0.09 0.10 0.10 0.09 0.21 0.16 0.15
OP2 0.02 0.13 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.08 0.03 0.12 0.10 0.07 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.01 0.14 0.10 0.08
P 0.04 0.14 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.08 0.05 0.13 0.11 0.07 0.01 0.01 0.06 0.06 0.04 0.03 0.16 0.11 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.03 0.03
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.03 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.03
C5 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.04 0.04
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.07 0.03 0.00 0.08 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.07 0.05 0.05
C8 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.09 0.04 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.03 0.03
N3 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01
N6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.08 0.06 0.06
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.08 0.09 0.05 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03 0.03
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.04 0.03
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.04 0.04
O5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.07 0.04 0.00 0.09 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.09 0.05 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.02 0.07 0.09 0.06 0.05 0.08 0.09 0.08 0.10 0.05 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.05 0.04 0.03 0.01 0.06 0.05 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.05 0.05 0.03 0.01 0.06 0.06 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00