ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52769

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N6 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C4' A 0, 0.000, 0.083, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C5' A 0, 0.000, 0.098, 0.197, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C2' A 0, 0.000, 0.103, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C3' A 0, 0.000, 0.129, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.129 std_dev=0.129
O5' A 0, 0.000, 0.144, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.144 std_dev=0.144
O2' A 0, 0.000, 0.167, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.167 std_dev=0.167
O3' A 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
N9 B 0, 0.000, 0.203, 0.406, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.203 std_dev=0.203
P A 0, 0.000, 0.263, 0.526, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.263 std_dev=0.263
C1' B 0, 0.000, 0.264, 0.528, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.264 std_dev=0.264
OP1 A 0, 0.000, 0.290, 0.580, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.290 std_dev=0.290
O4' B 0, 0.000, 0.338, 0.675, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.338 std_dev=0.338
C4 B 0, 0.000, 0.354, 0.708, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.354 std_dev=0.354
OP2 A 0, 0.000, 0.376, 0.752, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.376 std_dev=0.376
C8 B 0, 0.000, 0.408, 0.815, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.408 std_dev=0.408
N3 B 0, 0.000, 0.487, 0.974, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.487 std_dev=0.487
OP1 B 0, 0.000, 0.490, 0.979, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.490 std_dev=0.490
C2' B 0, 0.000, 0.508, 1.016, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.508 std_dev=0.508
C4' B 0, 0.000, 0.512, 1.025, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.512 std_dev=0.512
N7 B 0, 0.000, 0.529, 1.057, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.529 std_dev=0.529
C5 B 0, 0.000, 0.555, 1.111, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.555 std_dev=0.555
C5' B 0, 0.000, 0.560, 1.119, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.560 std_dev=0.560
O5' B 0, 0.000, 0.582, 1.164, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.582 std_dev=0.582
C3' B 0, 0.000, 0.601, 1.202, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.601 std_dev=0.601
O2' B 0, 0.000, 0.696, 1.391, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.696 std_dev=0.696
P B 0, 0.000, 0.707, 1.414, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.707 std_dev=0.707
O3' B 0, 0.000, 0.791, 1.582, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.791 std_dev=0.791
C2 B 0, 0.000, 0.804, 1.607, 1.607 max_d=1.607 avg_d=0.804 std_dev=0.804
C6 B 0, 0.000, 0.851, 1.702, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.851 std_dev=0.851
N1 B 0, 0.000, 0.970, 1.939, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.970 std_dev=0.970
N6 B 0, 0.000, 1.062, 2.123, 2.123 max_d=2.123 avg_d=1.062 std_dev=1.062
OP2 B 0, 0.000, 1.115, 2.231, 2.231 max_d=2.231 avg_d=1.115 std_dev=1.115

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.05 0.06
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.05 0.06
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.03
C5 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.10 0.08 0.07
C5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.10 0.08 0.08
C8 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.10 0.08 0.08
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.06
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.04 0.05
N6 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.09 0.10 0.09
N7 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.09 0.09 0.09
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.05 0.05
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.11 0.02 0.04
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.00
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.04 0.04
O5' 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.11 0.11 0.10 0.07 0.11 0.08 0.10 0.03 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09 0.11 0.11 0.06 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.08 0.08 0.06 0.04 0.10 0.09 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.04 0.02 0.06 0.03 0.07 0.01 0.08 0.08 0.06 0.05 0.09 0.09 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.22 0.25 0.26 0.03 0.26 0.00 0.23 0.09 0.21 0.19 0.16 0.08 0.13 0.11 0.30 0.27 0.22 0.22 0.11 0.19 0.13
C2 0.06 0.05 0.03 0.04 0.01 0.05 0.03 0.12 0.01 0.13 0.05 0.03 0.01 0.10 0.06 0.09 0.05 0.02 0.12 0.17 0.27 0.24
C2' 0.17 0.24 0.24 0.25 0.03 0.26 0.00 0.25 0.10 0.24 0.21 0.17 0.08 0.16 0.12 0.30 0.27 0.22 0.23 0.15 0.21 0.15
C3' 0.18 0.32 0.27 0.29 0.08 0.30 0.05 0.29 0.18 0.21 0.30 0.22 0.17 0.11 0.10 0.35 0.33 0.23 0.26 0.17 0.25 0.17
C4 0.14 0.21 0.16 0.12 0.06 0.10 0.06 0.04 0.14 0.14 0.20 0.15 0.13 0.05 0.07 0.23 0.12 0.11 0.04 0.05 0.06 0.07
C4' 0.17 0.31 0.30 0.34 0.07 0.34 0.04 0.33 0.16 0.20 0.28 0.22 0.15 0.11 0.10 0.37 0.39 0.25 0.30 0.19 0.32 0.22
C5 0.13 0.28 0.17 0.11 0.13 0.09 0.16 0.02 0.25 0.05 0.30 0.20 0.26 0.05 0.02 0.25 0.12 0.08 0.01 0.08 0.12 0.12
C5' 0.17 0.38 0.32 0.36 0.11 0.35 0.10 0.34 0.24 0.17 0.36 0.27 0.23 0.06 0.07 0.41 0.44 0.24 0.30 0.18 0.33 0.21
C6 0.09 0.21 0.10 0.03 0.12 0.01 0.18 0.06 0.26 0.01 0.27 0.13 0.28 0.11 0.01 0.18 0.04 0.02 0.08 0.14 0.24 0.21
C8 0.17 0.36 0.27 0.24 0.14 0.21 0.15 0.15 0.26 0.09 0.36 0.26 0.27 0.02 0.04 0.38 0.27 0.17 0.13 0.01 0.05 0.01
N1 0.06 0.08 0.04 0.04 0.03 0.05 0.07 0.12 0.11 0.02 0.11 0.04 0.13 0.03 0.02 0.11 0.04 0.03 0.14 0.19 0.32 0.27
N3 0.10 0.10 0.09 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.19 0.09 0.07 0.02 0.13 0.09 0.14 0.03 0.06 0.01 0.09 0.12 0.12
N6 0.07 0.27 0.09 0.02 0.17 0.00 0.29 0.07 0.40 0.10 0.39 0.15 0.44 0.22 0.05 0.18 0.03 0.00 0.10 0.15 0.28 0.23
N7 0.15 0.40 0.23 0.19 0.18 0.15 0.21 0.09 0.33 0.03 0.41 0.28 0.34 0.09 0.00 0.34 0.21 0.13 0.07 0.04 0.04 0.06
N9 0.16 0.26 0.23 0.21 0.08 0.19 0.07 0.14 0.16 0.15 0.25 0.19 0.16 0.06 0.07 0.30 0.22 0.18 0.13 0.02 0.06 0.02
O2' 0.19 0.14 0.24 0.27 0.04 0.28 0.09 0.29 0.01 0.31 0.10 0.09 0.03 0.24 0.17 0.27 0.28 0.23 0.29 0.22 0.31 0.24
O3' 0.17 0.31 0.26 0.29 0.06 0.29 0.03 0.30 0.16 0.23 0.29 0.21 0.14 0.14 0.11 0.33 0.33 0.23 0.27 0.19 0.29 0.20
O4' 0.17 0.27 0.29 0.32 0.06 0.31 0.03 0.29 0.13 0.19 0.24 0.19 0.12 0.11 0.10 0.36 0.36 0.23 0.26 0.14 0.27 0.17
O5' 0.16 0.47 0.30 0.33 0.17 0.31 0.17 0.29 0.32 0.12 0.46 0.33 0.33 0.00 0.04 0.41 0.39 0.22 0.25 0.14 0.24 0.15
OP1 0.01 0.56 0.15 0.17 0.31 0.13 0.31 0.10 0.44 0.08 0.55 0.45 0.44 0.18 0.14 0.29 0.25 0.03 0.06 0.04 0.06 0.03
OP2 0.03 0.64 0.18 0.22 0.31 0.21 0.32 0.20 0.49 0.02 0.63 0.48 0.49 0.15 0.10 0.29 0.31 0.11 0.16 0.07 0.18 0.07
P 0.05 0.59 0.20 0.22 0.29 0.20 0.30 0.18 0.46 0.01 0.59 0.45 0.46 0.14 0.09 0.32 0.30 0.11 0.14 0.04 0.13 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02
C2 0.01 0.00 0.10 0.14 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.17 0.05 0.13 0.04 0.09 0.06
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.10 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.05 0.01 0.08 0.06 0.12 0.13 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.10 0.06 0.04 0.05
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.12 0.11 0.04 0.08
C5' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.05 0.06 0.04 0.07 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03 0.14 0.11 0.07 0.10
C8 0.00 0.00 0.09 0.06 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.02 0.07 0.14 0.03 0.05
N1 0.02 0.00 0.06 0.12 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.05 0.14 0.07 0.09 0.09
N3 0.01 0.00 0.10 0.13 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.15 0.05 0.11 0.02 0.07 0.04
N6 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.03 0.14 0.14 0.07 0.11
N7 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.10 0.16 0.00 0.08
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.06 0.00 0.02
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.01 0.02 0.05 0.06 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02
O3' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.07 0.15 0.15 0.07 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.02
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05
O5' 0.02 0.13 0.02 0.03 0.10 0.01 0.12 0.00 0.14 0.07 0.14 0.11 0.14 0.10 0.07 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.11 0.04 0.11 0.14 0.07 0.02 0.14 0.16 0.06 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.09 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.06 0.07 0.03 0.09 0.07 0.07 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.04 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.10 0.05 0.09 0.04 0.11 0.08 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00