ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52780

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 9, 9, 9, 7, 21, 19, 19, 9, 5, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.034, 0.041, 0.047, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.041 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.013, 0.020, 0.028, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.028, 0.036, 0.043, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.036 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.017, 0.025, 0.033, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.032, 0.043, 0.054, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.043 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.058, 0.072, 0.086, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.072 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.067, 0.094, 0.120, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.094 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.052, 0.080, 0.108, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.080 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.059, 0.133, 0.207, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.133 std_dev=0.074
C2' A 0, 0.128, 0.207, 0.287, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.207 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.161, 0.285, 0.410, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.285 std_dev=0.124
C4' A 0, 0.082, 0.234, 0.385, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.234 std_dev=0.152
C3' A 0, 0.049, 0.222, 0.395, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.222 std_dev=0.173
O2' B 0, 0.654, 0.871, 1.088, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.871 std_dev=0.217
C5' A 0, 0.210, 0.456, 0.702, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.456 std_dev=0.246
O5' A 0, 0.345, 0.607, 0.868, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.607 std_dev=0.262
C2' B 0, 0.540, 0.820, 1.099, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.820 std_dev=0.280
P A 0, 0.309, 0.628, 0.947, 1.817 max_d=1.817 avg_d=0.628 std_dev=0.319
O3' B 0, 0.509, 0.837, 1.166, 1.989 max_d=1.989 avg_d=0.837 std_dev=0.329
C3' B 0, 0.748, 1.081, 1.414, 2.114 max_d=2.114 avg_d=1.081 std_dev=0.333
O3' A 0, 0.088, 0.422, 0.756, 2.371 max_d=2.371 avg_d=0.422 std_dev=0.334
N1 B 0, 1.826, 2.160, 2.495, 3.025 max_d=3.025 avg_d=2.160 std_dev=0.334
C1' B 0, 1.174, 1.552, 1.930, 2.440 max_d=2.440 avg_d=1.552 std_dev=0.378
OP2 A 0, 0.603, 0.982, 1.361, 2.251 max_d=2.251 avg_d=0.982 std_dev=0.379
OP1 A 0, 0.158, 0.541, 0.924, 2.601 max_d=2.601 avg_d=0.541 std_dev=0.383
C2 B 0, 3.482, 3.926, 4.370, 4.738 max_d=4.738 avg_d=3.926 std_dev=0.444
O4' B 0, 1.173, 1.673, 2.173, 2.695 max_d=2.695 avg_d=1.673 std_dev=0.500
C4' B 0, 1.617, 2.133, 2.648, 3.543 max_d=3.543 avg_d=2.133 std_dev=0.515
C6 B 0, 1.273, 1.814, 2.356, 3.492 max_d=3.492 avg_d=1.814 std_dev=0.542
N3 B 0, 4.294, 4.845, 5.396, 6.096 max_d=6.096 avg_d=4.845 std_dev=0.551
O2 B 0, 4.294, 4.845, 5.396, 5.931 max_d=5.931 avg_d=4.845 std_dev=0.551
C4 B 0, 3.919, 4.522, 5.126, 6.312 max_d=6.312 avg_d=4.522 std_dev=0.603
C5 B 0, 2.441, 3.085, 3.729, 5.120 max_d=5.120 avg_d=3.085 std_dev=0.644
C5' B 0, 2.392, 3.080, 3.767, 5.557 max_d=5.557 avg_d=3.080 std_dev=0.688
O4 B 0, 4.929, 5.672, 6.414, 7.748 max_d=7.748 avg_d=5.672 std_dev=0.742
O5' B 0, 2.259, 3.017, 3.776, 5.683 max_d=5.683 avg_d=3.017 std_dev=0.759
P B 0, 3.909, 4.931, 5.954, 7.701 max_d=7.701 avg_d=4.931 std_dev=1.023
OP2 B 0, 4.336, 5.476, 6.615, 8.783 max_d=8.783 avg_d=5.476 std_dev=1.140
OP1 B 0, 4.855, 6.024, 7.192, 9.673 max_d=9.673 avg_d=6.024 std_dev=1.168

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.07 0.09 0.21 0.09
C2 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.10 0.02 0.15 0.15 0.30 0.15
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.05 0.06 0.08 0.00 0.02 0.01 0.09 0.12 0.17 0.08
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.13 0.01 0.14 0.02 0.12 0.08 0.11 0.14 0.10 0.03 0.01 0.01 0.12 0.16 0.14 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.15 0.04 0.23 0.24 0.38 0.23
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.05 0.08 0.03 0.01 0.02 0.11 0.12 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.16 0.04 0.25 0.23 0.37 0.23
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.07 0.11 0.15 0.06 0.08 0.04 0.01 0.01 0.11 0.11 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.04 0.21 0.17 0.30 0.17
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.02 0.15 0.13 0.27 0.13
N3 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.13 0.03 0.19 0.20 0.35 0.20
N4 0.02 0.02 0.06 0.14 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.17 0.04 0.25 0.28 0.42 0.26
O2 0.03 0.01 0.08 0.10 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.13 0.12 0.04 0.12 0.12 0.28 0.13
O2' 0.02 0.09 0.00 0.03 0.07 0.08 0.05 0.08 0.04 0.04 0.09 0.07 0.13 0.00 0.06 0.06 0.06 0.16 0.14 0.08
O3' 0.03 0.10 0.02 0.01 0.15 0.03 0.16 0.04 0.13 0.07 0.13 0.17 0.12 0.06 0.00 0.03 0.15 0.24 0.18 0.15
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.00 0.09 0.12 0.22 0.12
O5' 0.07 0.15 0.09 0.12 0.23 0.02 0.25 0.01 0.21 0.15 0.19 0.25 0.12 0.06 0.15 0.09 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.09 0.15 0.12 0.16 0.24 0.11 0.23 0.11 0.17 0.13 0.20 0.28 0.12 0.16 0.24 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.30 0.17 0.14 0.38 0.12 0.37 0.11 0.30 0.27 0.35 0.42 0.28 0.14 0.18 0.22 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.15 0.08 0.10 0.23 0.04 0.23 0.02 0.17 0.13 0.20 0.26 0.13 0.08 0.15 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.47 0.25 0.22 0.54 0.21 0.51 0.23 0.46 0.41 0.53 0.50 0.22 0.15 0.57 0.27 0.36 0.40 0.62 0.43
C2 0.28 0.46 0.19 0.23 0.66 0.22 0.64 0.30 0.54 0.43 0.59 0.44 0.19 0.14 0.72 0.28 0.47 0.51 0.74 0.56
C2' 0.27 0.42 0.22 0.18 0.51 0.16 0.49 0.18 0.43 0.37 0.49 0.47 0.21 0.12 0.55 0.23 0.32 0.42 0.64 0.42
C3' 0.22 0.33 0.19 0.16 0.40 0.14 0.40 0.15 0.36 0.29 0.37 0.38 0.21 0.13 0.43 0.18 0.29 0.43 0.63 0.40
C4 0.22 0.30 0.14 0.25 0.59 0.27 0.65 0.40 0.55 0.35 0.43 0.31 0.19 0.20 0.63 0.28 0.57 0.65 0.86 0.68
C4' 0.23 0.32 0.21 0.15 0.34 0.15 0.33 0.15 0.31 0.27 0.35 0.39 0.23 0.14 0.36 0.19 0.25 0.39 0.57 0.36
C5 0.21 0.24 0.14 0.25 0.44 0.26 0.56 0.38 0.51 0.32 0.31 0.31 0.19 0.20 0.44 0.27 0.53 0.60 0.79 0.63
C5' 0.20 0.22 0.19 0.13 0.22 0.17 0.24 0.16 0.24 0.19 0.23 0.30 0.25 0.17 0.24 0.18 0.23 0.43 0.57 0.35
C6 0.23 0.30 0.16 0.23 0.44 0.22 0.50 0.30 0.47 0.34 0.36 0.31 0.18 0.16 0.44 0.24 0.45 0.49 0.69 0.53
N1 0.27 0.43 0.20 0.22 0.55 0.21 0.56 0.27 0.49 0.40 0.51 0.42 0.19 0.14 0.58 0.26 0.42 0.46 0.67 0.50
N3 0.25 0.40 0.16 0.24 0.68 0.25 0.68 0.36 0.56 0.40 0.55 0.36 0.18 0.17 0.75 0.28 0.54 0.60 0.82 0.64
N4 0.22 0.27 0.14 0.27 0.58 0.30 0.68 0.45 0.55 0.32 0.38 0.34 0.20 0.23 0.65 0.31 0.63 0.76 0.95 0.77
O2 0.30 0.52 0.21 0.22 0.71 0.22 0.66 0.28 0.55 0.45 0.66 0.51 0.20 0.14 0.79 0.29 0.45 0.49 0.72 0.54
O2' 0.32 0.49 0.25 0.19 0.55 0.18 0.50 0.18 0.43 0.41 0.55 0.55 0.23 0.14 0.60 0.26 0.31 0.40 0.61 0.40
O3' 0.21 0.31 0.19 0.15 0.37 0.15 0.38 0.16 0.34 0.26 0.36 0.39 0.23 0.15 0.41 0.17 0.28 0.47 0.64 0.41
O4' 0.29 0.40 0.26 0.22 0.43 0.21 0.41 0.21 0.38 0.36 0.42 0.44 0.23 0.18 0.44 0.25 0.32 0.38 0.58 0.39
O5' 0.18 0.22 0.19 0.09 0.27 0.08 0.31 0.07 0.30 0.21 0.25 0.29 0.25 0.02 0.29 0.13 0.26 0.42 0.60 0.38
OP1 0.15 0.20 0.14 0.07 0.21 0.14 0.25 0.18 0.22 0.13 0.21 0.31 0.28 0.02 0.25 0.15 0.32 0.59 0.68 0.47
OP2 0.20 0.43 0.20 0.14 0.46 0.13 0.43 0.23 0.37 0.31 0.48 0.53 0.19 0.03 0.50 0.17 0.35 0.55 0.70 0.48
P 0.06 0.20 0.08 0.03 0.22 0.05 0.25 0.11 0.23 0.11 0.23 0.31 0.17 0.01 0.26 0.03 0.26 0.47 0.60 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.17 0.17 0.25 0.18
C2 0.02 0.00 0.10 0.12 0.02 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.02 0.05 0.31 0.32 0.42 0.36
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.03 0.10 0.03 0.08 0.17 0.01 0.03 0.07 0.01 0.14 0.18 0.30 0.17
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.13 0.01 0.17 0.02 0.17 0.07 0.12 0.20 0.02 0.01 0.14 0.01 0.15 0.22 0.33 0.18
C4 0.02 0.02 0.06 0.13 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.14 0.01 0.04 0.43 0.51 0.70 0.55
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.06 0.10 0.07 0.02 0.09 0.01 0.02 0.15 0.27 0.08
C5 0.02 0.01 0.09 0.17 0.01 0.12 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.19 0.01 0.06 0.48 0.55 0.75 0.58
C5' 0.03 0.10 0.03 0.02 0.17 0.01 0.21 0.00 0.19 0.09 0.13 0.13 0.06 0.05 0.19 0.02 0.01 0.18 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.17 0.01 0.12 0.00 0.19 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.18 0.01 0.07 0.43 0.43 0.58 0.47
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.02 0.30 0.29 0.38 0.33
N3 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.13 0.01 0.04 0.38 0.41 0.56 0.46
O2 0.04 0.01 0.17 0.20 0.02 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.23 0.02 0.09 0.29 0.28 0.38 0.33
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.09 0.07 0.09 0.06 0.08 0.05 0.11 0.16 0.00 0.07 0.11 0.05 0.09 0.28 0.37 0.19
O3' 0.04 0.13 0.03 0.01 0.14 0.02 0.19 0.05 0.18 0.06 0.13 0.23 0.07 0.00 0.16 0.02 0.23 0.39 0.49 0.31
O4 0.02 0.02 0.07 0.14 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.16 0.00 0.05 0.46 0.58 0.79 0.60
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.09 0.05 0.02 0.05 0.00 0.17 0.20 0.27 0.20
O5' 0.17 0.31 0.14 0.15 0.43 0.02 0.48 0.01 0.43 0.30 0.38 0.29 0.09 0.23 0.46 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.32 0.18 0.22 0.51 0.15 0.55 0.18 0.43 0.29 0.41 0.28 0.28 0.39 0.58 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.42 0.30 0.33 0.70 0.27 0.75 0.22 0.58 0.38 0.56 0.38 0.37 0.49 0.79 0.27 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.36 0.17 0.18 0.55 0.08 0.58 0.02 0.47 0.33 0.46 0.33 0.19 0.31 0.60 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00