ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52781

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 19, 21, 7, 3, 7, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.024 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.023, 0.054, 0.084, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.054 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.033, 0.074, 0.116, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.074 std_dev=0.041
O4' A 0, -0.055, 0.112, 0.279, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.112 std_dev=0.167
C2' A 0, -0.038, 0.137, 0.312, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.137 std_dev=0.175
C2' B 0, 0.112, 0.315, 0.518, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.315 std_dev=0.203
O2' B 0, 0.231, 0.455, 0.678, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.455 std_dev=0.224
C3' A 0, -0.079, 0.166, 0.412, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.166 std_dev=0.245
C4' A 0, -0.061, 0.191, 0.444, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.191 std_dev=0.252
O2' A 0, -0.027, 0.247, 0.522, 2.276 max_d=2.276 avg_d=0.247 std_dev=0.275
O3' A 0, -0.039, 0.277, 0.593, 2.442 max_d=2.442 avg_d=0.277 std_dev=0.316
C1' B 0, 0.129, 0.482, 0.835, 2.399 max_d=2.399 avg_d=0.482 std_dev=0.353
O3' B 0, 0.192, 0.559, 0.927, 2.170 max_d=2.170 avg_d=0.559 std_dev=0.368
C5' A 0, -0.027, 0.347, 0.721, 3.010 max_d=3.010 avg_d=0.347 std_dev=0.374
C3' B 0, 0.078, 0.463, 0.848, 2.538 max_d=2.538 avg_d=0.463 std_dev=0.385
N1 B 0, 0.209, 0.614, 1.018, 2.651 max_d=2.651 avg_d=0.614 std_dev=0.405
C6 B 0, 0.089, 0.533, 0.976, 2.815 max_d=2.815 avg_d=0.533 std_dev=0.443
O4' B 0, 0.025, 0.610, 1.196, 3.708 max_d=3.708 avg_d=0.610 std_dev=0.585
O5' A 0, -0.163, 0.442, 1.048, 5.156 max_d=5.156 avg_d=0.442 std_dev=0.606
C5 B 0, 0.013, 0.691, 1.370, 3.745 max_d=3.745 avg_d=0.691 std_dev=0.678
C4' B 0, -0.034, 0.657, 1.347, 4.207 max_d=4.207 avg_d=0.657 std_dev=0.691
C2 B 0, 0.413, 1.159, 1.905, 5.059 max_d=5.059 avg_d=1.159 std_dev=0.746
C4 B 0, 0.252, 1.123, 1.994, 5.139 max_d=5.139 avg_d=1.123 std_dev=0.871
P A 0, -0.253, 0.621, 1.494, 7.507 max_d=7.507 avg_d=0.621 std_dev=0.873
N3 B 0, 0.446, 1.375, 2.304, 6.137 max_d=6.137 avg_d=1.375 std_dev=0.929
O5' B 0, -0.238, 0.751, 1.740, 5.839 max_d=5.839 avg_d=0.751 std_dev=0.989
O2 B 0, 0.504, 1.494, 2.484, 6.335 max_d=6.335 avg_d=1.494 std_dev=0.990
C5' B 0, 0.088, 1.123, 2.159, 5.881 max_d=5.881 avg_d=1.123 std_dev=1.035
OP2 A 0, -0.176, 0.903, 1.981, 9.091 max_d=9.091 avg_d=0.903 std_dev=1.079
O4 B 0, 0.315, 1.432, 2.550, 6.578 max_d=6.578 avg_d=1.432 std_dev=1.118
OP1 A 0, -0.228, 0.921, 2.069, 8.741 max_d=8.741 avg_d=0.921 std_dev=1.149
P B 0, -0.643, 0.728, 2.099, 7.543 max_d=7.543 avg_d=0.728 std_dev=1.371
OP2 B 0, -0.470, 1.048, 2.566, 9.509 max_d=9.509 avg_d=1.048 std_dev=1.518
OP1 B 0, -0.444, 1.095, 2.635, 8.570 max_d=8.570 avg_d=1.095 std_dev=1.539

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.08 0.00 0.09 0.11 0.18 0.07
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.06 0.04 0.16 0.27 0.39 0.18
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.07 0.02 0.07 0.05 0.14 0.01 0.02 0.01 0.07 0.13 0.20 0.07
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.11 0.00 0.11 0.02 0.09 0.07 0.11 0.12 0.10 0.02 0.01 0.01 0.13 0.20 0.19 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.07 0.03 0.26 0.40 0.61 0.33
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.04 0.07 0.04 0.08 0.02 0.00 0.01 0.11 0.22 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.08 0.05 0.30 0.40 0.60 0.37
C5' 0.02 0.07 0.05 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.12 0.07 0.09 0.14 0.06 0.05 0.06 0.01 0.01 0.21 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.07 0.06 0.26 0.31 0.45 0.29
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.17 0.22 0.33 0.18
N3 0.02 0.00 0.07 0.11 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.04 0.21 0.34 0.51 0.25
N4 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.09 0.04 0.28 0.45 0.69 0.38
O2 0.03 0.00 0.14 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.10 0.07 0.12 0.26 0.34 0.15
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.12 0.08 0.14 0.05 0.12 0.07 0.09 0.13 0.11 0.00 0.05 0.07 0.10 0.15 0.18 0.08
O3' 0.08 0.06 0.02 0.01 0.07 0.02 0.08 0.06 0.07 0.04 0.06 0.09 0.10 0.05 0.00 0.06 0.17 0.29 0.26 0.15
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.04 0.04 0.07 0.07 0.06 0.00 0.09 0.13 0.15 0.08
O5' 0.09 0.16 0.07 0.13 0.26 0.01 0.30 0.01 0.26 0.17 0.21 0.28 0.12 0.10 0.17 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.11 0.27 0.13 0.20 0.40 0.11 0.40 0.21 0.31 0.22 0.34 0.45 0.26 0.15 0.29 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.39 0.20 0.19 0.61 0.22 0.60 0.21 0.45 0.33 0.51 0.69 0.34 0.18 0.26 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.18 0.07 0.10 0.33 0.06 0.37 0.02 0.29 0.18 0.25 0.38 0.15 0.08 0.15 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.48 0.13 0.25 0.39 0.20 0.35 0.40 0.31 0.26 0.50 0.68 0.21 0.21 0.44 0.13 0.54 0.74 0.82 0.63
C2 0.19 0.60 0.13 0.30 0.52 0.29 0.42 0.58 0.36 0.32 0.66 0.82 0.19 0.24 0.59 0.18 0.75 1.09 1.13 0.94
C2' 0.24 0.52 0.20 0.21 0.45 0.23 0.39 0.43 0.34 0.33 0.55 0.69 0.28 0.12 0.49 0.19 0.48 0.68 0.69 0.54
C3' 0.17 0.42 0.18 0.27 0.36 0.27 0.32 0.47 0.28 0.25 0.44 0.57 0.26 0.23 0.40 0.15 0.46 0.63 0.61 0.50
C4 0.19 0.65 0.16 0.34 0.61 0.39 0.45 0.71 0.37 0.34 0.75 0.85 0.20 0.27 0.69 0.24 0.87 1.25 1.30 1.11
C4' 0.16 0.40 0.15 0.24 0.33 0.19 0.27 0.33 0.24 0.23 0.42 0.56 0.24 0.27 0.36 0.10 0.35 0.50 0.55 0.40
C5 0.17 0.59 0.16 0.33 0.52 0.36 0.40 0.65 0.34 0.31 0.65 0.77 0.21 0.26 0.57 0.22 0.80 1.04 1.11 0.94
C5' 0.17 0.36 0.19 0.23 0.30 0.19 0.25 0.29 0.21 0.23 0.37 0.48 0.28 0.31 0.33 0.12 0.26 0.39 0.48 0.31
C6 0.16 0.51 0.14 0.29 0.42 0.28 0.35 0.52 0.31 0.28 0.54 0.70 0.21 0.23 0.46 0.17 0.66 0.85 0.93 0.76
N1 0.18 0.54 0.13 0.28 0.44 0.25 0.38 0.50 0.33 0.29 0.57 0.74 0.20 0.23 0.49 0.15 0.65 0.90 0.96 0.78
N3 0.19 0.65 0.14 0.32 0.59 0.35 0.45 0.67 0.37 0.34 0.74 0.86 0.20 0.26 0.68 0.21 0.84 1.25 1.28 1.08
N4 0.20 0.69 0.18 0.36 0.69 0.44 0.50 0.80 0.38 0.36 0.83 0.87 0.21 0.29 0.81 0.28 0.95 1.41 1.46 1.26
O2 0.20 0.60 0.13 0.29 0.52 0.27 0.44 0.56 0.37 0.32 0.66 0.83 0.19 0.24 0.60 0.17 0.73 1.10 1.13 0.93
O2' 0.24 0.54 0.19 0.17 0.48 0.18 0.41 0.37 0.35 0.33 0.57 0.71 0.27 0.11 0.53 0.16 0.42 0.61 0.64 0.48
O3' 0.17 0.42 0.20 0.31 0.38 0.31 0.32 0.52 0.28 0.25 0.46 0.56 0.27 0.30 0.43 0.17 0.45 0.63 0.56 0.48
O4' 0.17 0.43 0.15 0.28 0.34 0.20 0.30 0.33 0.27 0.23 0.44 0.62 0.22 0.30 0.38 0.13 0.45 0.60 0.69 0.51
O5' 0.19 0.36 0.25 0.37 0.30 0.25 0.24 0.37 0.21 0.23 0.37 0.47 0.35 0.43 0.32 0.13 0.41 0.55 0.64 0.47
OP1 0.52 0.55 0.49 0.55 0.51 0.47 0.49 0.57 0.48 0.51 0.54 0.60 0.51 0.68 0.52 0.46 0.62 0.76 0.95 0.76
OP2 0.32 0.37 0.41 0.68 0.48 0.68 0.53 0.87 0.50 0.38 0.43 0.37 0.25 0.67 0.51 0.46 0.96 1.07 1.00 0.97
P 0.28 0.24 0.36 0.57 0.27 0.47 0.31 0.55 0.31 0.25 0.26 0.27 0.31 0.68 0.28 0.33 0.61 0.71 0.79 0.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.13 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.16 0.02 0.01 0.37 0.33 0.32 0.20
C2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.17 0.01 0.08 0.47 0.46 0.47 0.32
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.02 0.09 0.15 0.11 0.03 0.07 0.15 0.01 0.04 0.06 0.02 0.31 0.27 0.45 0.19
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.13 0.01 0.13 0.02 0.12 0.08 0.11 0.10 0.03 0.02 0.14 0.02 0.08 0.30 0.39 0.17
C4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.13 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00 0.02 0.18 0.11 0.01 0.05 0.55 0.59 0.67 0.46
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.19 0.07 0.07 0.11 0.12 0.02 0.13 0.01 0.02 0.27 0.33 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.19 0.00 0.48 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.09 0.01 0.09 0.55 0.58 0.68 0.47
C5' 0.13 0.23 0.15 0.02 0.41 0.01 0.48 0.00 0.45 0.28 0.31 0.16 0.10 0.11 0.42 0.03 0.01 0.38 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.12 0.01 0.19 0.00 0.45 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.08 0.01 0.11 0.53 0.49 0.56 0.39
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.11 0.02 0.03 0.47 0.42 0.44 0.30
N3 0.03 0.00 0.07 0.11 0.00 0.07 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.02 0.15 0.15 0.01 0.06 0.52 0.53 0.57 0.39
O2 0.05 0.01 0.15 0.10 0.02 0.11 0.02 0.16 0.01 0.02 0.02 0.00 0.22 0.25 0.02 0.15 0.42 0.42 0.42 0.28
O2' 0.02 0.14 0.01 0.03 0.18 0.12 0.22 0.10 0.22 0.10 0.15 0.22 0.00 0.07 0.19 0.08 0.25 0.27 0.49 0.19
O3' 0.16 0.17 0.04 0.02 0.11 0.02 0.09 0.11 0.08 0.11 0.15 0.25 0.07 0.00 0.12 0.15 0.13 0.43 0.40 0.26
O4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.13 0.01 0.42 0.01 0.02 0.01 0.02 0.19 0.12 0.00 0.05 0.56 0.63 0.73 0.49
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.05 0.01 0.09 0.03 0.11 0.03 0.06 0.15 0.08 0.15 0.05 0.00 0.36 0.41 0.21 0.27
O5' 0.37 0.47 0.31 0.08 0.55 0.02 0.55 0.01 0.53 0.47 0.52 0.42 0.25 0.13 0.56 0.36 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.33 0.46 0.27 0.30 0.59 0.27 0.58 0.38 0.49 0.42 0.53 0.42 0.27 0.43 0.63 0.41 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.47 0.45 0.39 0.67 0.33 0.68 0.38 0.56 0.44 0.57 0.42 0.49 0.40 0.73 0.21 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.32 0.19 0.17 0.46 0.06 0.47 0.02 0.39 0.30 0.39 0.28 0.19 0.26 0.49 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00