ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52782

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 5, 11, 9, 8, 2, 1, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.017, 0.047, 0.077, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.047 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.018, 0.091, 0.164, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.091 std_dev=0.073
O4' A 0, 0.008, 0.081, 0.154, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.081 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.088, 0.190, 0.292, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.190 std_dev=0.102
C4' A 0, 0.028, 0.152, 0.276, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.152 std_dev=0.124
C3' A 0, 0.036, 0.164, 0.293, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.164 std_dev=0.129
O3' A 0, 0.082, 0.258, 0.434, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.258 std_dev=0.176
O3' B 0, 0.140, 0.325, 0.510, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.325 std_dev=0.185
O2' B 0, 0.228, 0.417, 0.606, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.417 std_dev=0.189
P A 0, 0.176, 0.371, 0.567, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.371 std_dev=0.195
C5' A 0, 0.067, 0.269, 0.471, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.269 std_dev=0.202
O5' A 0, 0.078, 0.289, 0.501, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.289 std_dev=0.212
OP2 A 0, 0.206, 0.430, 0.655, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.430 std_dev=0.225
C3' B 0, 0.088, 0.334, 0.579, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.334 std_dev=0.245
C2' B 0, 0.088, 0.347, 0.607, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.347 std_dev=0.260
OP1 A 0, 0.217, 0.519, 0.822, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.519 std_dev=0.302
C4' B 0, 0.067, 0.466, 0.865, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.466 std_dev=0.399
C1' B 0, 0.025, 0.455, 0.884, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.455 std_dev=0.429
O4' B 0, -0.013, 0.525, 1.063, 2.117 max_d=2.117 avg_d=0.525 std_dev=0.538
C5' B 0, -0.002, 0.598, 1.199, 2.297 max_d=2.297 avg_d=0.598 std_dev=0.600
N1 B 0, -0.152, 0.537, 1.226, 2.642 max_d=2.642 avg_d=0.537 std_dev=0.689
O2 B 0, -0.114, 0.608, 1.329, 2.817 max_d=2.817 avg_d=0.608 std_dev=0.721
O5' B 0, 0.082, 0.818, 1.554, 2.435 max_d=2.435 avg_d=0.818 std_dev=0.736
OP1 B 0, 0.273, 1.038, 1.802, 3.177 max_d=3.177 avg_d=1.038 std_dev=0.765
C2 B 0, -0.224, 0.595, 1.414, 3.142 max_d=3.142 avg_d=0.595 std_dev=0.819
C6 B 0, -0.211, 0.648, 1.507, 3.358 max_d=3.358 avg_d=0.648 std_dev=0.859
P B 0, 0.117, 0.987, 1.858, 2.827 max_d=2.827 avg_d=0.987 std_dev=0.871
N3 B 0, -0.399, 0.714, 1.827, 4.194 max_d=4.194 avg_d=0.714 std_dev=1.113
C5 B 0, -0.364, 0.759, 1.882, 4.322 max_d=4.322 avg_d=0.759 std_dev=1.123
OP2 B 0, -0.097, 1.164, 2.425, 4.525 max_d=4.525 avg_d=1.164 std_dev=1.261
C4 B 0, -0.497, 0.777, 2.051, 4.779 max_d=4.779 avg_d=0.777 std_dev=1.274
O4 B 0, -0.626, 0.919, 2.464, 5.823 max_d=5.823 avg_d=0.919 std_dev=1.545

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.14 0.07
C2 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.14 0.08 0.16 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.08 0.01 0.02 0.01 0.09 0.07 0.13 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.08 0.05 0.09 0.11 0.08 0.02 0.01 0.01 0.12 0.12 0.11 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.21 0.14 0.19 0.14
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.07 0.14 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.03 0.21 0.15 0.19 0.14
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.09 0.05 0.08 0.11 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.11 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.18 0.10 0.15 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.13 0.07 0.15 0.07
N3 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.18 0.11 0.18 0.11
N4 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.13 0.02 0.22 0.18 0.21 0.16
O2 0.03 0.01 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.10 0.04 0.12 0.06 0.15 0.07
O2' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.08 0.00 0.04 0.03 0.05 0.07 0.13 0.05
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.11 0.02 0.11 0.03 0.09 0.05 0.10 0.13 0.10 0.04 0.00 0.02 0.11 0.16 0.11 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.11 0.17 0.11
O5' 0.06 0.14 0.09 0.12 0.21 0.01 0.21 0.01 0.18 0.13 0.18 0.22 0.12 0.05 0.11 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.07 0.08 0.07 0.12 0.14 0.07 0.15 0.11 0.10 0.07 0.11 0.18 0.06 0.07 0.16 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.16 0.13 0.11 0.19 0.14 0.19 0.15 0.15 0.15 0.18 0.21 0.15 0.13 0.11 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.04 0.06 0.14 0.04 0.14 0.01 0.10 0.07 0.11 0.16 0.07 0.05 0.08 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.64 0.25 0.25 0.73 0.18 0.61 0.25 0.50 0.48 0.75 0.67 0.17 0.14 0.79 0.23 0.37 0.46 0.34 0.36
C2 0.38 0.80 0.21 0.25 1.03 0.26 0.89 0.39 0.72 0.64 1.01 0.72 0.17 0.11 1.13 0.36 0.50 0.48 0.40 0.39
C2' 0.27 0.66 0.23 0.21 0.78 0.13 0.64 0.20 0.49 0.48 0.80 0.69 0.17 0.10 0.87 0.19 0.41 0.54 0.40 0.43
C3' 0.20 0.55 0.18 0.16 0.64 0.08 0.51 0.13 0.38 0.38 0.66 0.59 0.17 0.07 0.73 0.12 0.43 0.60 0.54 0.52
C4 0.38 0.72 0.15 0.23 1.10 0.34 1.01 0.53 0.81 0.65 0.98 0.53 0.19 0.09 1.20 0.45 0.62 0.50 0.54 0.46
C4' 0.17 0.46 0.19 0.15 0.49 0.09 0.38 0.10 0.28 0.30 0.53 0.52 0.18 0.09 0.55 0.09 0.34 0.54 0.56 0.47
C5 0.33 0.59 0.13 0.21 0.86 0.31 0.82 0.49 0.68 0.55 0.76 0.45 0.21 0.09 0.91 0.40 0.59 0.51 0.44 0.45
C5' 0.14 0.32 0.17 0.09 0.33 0.12 0.24 0.10 0.17 0.19 0.37 0.40 0.23 0.10 0.39 0.11 0.37 0.59 0.73 0.56
C6 0.29 0.58 0.14 0.23 0.73 0.25 0.67 0.39 0.56 0.49 0.70 0.51 0.21 0.10 0.78 0.31 0.50 0.50 0.34 0.41
N1 0.32 0.70 0.20 0.25 0.84 0.22 0.73 0.34 0.60 0.55 0.83 0.66 0.18 0.11 0.90 0.30 0.46 0.48 0.34 0.38
N3 0.40 0.81 0.18 0.25 1.15 0.32 1.01 0.48 0.81 0.68 1.08 0.65 0.18 0.10 1.28 0.43 0.57 0.49 0.50 0.43
N4 0.40 0.68 0.14 0.22 1.20 0.39 1.11 0.59 0.87 0.66 0.98 0.46 0.19 0.10 1.35 0.51 0.67 0.51 0.68 0.50
O2 0.38 0.82 0.24 0.26 1.05 0.24 0.89 0.35 0.71 0.65 1.03 0.77 0.17 0.12 1.16 0.35 0.47 0.47 0.38 0.37
O2' 0.28 0.67 0.27 0.22 0.77 0.15 0.61 0.17 0.47 0.47 0.80 0.72 0.18 0.13 0.87 0.19 0.34 0.50 0.42 0.40
O3' 0.18 0.54 0.17 0.13 0.63 0.08 0.48 0.09 0.35 0.35 0.66 0.60 0.17 0.07 0.73 0.09 0.44 0.65 0.66 0.58
O4' 0.22 0.50 0.23 0.23 0.53 0.13 0.44 0.19 0.36 0.36 0.56 0.54 0.17 0.15 0.58 0.15 0.31 0.46 0.40 0.37
O5' 0.12 0.32 0.13 0.10 0.34 0.05 0.27 0.13 0.21 0.20 0.37 0.37 0.16 0.02 0.39 0.07 0.41 0.61 0.69 0.58
OP1 0.07 0.12 0.04 0.07 0.15 0.14 0.20 0.19 0.20 0.10 0.14 0.19 0.05 0.01 0.17 0.12 0.37 0.67 1.06 0.71
OP2 0.09 0.21 0.13 0.06 0.25 0.18 0.25 0.37 0.21 0.15 0.25 0.24 0.16 0.02 0.28 0.15 0.50 0.63 0.58 0.60
P 0.03 0.16 0.06 0.02 0.17 0.07 0.16 0.14 0.13 0.08 0.19 0.22 0.09 0.01 0.20 0.04 0.38 0.60 0.75 0.60

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.15 0.17 0.34 0.12
C2 0.01 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.01 0.02 0.34 0.37 0.37 0.23
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.05 0.12 0.00 0.02 0.04 0.00 0.27 0.33 0.25 0.30
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.03 0.09 0.04 0.10 0.15 0.01 0.01 0.08 0.01 0.35 0.41 0.36 0.41
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.02 0.46 0.52 0.55 0.30
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.06 0.06 0.04 0.03 0.07 0.00 0.01 0.15 0.32 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.03 0.47 0.52 0.60 0.29
C5' 0.03 0.11 0.02 0.03 0.16 0.01 0.16 0.00 0.14 0.09 0.14 0.10 0.04 0.04 0.17 0.01 0.01 0.18 0.35 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.03 0.41 0.41 0.52 0.24
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.32 0.32 0.40 0.20
N3 0.01 0.00 0.05 0.10 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.01 0.02 0.41 0.45 0.45 0.27
O2 0.02 0.00 0.12 0.15 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.17 0.01 0.03 0.29 0.33 0.30 0.23
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.09 0.00 0.05 0.05 0.04 0.09 0.24 0.30 0.19
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.09 0.03 0.10 0.04 0.10 0.04 0.11 0.17 0.05 0.00 0.10 0.02 0.28 0.47 0.55 0.44
O4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.02 0.48 0.57 0.59 0.31
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.06 0.07 0.45 0.16
O5' 0.15 0.34 0.27 0.35 0.46 0.01 0.47 0.01 0.41 0.32 0.41 0.29 0.09 0.28 0.48 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.17 0.37 0.33 0.41 0.52 0.15 0.52 0.18 0.41 0.32 0.45 0.33 0.24 0.47 0.57 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.37 0.25 0.36 0.55 0.32 0.60 0.35 0.52 0.40 0.45 0.30 0.30 0.55 0.59 0.45 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.23 0.30 0.41 0.30 0.07 0.29 0.01 0.24 0.20 0.27 0.23 0.19 0.44 0.31 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00