ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52783

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 1, 6, 6, 3, 7, 7, 4, 5, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, -0.003, 0.004, 0.012, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.004 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.011 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.029 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.021, 0.066, 0.112, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.066 std_dev=0.045
C2' A 0, 0.037, 0.084, 0.132, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.084 std_dev=0.047
C4' A 0, 0.044, 0.109, 0.174, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.109 std_dev=0.065
C3' A 0, 0.056, 0.128, 0.200, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.128 std_dev=0.072
O2' A 0, 0.052, 0.125, 0.198, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.125 std_dev=0.073
O3' A 0, 0.091, 0.198, 0.306, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.198 std_dev=0.107
C5' A 0, 0.083, 0.200, 0.317, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.200 std_dev=0.117
O5' A 0, 0.122, 0.265, 0.408, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.265 std_dev=0.143
O3' B 0, 0.158, 0.345, 0.532, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.345 std_dev=0.187
P A 0, 0.173, 0.362, 0.551, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.362 std_dev=0.189
OP2 A 0, 0.202, 0.402, 0.602, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.402 std_dev=0.200
C3' B 0, 0.230, 0.477, 0.723, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.477 std_dev=0.246
C1' B 0, 0.247, 0.496, 0.744, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.496 std_dev=0.248
OP1 A 0, 0.242, 0.493, 0.745, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.493 std_dev=0.251
O4' B 0, 0.239, 0.494, 0.748, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.494 std_dev=0.254
O2' B 0, 0.249, 0.507, 0.765, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.507 std_dev=0.258
C4' B 0, 0.233, 0.491, 0.749, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.491 std_dev=0.258
O2 B 0, 0.249, 0.513, 0.776, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.513 std_dev=0.264
C2' B 0, 0.260, 0.528, 0.796, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.528 std_dev=0.268
N1 B 0, 0.286, 0.581, 0.876, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.581 std_dev=0.295
C2 B 0, 0.270, 0.566, 0.862, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.566 std_dev=0.296
C5' B 0, 0.286, 0.615, 0.944, 1.385 max_d=1.385 avg_d=0.615 std_dev=0.329
C6 B 0, 0.349, 0.693, 1.036, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.693 std_dev=0.344
N3 B 0, 0.303, 0.656, 1.010, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.656 std_dev=0.353
O5' B 0, 0.291, 0.659, 1.027, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.659 std_dev=0.368
C5 B 0, 0.369, 0.763, 1.158, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.763 std_dev=0.394
C4 B 0, 0.336, 0.743, 1.149, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.743 std_dev=0.406
P B 0, 0.348, 0.786, 1.224, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.786 std_dev=0.438
OP1 B 0, 0.362, 0.819, 1.277, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.819 std_dev=0.458
O4 B 0, 0.364, 0.823, 1.282, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.823 std_dev=0.459
OP2 B 0, 0.411, 0.896, 1.381, 2.002 max_d=2.002 avg_d=0.896 std_dev=0.485

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.08 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.08 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.07 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.05 0.03 0.05 0.06 0.07 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.07 0.04
C4 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03 0.11 0.09 0.11 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02
C5 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.12 0.09 0.11 0.09
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.09 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.10 0.07 0.09 0.06
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.05 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.10 0.08 0.10 0.07
N4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.12 0.11 0.13 0.11
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.07 0.06 0.09 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.07 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.06 0.04 0.07 0.08 0.09 0.03 0.00 0.01 0.07 0.09 0.09 0.07
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.10 0.07
O5' 0.04 0.08 0.03 0.04 0.11 0.01 0.12 0.01 0.10 0.07 0.10 0.12 0.07 0.03 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.04 0.05 0.09 0.04 0.09 0.05 0.07 0.05 0.08 0.11 0.06 0.04 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.09 0.07 0.07 0.11 0.05 0.11 0.02 0.09 0.08 0.10 0.13 0.09 0.07 0.09 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.03 0.04 0.09 0.02 0.09 0.01 0.06 0.05 0.07 0.11 0.06 0.03 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.11 0.11 0.08 0.11 0.07 0.10 0.07 0.10 0.10 0.11 0.12 0.15 0.07 0.12 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08
C2 0.10 0.13 0.11 0.08 0.14 0.07 0.14 0.07 0.13 0.12 0.14 0.14 0.14 0.06 0.15 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09
C2' 0.08 0.11 0.09 0.06 0.11 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.11 0.12 0.13 0.06 0.11 0.10 0.07 0.10 0.08 0.07
C3' 0.08 0.10 0.07 0.05 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.11 0.10 0.05 0.09 0.12 0.08 0.11 0.10 0.09
C4 0.12 0.14 0.12 0.10 0.15 0.09 0.16 0.10 0.15 0.14 0.15 0.16 0.14 0.09 0.16 0.10 0.12 0.11 0.13 0.12
C4' 0.09 0.10 0.07 0.06 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.12 0.10 0.06 0.10 0.12 0.09 0.11 0.10 0.09
C5 0.12 0.14 0.12 0.10 0.14 0.09 0.15 0.10 0.15 0.13 0.14 0.16 0.14 0.09 0.15 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11
C5' 0.11 0.12 0.08 0.06 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.13 0.07 0.04 0.12 0.14 0.11 0.13 0.12 0.11
C6 0.10 0.12 0.10 0.08 0.12 0.07 0.12 0.07 0.12 0.11 0.12 0.14 0.13 0.07 0.13 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08
N1 0.09 0.11 0.10 0.07 0.12 0.07 0.11 0.07 0.11 0.10 0.12 0.12 0.14 0.06 0.12 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08
N3 0.11 0.14 0.12 0.09 0.16 0.08 0.16 0.08 0.15 0.13 0.15 0.16 0.14 0.07 0.17 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10
N4 0.13 0.16 0.15 0.12 0.18 0.11 0.19 0.13 0.18 0.16 0.17 0.18 0.16 0.10 0.19 0.12 0.15 0.13 0.17 0.15
O2 0.11 0.15 0.12 0.08 0.16 0.07 0.15 0.07 0.14 0.13 0.16 0.15 0.15 0.06 0.18 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09
O2' 0.10 0.13 0.10 0.07 0.13 0.08 0.12 0.08 0.11 0.11 0.14 0.15 0.15 0.07 0.14 0.11 0.08 0.10 0.09 0.08
O3' 0.09 0.10 0.07 0.06 0.10 0.12 0.10 0.13 0.10 0.09 0.11 0.12 0.09 0.05 0.11 0.14 0.11 0.14 0.12 0.12
O4' 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.11 0.13 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08
O5' 0.05 0.07 0.03 0.02 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.07 0.09 0.04 0.01 0.06 0.08 0.06 0.11 0.08 0.07
OP1 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.02 0.05 0.07 0.07 0.12 0.09 0.09
OP2 0.06 0.07 0.08 0.05 0.08 0.04 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.11 0.02 0.08 0.04 0.07 0.10 0.08 0.08
P 0.03 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.01 0.03 0.04 0.04 0.09 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.09 0.08 0.06
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.09 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.06 0.04
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04
C5' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04
O2 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.05 0.01 0.07 0.05 0.06 0.06 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.11 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.11 0.10 0.07
O3' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.09 0.06 0.04
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.05 0.05 0.07 0.05
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04
O5' 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.05 0.09 0.09 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.06 0.11 0.09 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.03 0.06 0.01 0.05 0.05 0.05 0.06 0.10 0.06 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.06 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.07 0.04 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00