ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52785

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 4, 3, 4, 6, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.023, 0.046, 0.070, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.046 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.020, 0.049, 0.078, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.049 std_dev=0.029
C2' A 0, -0.032, 0.185, 0.402, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.185 std_dev=0.217
O2' B 0, 0.469, 0.688, 0.906, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.688 std_dev=0.219
O4' A 0, -0.020, 0.199, 0.418, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.199 std_dev=0.219
C2' B 0, 0.454, 0.679, 0.904, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.679 std_dev=0.225
C1' B 0, 0.445, 0.763, 1.081, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.763 std_dev=0.318
O2' A 0, -0.072, 0.279, 0.630, 1.717 max_d=1.717 avg_d=0.279 std_dev=0.351
C4' A 0, -0.041, 0.332, 0.705, 1.776 max_d=1.776 avg_d=0.332 std_dev=0.373
C3' A 0, -0.058, 0.345, 0.748, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.345 std_dev=0.403
N1 B 0, 0.424, 0.858, 1.292, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.858 std_dev=0.434
O4' B 0, 0.547, 0.981, 1.415, 2.240 max_d=2.240 avg_d=0.981 std_dev=0.434
C3' B 0, 0.390, 0.871, 1.353, 2.237 max_d=2.237 avg_d=0.871 std_dev=0.481
C4' B 0, 0.498, 1.009, 1.520, 2.166 max_d=2.166 avg_d=1.009 std_dev=0.511
C5' A 0, -0.045, 0.517, 1.079, 2.475 max_d=2.475 avg_d=0.517 std_dev=0.562
C6 B 0, 0.409, 0.983, 1.558, 2.673 max_d=2.673 avg_d=0.983 std_dev=0.574
O5' A 0, -0.038, 0.538, 1.115, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.538 std_dev=0.576
O3' A 0, -0.040, 0.538, 1.115, 2.780 max_d=2.780 avg_d=0.538 std_dev=0.577
O3' B 0, 0.202, 0.807, 1.412, 2.757 max_d=2.757 avg_d=0.807 std_dev=0.605
C5' B 0, 0.610, 1.315, 2.019, 2.906 max_d=2.906 avg_d=1.315 std_dev=0.705
P A 0, 0.059, 0.828, 1.598, 3.269 max_d=3.269 avg_d=0.828 std_dev=0.769
C5 B 0, 0.308, 1.124, 1.940, 3.942 max_d=3.942 avg_d=1.124 std_dev=0.816
O5' B 0, 0.652, 1.573, 2.493, 3.936 max_d=3.936 avg_d=1.573 std_dev=0.920
OP2 A 0, 0.080, 1.021, 1.962, 3.680 max_d=3.680 avg_d=1.021 std_dev=0.941
C2 B 0, 0.069, 1.011, 1.952, 4.383 max_d=4.383 avg_d=1.011 std_dev=0.941
OP1 A 0, 0.054, 1.127, 2.200, 4.365 max_d=4.365 avg_d=1.127 std_dev=1.073
OP1 B 0, 0.884, 1.982, 3.080, 4.916 max_d=4.916 avg_d=1.982 std_dev=1.098
P B 0, 0.840, 1.951, 3.063, 4.371 max_d=4.371 avg_d=1.951 std_dev=1.111
C4 B 0, 0.046, 1.186, 2.326, 4.725 max_d=4.725 avg_d=1.186 std_dev=1.140
O2 B 0, -0.062, 1.147, 2.357, 5.742 max_d=5.742 avg_d=1.147 std_dev=1.210
N3 B 0, -0.117, 1.145, 2.407, 5.384 max_d=5.384 avg_d=1.145 std_dev=1.262
O4 B 0, -0.099, 1.380, 2.859, 6.081 max_d=6.081 avg_d=1.380 std_dev=1.479
OP2 B 0, 0.714, 2.347, 3.979, 6.616 max_d=6.616 avg_d=2.347 std_dev=1.632

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.14 0.01 0.18 0.18 0.15 0.14
C2 0.03 0.00 0.11 0.17 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.15 0.04 0.34 0.36 0.47 0.36
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.09 0.08 0.03 0.10 0.07 0.17 0.01 0.05 0.01 0.16 0.22 0.24 0.16
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.22 0.00 0.19 0.02 0.15 0.13 0.21 0.24 0.16 0.02 0.01 0.01 0.09 0.22 0.26 0.13
C4 0.02 0.01 0.06 0.22 0.00 0.11 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.16 0.04 0.44 0.51 0.73 0.53
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.11 0.06 0.09 0.13 0.06 0.17 0.04 0.00 0.02 0.11 0.16 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.19 0.01 0.13 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.13 0.06 0.42 0.47 0.67 0.50
C5' 0.06 0.17 0.09 0.02 0.27 0.01 0.28 0.00 0.23 0.16 0.22 0.29 0.12 0.09 0.11 0.02 0.01 0.20 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.11 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.09 0.06 0.35 0.35 0.46 0.37
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.02 0.06 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.09 0.02 0.30 0.29 0.36 0.29
N3 0.03 0.01 0.10 0.21 0.01 0.09 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.17 0.16 0.03 0.41 0.46 0.63 0.47
N4 0.03 0.02 0.07 0.24 0.01 0.13 0.02 0.29 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.20 0.18 0.04 0.47 0.58 0.84 0.59
O2 0.05 0.01 0.17 0.16 0.02 0.06 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.20 0.07 0.30 0.32 0.40 0.31
O2' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.18 0.17 0.17 0.09 0.14 0.11 0.17 0.20 0.15 0.00 0.08 0.12 0.14 0.23 0.29 0.16
O3' 0.14 0.15 0.05 0.01 0.16 0.04 0.13 0.11 0.09 0.09 0.16 0.18 0.20 0.08 0.00 0.09 0.14 0.26 0.44 0.22
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03 0.04 0.07 0.12 0.09 0.00 0.17 0.17 0.12 0.12
O5' 0.18 0.34 0.16 0.09 0.44 0.02 0.42 0.01 0.35 0.30 0.41 0.47 0.30 0.14 0.14 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.36 0.22 0.22 0.51 0.11 0.47 0.20 0.35 0.29 0.46 0.58 0.32 0.23 0.26 0.17 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.47 0.24 0.26 0.73 0.16 0.67 0.19 0.46 0.36 0.63 0.84 0.40 0.29 0.44 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.36 0.16 0.13 0.53 0.04 0.50 0.02 0.37 0.29 0.47 0.59 0.31 0.16 0.22 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.57 0.25 0.23 0.68 0.19 0.64 0.20 0.54 0.45 0.66 0.65 0.26 0.20 0.75 0.23 0.36 0.45 0.59 0.37
C2 0.28 0.65 0.23 0.32 0.91 0.24 0.85 0.31 0.69 0.51 0.84 0.70 0.29 0.28 1.02 0.26 0.55 0.52 0.89 0.55
C2' 0.24 0.38 0.20 0.17 0.58 0.19 0.60 0.18 0.50 0.36 0.49 0.42 0.33 0.14 0.65 0.22 0.38 0.54 0.61 0.44
C3' 0.17 0.25 0.15 0.11 0.38 0.19 0.43 0.18 0.37 0.22 0.30 0.35 0.32 0.08 0.42 0.19 0.40 0.60 0.62 0.48
C4 0.27 0.55 0.21 0.41 0.94 0.33 0.95 0.46 0.76 0.49 0.78 0.59 0.30 0.39 1.05 0.31 0.71 0.60 1.12 0.71
C4' 0.23 0.35 0.20 0.19 0.40 0.19 0.39 0.20 0.34 0.28 0.39 0.43 0.30 0.20 0.43 0.21 0.30 0.55 0.47 0.41
C5 0.25 0.43 0.20 0.41 0.74 0.32 0.82 0.43 0.71 0.45 0.58 0.48 0.30 0.39 0.78 0.29 0.67 0.55 1.00 0.64
C5' 0.19 0.28 0.19 0.15 0.30 0.19 0.31 0.19 0.28 0.23 0.30 0.35 0.28 0.18 0.32 0.20 0.30 0.57 0.46 0.42
C6 0.25 0.45 0.21 0.33 0.66 0.25 0.70 0.32 0.61 0.43 0.56 0.47 0.29 0.31 0.69 0.25 0.53 0.49 0.80 0.50
N1 0.27 0.57 0.23 0.29 0.76 0.22 0.74 0.27 0.62 0.47 0.70 0.62 0.29 0.25 0.83 0.24 0.49 0.49 0.76 0.47
N3 0.28 0.64 0.22 0.37 0.99 0.29 0.94 0.40 0.75 0.52 0.87 0.68 0.29 0.34 1.12 0.29 0.66 0.57 1.05 0.66
N4 0.27 0.53 0.21 0.45 1.02 0.38 1.02 0.55 0.79 0.48 0.79 0.60 0.30 0.44 1.17 0.34 0.81 0.66 1.28 0.83
O2 0.30 0.70 0.24 0.29 0.94 0.23 0.86 0.28 0.68 0.53 0.89 0.77 0.29 0.25 1.07 0.26 0.52 0.51 0.86 0.52
O2' 0.26 0.47 0.22 0.16 0.65 0.18 0.64 0.16 0.52 0.40 0.58 0.52 0.23 0.13 0.74 0.20 0.31 0.45 0.55 0.36
O3' 0.17 0.23 0.16 0.17 0.31 0.24 0.38 0.25 0.33 0.19 0.26 0.36 0.32 0.17 0.36 0.21 0.42 0.71 0.66 0.56
O4' 0.29 0.53 0.28 0.25 0.56 0.21 0.51 0.21 0.44 0.41 0.58 0.62 0.27 0.25 0.60 0.24 0.31 0.44 0.47 0.33
O5' 0.21 0.32 0.22 0.10 0.30 0.23 0.34 0.18 0.32 0.23 0.32 0.45 0.36 0.02 0.32 0.23 0.41 0.63 0.55 0.50
OP1 0.19 0.34 0.14 0.12 0.29 0.34 0.35 0.36 0.33 0.21 0.34 0.54 0.24 0.02 0.32 0.30 0.51 0.78 0.69 0.72
OP2 0.22 0.46 0.22 0.19 0.40 0.16 0.52 0.33 0.51 0.30 0.45 0.74 0.21 0.02 0.43 0.19 0.65 0.92 0.86 0.75
P 0.07 0.32 0.10 0.02 0.24 0.13 0.31 0.16 0.30 0.13 0.30 0.54 0.18 0.01 0.27 0.09 0.45 0.71 0.60 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.06 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.06 0.02 0.03 0.07 0.00 0.20 0.27 0.36 0.26
C2 0.04 0.00 0.14 0.27 0.03 0.17 0.02 0.25 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.29 0.04 0.11 0.51 0.68 0.76 0.62
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.11 0.03 0.11 0.08 0.12 0.05 0.12 0.22 0.00 0.04 0.13 0.02 0.22 0.36 0.28 0.21
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.24 0.00 0.28 0.03 0.28 0.14 0.26 0.44 0.03 0.01 0.26 0.02 0.30 0.37 0.29 0.27
C4 0.06 0.03 0.11 0.24 0.00 0.17 0.01 0.33 0.02 0.04 0.01 0.03 0.19 0.31 0.01 0.09 0.58 0.87 0.86 0.68
C4' 0.02 0.17 0.03 0.00 0.17 0.00 0.25 0.01 0.25 0.09 0.15 0.30 0.16 0.05 0.19 0.01 0.03 0.17 0.18 0.10
C5 0.04 0.02 0.11 0.28 0.01 0.25 0.00 0.45 0.01 0.02 0.01 0.03 0.14 0.32 0.02 0.14 0.66 0.82 0.88 0.68
C5' 0.06 0.25 0.08 0.03 0.33 0.01 0.45 0.00 0.42 0.19 0.27 0.43 0.11 0.06 0.35 0.02 0.01 0.22 0.27 0.02
C6 0.04 0.02 0.12 0.28 0.02 0.25 0.01 0.42 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.29 0.03 0.16 0.60 0.61 0.71 0.54
N1 0.02 0.01 0.05 0.14 0.04 0.09 0.02 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.15 0.05 0.04 0.38 0.48 0.56 0.42
N3 0.04 0.01 0.12 0.26 0.01 0.15 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.02 0.19 0.32 0.03 0.08 0.55 0.81 0.85 0.68
O2 0.06 0.01 0.22 0.44 0.03 0.30 0.03 0.43 0.03 0.02 0.02 0.00 0.22 0.44 0.04 0.20 0.67 0.77 0.91 0.76
O2' 0.02 0.17 0.00 0.03 0.19 0.16 0.14 0.11 0.11 0.10 0.19 0.22 0.00 0.10 0.21 0.12 0.18 0.21 0.26 0.15
O3' 0.03 0.29 0.04 0.01 0.31 0.05 0.32 0.06 0.29 0.15 0.32 0.44 0.10 0.00 0.35 0.03 0.30 0.46 0.37 0.37
O4 0.07 0.04 0.13 0.26 0.01 0.19 0.02 0.35 0.03 0.05 0.03 0.04 0.21 0.35 0.00 0.10 0.61 0.99 0.95 0.75
O4' 0.00 0.11 0.02 0.02 0.09 0.01 0.14 0.02 0.16 0.04 0.08 0.20 0.12 0.03 0.10 0.00 0.20 0.25 0.36 0.31
O5' 0.20 0.51 0.22 0.30 0.58 0.03 0.66 0.01 0.60 0.38 0.55 0.67 0.18 0.30 0.61 0.20 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.68 0.36 0.37 0.87 0.17 0.82 0.22 0.61 0.48 0.81 0.77 0.21 0.46 0.99 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.76 0.28 0.29 0.86 0.18 0.88 0.27 0.71 0.56 0.85 0.91 0.26 0.37 0.95 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.62 0.21 0.27 0.68 0.10 0.68 0.02 0.54 0.42 0.68 0.76 0.15 0.37 0.75 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00