ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52786

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 7, 3, 4, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.006, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.013, 0.025, 0.036, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.027 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.083, 0.149, 0.216, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.149 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.074, 0.145, 0.216, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.145 std_dev=0.071
O2' A 0, 0.071, 0.166, 0.261, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.166 std_dev=0.095
C4' A 0, 0.125, 0.222, 0.320, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.222 std_dev=0.098
C3' A 0, 0.131, 0.235, 0.340, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.104
OP2 A 0, 0.210, 0.342, 0.474, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.342 std_dev=0.132
P A 0, 0.172, 0.313, 0.455, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.313 std_dev=0.142
O3' B 0, 0.187, 0.332, 0.478, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.332 std_dev=0.146
O3' A 0, 0.203, 0.352, 0.501, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.352 std_dev=0.149
O5' A 0, 0.171, 0.322, 0.473, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.322 std_dev=0.151
C5' A 0, 0.192, 0.355, 0.517, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.355 std_dev=0.162
C3' B 0, 0.199, 0.365, 0.532, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.365 std_dev=0.166
C4' B 0, 0.231, 0.399, 0.567, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.399 std_dev=0.168
O2' B 0, 0.195, 0.364, 0.534, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.364 std_dev=0.170
C5' B 0, 0.235, 0.406, 0.578, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.406 std_dev=0.172
OP1 A 0, 0.235, 0.419, 0.603, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.419 std_dev=0.184
C2' B 0, 0.205, 0.395, 0.585, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.395 std_dev=0.190
OP1 B 0, 0.202, 0.407, 0.611, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.407 std_dev=0.205
O4' B 0, 0.250, 0.457, 0.664, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.457 std_dev=0.207
O5' B 0, 0.273, 0.487, 0.701, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.487 std_dev=0.214
C1' B 0, 0.246, 0.464, 0.683, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.464 std_dev=0.218
P B 0, 0.247, 0.466, 0.686, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.466 std_dev=0.219
OP2 B 0, 0.299, 0.531, 0.762, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.531 std_dev=0.232
N1 B 0, 0.281, 0.534, 0.787, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.534 std_dev=0.253
C6 B 0, 0.290, 0.549, 0.808, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.549 std_dev=0.259
C5 B 0, 0.339, 0.633, 0.928, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.633 std_dev=0.294
C2 B 0, 0.307, 0.604, 0.901, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.604 std_dev=0.297
O2 B 0, 0.278, 0.587, 0.896, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.587 std_dev=0.309
C4 B 0, 0.393, 0.724, 1.056, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.724 std_dev=0.332
N3 B 0, 0.365, 0.700, 1.034, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.700 std_dev=0.335
O4 B 0, 0.453, 0.818, 1.184, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.818 std_dev=0.366

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.04 0.10 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.07 0.07 0.12 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.08 0.08 0.12 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.06 0.10 0.06
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.06 0.06 0.11 0.07
N4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.08 0.09 0.13 0.08
O2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.04 0.04 0.09 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.07 0.06
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.08 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.04 0.03 0.04 0.07 0.03 0.08 0.04 0.06 0.04 0.06 0.09 0.04 0.05 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.10 0.06 0.05 0.12 0.03 0.12 0.01 0.10 0.09 0.11 0.13 0.09 0.05 0.05 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.06 0.03 0.03 0.08 0.02 0.08 0.01 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.04 0.03 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.11 0.08 0.07 0.06 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10
C2 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.06 0.05 0.05 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.12 0.12 0.10
C2' 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.11 0.09 0.11 0.07 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.10 0.13 0.10
C3' 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.09 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.09 0.06
C4 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.07 0.09 0.08 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.08 0.12 0.10 0.09
C4' 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.10 0.06 0.10 0.06 0.05 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.05
C5 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.07 0.09 0.08 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.07 0.08 0.10 0.09 0.08
C5' 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.08 0.08 0.08 0.05 0.05 0.07 0.07 0.04 0.06 0.05 0.08 0.09 0.06 0.07
C6 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.04 0.06 0.06 0.07 0.05 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08
N1 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.05 0.05 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.11 0.09
N3 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.09 0.08 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.08 0.13 0.11 0.10
N4 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.08 0.08 0.11 0.08 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.09 0.13 0.10 0.10
O2 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.09 0.10 0.07 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.13 0.13 0.11
O2' 0.11 0.09 0.10 0.10 0.12 0.11 0.15 0.13 0.15 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.12 0.12 0.14 0.15 0.18 0.15
O3' 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.09 0.05 0.05 0.08 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.07 0.09 0.06
O4' 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.07 0.06 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.07
O5' 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.07 0.06 0.03 0.04 0.07 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05
OP1 0.04 0.05 0.06 0.02 0.04 0.02 0.07 0.05 0.07 0.03 0.05 0.09 0.10 0.01 0.06 0.02 0.07 0.09 0.08 0.08
OP2 0.04 0.06 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.09 0.08 0.01 0.06 0.02 0.06 0.04 0.04 0.04
P 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.04 0.05 0.02 0.04 0.08 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.05 0.06 0.07 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.07 0.09 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.07 0.07 0.08 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.06 0.07 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.06 0.07 0.09 0.07
O2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.02 0.05 0.06 0.08 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.07 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.05 0.05 0.05
O4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.06 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.05 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.07 0.04 0.04 0.09 0.02 0.08 0.01 0.07 0.06 0.09 0.08 0.05 0.05 0.10 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.06 0.05 0.07 0.06 0.03 0.05 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00