ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52787

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 1, 1, 3, 4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.007, 0.026, 0.044, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.006, 0.034, 0.062, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.034 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.028, 0.082, 0.135, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.082 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.034, 0.091, 0.149, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.091 std_dev=0.058
O2' A 0, 0.062, 0.125, 0.188, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.125 std_dev=0.063
C4' A 0, 0.047, 0.131, 0.215, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.131 std_dev=0.084
C3' A 0, 0.051, 0.140, 0.228, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.140 std_dev=0.088
O3' A 0, 0.080, 0.210, 0.339, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.210 std_dev=0.130
O5' A 0, 0.112, 0.246, 0.380, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.246 std_dev=0.134
C5' A 0, 0.085, 0.225, 0.365, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.225 std_dev=0.140
O3' B 0, 0.139, 0.304, 0.468, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.304 std_dev=0.165
O2' B 0, 0.160, 0.344, 0.527, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.344 std_dev=0.184
C1' B 0, 0.170, 0.354, 0.538, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.354 std_dev=0.184
P A 0, 0.141, 0.331, 0.522, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.331 std_dev=0.190
C2 B 0, 0.213, 0.404, 0.595, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.404 std_dev=0.191
C2' B 0, 0.151, 0.343, 0.536, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.343 std_dev=0.193
C3' B 0, 0.130, 0.326, 0.521, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.326 std_dev=0.195
O2 B 0, 0.208, 0.404, 0.600, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.404 std_dev=0.196
C4' B 0, 0.175, 0.380, 0.586, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.380 std_dev=0.206
N1 B 0, 0.184, 0.392, 0.600, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.392 std_dev=0.208
O4' B 0, 0.181, 0.391, 0.601, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.391 std_dev=0.210
N3 B 0, 0.211, 0.438, 0.664, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.438 std_dev=0.226
OP1 A 0, 0.186, 0.416, 0.647, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.416 std_dev=0.231
OP2 A 0, 0.213, 0.470, 0.726, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.470 std_dev=0.257
C5' B 0, 0.211, 0.467, 0.724, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.467 std_dev=0.257
C6 B 0, 0.160, 0.438, 0.716, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.438 std_dev=0.278
C4 B 0, 0.170, 0.465, 0.760, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.465 std_dev=0.295
C5 B 0, 0.145, 0.472, 0.800, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.472 std_dev=0.327
O5' B 0, 0.226, 0.556, 0.885, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.556 std_dev=0.330
O4 B 0, 0.149, 0.501, 0.854, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.501 std_dev=0.352
P B 0, 0.257, 0.613, 0.969, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.613 std_dev=0.356
OP1 B 0, 0.271, 0.644, 1.016, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.644 std_dev=0.372
OP2 B 0, 0.257, 0.633, 1.009, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.633 std_dev=0.376

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.08 0.02
C2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.09 0.10 0.14 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.09 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.09 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.12 0.09 0.19 0.08
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.12 0.09 0.17 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.11 0.09 0.13 0.05
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.09 0.11 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.11 0.09 0.17 0.06
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.14 0.09 0.21 0.10
O2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.04 0.07 0.10 0.13 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.00 0.03 0.03 0.04 0.07 0.09 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.07 0.07 0.03 0.00 0.01 0.10 0.08 0.11 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.07 0.08 0.07 0.04
O5' 0.05 0.09 0.02 0.05 0.12 0.01 0.12 0.01 0.11 0.08 0.11 0.14 0.07 0.04 0.10 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.10 0.06 0.06 0.09 0.06 0.09 0.05 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.07 0.08 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.14 0.09 0.09 0.19 0.06 0.17 0.04 0.13 0.11 0.17 0.21 0.13 0.09 0.11 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.03 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.05 0.03 0.06 0.10 0.04 0.04 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.11 0.06 0.06 0.11 0.14 0.13 0.14 0.13 0.12 0.10 0.09 0.07 0.04 0.11 0.17 0.12 0.16 0.19 0.15
C2 0.12 0.12 0.07 0.06 0.12 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.11 0.11 0.08 0.04 0.11 0.16 0.12 0.16 0.20 0.15
C2' 0.11 0.09 0.06 0.07 0.09 0.14 0.10 0.14 0.11 0.11 0.08 0.08 0.05 0.07 0.08 0.16 0.09 0.16 0.18 0.14
C3' 0.10 0.06 0.04 0.07 0.06 0.14 0.08 0.14 0.10 0.09 0.06 0.05 0.06 0.09 0.06 0.15 0.08 0.16 0.16 0.13
C4 0.10 0.11 0.07 0.06 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.11 0.09 0.05 0.10 0.13 0.10 0.14 0.18 0.13
C4' 0.09 0.06 0.03 0.04 0.07 0.13 0.10 0.13 0.10 0.09 0.06 0.05 0.08 0.04 0.07 0.15 0.09 0.15 0.16 0.13
C5 0.11 0.10 0.07 0.06 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.10 0.09 0.09 0.05 0.09 0.14 0.10 0.15 0.19 0.14
C5' 0.07 0.04 0.03 0.03 0.06 0.13 0.09 0.13 0.09 0.07 0.04 0.04 0.11 0.03 0.05 0.14 0.08 0.15 0.14 0.12
C6 0.12 0.10 0.07 0.06 0.10 0.13 0.12 0.13 0.13 0.12 0.10 0.09 0.08 0.04 0.10 0.16 0.11 0.16 0.20 0.15
N1 0.13 0.11 0.07 0.07 0.12 0.14 0.13 0.14 0.14 0.13 0.11 0.10 0.07 0.04 0.11 0.17 0.12 0.17 0.20 0.15
N3 0.11 0.12 0.07 0.06 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.09 0.04 0.11 0.14 0.11 0.15 0.19 0.14
N4 0.09 0.11 0.07 0.06 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.07 0.10 0.11 0.09 0.13 0.17 0.11
O2 0.12 0.12 0.07 0.06 0.12 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.12 0.11 0.08 0.04 0.12 0.16 0.12 0.17 0.20 0.15
O2' 0.12 0.09 0.05 0.07 0.09 0.15 0.11 0.15 0.12 0.11 0.08 0.08 0.05 0.07 0.08 0.17 0.10 0.17 0.18 0.14
O3' 0.09 0.05 0.05 0.08 0.05 0.15 0.07 0.14 0.08 0.07 0.05 0.05 0.07 0.12 0.06 0.15 0.07 0.15 0.14 0.12
O4' 0.10 0.09 0.05 0.05 0.11 0.13 0.12 0.14 0.13 0.11 0.09 0.08 0.09 0.06 0.10 0.16 0.11 0.16 0.17 0.14
O5' 0.03 0.08 0.06 0.02 0.06 0.08 0.03 0.08 0.03 0.04 0.08 0.12 0.13 0.01 0.07 0.06 0.05 0.14 0.12 0.09
OP1 0.13 0.12 0.04 0.04 0.15 0.20 0.18 0.20 0.18 0.14 0.13 0.08 0.06 0.02 0.15 0.22 0.15 0.18 0.18 0.17
OP2 0.10 0.18 0.15 0.06 0.15 0.10 0.11 0.12 0.10 0.12 0.18 0.22 0.25 0.03 0.16 0.06 0.10 0.19 0.14 0.13
P 0.02 0.05 0.06 0.02 0.03 0.10 0.03 0.11 0.03 0.03 0.05 0.09 0.13 0.01 0.04 0.08 0.06 0.14 0.13 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.07 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.01 0.02 0.04 0.07 0.11 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.09 0.13 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.10 0.12 0.07
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.07 0.10 0.13 0.10
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.08 0.11 0.13 0.11
C5' 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.07 0.09 0.11 0.09
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.07 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.01 0.05 0.08 0.12 0.08
O2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.08 0.01 0.04 0.04 0.06 0.11 0.05
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.07 0.13 0.00 0.03 0.05 0.02 0.09 0.12 0.16 0.09
O3' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.08 0.03 0.00 0.04 0.03 0.06 0.10 0.12 0.07
O4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.07 0.10 0.13 0.10
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.08 0.04
O5' 0.04 0.04 0.08 0.06 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.05 0.05 0.04 0.09 0.06 0.07 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.07 0.07 0.09 0.10 0.10 0.05 0.11 0.03 0.09 0.07 0.08 0.06 0.12 0.10 0.10 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.11 0.13 0.12 0.13 0.07 0.13 0.03 0.11 0.11 0.12 0.11 0.16 0.12 0.13 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.07 0.07 0.10 0.03 0.11 0.01 0.09 0.07 0.08 0.05 0.09 0.07 0.10 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00