ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52788

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 1, 1, 3, 1, 2, 0, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.010 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.007, 0.036, 0.066, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.036 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.072, 0.183, 0.294, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.183 std_dev=0.111
O4' A 0, 0.067, 0.188, 0.308, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.188 std_dev=0.121
O2' A 0, 0.044, 0.173, 0.301, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.173 std_dev=0.129
C3' A 0, 0.136, 0.337, 0.538, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.337 std_dev=0.201
C4' A 0, 0.145, 0.354, 0.563, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.354 std_dev=0.209
C2' B 0, 0.174, 0.397, 0.620, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.397 std_dev=0.223
C1' B 0, 0.259, 0.486, 0.712, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.486 std_dev=0.227
O3' A 0, 0.213, 0.472, 0.731, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.472 std_dev=0.259
C3' B 0, 0.238, 0.547, 0.856, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.547 std_dev=0.309
C5' A 0, 0.230, 0.612, 0.994, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.612 std_dev=0.382
O2' B 0, 0.273, 0.702, 1.132, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.702 std_dev=0.430
OP2 A 0, 0.471, 0.922, 1.373, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.922 std_dev=0.451
O3' B 0, 0.201, 0.669, 1.136, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.669 std_dev=0.468
O4' B 0, 0.615, 1.086, 1.557, 1.741 max_d=1.741 avg_d=1.086 std_dev=0.471
P A 0, 0.240, 0.740, 1.240, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.740 std_dev=0.500
C4' B 0, 0.657, 1.187, 1.717, 2.006 max_d=2.006 avg_d=1.187 std_dev=0.530
O5' A 0, 0.226, 0.845, 1.465, 1.676 max_d=1.676 avg_d=0.845 std_dev=0.619
OP1 A 0, 0.302, 0.979, 1.657, 2.087 max_d=2.087 avg_d=0.979 std_dev=0.677
N1 B 0, 0.489, 1.212, 1.936, 2.145 max_d=2.145 avg_d=1.212 std_dev=0.723
C6 B 0, 0.410, 1.210, 2.010, 3.311 max_d=3.311 avg_d=1.210 std_dev=0.800
C5' B 0, 0.979, 1.844, 2.709, 2.818 max_d=2.818 avg_d=1.844 std_dev=0.865
C5 B 0, 0.913, 1.955, 2.997, 4.496 max_d=4.496 avg_d=1.955 std_dev=1.042
C4 B 0, 1.580, 3.135, 4.690, 4.826 max_d=4.826 avg_d=3.135 std_dev=1.555
O5' B 0, 1.557, 3.122, 4.688, 4.520 max_d=4.520 avg_d=3.122 std_dev=1.566
C2 B 0, 1.193, 2.804, 4.415, 4.833 max_d=4.833 avg_d=2.804 std_dev=1.611
P B 0, 1.971, 3.802, 5.632, 5.335 max_d=5.335 avg_d=3.802 std_dev=1.830
OP2 B 0, 2.172, 4.084, 5.995, 5.604 max_d=5.604 avg_d=4.084 std_dev=1.912
O4 B 0, 2.079, 4.055, 6.031, 6.167 max_d=6.167 avg_d=4.055 std_dev=1.976
N3 B 0, 1.598, 3.584, 5.571, 6.021 max_d=6.021 avg_d=3.584 std_dev=1.986
O2 B 0, 1.678, 3.707, 5.737, 6.123 max_d=6.123 avg_d=3.707 std_dev=2.029
OP1 B 0, 2.209, 4.295, 6.380, 6.188 max_d=6.188 avg_d=4.295 std_dev=2.086

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.16 0.32 0.09
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.48 0.24 0.36 0.21
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.04 0.11 0.01 0.02 0.01 0.32 0.28 0.22 0.11
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.04 0.09 0.03 0.08 0.06 0.11 0.01 0.01 0.01 0.41 0.45 0.18 0.21
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.67 0.37 0.50 0.39
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.05 0.07 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.21 0.38 0.10
C5 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.06 0.70 0.40 0.50 0.42
C5' 0.01 0.08 0.02 0.04 0.13 0.00 0.13 0.00 0.11 0.07 0.11 0.14 0.06 0.06 0.06 0.01 0.01 0.39 0.45 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.06 0.62 0.33 0.38 0.31
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.47 0.24 0.33 0.18
N3 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.08 0.03 0.59 0.30 0.44 0.30
N4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.08 0.05 0.71 0.42 0.58 0.45
O2 0.02 0.01 0.11 0.11 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.11 0.12 0.04 0.39 0.19 0.33 0.14
O2' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.06 0.04 0.01 0.06 0.04 0.11 0.00 0.03 0.04 0.11 0.19 0.25 0.09
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.06 0.10 0.03 0.08 0.08 0.12 0.03 0.00 0.01 0.31 0.50 0.18 0.22
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.07 0.17 0.41 0.18
O5' 0.24 0.48 0.32 0.41 0.67 0.01 0.70 0.01 0.62 0.47 0.59 0.71 0.39 0.11 0.31 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.16 0.24 0.28 0.45 0.37 0.21 0.40 0.39 0.33 0.24 0.30 0.42 0.19 0.19 0.50 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.36 0.22 0.18 0.50 0.38 0.50 0.45 0.38 0.33 0.44 0.58 0.33 0.25 0.18 0.41 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.21 0.11 0.21 0.39 0.10 0.42 0.01 0.31 0.18 0.30 0.45 0.14 0.09 0.22 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.70 0.18 0.22 0.48 0.18 0.47 0.30 0.41 0.35 0.68 1.07 0.23 0.27 0.53 0.22 0.61 0.56 0.59 0.55
C2 0.23 0.85 0.16 0.18 0.59 0.23 0.63 0.41 0.56 0.37 0.89 1.25 0.26 0.15 0.66 0.31 0.96 0.93 0.96 0.93
C2' 0.24 0.64 0.19 0.19 0.45 0.17 0.46 0.31 0.39 0.32 0.63 0.97 0.25 0.18 0.51 0.22 0.69 0.63 0.61 0.61
C3' 0.25 0.43 0.26 0.19 0.36 0.18 0.35 0.30 0.31 0.27 0.43 0.63 0.36 0.13 0.41 0.22 0.65 0.59 0.48 0.54
C4 0.18 0.48 0.19 0.19 0.49 0.32 0.52 0.56 0.47 0.25 0.58 0.65 0.28 0.12 0.56 0.34 1.21 1.22 1.19 1.19
C4' 0.26 0.38 0.27 0.16 0.32 0.13 0.32 0.26 0.29 0.27 0.37 0.55 0.43 0.16 0.35 0.17 0.41 0.34 0.39 0.31
C5 0.15 0.50 0.20 0.19 0.46 0.30 0.34 0.53 0.30 0.22 0.58 0.64 0.27 0.15 0.52 0.30 1.12 1.07 0.93 1.02
C5' 0.27 0.28 0.34 0.15 0.26 0.13 0.28 0.25 0.29 0.20 0.31 0.43 0.59 0.17 0.33 0.18 0.32 0.30 0.41 0.24
C6 0.11 0.39 0.15 0.16 0.34 0.22 0.33 0.41 0.30 0.17 0.42 0.55 0.26 0.10 0.38 0.23 0.88 0.81 0.69 0.77
N1 0.20 0.63 0.15 0.18 0.44 0.20 0.48 0.37 0.43 0.30 0.63 0.95 0.24 0.15 0.48 0.25 0.83 0.77 0.75 0.76
N3 0.21 0.72 0.17 0.18 0.57 0.29 0.65 0.51 0.59 0.32 0.82 1.03 0.28 0.10 0.64 0.34 1.13 1.13 1.16 1.12
N4 0.22 0.50 0.22 0.21 0.62 0.37 0.55 0.65 0.45 0.29 0.66 0.63 0.30 0.17 0.74 0.38 1.34 1.42 1.42 1.38
O2 0.28 1.05 0.19 0.20 0.73 0.22 0.71 0.38 0.62 0.45 1.11 1.57 0.27 0.21 0.84 0.32 0.90 0.89 0.96 0.90
O2' 0.26 0.77 0.21 0.22 0.54 0.18 0.51 0.29 0.43 0.37 0.77 1.17 0.24 0.29 0.62 0.21 0.56 0.51 0.57 0.51
O3' 0.26 0.42 0.27 0.19 0.36 0.18 0.35 0.29 0.30 0.27 0.42 0.60 0.39 0.14 0.42 0.22 0.62 0.55 0.45 0.50
O4' 0.26 0.51 0.23 0.21 0.37 0.16 0.36 0.28 0.33 0.31 0.48 0.76 0.32 0.28 0.40 0.19 0.44 0.38 0.43 0.36
O5' 0.29 0.34 0.34 0.19 0.45 0.10 0.58 0.23 0.56 0.36 0.38 0.46 0.32 0.02 0.46 0.16 0.42 0.37 0.20 0.31
OP1 0.25 0.57 0.24 0.20 0.31 0.40 0.45 0.54 0.45 0.26 0.50 0.97 0.32 0.23 0.33 0.37 0.41 0.48 0.64 0.47
OP2 0.27 0.79 0.28 0.24 0.53 0.25 0.66 0.35 0.64 0.38 0.75 1.30 0.20 0.12 0.56 0.26 0.52 0.52 0.34 0.41
P 0.03 0.44 0.10 0.01 0.28 0.16 0.46 0.29 0.46 0.16 0.40 0.82 0.10 0.01 0.30 0.10 0.23 0.30 0.26 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.03 0.03 0.01 0.18 0.33 0.40 0.13
C2 0.03 0.00 0.12 0.38 0.01 0.49 0.01 0.77 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.29 0.01 0.43 0.61 0.67 1.11 0.76
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.01 0.12 0.04 0.14 0.02 0.08 0.25 0.01 0.02 0.06 0.01 0.29 0.39 0.30 0.20
C3' 0.02 0.38 0.01 0.00 0.15 0.00 0.27 0.04 0.32 0.11 0.30 0.66 0.02 0.01 0.16 0.01 0.36 0.41 0.23 0.23
C4 0.03 0.01 0.05 0.15 0.00 0.11 0.01 0.28 0.01 0.02 0.00 0.02 0.12 0.15 0.01 0.03 0.60 0.50 0.56 0.46
C4' 0.01 0.49 0.01 0.00 0.11 0.00 0.41 0.01 0.49 0.07 0.36 0.94 0.08 0.02 0.11 0.00 0.02 0.35 0.35 0.09
C5 0.02 0.01 0.12 0.27 0.01 0.41 0.00 0.73 0.00 0.01 0.01 0.02 0.25 0.24 0.01 0.32 1.22 1.31 1.29 1.27
C5' 0.04 0.77 0.04 0.04 0.28 0.01 0.73 0.00 0.81 0.17 0.60 1.50 0.07 0.05 0.29 0.02 0.01 0.22 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.32 0.01 0.49 0.00 0.81 0.00 0.00 0.01 0.02 0.28 0.26 0.02 0.43 1.23 1.31 1.23 1.26
N1 0.01 0.01 0.02 0.11 0.02 0.07 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.07 0.02 0.02 0.39 0.38 0.44 0.26
N3 0.03 0.01 0.08 0.30 0.00 0.36 0.01 0.60 0.01 0.01 0.00 0.02 0.23 0.26 0.01 0.29 0.46 0.50 0.92 0.56
O2 0.06 0.01 0.25 0.66 0.02 0.94 0.02 1.50 0.02 0.02 0.02 0.00 0.57 0.52 0.02 0.77 1.37 1.57 2.09 1.68
O2' 0.02 0.30 0.01 0.02 0.12 0.08 0.25 0.07 0.28 0.07 0.23 0.57 0.00 0.05 0.14 0.09 0.10 0.42 0.28 0.11
O3' 0.03 0.29 0.02 0.01 0.15 0.02 0.24 0.05 0.26 0.07 0.26 0.52 0.05 0.00 0.17 0.02 0.27 0.42 0.19 0.20
O4 0.03 0.01 0.06 0.16 0.01 0.11 0.01 0.29 0.02 0.02 0.01 0.02 0.14 0.17 0.00 0.04 0.61 0.49 0.57 0.46
O4' 0.01 0.43 0.01 0.01 0.03 0.00 0.32 0.02 0.43 0.02 0.29 0.77 0.09 0.02 0.04 0.00 0.03 0.33 0.46 0.13
O5' 0.18 0.61 0.29 0.36 0.60 0.02 1.22 0.01 1.23 0.39 0.46 1.37 0.10 0.27 0.61 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 0.67 0.39 0.41 0.50 0.35 1.31 0.22 1.31 0.38 0.50 1.57 0.42 0.42 0.49 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 1.11 0.30 0.23 0.56 0.35 1.29 0.39 1.23 0.44 0.92 2.09 0.28 0.19 0.57 0.46 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.76 0.20 0.23 0.46 0.09 1.27 0.02 1.26 0.26 0.56 1.68 0.11 0.20 0.46 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00