ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52789

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 2, 3, 1, 3, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N4 A 0, 0.022, 0.050, 0.078, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.050 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.013, 0.048, 0.083, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.048 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.041, 0.142, 0.243, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.142 std_dev=0.101
C2' A 0, 0.016, 0.144, 0.273, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.144 std_dev=0.129
C3' B 0, 0.207, 0.444, 0.681, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.444 std_dev=0.237
O2' A 0, 0.050, 0.298, 0.547, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.298 std_dev=0.248
C4' A 0, 0.045, 0.299, 0.554, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.299 std_dev=0.255
C2' B 0, 0.191, 0.448, 0.705, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.448 std_dev=0.257
O2' B 0, 0.284, 0.557, 0.830, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.557 std_dev=0.273
C3' A 0, -0.020, 0.262, 0.544, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.262 std_dev=0.282
P A 0, 0.248, 0.539, 0.829, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.539 std_dev=0.291
O4' B 0, 0.338, 0.678, 1.019, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.678 std_dev=0.341
C4' B 0, 0.254, 0.617, 0.980, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.617 std_dev=0.363
C1' B 0, 0.212, 0.589, 0.967, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.589 std_dev=0.377
OP2 A 0, 0.350, 0.733, 1.116, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.733 std_dev=0.383
O5' A 0, 0.148, 0.541, 0.934, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.541 std_dev=0.393
C5' A 0, 0.032, 0.464, 0.895, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.464 std_dev=0.432
O3' B 0, 0.195, 0.702, 1.210, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.702 std_dev=0.508
O3' A 0, -0.134, 0.399, 0.931, 2.304 max_d=2.304 avg_d=0.399 std_dev=0.533
OP1 A 0, 0.338, 0.897, 1.456, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.897 std_dev=0.559
C5' B 0, 0.358, 0.933, 1.508, 2.667 max_d=2.667 avg_d=0.933 std_dev=0.575
C6 B 0, 0.372, 1.007, 1.641, 2.808 max_d=2.808 avg_d=1.007 std_dev=0.634
O5' B 0, 0.273, 0.910, 1.546, 2.798 max_d=2.798 avg_d=0.910 std_dev=0.637
N1 B 0, 0.096, 0.777, 1.458, 2.831 max_d=2.831 avg_d=0.777 std_dev=0.681
C5 B 0, 0.238, 1.209, 2.179, 4.255 max_d=4.255 avg_d=1.209 std_dev=0.971
P B 0, 0.036, 1.020, 2.003, 4.459 max_d=4.459 avg_d=1.020 std_dev=0.983
C2 B 0, 0.140, 1.271, 2.401, 4.801 max_d=4.801 avg_d=1.271 std_dev=1.130
OP2 B 0, 0.140, 1.289, 2.438, 4.801 max_d=4.801 avg_d=1.289 std_dev=1.149
OP1 B 0, -0.022, 1.261, 2.544, 5.696 max_d=5.696 avg_d=1.261 std_dev=1.283
C4 B 0, -0.075, 1.292, 2.659, 5.725 max_d=5.725 avg_d=1.292 std_dev=1.367
N3 B 0, 0.071, 1.477, 2.883, 5.968 max_d=5.968 avg_d=1.477 std_dev=1.406
O2 B 0, 0.206, 1.636, 3.066, 5.724 max_d=5.724 avg_d=1.636 std_dev=1.430
O4 B 0, -0.082, 1.563, 3.207, 6.905 max_d=6.905 avg_d=1.563 std_dev=1.645

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.13 0.01 0.23 0.10 0.33 0.17
C2 0.03 0.00 0.07 0.15 0.02 0.10 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.15 0.08 0.03 0.22 0.20 0.45 0.25
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.11 0.07 0.03 0.06 0.05 0.13 0.00 0.03 0.02 0.26 0.28 0.43 0.28
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.18 0.00 0.16 0.02 0.13 0.11 0.18 0.20 0.15 0.02 0.00 0.01 0.10 0.24 0.35 0.13
C4 0.02 0.02 0.05 0.18 0.00 0.14 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.11 0.04 0.26 0.36 0.54 0.32
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.14 0.00 0.14 0.01 0.11 0.08 0.13 0.16 0.09 0.16 0.02 0.01 0.02 0.17 0.22 0.07
C5 0.02 0.01 0.06 0.16 0.00 0.14 0.00 0.36 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.11 0.04 0.29 0.38 0.48 0.31
C5' 0.09 0.26 0.11 0.02 0.37 0.01 0.36 0.00 0.30 0.23 0.33 0.40 0.21 0.07 0.14 0.02 0.01 0.16 0.22 0.03
C6 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.11 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.07 0.04 0.30 0.29 0.40 0.26
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.08 0.01 0.23 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.04 0.02 0.25 0.17 0.39 0.22
N3 0.03 0.01 0.06 0.18 0.01 0.13 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.17 0.11 0.03 0.23 0.28 0.52 0.30
N4 0.03 0.03 0.05 0.20 0.01 0.16 0.01 0.40 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.19 0.14 0.05 0.26 0.42 0.59 0.35
O2 0.05 0.00 0.13 0.15 0.02 0.09 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.13 0.11 0.04 0.19 0.16 0.42 0.22
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.17 0.16 0.14 0.07 0.11 0.10 0.17 0.19 0.13 0.00 0.05 0.11 0.19 0.29 0.44 0.23
O3' 0.13 0.08 0.03 0.00 0.11 0.02 0.11 0.14 0.07 0.04 0.11 0.14 0.11 0.05 0.00 0.10 0.20 0.45 0.51 0.27
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.11 0.10 0.00 0.22 0.06 0.23 0.09
O5' 0.23 0.22 0.26 0.10 0.26 0.02 0.29 0.01 0.30 0.25 0.23 0.26 0.19 0.19 0.20 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.20 0.28 0.24 0.36 0.17 0.38 0.16 0.29 0.17 0.28 0.42 0.16 0.29 0.45 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.45 0.43 0.35 0.54 0.22 0.48 0.22 0.40 0.39 0.52 0.59 0.42 0.44 0.51 0.23 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.25 0.28 0.13 0.32 0.07 0.31 0.03 0.26 0.22 0.30 0.35 0.22 0.23 0.27 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.73 0.25 0.22 0.56 0.25 0.50 0.40 0.45 0.44 0.73 1.01 0.21 0.35 0.57 0.25 0.41 0.78 0.66 0.58
C2 0.41 1.04 0.24 0.22 0.89 0.24 0.67 0.47 0.56 0.63 1.12 1.33 0.16 0.49 0.94 0.26 0.52 1.02 0.85 0.77
C2' 0.31 0.72 0.28 0.26 0.63 0.30 0.53 0.47 0.44 0.45 0.76 0.95 0.25 0.40 0.66 0.27 0.45 0.81 0.60 0.62
C3' 0.21 0.53 0.22 0.21 0.55 0.28 0.53 0.46 0.47 0.36 0.58 0.69 0.22 0.29 0.57 0.19 0.43 0.69 0.53 0.43
C4 0.45 1.20 0.22 0.27 1.10 0.25 0.80 0.50 0.64 0.74 1.33 1.41 0.15 0.57 1.15 0.27 0.58 1.12 0.95 0.85
C4' 0.25 0.46 0.25 0.28 0.38 0.31 0.39 0.40 0.36 0.30 0.46 0.66 0.26 0.28 0.39 0.28 0.34 0.60 0.49 0.40
C5 0.43 1.06 0.22 0.26 0.86 0.24 0.66 0.45 0.58 0.67 1.09 1.27 0.15 0.53 0.86 0.26 0.53 0.97 0.82 0.73
C5' 0.27 0.34 0.29 0.37 0.33 0.39 0.38 0.48 0.37 0.28 0.34 0.48 0.29 0.29 0.33 0.35 0.42 0.69 0.56 0.50
C6 0.38 0.87 0.24 0.22 0.65 0.23 0.54 0.41 0.49 0.54 0.86 1.13 0.15 0.45 0.65 0.25 0.46 0.85 0.71 0.63
N1 0.37 0.89 0.24 0.21 0.70 0.24 0.57 0.43 0.50 0.54 0.91 1.17 0.17 0.43 0.72 0.25 0.47 0.89 0.74 0.67
N3 0.44 1.17 0.23 0.24 1.07 0.25 0.77 0.50 0.62 0.71 1.30 1.42 0.15 0.55 1.14 0.26 0.56 1.12 0.93 0.85
N4 0.46 1.28 0.21 0.30 1.33 0.27 0.94 0.52 0.71 0.80 1.51 1.44 0.16 0.59 1.41 0.29 0.61 1.22 1.05 0.93
O2 0.40 1.03 0.24 0.21 0.89 0.25 0.67 0.48 0.55 0.61 1.12 1.32 0.16 0.47 0.95 0.25 0.52 1.03 0.85 0.78
O2' 0.29 0.67 0.26 0.26 0.59 0.30 0.50 0.46 0.43 0.41 0.71 0.89 0.22 0.33 0.62 0.26 0.45 0.82 0.62 0.68
O3' 0.20 0.48 0.23 0.28 0.54 0.36 0.54 0.53 0.47 0.34 0.56 0.63 0.23 0.31 0.57 0.23 0.47 0.65 0.49 0.39
O4' 0.29 0.56 0.27 0.25 0.41 0.27 0.42 0.36 0.39 0.34 0.54 0.82 0.24 0.29 0.42 0.27 0.35 0.62 0.55 0.44
O5' 0.19 0.39 0.30 0.23 0.43 0.20 0.45 0.35 0.40 0.31 0.43 0.48 0.43 0.02 0.45 0.08 0.24 0.57 0.37 0.34
OP1 0.70 0.74 0.56 0.32 0.66 0.45 0.64 0.35 0.62 0.67 0.70 0.83 0.69 0.04 0.67 0.68 0.46 0.62 0.60 0.50
OP2 0.24 0.35 0.26 0.33 0.66 0.49 0.73 0.62 0.64 0.42 0.50 0.21 0.20 0.03 0.69 0.41 0.54 0.63 0.62 0.55
P 0.13 0.17 0.16 0.08 0.29 0.19 0.35 0.22 0.30 0.15 0.21 0.25 0.31 0.01 0.30 0.20 0.24 0.50 0.40 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.14 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.28 0.03 0.01 0.27 0.31 0.36 0.19
C2 0.03 0.00 0.17 0.14 0.02 0.11 0.02 0.40 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.29 0.03 0.10 0.27 0.73 0.47 0.40
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.07 0.02 0.16 0.14 0.19 0.03 0.12 0.32 0.01 0.10 0.08 0.03 0.31 0.41 0.42 0.25
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.18 0.01 0.22 0.03 0.21 0.11 0.16 0.19 0.03 0.02 0.19 0.02 0.12 0.37 0.35 0.21
C4 0.03 0.02 0.07 0.18 0.00 0.14 0.01 0.44 0.02 0.02 0.01 0.02 0.26 0.20 0.01 0.06 0.33 0.77 0.78 0.52
C4' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.14 0.00 0.17 0.01 0.17 0.10 0.13 0.15 0.14 0.07 0.15 0.01 0.02 0.25 0.16 0.06
C5 0.02 0.02 0.16 0.22 0.01 0.17 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.20 0.01 0.11 0.37 0.60 0.91 0.56
C5' 0.14 0.40 0.14 0.03 0.44 0.01 0.40 0.00 0.35 0.33 0.45 0.40 0.10 0.13 0.46 0.03 0.02 0.21 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.21 0.02 0.17 0.01 0.35 0.00 0.01 0.02 0.02 0.29 0.19 0.02 0.13 0.38 0.43 0.80 0.50
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02 0.10 0.01 0.33 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.22 0.02 0.03 0.29 0.47 0.52 0.33
N3 0.02 0.01 0.12 0.16 0.01 0.13 0.01 0.45 0.02 0.02 0.00 0.01 0.21 0.25 0.02 0.07 0.31 0.84 0.60 0.48
O2 0.05 0.01 0.32 0.19 0.02 0.15 0.02 0.40 0.02 0.01 0.01 0.00 0.36 0.39 0.03 0.18 0.27 0.81 0.37 0.44
O2' 0.02 0.20 0.01 0.03 0.26 0.14 0.32 0.10 0.29 0.14 0.21 0.36 0.00 0.13 0.28 0.11 0.27 0.41 0.48 0.23
O3' 0.28 0.29 0.10 0.02 0.20 0.07 0.20 0.13 0.19 0.22 0.25 0.39 0.13 0.00 0.20 0.22 0.29 0.66 0.53 0.44
O4 0.03 0.03 0.08 0.19 0.01 0.15 0.01 0.46 0.02 0.02 0.02 0.03 0.28 0.20 0.00 0.07 0.34 0.86 0.83 0.57
O4' 0.01 0.10 0.03 0.02 0.06 0.01 0.11 0.03 0.13 0.03 0.07 0.18 0.11 0.22 0.07 0.00 0.26 0.22 0.33 0.24
O5' 0.27 0.27 0.31 0.12 0.33 0.02 0.37 0.02 0.38 0.29 0.31 0.27 0.27 0.29 0.34 0.26 0.00 0.02 0.04 0.01
OP1 0.31 0.73 0.41 0.37 0.77 0.25 0.60 0.21 0.43 0.47 0.84 0.81 0.41 0.66 0.86 0.22 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.36 0.47 0.42 0.35 0.78 0.16 0.91 0.14 0.80 0.52 0.60 0.37 0.48 0.53 0.83 0.33 0.04 0.03 0.00 0.01
P 0.19 0.40 0.25 0.21 0.52 0.06 0.56 0.02 0.50 0.33 0.48 0.44 0.23 0.44 0.57 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00