ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52790

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.015, 0.027, 0.039, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.017, 0.033, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.020, 0.037, 0.053, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.037 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.018, 0.035, 0.052, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.035 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.019, 0.037, 0.056, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.037 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.050, 0.093, 0.135, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.093 std_dev=0.042
O2 A 0, 0.047, 0.093, 0.139, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.093 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.159, 0.309, 0.460, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.309 std_dev=0.150
O4' A 0, 0.033, 0.199, 0.365, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.199 std_dev=0.166
C6 B 0, 0.410, 0.651, 0.891, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.651 std_dev=0.240
C5 B 0, 0.392, 0.651, 0.910, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.651 std_dev=0.259
N1 B 0, 0.412, 0.692, 0.973, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.692 std_dev=0.281
C4 B 0, 0.461, 0.759, 1.056, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.759 std_dev=0.297
C2' B 0, 0.189, 0.497, 0.805, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.497 std_dev=0.308
C4' A 0, 0.622, 0.963, 1.304, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.963 std_dev=0.341
C1' B 0, 0.455, 0.822, 1.189, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.822 std_dev=0.367
O2' A 0, 0.509, 0.882, 1.255, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.882 std_dev=0.373
C3' B 0, 0.390, 0.768, 1.146, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.768 std_dev=0.378
O2' B 0, 0.442, 0.822, 1.201, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.822 std_dev=0.380
O4 B 0, 0.543, 0.926, 1.308, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.926 std_dev=0.383
P A 0, 0.730, 1.156, 1.582, 1.541 max_d=1.541 avg_d=1.156 std_dev=0.426
N3 B 0, 0.474, 0.902, 1.331, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.902 std_dev=0.429
C2 B 0, 0.436, 0.871, 1.306, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.871 std_dev=0.435
C3' A 0, 0.866, 1.318, 1.770, 1.625 max_d=1.625 avg_d=1.318 std_dev=0.452
OP1 A 0, 0.453, 0.906, 1.360, 1.874 max_d=1.874 avg_d=0.906 std_dev=0.453
C5' A 0, 0.823, 1.327, 1.831, 1.941 max_d=1.941 avg_d=1.327 std_dev=0.504
O3' B 0, 0.404, 0.971, 1.538, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.971 std_dev=0.567
OP2 A 0, 0.952, 1.561, 2.169, 2.263 max_d=2.263 avg_d=1.561 std_dev=0.609
C4' B 0, 0.415, 1.063, 1.712, 1.861 max_d=1.861 avg_d=1.063 std_dev=0.648
O2 B 0, 0.457, 1.113, 1.768, 1.958 max_d=1.958 avg_d=1.113 std_dev=0.655
O5' A 0, 0.925, 1.601, 2.278, 2.321 max_d=2.321 avg_d=1.601 std_dev=0.676
O4' B 0, 0.426, 1.174, 1.922, 2.175 max_d=2.175 avg_d=1.174 std_dev=0.748
O3' A 0, 1.587, 2.427, 3.267, 2.992 max_d=2.992 avg_d=2.427 std_dev=0.840
C5' B 0, 0.288, 1.524, 2.760, 3.122 max_d=3.122 avg_d=1.524 std_dev=1.236
O5' B 0, 0.211, 2.549, 4.887, 5.434 max_d=5.434 avg_d=2.549 std_dev=2.338
P B 0, 0.041, 3.087, 6.133, 6.857 max_d=6.857 avg_d=3.087 std_dev=3.046
OP1 B 0, 0.740, 4.009, 7.278, 8.070 max_d=8.070 avg_d=4.009 std_dev=3.269
OP2 B 0, -0.176, 3.231, 6.638, 7.553 max_d=7.553 avg_d=3.231 std_dev=3.407

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.12 0.07 0.44 0.21
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.09 0.04 0.33 0.07 0.38 0.14
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.05 0.03 0.17 0.00 0.02 0.01 0.26 0.23 0.35 0.09
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.10 0.01 0.16 0.03 0.16 0.06 0.08 0.11 0.18 0.01 0.01 0.01 0.36 0.37 0.31 0.14
C4 0.02 0.00 0.03 0.10 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.03 0.50 0.12 0.25 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.05 0.08 0.08 0.07 0.02 0.00 0.01 0.26 0.38 0.11
C5 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.11 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.17 0.03 0.52 0.13 0.22 0.13
C5' 0.03 0.09 0.01 0.03 0.16 0.01 0.20 0.00 0.19 0.10 0.12 0.17 0.10 0.06 0.09 0.03 0.01 0.42 0.39 0.03
C6 0.01 0.01 0.08 0.16 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.16 0.03 0.44 0.09 0.30 0.12
N1 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.31 0.07 0.38 0.15
N3 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.04 0.42 0.09 0.32 0.11
N4 0.02 0.00 0.03 0.11 0.00 0.08 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03 0.54 0.15 0.21 0.15
O2 0.04 0.00 0.17 0.18 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.21 0.05 0.24 0.06 0.43 0.16
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.03 0.08 0.05 0.18 0.00 0.05 0.06 0.15 0.27 0.32 0.08
O3' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.09 0.02 0.17 0.09 0.16 0.03 0.06 0.10 0.21 0.05 0.00 0.02 0.33 0.47 0.25 0.20
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.02 0.00 0.11 0.08 0.52 0.31
O5' 0.12 0.33 0.26 0.36 0.50 0.01 0.52 0.01 0.44 0.31 0.42 0.54 0.24 0.15 0.33 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.07 0.07 0.23 0.37 0.12 0.26 0.13 0.42 0.09 0.07 0.09 0.15 0.06 0.27 0.47 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.38 0.35 0.31 0.25 0.38 0.22 0.39 0.30 0.38 0.32 0.21 0.43 0.32 0.25 0.52 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.14 0.09 0.14 0.12 0.11 0.13 0.03 0.12 0.15 0.11 0.15 0.16 0.08 0.20 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.18 0.15 0.41 0.17 0.36 0.26 0.70 0.23 0.15 0.15 0.30 0.43 0.57 0.18 0.17 1.21 2.22 1.82 1.70
C2 0.13 0.21 0.14 0.44 0.20 0.56 0.30 1.00 0.26 0.15 0.20 0.33 0.41 0.46 0.22 0.37 1.79 3.05 2.59 2.45
C2' 0.21 0.20 0.22 0.27 0.15 0.24 0.22 0.58 0.21 0.17 0.16 0.31 0.52 0.41 0.16 0.09 0.99 2.11 1.58 1.53
C3' 0.31 0.28 0.33 0.10 0.23 0.07 0.27 0.37 0.28 0.27 0.25 0.35 0.61 0.25 0.23 0.14 0.60 1.68 1.03 1.08
C4 0.24 0.22 0.15 0.45 0.27 0.71 0.36 1.19 0.35 0.24 0.22 0.26 0.32 0.30 0.27 0.60 2.16 3.47 2.98 2.87
C4' 0.36 0.31 0.32 0.14 0.24 0.11 0.28 0.28 0.31 0.31 0.27 0.38 0.60 0.38 0.22 0.25 0.45 1.32 0.85 0.83
C5 0.24 0.20 0.14 0.46 0.24 0.69 0.32 1.11 0.32 0.23 0.20 0.23 0.29 0.31 0.24 0.58 1.99 3.09 2.56 2.54
C5' 0.53 0.48 0.51 0.18 0.46 0.27 0.49 0.16 0.51 0.50 0.46 0.49 0.75 0.18 0.45 0.45 0.15 0.82 0.29 0.33
C6 0.13 0.15 0.11 0.45 0.19 0.56 0.28 0.92 0.26 0.15 0.15 0.22 0.34 0.44 0.20 0.40 1.62 2.63 2.11 2.09
N1 0.11 0.18 0.13 0.44 0.18 0.50 0.27 0.88 0.25 0.13 0.16 0.28 0.40 0.50 0.20 0.31 1.55 2.66 2.20 2.10
N3 0.17 0.22 0.14 0.45 0.24 0.65 0.34 1.13 0.31 0.19 0.22 0.31 0.37 0.38 0.26 0.50 2.05 3.40 2.93 2.78
N4 0.31 0.26 0.17 0.43 0.32 0.77 0.42 1.27 0.41 0.30 0.27 0.27 0.29 0.23 0.32 0.72 2.35 3.75 3.31 3.17
O2 0.14 0.25 0.16 0.43 0.19 0.51 0.28 0.97 0.24 0.15 0.22 0.40 0.44 0.50 0.21 0.30 1.72 3.01 2.58 2.40
O2' 0.28 0.23 0.24 0.27 0.17 0.17 0.25 0.49 0.24 0.21 0.18 0.36 0.54 0.43 0.19 0.15 0.87 1.91 1.53 1.40
O3' 0.35 0.30 0.36 0.07 0.25 0.08 0.30 0.24 0.32 0.31 0.26 0.35 0.62 0.16 0.24 0.24 0.34 1.39 0.73 0.80
O4' 0.23 0.22 0.19 0.36 0.15 0.27 0.21 0.54 0.22 0.19 0.18 0.33 0.47 0.62 0.14 0.14 0.90 1.76 1.38 1.29
O5' 0.11 0.13 0.15 0.09 0.21 0.09 0.33 0.09 0.33 0.16 0.13 0.27 0.15 0.02 0.22 0.11 0.08 0.64 0.26 0.22
OP1 0.17 0.29 0.18 0.07 0.15 0.17 0.16 0.28 0.15 0.16 0.24 0.45 0.26 0.03 0.15 0.09 0.54 0.33 0.64 0.48
OP2 0.19 0.19 0.10 0.08 0.17 0.19 0.26 0.19 0.21 0.12 0.13 0.35 0.12 0.02 0.19 0.21 0.20 0.58 0.59 0.20
P 0.10 0.17 0.08 0.03 0.13 0.06 0.24 0.12 0.22 0.08 0.12 0.33 0.11 0.00 0.14 0.06 0.17 0.47 0.40 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.28 0.27 0.27 0.18
C2 0.02 0.00 0.13 0.07 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.07 0.01 0.08 0.34 0.15 0.43 0.17
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.03 0.12 0.01 0.09 0.22 0.00 0.03 0.03 0.02 0.39 0.58 0.45 0.39
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.18 0.00 0.25 0.02 0.25 0.11 0.10 0.12 0.02 0.01 0.19 0.01 0.43 0.77 0.33 0.44
C4 0.02 0.01 0.02 0.18 0.00 0.14 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.22 0.00 0.03 0.57 0.36 0.69 0.42
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.14 0.00 0.15 0.01 0.12 0.08 0.11 0.04 0.11 0.02 0.15 0.00 0.01 0.29 0.22 0.02
C5 0.01 0.01 0.09 0.25 0.00 0.15 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.33 0.00 0.06 0.71 0.57 0.77 0.59
C5' 0.04 0.19 0.03 0.02 0.27 0.01 0.25 0.00 0.19 0.16 0.25 0.15 0.10 0.05 0.30 0.01 0.01 0.43 0.45 0.03
C6 0.01 0.00 0.12 0.25 0.00 0.12 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.31 0.00 0.09 0.70 0.58 0.66 0.55
N1 0.01 0.00 0.01 0.11 0.01 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.01 0.02 0.44 0.32 0.45 0.29
N3 0.02 0.00 0.09 0.10 0.00 0.11 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.10 0.00 0.06 0.42 0.19 0.55 0.25
O2 0.02 0.00 0.22 0.12 0.01 0.04 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.35 0.19 0.01 0.12 0.19 0.06 0.33 0.06
O2' 0.01 0.22 0.00 0.02 0.09 0.11 0.05 0.10 0.08 0.05 0.19 0.35 0.00 0.07 0.11 0.11 0.09 0.31 0.24 0.14
O3' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.22 0.02 0.33 0.05 0.31 0.11 0.10 0.19 0.07 0.00 0.24 0.02 0.27 0.86 0.26 0.39
O4 0.02 0.01 0.03 0.19 0.00 0.15 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.24 0.00 0.03 0.57 0.35 0.73 0.43
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.06 0.12 0.11 0.02 0.03 0.00 0.09 0.10 0.10 0.10
O5' 0.28 0.34 0.39 0.43 0.57 0.01 0.71 0.01 0.70 0.44 0.42 0.19 0.09 0.27 0.57 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.27 0.15 0.58 0.77 0.36 0.29 0.57 0.43 0.58 0.32 0.19 0.06 0.31 0.86 0.35 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.27 0.43 0.45 0.33 0.69 0.22 0.77 0.45 0.66 0.45 0.55 0.33 0.24 0.26 0.73 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.17 0.39 0.44 0.42 0.02 0.59 0.03 0.55 0.29 0.25 0.06 0.14 0.39 0.43 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00