ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52791

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.015, 0.033, 0.052, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.025, 0.049, 0.073, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.049 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.040, 0.113, 0.185, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.113 std_dev=0.072
C2' A 0, 0.043, 0.140, 0.237, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.140 std_dev=0.097
C4' A 0, 0.166, 0.307, 0.449, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.307 std_dev=0.141
C3' A 0, 0.168, 0.317, 0.467, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.317 std_dev=0.150
O2' A 0, 0.140, 0.329, 0.518, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.329 std_dev=0.189
C1' B 0, 0.294, 0.485, 0.675, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.485 std_dev=0.190
C2' B 0, 0.111, 0.329, 0.548, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.329 std_dev=0.219
O3' A 0, 0.271, 0.504, 0.736, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.504 std_dev=0.232
C3' B 0, 0.269, 0.515, 0.760, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.515 std_dev=0.246
C5' A 0, 0.305, 0.557, 0.809, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.557 std_dev=0.252
O4' B 0, 0.197, 0.479, 0.761, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.479 std_dev=0.282
O2' B 0, 0.393, 0.691, 0.989, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.691 std_dev=0.298
C4' B 0, 0.243, 0.564, 0.884, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.564 std_dev=0.320
P A 0, 0.186, 0.564, 0.942, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.564 std_dev=0.378
O5' A 0, 0.256, 0.645, 1.034, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.645 std_dev=0.389
OP2 A 0, 0.230, 0.623, 1.016, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.623 std_dev=0.393
N1 B 0, 0.539, 0.936, 1.332, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.936 std_dev=0.396
O3' B 0, 0.299, 0.724, 1.148, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.724 std_dev=0.424
OP1 A 0, 0.281, 0.737, 1.193, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.737 std_dev=0.456
C2 B 0, 0.735, 1.213, 1.691, 1.581 max_d=1.581 avg_d=1.213 std_dev=0.478
O2 B 0, 0.839, 1.376, 1.914, 1.753 max_d=1.753 avg_d=1.376 std_dev=0.538
C6 B 0, 0.740, 1.378, 2.016, 2.128 max_d=2.128 avg_d=1.378 std_dev=0.638
C5' B 0, 0.466, 1.109, 1.753, 1.764 max_d=1.764 avg_d=1.109 std_dev=0.643
N3 B 0, 0.973, 1.619, 2.264, 2.184 max_d=2.184 avg_d=1.619 std_dev=0.646
C4 B 0, 1.108, 1.892, 2.675, 2.529 max_d=2.529 avg_d=1.892 std_dev=0.784
C5 B 0, 1.017, 1.840, 2.664, 2.801 max_d=2.801 avg_d=1.840 std_dev=0.823
O4 B 0, 1.349, 2.281, 3.212, 3.029 max_d=3.029 avg_d=2.281 std_dev=0.932
OP2 B 0, 0.898, 1.888, 2.879, 3.059 max_d=3.059 avg_d=1.888 std_dev=0.990
O5' B 0, 0.785, 1.875, 2.966, 3.191 max_d=3.191 avg_d=1.875 std_dev=1.090
P B 0, 0.824, 2.005, 3.186, 3.605 max_d=3.605 avg_d=2.005 std_dev=1.181
OP1 B 0, 0.707, 2.827, 4.948, 6.220 max_d=6.220 avg_d=2.827 std_dev=2.121

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.09 0.10 0.09 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.02 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.09 0.01 0.16 0.14 0.21 0.13
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.10 0.00 0.03 0.01 0.07 0.15 0.13 0.08
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.02 0.12 0.06 0.08 0.11 0.10 0.03 0.00 0.01 0.14 0.22 0.19 0.14
C4 0.01 0.02 0.04 0.10 0.00 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.04 0.26 0.27 0.37 0.26
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.10 0.04 0.05 0.10 0.05 0.04 0.03 0.01 0.03 0.13 0.06 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.12 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.14 0.05 0.28 0.27 0.34 0.26
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.20 0.00 0.23 0.00 0.19 0.10 0.14 0.23 0.06 0.04 0.05 0.01 0.02 0.14 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.13 0.05 0.24 0.17 0.21 0.16
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.16 0.12 0.15 0.11
N3 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.05 0.01 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.01 0.21 0.21 0.30 0.20
N4 0.01 0.02 0.04 0.11 0.00 0.10 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.04 0.28 0.34 0.44 0.32
O2 0.04 0.01 0.10 0.10 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.13 0.04 0.12 0.10 0.17 0.10
O2' 0.01 0.09 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.09 0.06 0.14 0.00 0.04 0.05 0.07 0.18 0.14 0.09
O3' 0.02 0.09 0.03 0.00 0.11 0.03 0.14 0.05 0.13 0.06 0.10 0.12 0.13 0.04 0.00 0.02 0.22 0.31 0.30 0.22
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.14 0.16 0.15 0.15
O5' 0.09 0.16 0.07 0.14 0.26 0.03 0.28 0.02 0.24 0.16 0.21 0.28 0.12 0.07 0.22 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.10 0.14 0.15 0.22 0.27 0.13 0.27 0.14 0.17 0.12 0.21 0.34 0.10 0.18 0.31 0.16 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.09 0.21 0.13 0.19 0.37 0.06 0.34 0.04 0.21 0.15 0.30 0.44 0.17 0.14 0.30 0.15 0.03 0.03 0.00 0.00
P 0.08 0.13 0.08 0.14 0.26 0.05 0.26 0.02 0.16 0.11 0.20 0.32 0.10 0.09 0.22 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.67 0.16 0.27 0.73 0.18 0.57 0.29 0.45 0.46 0.78 0.76 0.16 0.35 0.80 0.17 0.56 0.76 0.28 0.48
C2 0.24 0.64 0.09 0.26 0.90 0.22 0.77 0.41 0.59 0.49 0.85 0.60 0.23 0.27 1.01 0.24 0.77 1.25 0.40 0.74
C2' 0.25 0.63 0.17 0.22 0.70 0.15 0.55 0.29 0.43 0.43 0.74 0.73 0.19 0.28 0.77 0.16 0.59 0.77 0.32 0.50
C3' 0.28 0.55 0.23 0.20 0.54 0.17 0.42 0.30 0.35 0.38 0.60 0.68 0.31 0.24 0.58 0.17 0.59 0.67 0.31 0.49
C4 0.13 0.33 0.08 0.25 0.75 0.29 0.74 0.54 0.55 0.34 0.54 0.25 0.29 0.22 0.83 0.25 0.92 1.53 0.49 0.91
C4' 0.26 0.54 0.22 0.20 0.47 0.15 0.33 0.29 0.27 0.34 0.56 0.70 0.30 0.31 0.50 0.12 0.45 0.49 0.31 0.38
C5 0.12 0.28 0.09 0.24 0.55 0.27 0.59 0.49 0.47 0.29 0.40 0.26 0.28 0.22 0.58 0.22 0.85 1.25 0.41 0.77
C5' 0.33 0.47 0.33 0.21 0.32 0.19 0.22 0.29 0.21 0.31 0.43 0.63 0.48 0.27 0.32 0.20 0.41 0.41 0.35 0.35
C6 0.18 0.44 0.07 0.25 0.58 0.23 0.54 0.39 0.45 0.36 0.53 0.45 0.24 0.25 0.60 0.21 0.72 0.96 0.34 0.62
N1 0.24 0.62 0.11 0.27 0.76 0.21 0.64 0.36 0.51 0.46 0.75 0.64 0.20 0.29 0.82 0.22 0.69 1.00 0.33 0.62
N3 0.19 0.51 0.05 0.25 0.90 0.26 0.80 0.49 0.60 0.44 0.76 0.40 0.27 0.23 1.02 0.26 0.87 1.49 0.47 0.87
N4 0.08 0.15 0.14 0.25 0.68 0.34 0.74 0.62 0.52 0.24 0.34 0.24 0.31 0.23 0.80 0.26 1.00 1.81 0.59 1.05
O2 0.27 0.72 0.13 0.27 0.98 0.21 0.81 0.38 0.62 0.54 0.96 0.69 0.20 0.29 1.12 0.25 0.74 1.24 0.39 0.72
O2' 0.25 0.68 0.18 0.24 0.74 0.16 0.56 0.28 0.42 0.45 0.80 0.79 0.12 0.32 0.84 0.14 0.53 0.69 0.29 0.45
O3' 0.28 0.54 0.26 0.23 0.51 0.20 0.40 0.33 0.32 0.36 0.58 0.69 0.34 0.26 0.56 0.19 0.59 0.65 0.35 0.50
O4' 0.24 0.59 0.17 0.26 0.57 0.18 0.42 0.29 0.33 0.39 0.64 0.73 0.18 0.40 0.60 0.11 0.45 0.53 0.30 0.38
O5' 0.43 0.49 0.47 0.18 0.29 0.14 0.21 0.15 0.24 0.37 0.42 0.65 0.62 0.02 0.27 0.28 0.47 0.41 0.31 0.32
OP1 0.09 0.10 0.16 0.09 0.30 0.21 0.44 0.46 0.38 0.15 0.15 0.23 0.36 0.03 0.34 0.14 0.48 0.71 0.73 0.58
OP2 0.18 0.27 0.17 0.17 0.39 0.32 0.45 0.56 0.41 0.28 0.33 0.26 0.19 0.02 0.41 0.28 0.74 0.69 0.50 0.61
P 0.10 0.11 0.19 0.04 0.16 0.13 0.26 0.32 0.22 0.07 0.09 0.24 0.32 0.01 0.17 0.05 0.46 0.41 0.45 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.01 0.07 0.22 0.26 0.10
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.05 0.04 0.02 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.03 0.22 0.71 0.30 0.25
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.01 0.09 0.04 0.10 0.04 0.05 0.12 0.01 0.03 0.06 0.01 0.15 0.16 0.23 0.11
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.01 0.13 0.04 0.13 0.05 0.09 0.14 0.03 0.00 0.09 0.01 0.24 0.11 0.26 0.14
C4 0.03 0.05 0.07 0.09 0.00 0.09 0.01 0.20 0.02 0.03 0.02 0.03 0.06 0.11 0.03 0.04 0.30 1.06 0.35 0.38
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.02 0.08 0.04 0.07 0.05 0.06 0.02 0.09 0.01 0.04 0.21 0.25 0.05
C5 0.01 0.02 0.09 0.13 0.01 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.17 0.01 0.07 0.27 0.95 0.37 0.35
C5' 0.03 0.11 0.04 0.04 0.20 0.02 0.20 0.00 0.15 0.10 0.16 0.08 0.06 0.06 0.21 0.02 0.02 0.37 0.29 0.02
C6 0.02 0.00 0.10 0.13 0.02 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.15 0.02 0.08 0.21 0.65 0.34 0.25
N1 0.01 0.01 0.04 0.05 0.03 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.17 0.54 0.29 0.19
N3 0.03 0.01 0.05 0.09 0.02 0.07 0.02 0.16 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.03 0.28 0.93 0.34 0.33
O2 0.05 0.01 0.12 0.14 0.03 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.17 0.02 0.06 0.19 0.62 0.28 0.21
O2' 0.01 0.08 0.01 0.03 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.03 0.07 0.13 0.00 0.06 0.07 0.05 0.12 0.08 0.24 0.11
O3' 0.03 0.09 0.03 0.00 0.11 0.02 0.17 0.06 0.15 0.04 0.08 0.17 0.06 0.00 0.11 0.02 0.31 0.25 0.31 0.22
O4 0.02 0.02 0.06 0.09 0.03 0.09 0.01 0.21 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.11 0.00 0.05 0.33 1.21 0.36 0.43
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.05 0.00 0.14 0.15 0.31 0.12
O5' 0.07 0.22 0.15 0.24 0.30 0.04 0.27 0.02 0.21 0.17 0.28 0.19 0.12 0.31 0.33 0.14 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.22 0.71 0.16 0.11 1.06 0.21 0.95 0.37 0.65 0.54 0.93 0.62 0.08 0.25 1.21 0.15 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.30 0.23 0.26 0.35 0.25 0.37 0.29 0.34 0.29 0.34 0.28 0.24 0.31 0.36 0.31 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.25 0.11 0.14 0.38 0.05 0.35 0.02 0.25 0.19 0.33 0.21 0.11 0.22 0.43 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00