ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52792

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.012, 0.034, 0.055, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.034 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.017, 0.038, 0.059, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.038 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.016, 0.038, 0.059, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.038 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.013, 0.035, 0.058, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.035 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.039, 0.089, 0.139, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.089 std_dev=0.050
N4 A 0, 0.036, 0.105, 0.174, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.105 std_dev=0.069
C2' A 0, 0.110, 0.196, 0.282, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.196 std_dev=0.086
O4' A 0, 0.068, 0.175, 0.283, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.175 std_dev=0.108
O2' A 0, 0.362, 0.643, 0.924, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.643 std_dev=0.281
P A 0, 0.366, 0.647, 0.927, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.647 std_dev=0.281
C2' B 0, 0.276, 0.587, 0.898, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.587 std_dev=0.311
O5' A 0, 0.459, 0.803, 1.146, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.803 std_dev=0.343
C3' B 0, 0.238, 0.584, 0.931, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.584 std_dev=0.346
C4' A 0, 0.428, 0.775, 1.121, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.775 std_dev=0.347
OP2 A 0, 0.409, 0.766, 1.124, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.766 std_dev=0.358
OP1 A 0, 0.433, 0.820, 1.207, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.820 std_dev=0.387
C3' A 0, 0.574, 0.975, 1.375, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.975 std_dev=0.401
O2' B 0, 0.499, 0.973, 1.447, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.973 std_dev=0.474
C4' B 0, 0.504, 1.008, 1.512, 1.601 max_d=1.601 avg_d=1.008 std_dev=0.504
C1' B 0, 0.416, 0.924, 1.432, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.924 std_dev=0.508
C5' B 0, 0.667, 1.182, 1.698, 1.617 max_d=1.617 avg_d=1.182 std_dev=0.516
C5' A 0, 0.440, 0.964, 1.488, 1.947 max_d=1.947 avg_d=0.964 std_dev=0.524
O5' B 0, 0.724, 1.296, 1.868, 1.932 max_d=1.932 avg_d=1.296 std_dev=0.572
N1 B 0, 0.526, 1.111, 1.697, 1.876 max_d=1.876 avg_d=1.111 std_dev=0.586
O3' B 0, 0.261, 0.873, 1.486, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.873 std_dev=0.613
P B 0, 0.726, 1.415, 2.104, 2.285 max_d=2.285 avg_d=1.415 std_dev=0.689
C6 B 0, 0.915, 1.651, 2.386, 2.153 max_d=2.153 avg_d=1.651 std_dev=0.736
O3' A 0, 1.071, 1.816, 2.562, 2.216 max_d=2.216 avg_d=1.816 std_dev=0.745
O4' B 0, 0.417, 1.181, 1.945, 2.286 max_d=2.286 avg_d=1.181 std_dev=0.764
OP2 B 0, 0.298, 1.098, 1.898, 2.293 max_d=2.293 avg_d=1.098 std_dev=0.800
C5 B 0, 1.103, 2.048, 2.992, 2.797 max_d=2.797 avg_d=2.048 std_dev=0.944
C2 B 0, 0.846, 1.912, 2.979, 3.271 max_d=3.271 avg_d=1.912 std_dev=1.066
C4 B 0, 0.935, 2.006, 3.078, 3.459 max_d=3.459 avg_d=2.006 std_dev=1.071
OP1 B 0, 1.148, 2.370, 3.593, 3.929 max_d=3.929 avg_d=2.370 std_dev=1.222
N3 B 0, 0.895, 2.145, 3.394, 3.856 max_d=3.856 avg_d=2.145 std_dev=1.249
O4 B 0, 1.159, 2.537, 3.916, 4.389 max_d=4.389 avg_d=2.537 std_dev=1.379
O2 B 0, 1.279, 2.775, 4.272, 4.337 max_d=4.337 avg_d=2.775 std_dev=1.496

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.08 0.19 0.21 0.14
C2 0.02 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.02 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.04 0.03 0.17 0.20 0.37 0.17
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.02 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.19 0.25 0.13 0.17
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.10 0.01 0.11 0.04 0.10 0.07 0.09 0.11 0.10 0.02 0.00 0.01 0.27 0.32 0.03 0.18
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.04 0.23 0.21 0.52 0.20
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.09 0.05 0.06 0.08 0.04 0.06 0.03 0.00 0.01 0.21 0.16 0.05
C5 0.03 0.02 0.06 0.11 0.01 0.09 0.00 0.22 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.11 0.05 0.23 0.20 0.52 0.20
C5' 0.04 0.15 0.03 0.04 0.21 0.00 0.22 0.00 0.19 0.13 0.19 0.22 0.12 0.06 0.07 0.01 0.01 0.32 0.30 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.04 0.20 0.20 0.40 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.15 0.20 0.33 0.17
N3 0.02 0.00 0.02 0.09 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.05 0.03 0.20 0.21 0.46 0.19
N4 0.03 0.01 0.06 0.11 0.01 0.08 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.11 0.05 0.25 0.22 0.58 0.20
O2 0.02 0.00 0.05 0.10 0.01 0.04 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.09 0.04 0.14 0.21 0.32 0.16
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.09 0.09 0.11 0.00 0.07 0.06 0.07 0.20 0.05 0.08
O3' 0.03 0.04 0.03 0.00 0.09 0.03 0.11 0.07 0.09 0.03 0.05 0.11 0.09 0.07 0.00 0.02 0.24 0.31 0.17 0.16
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.06 0.02 0.00 0.08 0.17 0.17 0.11
O5' 0.08 0.17 0.19 0.27 0.23 0.01 0.23 0.01 0.20 0.15 0.20 0.25 0.14 0.07 0.24 0.08 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.19 0.20 0.25 0.32 0.21 0.21 0.20 0.32 0.20 0.20 0.21 0.22 0.21 0.20 0.31 0.17 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.37 0.13 0.03 0.52 0.16 0.52 0.30 0.40 0.33 0.46 0.58 0.32 0.05 0.17 0.17 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.17 0.17 0.18 0.20 0.05 0.20 0.01 0.18 0.17 0.19 0.20 0.16 0.08 0.16 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 1.12 0.17 0.17 0.34 0.27 0.63 0.38 0.61 0.32 0.98 1.90 0.13 0.40 0.39 0.35 0.27 0.69 0.68 0.25
C2 0.28 0.89 0.20 0.18 0.20 0.32 0.68 0.47 0.59 0.23 0.69 1.58 0.14 0.30 0.26 0.42 0.27 0.82 0.67 0.27
C2' 0.26 1.09 0.20 0.20 0.34 0.26 0.60 0.32 0.59 0.31 0.96 1.85 0.15 0.30 0.39 0.31 0.21 0.90 0.81 0.33
C3' 0.24 1.06 0.22 0.20 0.37 0.18 0.53 0.17 0.54 0.32 0.95 1.78 0.17 0.21 0.42 0.22 0.22 0.98 0.85 0.42
C4 0.26 0.55 0.23 0.21 0.34 0.33 0.73 0.49 0.59 0.13 0.33 1.10 0.17 0.18 0.43 0.39 0.27 0.91 0.76 0.35
C4' 0.20 1.17 0.16 0.12 0.48 0.12 0.51 0.12 0.54 0.35 1.08 1.93 0.13 0.32 0.55 0.18 0.31 0.74 0.73 0.32
C5 0.22 0.56 0.22 0.20 0.29 0.29 0.69 0.43 0.59 0.11 0.34 1.12 0.15 0.19 0.36 0.31 0.24 0.85 0.83 0.39
C5' 0.17 1.11 0.18 0.10 0.49 0.12 0.41 0.14 0.45 0.34 1.03 1.80 0.14 0.24 0.56 0.07 0.43 0.76 0.73 0.42
C6 0.22 0.78 0.19 0.17 0.17 0.27 0.64 0.38 0.58 0.16 0.58 1.44 0.13 0.28 0.22 0.31 0.25 0.76 0.78 0.32
N1 0.26 0.94 0.19 0.17 0.21 0.29 0.65 0.42 0.60 0.24 0.76 1.66 0.13 0.34 0.25 0.37 0.26 0.76 0.72 0.27
N3 0.28 0.71 0.22 0.19 0.25 0.34 0.71 0.49 0.57 0.17 0.49 1.32 0.15 0.23 0.34 0.43 0.28 0.88 0.67 0.29
N4 0.27 0.39 0.26 0.24 0.49 0.35 0.81 0.50 0.62 0.17 0.22 0.84 0.21 0.16 0.62 0.39 0.31 0.95 0.72 0.38
O2 0.30 0.99 0.20 0.18 0.25 0.33 0.69 0.47 0.60 0.28 0.81 1.71 0.14 0.33 0.30 0.45 0.27 0.81 0.63 0.25
O2' 0.27 1.23 0.19 0.17 0.45 0.23 0.58 0.32 0.58 0.37 1.13 2.02 0.11 0.31 0.52 0.32 0.24 0.82 0.76 0.29
O3' 0.21 1.07 0.22 0.19 0.41 0.12 0.49 0.11 0.51 0.32 0.98 1.78 0.14 0.13 0.47 0.17 0.23 1.09 0.90 0.48
O4' 0.25 1.19 0.15 0.16 0.45 0.23 0.59 0.31 0.61 0.36 1.07 1.99 0.14 0.45 0.50 0.31 0.29 0.56 0.64 0.23
O5' 0.17 0.93 0.23 0.21 0.32 0.11 0.29 0.15 0.34 0.27 0.82 1.54 0.08 0.02 0.36 0.10 0.14 0.63 0.69 0.26
OP1 0.25 1.06 0.31 0.20 0.61 0.09 0.21 0.06 0.15 0.45 1.00 1.54 0.17 0.03 0.67 0.08 0.22 0.23 0.38 0.10
OP2 0.36 0.21 0.13 0.23 0.29 0.71 0.57 0.68 0.61 0.30 0.19 0.52 0.11 0.03 0.30 0.71 0.82 1.28 1.32 1.01
P 0.03 0.61 0.10 0.03 0.13 0.26 0.35 0.20 0.41 0.08 0.51 1.10 0.03 0.01 0.16 0.21 0.32 0.58 0.76 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.06 0.03 0.06 0.02 0.01 0.14 0.93 0.15 0.51
C2 0.02 0.00 0.40 0.31 0.01 0.17 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.38 0.02 0.22 0.45 0.77 0.19 0.32
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.04 0.01 0.25 0.04 0.33 0.03 0.28 0.69 0.00 0.06 0.05 0.01 0.22 0.56 0.16 0.34
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.24 0.00 0.57 0.02 0.61 0.13 0.14 0.74 0.02 0.02 0.26 0.02 0.31 0.27 0.32 0.23
C4 0.03 0.01 0.04 0.24 0.00 0.25 0.01 0.59 0.03 0.02 0.00 0.02 0.16 0.26 0.00 0.04 0.67 0.88 0.56 0.33
C4' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.25 0.00 0.34 0.00 0.33 0.13 0.18 0.32 0.05 0.02 0.29 0.01 0.01 0.34 0.22 0.25
C5 0.04 0.01 0.25 0.57 0.01 0.34 0.00 0.68 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.63 0.02 0.14 0.77 1.15 0.78 0.67
C5' 0.07 0.36 0.04 0.02 0.59 0.00 0.68 0.00 0.61 0.32 0.47 0.48 0.03 0.04 0.67 0.01 0.01 0.17 0.39 0.01
C6 0.05 0.01 0.33 0.61 0.03 0.33 0.01 0.61 0.00 0.01 0.03 0.01 0.16 0.62 0.03 0.21 0.71 1.18 0.67 0.70
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.02 0.13 0.01 0.32 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.09 0.02 0.02 0.39 0.92 0.27 0.42
N3 0.01 0.00 0.28 0.14 0.00 0.18 0.01 0.47 0.03 0.03 0.00 0.02 0.31 0.19 0.01 0.17 0.58 0.76 0.32 0.24
O2 0.06 0.01 0.69 0.74 0.02 0.32 0.02 0.48 0.01 0.01 0.02 0.00 0.54 0.86 0.03 0.36 0.51 0.77 0.30 0.51
O2' 0.03 0.35 0.00 0.02 0.16 0.05 0.12 0.03 0.16 0.09 0.31 0.54 0.00 0.16 0.18 0.11 0.10 0.57 0.13 0.30
O3' 0.06 0.38 0.06 0.02 0.26 0.02 0.63 0.04 0.62 0.09 0.19 0.86 0.16 0.00 0.29 0.03 0.31 0.29 0.53 0.20
O4 0.02 0.02 0.05 0.26 0.00 0.29 0.02 0.67 0.03 0.02 0.01 0.03 0.18 0.29 0.00 0.06 0.75 0.82 0.64 0.31
O4' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.04 0.01 0.14 0.01 0.21 0.02 0.17 0.36 0.11 0.03 0.06 0.00 0.07 0.86 0.24 0.55
O5' 0.14 0.45 0.22 0.31 0.67 0.01 0.77 0.01 0.71 0.39 0.58 0.51 0.10 0.31 0.75 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.93 0.77 0.56 0.27 0.88 0.34 1.15 0.17 1.18 0.92 0.76 0.77 0.57 0.29 0.82 0.86 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.19 0.16 0.32 0.56 0.22 0.78 0.39 0.67 0.27 0.32 0.30 0.13 0.53 0.64 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.51 0.32 0.34 0.23 0.33 0.25 0.67 0.01 0.70 0.42 0.24 0.51 0.30 0.20 0.31 0.55 0.01 0.00 0.01 0.00