ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52793

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.013, 0.025, 0.036, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.019, 0.035, 0.052, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.035 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.023, 0.042, 0.061, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.042 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.027, 0.049, 0.071, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.049 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.035, 0.063, 0.091, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.063 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.057, 0.104, 0.150, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.104 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.066, 0.200, 0.333, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.200 std_dev=0.133
C2' A 0, 0.106, 0.250, 0.395, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.250 std_dev=0.144
O2' A 0, 0.349, 0.659, 0.969, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.659 std_dev=0.310
C3' A 0, 0.299, 0.628, 0.956, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.628 std_dev=0.328
C4' A 0, 0.245, 0.604, 0.964, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.604 std_dev=0.360
O2' B 0, 0.280, 0.647, 1.014, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.647 std_dev=0.367
C2' B 0, 0.224, 0.677, 1.131, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.677 std_dev=0.454
O3' A 0, 0.465, 0.936, 1.407, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.936 std_dev=0.471
C3' B 0, 0.355, 0.886, 1.418, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.886 std_dev=0.532
O5' A 0, 0.334, 0.890, 1.446, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.890 std_dev=0.556
O3' B 0, 0.438, 1.029, 1.620, 1.721 max_d=1.721 avg_d=1.029 std_dev=0.591
C5' A 0, 0.272, 0.870, 1.468, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.870 std_dev=0.598
C1' B 0, 0.259, 0.869, 1.478, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.869 std_dev=0.609
P A 0, 0.462, 1.104, 1.745, 1.780 max_d=1.780 avg_d=1.104 std_dev=0.641
C4' B 0, 0.470, 1.114, 1.758, 2.198 max_d=2.198 avg_d=1.114 std_dev=0.644
O4' B 0, 0.329, 1.010, 1.692, 2.228 max_d=2.228 avg_d=1.010 std_dev=0.681
OP2 A 0, 0.450, 1.142, 1.834, 1.955 max_d=1.955 avg_d=1.142 std_dev=0.692
C5' B 0, 0.590, 1.375, 2.159, 2.547 max_d=2.547 avg_d=1.375 std_dev=0.785
N1 B 0, 0.340, 1.138, 1.936, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.138 std_dev=0.798
O2 B 0, 0.625, 1.453, 2.280, 2.532 max_d=2.532 avg_d=1.453 std_dev=0.827
OP1 A 0, 0.648, 1.489, 2.331, 2.534 max_d=2.534 avg_d=1.489 std_dev=0.842
C2 B 0, 0.481, 1.349, 2.216, 2.591 max_d=2.591 avg_d=1.349 std_dev=0.867
O5' B 0, 0.671, 1.564, 2.457, 2.901 max_d=2.901 avg_d=1.564 std_dev=0.893
C6 B 0, 0.456, 1.380, 2.303, 2.715 max_d=2.715 avg_d=1.380 std_dev=0.924
N3 B 0, 0.566, 1.635, 2.704, 3.376 max_d=3.376 avg_d=1.635 std_dev=1.069
P B 0, 0.632, 1.721, 2.809, 3.221 max_d=3.221 avg_d=1.721 std_dev=1.089
C5 B 0, 0.500, 1.624, 2.748, 3.490 max_d=3.490 avg_d=1.624 std_dev=1.124
OP1 B 0, 0.792, 1.929, 3.067, 3.335 max_d=3.335 avg_d=1.929 std_dev=1.138
OP2 B 0, 0.522, 1.706, 2.890, 3.121 max_d=3.121 avg_d=1.706 std_dev=1.184
C4 B 0, 0.530, 1.737, 2.943, 3.815 max_d=3.815 avg_d=1.737 std_dev=1.207
O4 B 0, 0.601, 2.016, 3.432, 4.547 max_d=4.547 avg_d=2.016 std_dev=1.416

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.29 0.30 0.31 0.27
C2 0.02 0.00 0.04 0.12 0.00 0.08 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.11 0.02 0.38 0.41 0.49 0.40
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.02 0.01 0.19 0.25 0.21 0.18
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.12 0.00 0.09 0.02 0.07 0.07 0.14 0.13 0.13 0.02 0.01 0.01 0.12 0.24 0.12 0.12
C4 0.01 0.00 0.02 0.12 0.00 0.13 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.13 0.01 0.44 0.52 0.62 0.50
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.11 0.07 0.11 0.14 0.07 0.07 0.02 0.00 0.02 0.14 0.14 0.04
C5 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.13 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.10 0.01 0.46 0.51 0.61 0.51
C5' 0.07 0.24 0.04 0.02 0.34 0.01 0.34 0.00 0.28 0.21 0.30 0.37 0.18 0.06 0.04 0.03 0.01 0.26 0.26 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.11 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.45 0.45 0.51 0.45
N1 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.39 0.39 0.45 0.39
N3 0.02 0.00 0.03 0.14 0.00 0.11 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.14 0.01 0.41 0.47 0.57 0.46
N4 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.14 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.15 0.01 0.44 0.55 0.65 0.52
O2 0.03 0.00 0.07 0.13 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.12 0.03 0.34 0.36 0.44 0.36
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.08 0.07 0.05 0.06 0.04 0.05 0.10 0.09 0.11 0.00 0.03 0.07 0.06 0.12 0.15 0.08
O3' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.13 0.02 0.10 0.04 0.07 0.06 0.14 0.15 0.12 0.03 0.00 0.01 0.15 0.17 0.23 0.12
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.00 0.26 0.26 0.24 0.24
O5' 0.29 0.38 0.19 0.12 0.44 0.02 0.46 0.01 0.45 0.39 0.41 0.44 0.34 0.06 0.15 0.26 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.30 0.41 0.25 0.24 0.52 0.14 0.51 0.26 0.45 0.39 0.47 0.55 0.36 0.12 0.17 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.31 0.49 0.21 0.12 0.62 0.14 0.61 0.26 0.51 0.45 0.57 0.65 0.44 0.15 0.23 0.24 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.27 0.40 0.18 0.12 0.50 0.04 0.51 0.02 0.45 0.39 0.46 0.52 0.36 0.08 0.12 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 0.69 0.36 0.36 0.80 0.33 0.75 0.37 0.65 0.58 0.79 0.74 0.25 0.27 0.85 0.38 0.51 0.54 0.70 0.57
C2 0.41 0.68 0.34 0.45 1.01 0.43 0.98 0.56 0.82 0.63 0.89 0.62 0.19 0.36 1.09 0.44 0.75 0.83 1.04 0.87
C2' 0.34 0.63 0.29 0.26 0.75 0.23 0.69 0.25 0.58 0.50 0.74 0.71 0.23 0.18 0.81 0.29 0.41 0.46 0.64 0.48
C3' 0.22 0.47 0.20 0.17 0.55 0.12 0.54 0.14 0.46 0.35 0.54 0.60 0.18 0.13 0.59 0.16 0.29 0.39 0.53 0.37
C4 0.32 0.40 0.25 0.49 0.90 0.50 1.01 0.71 0.83 0.52 0.60 0.44 0.13 0.43 0.96 0.46 0.93 1.07 1.26 1.09
C4' 0.24 0.45 0.23 0.19 0.49 0.15 0.49 0.15 0.43 0.35 0.50 0.56 0.20 0.13 0.52 0.18 0.26 0.37 0.45 0.32
C5 0.28 0.29 0.24 0.50 0.69 0.50 0.86 0.69 0.76 0.45 0.42 0.43 0.12 0.44 0.69 0.44 0.88 0.99 1.13 1.00
C5' 0.30 0.43 0.30 0.23 0.52 0.16 0.56 0.16 0.52 0.41 0.48 0.49 0.15 0.11 0.53 0.22 0.28 0.38 0.49 0.35
C6 0.34 0.43 0.31 0.47 0.67 0.44 0.76 0.56 0.69 0.50 0.53 0.42 0.15 0.40 0.67 0.41 0.72 0.79 0.91 0.80
N1 0.40 0.64 0.35 0.43 0.84 0.40 0.84 0.50 0.73 0.59 0.77 0.61 0.20 0.35 0.88 0.41 0.67 0.72 0.89 0.75
N3 0.38 0.57 0.30 0.48 1.03 0.47 1.05 0.65 0.86 0.60 0.81 0.51 0.16 0.40 1.13 0.46 0.87 0.99 1.20 1.02
N4 0.27 0.29 0.21 0.49 0.85 0.53 1.02 0.79 0.82 0.44 0.46 0.48 0.11 0.45 0.95 0.47 1.01 1.21 1.42 1.23
O2 0.43 0.75 0.35 0.42 1.07 0.40 1.00 0.51 0.82 0.66 0.97 0.70 0.21 0.33 1.19 0.44 0.71 0.78 1.01 0.82
O2' 0.40 0.73 0.34 0.27 0.83 0.24 0.73 0.24 0.62 0.57 0.85 0.81 0.27 0.17 0.91 0.33 0.38 0.42 0.60 0.44
O3' 0.22 0.47 0.20 0.17 0.53 0.12 0.52 0.13 0.45 0.34 0.54 0.61 0.19 0.14 0.58 0.15 0.27 0.41 0.54 0.38
O4' 0.33 0.53 0.32 0.31 0.57 0.27 0.55 0.29 0.50 0.44 0.58 0.62 0.24 0.24 0.60 0.29 0.39 0.43 0.52 0.42
O5' 0.14 0.43 0.14 0.09 0.25 0.07 0.17 0.08 0.14 0.20 0.40 0.62 0.14 0.01 0.25 0.11 0.17 0.35 0.35 0.26
OP1 0.03 0.29 0.06 0.03 0.27 0.07 0.28 0.14 0.24 0.13 0.31 0.44 0.10 0.02 0.32 0.05 0.19 0.50 0.40 0.36
OP2 0.15 0.42 0.17 0.05 0.38 0.07 0.35 0.18 0.30 0.25 0.45 0.54 0.16 0.04 0.44 0.04 0.23 0.47 0.42 0.37
P 0.06 0.31 0.07 0.02 0.24 0.04 0.23 0.09 0.21 0.14 0.31 0.46 0.08 0.01 0.28 0.03 0.14 0.39 0.33 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.10 0.08
C2 0.02 0.00 0.13 0.18 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.19 0.01 0.06 0.19 0.20 0.33 0.25
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.11 0.02 0.08 0.24 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.11 0.08 0.04
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.15 0.01 0.15 0.01 0.14 0.10 0.18 0.23 0.01 0.01 0.17 0.01 0.04 0.14 0.10 0.08
C4 0.02 0.01 0.03 0.15 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.16 0.00 0.04 0.31 0.41 0.54 0.43
C4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.13 0.00 0.15 0.00 0.13 0.07 0.09 0.06 0.05 0.03 0.14 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.15 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.17 0.01 0.08 0.32 0.42 0.51 0.44
C5' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.22 0.00 0.25 0.00 0.21 0.12 0.17 0.07 0.04 0.03 0.24 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.14 0.01 0.13 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.16 0.01 0.09 0.25 0.29 0.35 0.32
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.03 0.16 0.17 0.26 0.22
N3 0.02 0.00 0.08 0.18 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.19 0.01 0.04 0.26 0.31 0.46 0.35
O2 0.04 0.00 0.24 0.23 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.28 0.02 0.10 0.15 0.15 0.29 0.20
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.07 0.05 0.09 0.04 0.09 0.04 0.09 0.19 0.00 0.02 0.08 0.06 0.03 0.11 0.06 0.03
O3' 0.02 0.19 0.01 0.01 0.16 0.03 0.17 0.03 0.16 0.09 0.19 0.28 0.02 0.00 0.19 0.03 0.05 0.23 0.17 0.13
O4 0.02 0.01 0.04 0.17 0.00 0.14 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.19 0.00 0.05 0.34 0.48 0.61 0.48
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.09 0.03 0.04 0.10 0.06 0.03 0.05 0.00 0.04 0.04 0.10 0.08
O5' 0.04 0.19 0.03 0.04 0.31 0.01 0.32 0.01 0.25 0.16 0.26 0.15 0.03 0.05 0.34 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.20 0.11 0.14 0.41 0.06 0.42 0.05 0.29 0.17 0.31 0.15 0.11 0.23 0.48 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.33 0.08 0.10 0.54 0.03 0.51 0.02 0.35 0.26 0.46 0.29 0.06 0.17 0.61 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.25 0.04 0.08 0.43 0.01 0.44 0.01 0.32 0.22 0.35 0.20 0.03 0.13 0.48 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00