ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52795

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.019, 0.043, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.043 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.021, 0.052, 0.082, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.052 std_dev=0.031
C6 A 0, 0.027, 0.061, 0.094, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.061 std_dev=0.033
C4 A 0, 0.029, 0.063, 0.097, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.063 std_dev=0.034
C2 A 0, 0.034, 0.072, 0.109, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.072 std_dev=0.037
C1' A 0, 0.030, 0.072, 0.113, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.072 std_dev=0.041
O2 A 0, 0.066, 0.141, 0.216, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.141 std_dev=0.075
N4 A 0, 0.094, 0.195, 0.296, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.195 std_dev=0.101
O4' A 0, 0.082, 0.305, 0.528, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.305 std_dev=0.223
C2' A 0, 0.203, 0.471, 0.739, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.471 std_dev=0.268
C2' B 0, 0.247, 0.578, 0.908, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.578 std_dev=0.330
C4' A 0, 0.089, 0.424, 0.759, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.424 std_dev=0.335
C3' B 0, 0.267, 0.656, 1.045, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.656 std_dev=0.389
O2' A 0, 0.368, 0.775, 1.181, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.775 std_dev=0.406
C3' A 0, 0.135, 0.544, 0.952, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.544 std_dev=0.409
P A 0, 0.118, 0.582, 1.045, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.582 std_dev=0.463
O2' B 0, 0.502, 1.089, 1.676, 1.713 max_d=1.713 avg_d=1.089 std_dev=0.587
O3' A 0, 0.212, 0.827, 1.441, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.827 std_dev=0.615
O5' A 0, 0.274, 0.938, 1.602, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.938 std_dev=0.664
C5' A 0, 0.274, 0.964, 1.653, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.964 std_dev=0.690
C4' B 0, 0.580, 1.274, 1.968, 1.996 max_d=1.996 avg_d=1.274 std_dev=0.694
C1' B 0, 0.401, 1.103, 1.804, 1.936 max_d=1.936 avg_d=1.103 std_dev=0.702
OP2 A 0, 0.520, 1.234, 1.948, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.234 std_dev=0.714
O3' B 0, 0.601, 1.341, 2.081, 2.098 max_d=2.098 avg_d=1.341 std_dev=0.740
O4' B 0, 0.535, 1.277, 2.018, 2.067 max_d=2.067 avg_d=1.277 std_dev=0.741
OP1 A 0, 0.408, 1.250, 2.092, 2.482 max_d=2.482 avg_d=1.250 std_dev=0.842
N1 B 0, 0.786, 1.819, 2.852, 3.040 max_d=3.040 avg_d=1.819 std_dev=1.033
OP2 B 0, 0.580, 1.633, 2.687, 2.894 max_d=2.894 avg_d=1.633 std_dev=1.053
O5' B 0, 0.758, 1.917, 3.076, 3.093 max_d=3.093 avg_d=1.917 std_dev=1.159
C2 B 0, 0.963, 2.160, 3.358, 3.596 max_d=3.596 avg_d=2.160 std_dev=1.197
O2 B 0, 1.045, 2.288, 3.532, 3.736 max_d=3.736 avg_d=2.288 std_dev=1.244
C5' B 0, 1.093, 2.357, 3.621, 3.534 max_d=3.534 avg_d=2.357 std_dev=1.264
C6 B 0, 1.126, 2.462, 3.797, 3.872 max_d=3.872 avg_d=2.462 std_dev=1.336
N3 B 0, 1.219, 2.703, 4.188, 4.408 max_d=4.408 avg_d=2.703 std_dev=1.485
P B 0, 1.053, 2.565, 4.077, 4.040 max_d=4.040 avg_d=2.565 std_dev=1.512
C5 B 0, 1.421, 3.083, 4.746, 4.849 max_d=4.849 avg_d=3.083 std_dev=1.663
C4 B 0, 1.416, 3.111, 4.806, 4.997 max_d=4.997 avg_d=3.111 std_dev=1.695
OP1 B 0, 1.618, 3.590, 5.562, 5.244 max_d=5.244 avg_d=3.590 std_dev=1.972
O4 B 0, 1.674, 3.660, 5.646, 5.836 max_d=5.836 avg_d=3.660 std_dev=1.986

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.06 0.06 0.06 0.03 0.04 0.01 0.20 0.09 0.57 0.13
C2 0.06 0.00 0.10 0.11 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.10 0.13 0.08 0.37 0.20 0.57 0.12
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.07 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.09 0.07 0.15 0.00 0.01 0.01 0.22 0.21 0.49 0.06
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.08 0.01 0.12 0.02 0.12 0.05 0.10 0.10 0.18 0.02 0.01 0.02 0.28 0.35 0.37 0.10
C4 0.06 0.01 0.07 0.08 0.00 0.11 0.00 0.25 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.07 0.12 0.11 0.54 0.34 0.50 0.22
C4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.13 0.07 0.11 0.10 0.11 0.13 0.04 0.01 0.03 0.20 0.50 0.10
C5 0.05 0.01 0.05 0.12 0.00 0.13 0.00 0.25 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.14 0.11 0.58 0.33 0.50 0.24
C5' 0.05 0.20 0.03 0.02 0.25 0.01 0.25 0.00 0.23 0.16 0.23 0.24 0.19 0.11 0.03 0.01 0.01 0.36 0.43 0.05
C6 0.04 0.01 0.05 0.12 0.02 0.13 0.01 0.23 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.13 0.11 0.51 0.21 0.53 0.15
N1 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.07 0.02 0.16 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.06 0.37 0.14 0.56 0.08
N3 0.06 0.01 0.09 0.10 0.00 0.11 0.00 0.23 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.10 0.14 0.10 0.46 0.28 0.54 0.17
N4 0.06 0.02 0.07 0.10 0.00 0.10 0.02 0.24 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.09 0.16 0.10 0.57 0.38 0.44 0.25
O2 0.06 0.00 0.15 0.18 0.02 0.11 0.01 0.19 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.13 0.22 0.06 0.29 0.16 0.59 0.10
O2' 0.03 0.10 0.00 0.02 0.07 0.13 0.03 0.11 0.02 0.02 0.10 0.09 0.13 0.00 0.06 0.09 0.16 0.25 0.48 0.17
O3' 0.04 0.13 0.01 0.01 0.12 0.04 0.14 0.03 0.13 0.04 0.14 0.16 0.22 0.06 0.00 0.06 0.18 0.43 0.29 0.11
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.11 0.01 0.11 0.01 0.11 0.06 0.10 0.10 0.06 0.09 0.06 0.00 0.07 0.11 0.59 0.20
O5' 0.20 0.37 0.22 0.28 0.54 0.03 0.58 0.01 0.51 0.37 0.46 0.57 0.29 0.16 0.18 0.07 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.09 0.20 0.21 0.35 0.34 0.20 0.33 0.36 0.21 0.14 0.28 0.38 0.16 0.25 0.43 0.11 0.02 0.00 0.05 0.01
OP2 0.57 0.57 0.49 0.37 0.50 0.50 0.50 0.43 0.53 0.56 0.54 0.44 0.59 0.48 0.29 0.59 0.03 0.05 0.00 0.00
P 0.13 0.12 0.06 0.10 0.22 0.10 0.24 0.05 0.15 0.08 0.17 0.25 0.10 0.17 0.11 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.38 0.47 0.21 0.16 0.50 0.10 0.46 0.16 0.44 0.42 0.52 0.45 0.38 0.37 0.52 0.28 0.19 0.17 0.23 0.23
C2 0.22 0.29 0.12 0.16 0.52 0.16 0.47 0.31 0.39 0.29 0.44 0.16 0.29 0.25 0.58 0.20 0.37 0.43 0.47 0.48
C2' 0.40 0.45 0.24 0.13 0.48 0.07 0.42 0.19 0.41 0.41 0.50 0.46 0.44 0.33 0.51 0.28 0.23 0.23 0.29 0.27
C3' 0.41 0.42 0.33 0.16 0.37 0.12 0.33 0.30 0.36 0.38 0.43 0.47 0.56 0.28 0.38 0.26 0.28 0.32 0.34 0.31
C4 0.09 0.16 0.15 0.13 0.24 0.19 0.28 0.39 0.21 0.10 0.18 0.27 0.24 0.17 0.28 0.14 0.50 0.60 0.61 0.63
C4' 0.49 0.47 0.43 0.08 0.39 0.10 0.41 0.18 0.45 0.45 0.44 0.55 0.64 0.26 0.38 0.31 0.30 0.26 0.21 0.24
C5 0.12 0.20 0.16 0.13 0.17 0.19 0.22 0.37 0.19 0.13 0.19 0.29 0.23 0.17 0.17 0.16 0.43 0.50 0.50 0.53
C5' 0.45 0.39 0.49 0.21 0.32 0.21 0.40 0.37 0.43 0.40 0.34 0.48 0.67 0.28 0.30 0.28 0.34 0.37 0.27 0.30
C6 0.17 0.13 0.18 0.16 0.20 0.16 0.25 0.31 0.25 0.17 0.16 0.18 0.28 0.19 0.21 0.15 0.30 0.34 0.36 0.38
N1 0.24 0.30 0.15 0.18 0.42 0.14 0.40 0.27 0.35 0.29 0.39 0.23 0.30 0.28 0.44 0.18 0.28 0.32 0.36 0.37
N3 0.13 0.12 0.12 0.15 0.41 0.18 0.40 0.36 0.31 0.18 0.27 0.11 0.27 0.19 0.48 0.15 0.46 0.56 0.58 0.59
N4 0.13 0.30 0.15 0.14 0.29 0.23 0.27 0.45 0.20 0.17 0.34 0.38 0.22 0.19 0.33 0.18 0.59 0.73 0.73 0.75
O2 0.27 0.41 0.10 0.17 0.65 0.16 0.57 0.29 0.46 0.37 0.59 0.28 0.29 0.29 0.74 0.25 0.35 0.41 0.46 0.46
O2' 0.44 0.53 0.22 0.17 0.56 0.09 0.48 0.15 0.45 0.45 0.60 0.55 0.43 0.46 0.62 0.33 0.15 0.15 0.22 0.18
O3' 0.52 0.45 0.44 0.13 0.38 0.17 0.35 0.24 0.40 0.43 0.44 0.50 0.74 0.21 0.39 0.37 0.36 0.37 0.35 0.34
O4' 0.46 0.50 0.32 0.09 0.45 0.06 0.45 0.13 0.47 0.47 0.49 0.54 0.47 0.37 0.45 0.30 0.20 0.12 0.15 0.16
O5' 0.44 0.53 0.49 0.22 0.57 0.12 0.55 0.31 0.53 0.49 0.57 0.55 0.67 0.04 0.60 0.26 0.43 0.43 0.49 0.42
OP1 0.20 0.19 0.26 0.12 0.28 0.43 0.40 0.70 0.33 0.15 0.16 0.35 0.40 0.02 0.33 0.35 0.46 0.51 0.49 0.44
OP2 0.29 0.33 0.39 0.19 0.53 0.37 0.62 0.79 0.56 0.40 0.41 0.24 0.42 0.02 0.55 0.28 0.39 0.75 0.44 0.53
P 0.13 0.12 0.26 0.03 0.27 0.20 0.39 0.48 0.36 0.18 0.16 0.19 0.35 0.01 0.30 0.09 0.30 0.38 0.34 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.28 0.29 0.44 0.30
C2 0.04 0.00 0.14 0.12 0.01 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.15 0.01 0.08 0.26 0.31 0.48 0.29
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.04 0.01 0.14 0.03 0.16 0.03 0.08 0.28 0.01 0.05 0.04 0.01 0.07 0.10 0.14 0.05
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.11 0.01 0.24 0.05 0.26 0.07 0.08 0.24 0.02 0.02 0.12 0.02 0.27 0.20 0.20 0.24
C4 0.02 0.01 0.04 0.11 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.14 0.01 0.06 0.27 0.29 0.54 0.29
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.14 0.06 0.05 0.07 0.03 0.03 0.10 0.01 0.03 0.15 0.14 0.03
C5 0.02 0.02 0.14 0.24 0.01 0.14 0.00 0.21 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.31 0.02 0.08 0.27 0.28 0.61 0.31
C5' 0.01 0.08 0.03 0.05 0.17 0.01 0.21 0.00 0.18 0.09 0.13 0.05 0.03 0.06 0.19 0.03 0.02 0.28 0.13 0.04
C6 0.02 0.01 0.16 0.26 0.01 0.14 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.30 0.02 0.08 0.29 0.28 0.60 0.33
N1 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.07 0.02 0.05 0.28 0.29 0.51 0.30
N3 0.03 0.00 0.08 0.08 0.00 0.05 0.02 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.10 0.01 0.07 0.26 0.30 0.50 0.29
O2 0.05 0.01 0.28 0.24 0.01 0.07 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.30 0.33 0.01 0.12 0.26 0.31 0.45 0.29
O2' 0.03 0.16 0.01 0.02 0.05 0.03 0.09 0.03 0.10 0.03 0.12 0.30 0.00 0.07 0.05 0.04 0.10 0.12 0.08 0.08
O3' 0.05 0.15 0.05 0.02 0.14 0.03 0.31 0.06 0.30 0.07 0.10 0.33 0.07 0.00 0.16 0.04 0.59 0.53 0.53 0.57
O4 0.02 0.01 0.04 0.12 0.01 0.10 0.02 0.19 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.16 0.00 0.06 0.27 0.29 0.53 0.28
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.03 0.08 0.05 0.07 0.12 0.04 0.04 0.06 0.00 0.44 0.43 0.54 0.42
O5' 0.28 0.26 0.07 0.27 0.27 0.03 0.27 0.02 0.29 0.28 0.26 0.26 0.10 0.59 0.27 0.44 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.29 0.31 0.10 0.20 0.29 0.15 0.28 0.28 0.28 0.29 0.30 0.31 0.12 0.53 0.29 0.43 0.01 0.00 0.06 0.01
OP2 0.44 0.48 0.14 0.20 0.54 0.14 0.61 0.13 0.60 0.51 0.50 0.45 0.08 0.53 0.53 0.54 0.03 0.06 0.00 0.00
P 0.30 0.29 0.05 0.24 0.29 0.03 0.31 0.04 0.33 0.30 0.29 0.29 0.08 0.57 0.28 0.42 0.01 0.01 0.00 0.00