ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52797

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.020, 0.047, 0.075, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.047 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.020, 0.049, 0.077, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.049 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.178, 0.374, 0.571, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.374 std_dev=0.196
C4' B 0, 0.226, 0.486, 0.747, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.486 std_dev=0.261
C2' B 0, 0.170, 0.462, 0.753, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.462 std_dev=0.292
O4' A 0, 0.272, 0.563, 0.855, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.563 std_dev=0.292
C3' B 0, 0.170, 0.480, 0.790, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.480 std_dev=0.310
O3' B 0, 0.144, 0.502, 0.861, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.502 std_dev=0.358
C1' B 0, 0.285, 0.683, 1.082, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.683 std_dev=0.398
OP2 B 0, 0.215, 0.632, 1.049, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.632 std_dev=0.417
O2' B 0, 0.242, 0.698, 1.153, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.698 std_dev=0.455
O2' A 0, 0.406, 0.863, 1.320, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.863 std_dev=0.457
O4' B 0, 0.322, 0.784, 1.246, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.784 std_dev=0.462
C5' B 0, 0.279, 0.752, 1.225, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.752 std_dev=0.473
O5' A 0, 0.438, 0.953, 1.467, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.953 std_dev=0.514
C4' A 0, 0.450, 0.983, 1.516, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.983 std_dev=0.533
P A 0, 0.276, 0.811, 1.346, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.811 std_dev=0.535
N1 B 0, 0.396, 0.957, 1.519, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.957 std_dev=0.561
O5' B 0, 0.379, 0.945, 1.511, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.945 std_dev=0.566
C5' A 0, 0.472, 1.057, 1.641, 1.672 max_d=1.672 avg_d=1.057 std_dev=0.584
C6 B 0, 0.609, 1.278, 1.948, 1.845 max_d=1.845 avg_d=1.278 std_dev=0.669
C2 B 0, 0.595, 1.289, 1.983, 2.080 max_d=2.080 avg_d=1.289 std_dev=0.694
C3' A 0, 0.383, 1.085, 1.788, 1.775 max_d=1.775 avg_d=1.085 std_dev=0.703
OP2 A 0, 0.195, 0.914, 1.632, 2.044 max_d=2.044 avg_d=0.914 std_dev=0.718
O2 B 0, 0.657, 1.460, 2.263, 2.370 max_d=2.370 avg_d=1.460 std_dev=0.803
OP1 A 0, 0.346, 1.214, 2.082, 2.649 max_d=2.649 avg_d=1.214 std_dev=0.868
C5 B 0, 0.782, 1.651, 2.520, 2.509 max_d=2.509 avg_d=1.651 std_dev=0.869
P B 0, 0.357, 1.227, 2.097, 2.191 max_d=2.191 avg_d=1.227 std_dev=0.870
N3 B 0, 0.706, 1.635, 2.563, 2.775 max_d=2.775 avg_d=1.635 std_dev=0.928
C4 B 0, 0.708, 1.757, 2.807, 3.048 max_d=3.048 avg_d=1.757 std_dev=1.049
O3' A 0, 0.519, 1.790, 3.060, 2.889 max_d=2.889 avg_d=1.790 std_dev=1.271
O4 B 0, 0.855, 2.154, 3.454, 3.744 max_d=3.744 avg_d=2.154 std_dev=1.299
OP1 B 0, 0.884, 2.258, 3.632, 3.484 max_d=3.484 avg_d=2.258 std_dev=1.374

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.18 0.15 0.14 0.11
C2 0.01 0.00 0.05 0.17 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.29 0.08 0.03 0.32 0.09 0.29 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.18 0.03 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.04 0.02 0.25 0.21 0.15 0.17
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.32 0.00 0.36 0.04 0.31 0.20 0.25 0.35 0.08 0.01 0.00 0.02 0.37 0.41 0.26 0.33
C4 0.01 0.00 0.03 0.32 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.28 0.03 0.41 0.05 0.48 0.18
C4' 0.01 0.07 0.04 0.00 0.12 0.00 0.15 0.00 0.13 0.08 0.09 0.14 0.04 0.26 0.02 0.00 0.01 0.16 0.15 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.36 0.00 0.15 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.34 0.05 0.40 0.06 0.44 0.17
C5' 0.11 0.13 0.18 0.04 0.15 0.00 0.15 0.00 0.13 0.12 0.14 0.16 0.13 0.09 0.15 0.01 0.00 0.34 0.32 0.00
C6 0.01 0.01 0.03 0.31 0.01 0.13 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.27 0.05 0.34 0.09 0.28 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.20 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.11 0.02 0.28 0.11 0.22 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.25 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.17 0.02 0.38 0.06 0.40 0.14
N4 0.01 0.01 0.04 0.35 0.00 0.14 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.32 0.03 0.44 0.05 0.56 0.23
O2 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.36 0.13 0.05 0.28 0.11 0.24 0.08
O2' 0.02 0.29 0.00 0.01 0.26 0.26 0.17 0.09 0.11 0.16 0.31 0.28 0.36 0.00 0.05 0.15 0.32 0.31 0.14 0.20
O3' 0.11 0.08 0.04 0.00 0.28 0.02 0.34 0.15 0.27 0.11 0.17 0.32 0.13 0.05 0.00 0.08 0.53 0.60 0.54 0.51
O4' 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.15 0.08 0.00 0.15 0.16 0.18 0.14
O5' 0.18 0.32 0.25 0.37 0.41 0.01 0.40 0.00 0.34 0.28 0.38 0.44 0.28 0.32 0.53 0.15 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.15 0.09 0.21 0.41 0.05 0.16 0.06 0.34 0.09 0.11 0.06 0.05 0.11 0.31 0.60 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.29 0.15 0.26 0.48 0.15 0.44 0.32 0.28 0.22 0.40 0.56 0.24 0.14 0.54 0.18 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.09 0.17 0.33 0.18 0.05 0.17 0.00 0.09 0.07 0.14 0.23 0.08 0.20 0.51 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.35 0.24 0.15 0.55 0.18 0.65 0.13 0.55 0.32 0.42 0.48 0.30 0.31 0.63 0.15 0.20 0.56 0.30 0.15
C2 0.24 0.39 0.24 0.16 0.68 0.17 0.85 0.17 0.72 0.40 0.48 0.52 0.29 0.35 0.76 0.15 0.23 0.64 0.26 0.17
C2' 0.23 0.34 0.27 0.19 0.51 0.19 0.59 0.12 0.50 0.31 0.39 0.45 0.33 0.36 0.58 0.18 0.26 0.78 0.32 0.10
C3' 0.35 0.39 0.42 0.36 0.61 0.33 0.72 0.47 0.65 0.45 0.47 0.37 0.41 0.42 0.66 0.29 0.54 1.18 0.34 0.46
C4 0.27 0.38 0.23 0.16 0.66 0.15 0.87 0.20 0.77 0.43 0.46 0.48 0.25 0.32 0.72 0.21 0.24 0.61 0.24 0.18
C4' 0.19 0.31 0.25 0.12 0.42 0.11 0.47 0.16 0.40 0.27 0.35 0.39 0.32 0.17 0.48 0.13 0.19 0.69 0.28 0.09
C5 0.25 0.34 0.23 0.16 0.55 0.16 0.71 0.19 0.66 0.38 0.40 0.43 0.24 0.31 0.59 0.17 0.23 0.53 0.30 0.16
C5' 0.18 0.30 0.29 0.08 0.36 0.06 0.35 0.17 0.29 0.25 0.35 0.33 0.41 0.06 0.40 0.08 0.14 0.62 0.40 0.16
C6 0.23 0.34 0.24 0.16 0.51 0.18 0.64 0.16 0.58 0.34 0.39 0.44 0.27 0.34 0.56 0.14 0.21 0.52 0.31 0.15
N1 0.22 0.36 0.24 0.16 0.58 0.18 0.72 0.15 0.62 0.35 0.43 0.49 0.29 0.34 0.66 0.14 0.22 0.58 0.29 0.16
N3 0.27 0.40 0.23 0.16 0.71 0.16 0.91 0.19 0.79 0.43 0.50 0.51 0.27 0.34 0.79 0.19 0.24 0.64 0.22 0.18
N4 0.30 0.38 0.21 0.15 0.69 0.14 0.93 0.22 0.83 0.46 0.48 0.46 0.23 0.29 0.75 0.26 0.25 0.60 0.17 0.19
O2 0.24 0.40 0.24 0.16 0.72 0.17 0.88 0.16 0.74 0.41 0.50 0.54 0.30 0.34 0.82 0.15 0.24 0.66 0.24 0.17
O2' 0.23 0.35 0.27 0.16 0.53 0.18 0.61 0.13 0.51 0.33 0.42 0.44 0.36 0.29 0.61 0.16 0.23 0.60 0.48 0.19
O3' 0.37 0.36 0.42 0.42 0.56 0.46 0.69 0.63 0.64 0.44 0.42 0.37 0.39 0.47 0.60 0.37 0.62 1.33 0.39 0.55
O4' 0.20 0.34 0.23 0.13 0.48 0.15 0.55 0.09 0.46 0.29 0.40 0.46 0.31 0.22 0.55 0.16 0.16 0.45 0.28 0.15
O5' 0.19 0.26 0.09 0.07 0.06 0.12 0.11 0.38 0.10 0.13 0.19 0.42 0.28 0.02 0.06 0.17 0.34 0.89 0.57 0.43
OP1 0.65 0.71 0.54 0.27 0.65 0.14 0.58 0.18 0.57 0.65 0.70 0.74 0.67 0.03 0.66 0.51 0.08 0.45 0.26 0.13
OP2 0.19 0.18 0.10 0.18 0.21 0.24 0.25 0.67 0.24 0.19 0.18 0.20 0.19 0.02 0.21 0.22 0.66 1.28 0.78 0.82
P 0.25 0.28 0.16 0.02 0.17 0.10 0.11 0.35 0.12 0.21 0.24 0.36 0.29 0.00 0.17 0.22 0.25 0.76 0.38 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.09 0.01 0.01 0.19 0.33 0.22 0.21
C2 0.02 0.00 0.15 0.11 0.01 0.07 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.10 0.01 0.08 0.54 1.04 0.47 0.65
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.04 0.01 0.14 0.14 0.17 0.02 0.09 0.29 0.00 0.09 0.05 0.01 0.29 0.32 0.21 0.37
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.08 0.01 0.16 0.03 0.18 0.04 0.08 0.22 0.03 0.01 0.09 0.01 0.10 0.19 0.16 0.11
C4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.11 0.00 0.36 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.00 0.05 0.44 1.25 0.67 0.53
C4' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.08 0.06 0.10 0.06 0.09 0.05 0.12 0.01 0.01 0.17 0.22 0.02
C5 0.01 0.01 0.14 0.16 0.00 0.11 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.18 0.00 0.09 0.24 0.94 0.81 0.32
C5' 0.10 0.31 0.14 0.03 0.36 0.00 0.30 0.00 0.24 0.24 0.37 0.30 0.07 0.11 0.39 0.02 0.01 0.24 0.35 0.01
C6 0.01 0.01 0.17 0.18 0.00 0.08 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.17 0.01 0.10 0.18 0.66 0.69 0.26
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.02 0.34 0.71 0.41 0.36
N3 0.02 0.00 0.09 0.08 0.01 0.10 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.06 0.01 0.06 0.56 1.27 0.56 0.70
O2 0.04 0.01 0.29 0.22 0.01 0.06 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.27 0.21 0.01 0.13 0.61 1.04 0.53 0.77
O2' 0.04 0.14 0.00 0.03 0.10 0.09 0.14 0.07 0.13 0.05 0.11 0.27 0.00 0.17 0.11 0.05 0.26 0.26 0.23 0.37
O3' 0.09 0.10 0.09 0.01 0.10 0.05 0.18 0.11 0.17 0.06 0.06 0.21 0.17 0.00 0.11 0.09 0.20 0.47 0.24 0.17
O4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.12 0.00 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.00 0.05 0.45 1.38 0.71 0.57
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.06 0.13 0.05 0.09 0.05 0.00 0.09 0.13 0.17 0.11
O5' 0.19 0.54 0.29 0.10 0.44 0.01 0.24 0.01 0.18 0.34 0.56 0.61 0.26 0.20 0.45 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.33 1.04 0.32 0.19 1.25 0.17 0.94 0.24 0.66 0.71 1.27 1.04 0.26 0.47 1.38 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.47 0.21 0.16 0.67 0.22 0.81 0.35 0.69 0.41 0.56 0.53 0.23 0.24 0.71 0.17 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.21 0.65 0.37 0.11 0.53 0.02 0.32 0.01 0.26 0.36 0.70 0.77 0.37 0.17 0.57 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00