ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52798

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.020, 0.041, 0.061, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.041 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.038 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.018, 0.040, 0.062, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.040 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.021, 0.046, 0.070, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.046 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.041, 0.088, 0.135, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.088 std_dev=0.047
O2' B 0, 0.151, 0.474, 0.797, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.474 std_dev=0.323
C3' B 0, 0.318, 0.709, 1.099, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.709 std_dev=0.390
C2' B 0, 0.255, 0.778, 1.302, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.778 std_dev=0.523
O4' A 0, 0.091, 0.780, 1.469, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.780 std_dev=0.689
C2' A 0, 0.072, 0.778, 1.483, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.778 std_dev=0.706
C5' B 0, 0.728, 1.489, 2.250, 2.036 max_d=2.036 avg_d=1.489 std_dev=0.761
O3' B 0, 0.506, 1.384, 2.262, 2.372 max_d=2.372 avg_d=1.384 std_dev=0.878
O5' A 0, 0.556, 1.435, 2.314, 2.586 max_d=2.586 avg_d=1.435 std_dev=0.879
O5' B 0, 0.607, 1.523, 2.440, 2.827 max_d=2.827 avg_d=1.523 std_dev=0.916
C4' B 0, 0.649, 1.571, 2.492, 2.541 max_d=2.541 avg_d=1.571 std_dev=0.921
C3' A 0, 0.261, 1.186, 2.111, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.186 std_dev=0.925
C4' A 0, 0.253, 1.234, 2.214, 2.507 max_d=2.507 avg_d=1.234 std_dev=0.981
O2' A 0, 0.380, 1.461, 2.541, 2.684 max_d=2.684 avg_d=1.461 std_dev=1.080
P A 0, 0.666, 1.791, 2.915, 3.210 max_d=3.210 avg_d=1.791 std_dev=1.124
O3' A 0, 0.490, 1.712, 2.934, 3.085 max_d=3.085 avg_d=1.712 std_dev=1.222
C5' A 0, 0.334, 1.772, 3.209, 3.663 max_d=3.663 avg_d=1.772 std_dev=1.437
C1' B 0, 0.490, 1.942, 3.395, 3.881 max_d=3.881 avg_d=1.942 std_dev=1.452
P B 0, 0.899, 2.380, 3.861, 4.128 max_d=4.128 avg_d=2.380 std_dev=1.481
O4' B 0, 0.614, 2.206, 3.797, 4.522 max_d=4.522 avg_d=2.206 std_dev=1.592
OP2 A 0, 0.307, 1.937, 3.567, 4.031 max_d=4.031 avg_d=1.937 std_dev=1.630
OP1 B 0, 0.594, 2.576, 4.558, 5.931 max_d=5.931 avg_d=2.576 std_dev=1.982
OP1 A 0, 1.032, 3.073, 5.114, 5.884 max_d=5.884 avg_d=3.073 std_dev=2.041
OP2 B 0, 0.954, 3.246, 5.538, 6.158 max_d=6.158 avg_d=3.246 std_dev=2.292
N1 B 0, 0.546, 2.860, 5.174, 5.948 max_d=5.948 avg_d=2.860 std_dev=2.314
C6 B 0, 0.598, 3.157, 5.716, 6.698 max_d=6.698 avg_d=3.157 std_dev=2.559
C2 B 0, 1.012, 4.194, 7.375, 8.257 max_d=8.257 avg_d=4.194 std_dev=3.181
O2 B 0, 1.567, 4.819, 8.070, 8.803 max_d=8.803 avg_d=4.819 std_dev=3.252
C5 B 0, 0.418, 4.158, 7.898, 9.326 max_d=9.326 avg_d=4.158 std_dev=3.740
N3 B 0, 0.900, 5.082, 9.265, 10.481 max_d=10.481 avg_d=5.082 std_dev=4.183
C4 B 0, 0.310, 4.953, 9.597, 11.161 max_d=11.161 avg_d=4.953 std_dev=4.643
O4 B 0, 0.191, 5.931, 11.671, 13.578 max_d=13.578 avg_d=5.931 std_dev=5.740

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.26 0.01 0.35 0.72 0.20 0.27
C2 0.02 0.00 0.28 0.29 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.17 0.25 0.14 0.56 1.27 0.25 0.55
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.03 0.01 0.18 0.16 0.24 0.02 0.21 0.04 0.49 0.01 0.01 0.02 0.60 0.78 0.46 0.60
C3' 0.01 0.29 0.01 0.00 0.33 0.01 0.35 0.01 0.32 0.20 0.33 0.36 0.35 0.03 0.01 0.02 0.37 0.52 0.15 0.34
C4 0.03 0.01 0.03 0.33 0.00 0.19 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.37 0.11 0.06 0.75 1.59 0.44 0.74
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.19 0.00 0.27 0.00 0.27 0.10 0.08 0.20 0.12 0.26 0.01 0.01 0.01 0.30 0.21 0.03
C5 0.03 0.02 0.18 0.35 0.00 0.27 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.50 0.22 0.19 0.77 1.49 0.48 0.72
C5' 0.04 0.07 0.16 0.01 0.28 0.00 0.37 0.00 0.32 0.12 0.15 0.32 0.10 0.10 0.18 0.01 0.01 0.32 0.27 0.01
C6 0.03 0.01 0.24 0.32 0.01 0.27 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.47 0.22 0.23 0.69 1.21 0.39 0.56
N1 0.01 0.01 0.02 0.20 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.21 0.09 0.02 0.55 1.10 0.26 0.47
N3 0.02 0.01 0.21 0.33 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.22 0.20 0.09 0.66 1.49 0.34 0.67
N4 0.03 0.03 0.04 0.36 0.01 0.20 0.01 0.32 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.40 0.15 0.06 0.79 1.72 0.51 0.82
O2 0.02 0.01 0.49 0.35 0.03 0.12 0.02 0.10 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.37 0.44 0.27 0.48 1.17 0.18 0.49
O2' 0.01 0.17 0.01 0.03 0.37 0.26 0.50 0.10 0.47 0.21 0.22 0.40 0.37 0.00 0.02 0.18 0.28 0.45 0.42 0.38
O3' 0.26 0.25 0.01 0.01 0.11 0.01 0.22 0.18 0.22 0.09 0.20 0.15 0.44 0.02 0.00 0.16 0.16 0.24 0.23 0.20
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.06 0.01 0.19 0.01 0.23 0.02 0.09 0.06 0.27 0.18 0.16 0.00 0.11 0.53 0.35 0.07
O5' 0.35 0.56 0.60 0.37 0.75 0.01 0.77 0.01 0.69 0.55 0.66 0.79 0.48 0.28 0.16 0.11 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.72 1.27 0.78 0.52 1.59 0.30 1.49 0.32 1.21 1.10 1.49 1.72 1.17 0.45 0.24 0.53 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.25 0.46 0.15 0.44 0.21 0.48 0.27 0.39 0.26 0.34 0.51 0.18 0.42 0.23 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.55 0.60 0.34 0.74 0.03 0.72 0.01 0.56 0.47 0.67 0.82 0.49 0.38 0.20 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.63 1.41 0.27 0.20 1.58 0.25 1.36 0.29 1.13 1.07 1.62 1.44 0.26 0.31 1.70 0.43 0.24 0.31 0.52 0.21
C2 0.55 1.85 0.22 0.36 2.43 0.52 1.99 0.56 1.51 1.32 2.39 1.74 0.31 0.55 2.75 0.23 0.39 0.51 0.68 0.42
C2' 0.39 0.59 0.91 0.79 0.82 0.75 0.71 0.75 0.57 0.46 0.79 0.58 0.90 0.66 0.94 0.40 0.56 0.68 0.61 0.57
C3' 0.87 1.09 1.05 0.77 1.28 0.74 1.26 0.75 1.16 1.07 1.20 0.93 0.68 0.36 1.33 0.74 0.75 0.57 0.99 0.75
C4 0.36 1.86 0.18 0.46 2.92 0.80 2.43 0.75 1.74 1.35 2.66 1.53 0.34 0.74 3.39 0.24 0.49 0.54 1.02 0.61
C4' 0.80 1.02 0.63 0.38 1.26 0.27 1.26 0.26 1.14 0.99 1.15 0.90 0.37 0.12 1.32 0.60 0.39 0.19 0.86 0.45
C5 0.29 1.64 0.18 0.45 2.56 0.81 2.20 0.71 1.61 1.21 2.31 1.28 0.34 0.70 2.88 0.30 0.44 0.46 0.99 0.56
C5' 0.77 0.77 0.69 0.52 1.03 0.43 1.13 0.43 1.07 0.88 0.87 0.59 0.52 0.19 1.06 0.62 0.47 0.29 0.87 0.52
C6 0.38 1.51 0.22 0.39 2.06 0.62 1.78 0.55 1.37 1.12 1.96 1.29 0.33 0.56 2.26 0.12 0.34 0.40 0.76 0.42
N1 0.52 1.62 0.24 0.34 2.03 0.47 1.70 0.48 1.33 1.18 2.02 1.53 0.31 0.49 2.24 0.20 0.32 0.42 0.61 0.34
N3 0.47 1.95 0.19 0.42 2.82 0.67 2.31 0.68 1.69 1.39 2.67 1.73 0.33 0.67 3.27 0.17 0.46 0.56 0.86 0.54
N4 0.30 1.88 0.18 0.48 3.21 0.90 2.69 0.84 1.86 1.37 2.80 1.48 0.34 0.82 3.83 0.35 0.55 0.58 1.20 0.71
O2 0.63 1.86 0.23 0.32 2.35 0.43 1.91 0.52 1.47 1.33 2.35 1.83 0.30 0.48 2.65 0.36 0.37 0.52 0.58 0.37
O2' 0.28 0.54 0.85 0.62 0.80 0.61 0.70 0.60 0.51 0.35 0.76 0.60 0.97 0.49 0.95 0.31 0.47 0.57 0.71 0.53
O3' 1.29 1.79 1.29 0.96 2.13 0.96 2.05 1.05 1.84 1.70 2.02 1.52 0.74 0.33 2.21 1.13 1.23 0.89 1.60 1.25
O4' 1.08 1.58 0.48 0.26 1.64 0.35 1.50 0.32 1.36 1.36 1.67 1.60 0.40 0.26 1.69 0.84 0.47 0.27 0.70 0.38
O5' 0.55 0.43 0.76 0.46 0.63 0.39 0.73 0.40 0.73 0.59 0.49 0.26 0.63 0.10 0.63 0.46 0.36 0.20 0.53 0.33
OP1 0.39 0.22 0.42 0.18 0.30 0.27 0.32 0.26 0.33 0.29 0.25 0.22 0.70 0.20 0.32 0.33 0.24 0.49 0.15 0.31
OP2 0.21 0.31 0.19 0.23 0.28 0.31 0.24 0.38 0.21 0.09 0.36 0.46 0.79 0.46 0.34 0.15 0.18 0.20 0.29 0.18
P 0.34 0.13 0.36 0.29 0.28 0.34 0.37 0.34 0.39 0.26 0.19 0.14 0.46 0.30 0.30 0.32 0.19 0.17 0.19 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.09 0.06 0.01 0.01 0.13 0.03 0.34 0.03 0.00 0.13 0.23 0.21 0.17
C2 0.05 0.00 0.19 0.24 0.01 0.14 0.01 0.22 0.03 0.00 0.01 0.00 0.18 0.20 0.02 0.18 0.22 0.21 0.34 0.26
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.14 0.02 0.31 0.27 0.33 0.02 0.10 0.42 0.00 0.04 0.15 0.02 0.53 0.63 0.73 0.64
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.29 0.01 0.30 0.03 0.28 0.20 0.27 0.31 0.02 0.01 0.30 0.02 0.12 0.31 0.24 0.20
C4 0.03 0.01 0.14 0.29 0.00 0.13 0.01 0.14 0.03 0.02 0.01 0.03 0.55 0.07 0.00 0.04 0.26 0.37 0.55 0.41
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.13 0.00 0.20 0.01 0.22 0.09 0.12 0.27 0.29 0.03 0.13 0.01 0.02 0.16 0.09 0.06
C5 0.06 0.01 0.31 0.30 0.01 0.20 0.00 0.17 0.01 0.01 0.02 0.01 0.68 0.19 0.02 0.15 0.29 0.40 0.55 0.44
C5' 0.09 0.22 0.27 0.03 0.14 0.01 0.17 0.00 0.17 0.08 0.20 0.33 0.05 0.19 0.15 0.01 0.01 0.09 0.03 0.02
C6 0.06 0.03 0.33 0.28 0.03 0.22 0.01 0.17 0.00 0.01 0.04 0.02 0.60 0.18 0.03 0.20 0.24 0.28 0.39 0.32
N1 0.01 0.00 0.02 0.20 0.02 0.09 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.03 0.24 0.12 0.02 0.01 0.14 0.15 0.29 0.19
N3 0.01 0.01 0.10 0.27 0.01 0.12 0.02 0.20 0.04 0.02 0.00 0.03 0.34 0.10 0.02 0.12 0.23 0.27 0.45 0.33
O2 0.13 0.00 0.42 0.31 0.03 0.27 0.01 0.33 0.02 0.03 0.03 0.00 0.31 0.38 0.05 0.33 0.28 0.28 0.33 0.29
O2' 0.03 0.18 0.00 0.02 0.55 0.29 0.68 0.05 0.60 0.24 0.34 0.31 0.00 0.06 0.59 0.21 0.48 0.68 0.99 0.71
O3' 0.34 0.20 0.04 0.01 0.07 0.03 0.19 0.19 0.18 0.12 0.10 0.38 0.06 0.00 0.10 0.25 0.16 0.15 0.19 0.12
O4 0.03 0.02 0.15 0.30 0.00 0.13 0.02 0.15 0.03 0.02 0.02 0.05 0.59 0.10 0.00 0.04 0.27 0.43 0.61 0.46
O4' 0.00 0.18 0.02 0.02 0.04 0.01 0.15 0.01 0.20 0.01 0.12 0.33 0.21 0.25 0.04 0.00 0.10 0.07 0.16 0.10
O5' 0.13 0.22 0.53 0.12 0.26 0.02 0.29 0.01 0.24 0.14 0.23 0.28 0.48 0.16 0.27 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.23 0.21 0.63 0.31 0.37 0.16 0.40 0.09 0.28 0.15 0.27 0.28 0.68 0.15 0.43 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.34 0.73 0.24 0.55 0.09 0.55 0.03 0.39 0.29 0.45 0.33 0.99 0.19 0.61 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.26 0.64 0.20 0.41 0.06 0.44 0.02 0.32 0.19 0.33 0.29 0.71 0.12 0.46 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00