ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52799

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N4 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.018
O3' B 0, -0.006, 0.139, 0.285, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.139 std_dev=0.145
O4' A 0, 0.001, 0.180, 0.359, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.180 std_dev=0.179
C2' A 0, 0.000, 0.180, 0.359, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.180 std_dev=0.179
O2' A 0, 0.014, 0.231, 0.448, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.231 std_dev=0.217
C3' B 0, 0.053, 0.279, 0.505, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.279 std_dev=0.226
P A 0, 0.055, 0.312, 0.569, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.312 std_dev=0.257
C4' A 0, 0.000, 0.266, 0.531, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.266 std_dev=0.265
C3' A 0, 0.003, 0.290, 0.578, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.290 std_dev=0.287
C2' B 0, 0.065, 0.357, 0.649, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.357 std_dev=0.292
C4' B 0, 0.043, 0.357, 0.670, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.357 std_dev=0.313
O2' B 0, 0.074, 0.391, 0.708, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.391 std_dev=0.317
C5' B 0, 0.050, 0.386, 0.723, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.386 std_dev=0.336
OP2 A 0, 0.088, 0.465, 0.843, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.465 std_dev=0.377
C1' B 0, 0.054, 0.451, 0.848, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.451 std_dev=0.397
OP1 A 0, 0.018, 0.422, 0.826, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.422 std_dev=0.404
O3' A 0, 0.005, 0.414, 0.822, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.414 std_dev=0.408
O4' B 0, 0.036, 0.463, 0.890, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.463 std_dev=0.427
C6 B 0, 0.101, 0.538, 0.976, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.538 std_dev=0.437
N1 B 0, 0.087, 0.525, 0.963, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.525 std_dev=0.438
O5' B 0, -0.005, 0.465, 0.936, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.465 std_dev=0.470
OP2 B 0, 0.108, 0.579, 1.051, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.579 std_dev=0.471
C5' A 0, 0.019, 0.493, 0.966, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.493 std_dev=0.473
O5' A 0, 0.080, 0.565, 1.049, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.565 std_dev=0.484
C5 B 0, 0.119, 0.624, 1.129, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.624 std_dev=0.505
C2 B 0, 0.100, 0.606, 1.113, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.606 std_dev=0.507
O2 B 0, 0.079, 0.606, 1.134, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.606 std_dev=0.527
P B 0, 0.063, 0.593, 1.124, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.593 std_dev=0.530
N3 B 0, 0.128, 0.694, 1.260, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.694 std_dev=0.566
C4 B 0, 0.136, 0.712, 1.288, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.712 std_dev=0.576
O4 B 0, 0.151, 0.806, 1.460, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.806 std_dev=0.654
OP1 B 0, 0.005, 0.740, 1.476, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.740 std_dev=0.735

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.14 0.09 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 0.24 0.07 0.16 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.19 0.09
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.26 0.16
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.30 0.07 0.24 0.15
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.04
C5 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.29 0.08 0.22 0.15
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.10 0.03 0.01
C6 0.00 0.01 0.06 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.26 0.08 0.14 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.23 0.08 0.12 0.09
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.03 0.28 0.07 0.21 0.13
N4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.31 0.07 0.28 0.16
O2 0.02 0.00 0.10 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.11 0.06 0.21 0.07 0.15 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.22 0.11
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.06 0.02 0.11 0.02 0.00 0.00 0.18 0.09 0.38 0.25
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.03 0.00 0.00 0.14 0.13 0.08 0.09
O5' 0.14 0.24 0.04 0.04 0.30 0.00 0.29 0.01 0.26 0.23 0.28 0.31 0.21 0.04 0.18 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.07 0.01 0.03 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.01 0.09 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.16 0.19 0.26 0.24 0.11 0.22 0.03 0.14 0.12 0.21 0.28 0.15 0.22 0.38 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.09 0.16 0.15 0.04 0.15 0.01 0.11 0.09 0.13 0.16 0.09 0.11 0.25 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.17 0.16 0.12 0.19 0.18 0.19 0.18 0.19 0.18 0.18 0.16 0.21 0.06 0.19 0.20 0.14 0.09 0.22 0.10
C2 0.25 0.23 0.21 0.16 0.23 0.23 0.24 0.22 0.24 0.23 0.23 0.22 0.25 0.06 0.24 0.27 0.19 0.06 0.23 0.13
C2' 0.23 0.22 0.22 0.20 0.26 0.24 0.27 0.23 0.26 0.24 0.24 0.20 0.25 0.17 0.27 0.25 0.19 0.05 0.31 0.13
C3' 0.27 0.27 0.26 0.25 0.31 0.30 0.33 0.30 0.31 0.28 0.29 0.24 0.27 0.24 0.33 0.30 0.24 0.01 0.37 0.18
C4 0.24 0.22 0.21 0.14 0.24 0.20 0.24 0.18 0.24 0.23 0.23 0.20 0.23 0.04 0.25 0.24 0.15 0.07 0.19 0.09
C4' 0.20 0.20 0.17 0.16 0.22 0.25 0.23 0.26 0.22 0.21 0.21 0.19 0.20 0.12 0.23 0.25 0.20 0.04 0.30 0.14
C5 0.20 0.19 0.19 0.13 0.23 0.16 0.23 0.14 0.22 0.20 0.21 0.17 0.20 0.04 0.24 0.19 0.11 0.12 0.18 0.06
C5' 0.22 0.21 0.15 0.18 0.24 0.30 0.25 0.35 0.24 0.23 0.22 0.20 0.16 0.12 0.24 0.29 0.26 0.03 0.34 0.20
C6 0.18 0.18 0.18 0.13 0.21 0.17 0.22 0.15 0.21 0.19 0.19 0.16 0.20 0.05 0.22 0.18 0.11 0.12 0.19 0.05
N1 0.20 0.19 0.19 0.14 0.21 0.20 0.21 0.19 0.21 0.20 0.20 0.18 0.23 0.06 0.22 0.22 0.15 0.08 0.21 0.09
N3 0.26 0.24 0.22 0.16 0.25 0.23 0.25 0.22 0.25 0.25 0.24 0.23 0.25 0.05 0.25 0.28 0.19 0.05 0.22 0.12
N4 0.24 0.23 0.20 0.14 0.25 0.19 0.25 0.17 0.25 0.24 0.24 0.21 0.20 0.04 0.26 0.24 0.15 0.07 0.19 0.09
O2 0.26 0.24 0.22 0.16 0.24 0.25 0.24 0.25 0.24 0.25 0.24 0.24 0.26 0.06 0.24 0.29 0.21 0.08 0.25 0.16
O2' 0.21 0.21 0.20 0.18 0.24 0.21 0.25 0.22 0.24 0.22 0.22 0.19 0.24 0.15 0.25 0.22 0.18 0.04 0.31 0.14
O3' 0.29 0.29 0.28 0.28 0.35 0.31 0.37 0.32 0.35 0.31 0.32 0.26 0.28 0.28 0.37 0.31 0.27 0.03 0.42 0.21
O4' 0.16 0.15 0.13 0.09 0.16 0.18 0.16 0.19 0.16 0.16 0.16 0.15 0.19 0.06 0.17 0.20 0.14 0.09 0.21 0.09
O5' 0.03 0.07 0.04 0.05 0.18 0.14 0.21 0.24 0.17 0.08 0.12 0.04 0.09 0.00 0.21 0.11 0.20 0.11 0.41 0.22
OP1 0.08 0.16 0.02 0.05 0.26 0.08 0.28 0.12 0.23 0.15 0.21 0.12 0.02 0.00 0.29 0.10 0.12 0.23 0.29 0.08
OP2 0.15 0.21 0.18 0.07 0.15 0.04 0.11 0.04 0.07 0.14 0.19 0.26 0.23 0.01 0.16 0.09 0.06 0.20 0.21 0.03
P 0.03 0.08 0.07 0.01 0.15 0.04 0.17 0.10 0.12 0.06 0.11 0.09 0.11 0.00 0.18 0.02 0.09 0.18 0.26 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.10 0.05
C2 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.06 0.09 0.19 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.16 0.06 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.04 0.18 0.07 0.04
C4 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.15 0.26 0.14
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.02 0.06 0.18 0.26 0.15
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.03 0.05 0.16 0.20 0.12
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.10 0.17 0.09
N3 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.07 0.12 0.23 0.13
O2 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.04 0.07 0.07 0.17 0.10
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.12 0.07 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.09 0.04 0.07 0.04 0.02 0.00 0.11 0.01 0.04 0.23 0.13 0.04
O4 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.16 0.28 0.15
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.08 0.04
O5' 0.02 0.06 0.03 0.04 0.06 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.07 0.07 0.02 0.04 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.07 0.09 0.16 0.18 0.15 0.05 0.18 0.03 0.16 0.10 0.12 0.07 0.12 0.23 0.16 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.19 0.06 0.07 0.26 0.06 0.26 0.06 0.20 0.17 0.23 0.17 0.07 0.13 0.28 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.04 0.04 0.14 0.02 0.15 0.01 0.12 0.09 0.13 0.10 0.04 0.04 0.15 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00