ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52800

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.012, 0.024, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.020, 0.045, 0.069, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.045 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.030, 0.077, 0.124, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.077 std_dev=0.047
O2' B 0, 0.121, 0.391, 0.661, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.391 std_dev=0.270
C2' A 0, 0.051, 0.391, 0.731, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.391 std_dev=0.340
O4' A 0, -0.020, 0.320, 0.660, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.320 std_dev=0.340
C2' B 0, 0.378, 0.843, 1.309, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.843 std_dev=0.466
O2' A 0, 0.202, 0.702, 1.202, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.702 std_dev=0.500
C4' A 0, 0.156, 0.754, 1.351, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.754 std_dev=0.598
C3' A 0, 0.152, 0.818, 1.484, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.818 std_dev=0.666
C5' A 0, 0.409, 1.125, 1.841, 2.133 max_d=2.133 avg_d=1.125 std_dev=0.716
C1' B 0, 0.092, 0.856, 1.620, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.856 std_dev=0.764
C3' B 0, 0.695, 1.461, 2.227, 2.249 max_d=2.249 avg_d=1.461 std_dev=0.766
C4' B 0, 0.562, 1.385, 2.208, 2.174 max_d=2.174 avg_d=1.385 std_dev=0.823
O4' B 0, 0.233, 1.138, 2.044, 2.433 max_d=2.433 avg_d=1.138 std_dev=0.906
C6 B 0, 0.895, 1.947, 3.000, 2.931 max_d=2.931 avg_d=1.947 std_dev=1.053
O3' A 0, 0.217, 1.280, 2.343, 3.208 max_d=3.208 avg_d=1.280 std_dev=1.063
N1 B 0, 0.290, 1.385, 2.479, 2.913 max_d=2.913 avg_d=1.385 std_dev=1.095
C5' B 0, 0.618, 1.818, 3.017, 3.178 max_d=3.178 avg_d=1.818 std_dev=1.199
O5' B 0, 0.612, 1.919, 3.225, 3.692 max_d=3.692 avg_d=1.919 std_dev=1.307
O5' A 0, 0.717, 2.074, 3.431, 4.288 max_d=4.288 avg_d=2.074 std_dev=1.357
C5 B 0, 1.235, 2.618, 4.002, 3.836 max_d=3.836 avg_d=2.618 std_dev=1.383
O3' B 0, 0.848, 2.257, 3.666, 3.775 max_d=3.775 avg_d=2.257 std_dev=1.409
P B 0, 0.764, 2.343, 3.922, 4.153 max_d=4.153 avg_d=2.343 std_dev=1.579
OP1 B 0, 0.915, 2.633, 4.352, 4.564 max_d=4.564 avg_d=2.633 std_dev=1.718
C4 B 0, 1.052, 2.780, 4.509, 4.900 max_d=4.900 avg_d=2.780 std_dev=1.729
C2 B 0, -0.039, 1.691, 3.422, 4.393 max_d=4.393 avg_d=1.691 std_dev=1.730
O2 B 0, 0.308, 2.125, 3.941, 5.092 max_d=5.092 avg_d=2.125 std_dev=1.816
N3 B 0, 0.307, 2.287, 4.267, 5.270 max_d=5.270 avg_d=2.287 std_dev=1.980
P A 0, 0.904, 2.903, 4.902, 6.180 max_d=6.180 avg_d=2.903 std_dev=1.999
OP1 A 0, 1.398, 3.458, 5.517, 6.407 max_d=6.407 avg_d=3.458 std_dev=2.059
O4 B 0, 1.391, 3.455, 5.518, 5.930 max_d=5.930 avg_d=3.455 std_dev=2.064
OP2 B 0, 1.143, 3.267, 5.391, 6.268 max_d=6.268 avg_d=3.267 std_dev=2.124
OP2 A 0, 1.380, 3.814, 6.247, 7.539 max_d=7.539 avg_d=3.814 std_dev=2.433

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.27 0.00 0.20 0.54 0.44 0.19
C2 0.01 0.00 0.17 0.25 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.17 0.09 0.32 0.45 0.77 0.35
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.03 0.01 0.12 0.16 0.17 0.02 0.13 0.03 0.31 0.00 0.02 0.02 0.12 0.29 0.45 0.12
C3' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.32 0.01 0.30 0.02 0.25 0.19 0.30 0.35 0.22 0.01 0.00 0.03 0.27 0.25 0.49 0.17
C4 0.01 0.00 0.03 0.32 0.00 0.14 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.30 0.13 0.01 0.50 0.52 1.28 0.71
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.14 0.00 0.18 0.00 0.17 0.08 0.09 0.14 0.06 0.25 0.02 0.00 0.01 0.25 0.58 0.19
C5 0.00 0.00 0.12 0.30 0.00 0.18 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.37 0.16 0.07 0.58 0.65 1.38 0.86
C5' 0.06 0.11 0.16 0.02 0.20 0.00 0.23 0.00 0.20 0.11 0.15 0.22 0.09 0.09 0.18 0.01 0.01 0.23 0.35 0.02
C6 0.00 0.00 0.17 0.25 0.00 0.17 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.34 0.11 0.11 0.53 0.60 1.04 0.70
N1 0.00 0.00 0.02 0.19 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.10 0.00 0.35 0.49 0.68 0.39
N3 0.01 0.00 0.13 0.30 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.13 0.07 0.40 0.43 1.01 0.50
N4 0.01 0.01 0.03 0.35 0.00 0.14 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.17 0.02 0.53 0.56 1.46 0.80
O2 0.02 0.00 0.31 0.22 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.30 0.15 0.24 0.52 0.71 0.26
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.30 0.25 0.37 0.09 0.34 0.18 0.19 0.32 0.13 0.00 0.03 0.18 0.24 0.49 0.30 0.12
O3' 0.27 0.17 0.02 0.00 0.13 0.02 0.16 0.18 0.11 0.10 0.13 0.17 0.30 0.03 0.00 0.18 0.33 0.29 0.67 0.26
O4' 0.00 0.09 0.02 0.03 0.01 0.00 0.07 0.01 0.11 0.00 0.07 0.02 0.15 0.18 0.18 0.00 0.23 0.60 0.40 0.25
O5' 0.20 0.32 0.12 0.27 0.50 0.01 0.58 0.01 0.53 0.35 0.40 0.53 0.24 0.24 0.33 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.54 0.45 0.29 0.25 0.52 0.25 0.65 0.23 0.60 0.49 0.43 0.56 0.52 0.49 0.29 0.60 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.44 0.77 0.45 0.49 1.28 0.58 1.38 0.35 1.04 0.68 1.01 1.46 0.71 0.30 0.67 0.40 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.35 0.12 0.17 0.71 0.19 0.86 0.02 0.70 0.39 0.50 0.80 0.26 0.12 0.26 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 1.07 0.06 0.29 1.12 0.57 0.72 0.66 0.48 0.60 1.28 1.27 0.06 0.43 1.30 0.34 0.36 0.53 0.44 0.40
C2 0.42 1.38 0.14 0.15 1.63 0.31 1.19 0.34 0.85 0.89 1.74 1.47 0.07 0.37 1.90 0.29 0.46 0.57 0.94 0.59
C2' 0.54 1.25 0.35 0.12 1.25 0.41 0.89 0.49 0.67 0.82 1.41 1.44 0.42 0.24 1.42 0.38 0.35 0.39 0.56 0.41
C3' 0.27 0.92 0.39 0.41 0.86 0.53 0.58 0.69 0.42 0.50 1.04 1.19 0.36 0.47 1.01 0.20 0.42 0.42 0.26 0.38
C4 0.53 1.50 0.25 0.10 1.87 0.15 1.44 0.35 1.08 1.05 1.91 1.49 0.10 0.27 2.13 0.42 0.79 0.86 1.43 0.97
C4' 0.15 0.82 0.33 0.53 0.63 0.73 0.24 0.94 0.07 0.32 0.90 1.16 0.28 0.59 0.76 0.37 0.67 0.75 0.52 0.66
C5 0.49 1.38 0.23 0.08 1.56 0.13 1.20 0.29 0.92 0.95 1.66 1.41 0.12 0.26 1.74 0.35 0.69 0.76 1.25 0.84
C5' 0.23 0.73 0.41 0.56 0.43 0.68 0.16 0.90 0.18 0.29 0.73 1.11 0.36 0.58 0.51 0.34 0.75 0.79 0.67 0.75
C6 0.37 1.21 0.13 0.13 1.29 0.27 0.93 0.27 0.68 0.77 1.42 1.32 0.09 0.33 1.44 0.22 0.42 0.52 0.84 0.53
N1 0.35 1.24 0.10 0.19 1.36 0.38 0.96 0.40 0.68 0.76 1.50 1.37 0.07 0.38 1.56 0.25 0.35 0.49 0.72 0.46
N3 0.49 1.49 0.20 0.10 1.86 0.19 1.40 0.29 1.03 1.01 1.91 1.50 0.08 0.32 2.16 0.36 0.65 0.73 1.26 0.83
N4 0.60 1.56 0.31 0.16 2.10 0.23 1.67 0.52 1.25 1.14 2.05 1.50 0.12 0.23 2.43 0.55 1.02 1.09 1.77 1.24
O2 0.40 1.37 0.11 0.19 1.64 0.39 1.18 0.44 0.83 0.87 1.74 1.46 0.06 0.40 1.93 0.30 0.40 0.54 0.83 0.53
O2' 0.50 1.21 0.33 0.11 1.30 0.61 0.92 0.73 0.68 0.79 1.42 1.36 0.42 0.32 1.49 0.48 0.51 0.56 0.70 0.56
O3' 0.29 0.93 0.54 0.64 0.87 0.73 0.61 0.96 0.48 0.49 1.06 1.23 0.45 0.69 1.03 0.34 0.74 0.78 0.62 0.72
O4' 0.18 0.91 0.28 0.55 0.84 0.76 0.44 0.89 0.25 0.41 1.06 1.19 0.27 0.64 0.99 0.43 0.57 0.75 0.40 0.58
O5' 0.31 0.61 0.75 0.93 0.33 0.71 0.32 0.93 0.39 0.28 0.60 1.00 0.70 0.80 0.39 0.31 0.87 0.99 0.80 0.89
OP1 0.61 0.18 1.20 1.52 0.51 1.33 0.96 1.64 1.00 0.49 0.24 0.67 1.03 1.49 0.53 0.78 1.65 1.79 1.66 1.71
OP2 1.24 0.75 1.79 1.95 1.17 1.82 1.57 2.20 1.64 1.22 0.83 0.41 1.53 1.63 1.12 1.37 2.18 2.49 2.15 2.29
P 0.85 0.21 1.42 1.68 0.61 1.47 1.04 1.74 1.14 0.74 0.23 0.31 1.21 1.58 0.55 0.99 1.71 1.85 1.65 1.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.01 0.00 0.21 0.63 0.28 0.27
C2 0.01 0.00 0.11 0.08 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.33 0.29 0.00 0.09 0.32 1.11 0.43 0.62
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.17 0.12 0.01 0.08 0.20 0.00 0.04 0.04 0.04 0.35 0.41 0.50 0.33
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.24 0.01 0.33 0.03 0.33 0.14 0.13 0.15 0.03 0.01 0.24 0.02 0.13 0.23 0.12 0.19
C4 0.01 0.00 0.03 0.24 0.00 0.10 0.00 0.28 0.01 0.00 0.00 0.01 0.35 0.08 0.00 0.02 0.44 1.15 0.61 0.76
C4' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.07 0.06 0.25 0.05 0.11 0.01 0.01 0.29 0.03 0.10
C5 0.01 0.00 0.09 0.33 0.00 0.12 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.01 0.27 0.23 0.01 0.06 0.45 0.92 0.65 0.69
C5' 0.08 0.16 0.17 0.03 0.28 0.01 0.32 0.00 0.29 0.18 0.22 0.11 0.17 0.16 0.31 0.03 0.01 0.09 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.33 0.01 0.11 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.23 0.01 0.09 0.41 0.77 0.57 0.56
N1 0.00 0.01 0.01 0.14 0.00 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.11 0.01 0.01 0.32 0.87 0.42 0.50
N3 0.01 0.00 0.08 0.13 0.00 0.07 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.38 0.19 0.00 0.08 0.39 1.22 0.53 0.74
O2 0.01 0.00 0.20 0.15 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.37 0.50 0.01 0.14 0.26 1.15 0.37 0.59
O2' 0.01 0.33 0.00 0.03 0.35 0.25 0.27 0.17 0.20 0.20 0.38 0.37 0.00 0.08 0.40 0.13 0.30 0.49 0.54 0.36
O3' 0.23 0.29 0.04 0.01 0.08 0.05 0.23 0.16 0.23 0.11 0.19 0.50 0.08 0.00 0.08 0.16 0.25 0.16 0.26 0.24
O4 0.01 0.00 0.04 0.24 0.00 0.11 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.08 0.00 0.03 0.47 1.23 0.66 0.84
O4' 0.00 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.09 0.01 0.08 0.14 0.13 0.16 0.03 0.00 0.05 0.68 0.11 0.24
O5' 0.21 0.32 0.35 0.13 0.44 0.01 0.45 0.01 0.41 0.32 0.39 0.26 0.30 0.25 0.47 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.63 1.11 0.41 0.23 1.15 0.29 0.92 0.09 0.77 0.87 1.22 1.15 0.49 0.16 1.23 0.68 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.43 0.50 0.12 0.61 0.03 0.65 0.10 0.57 0.42 0.53 0.37 0.54 0.26 0.66 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.27 0.62 0.33 0.19 0.76 0.10 0.69 0.01 0.56 0.50 0.74 0.59 0.36 0.24 0.84 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00