ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52801

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.010, 0.042, 0.074, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.042 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.015, 0.048, 0.080, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.048 std_dev=0.032
O2' A 0, 0.005, 0.131, 0.257, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.131 std_dev=0.126
O4' A 0, -0.020, 0.110, 0.241, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.110 std_dev=0.130
C2' A 0, -0.028, 0.104, 0.236, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.104 std_dev=0.132
C4' A 0, -0.063, 0.139, 0.340, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.139 std_dev=0.202
C3' A 0, -0.066, 0.160, 0.386, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.160 std_dev=0.226
C2' B 0, 0.157, 0.441, 0.725, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.441 std_dev=0.284
O3' A 0, -0.074, 0.242, 0.557, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.242 std_dev=0.316
P A 0, 0.244, 0.597, 0.951, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.597 std_dev=0.354
C5' A 0, -0.091, 0.272, 0.634, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.272 std_dev=0.362
O5' A 0, -0.110, 0.262, 0.634, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.262 std_dev=0.372
N1 B 0, 0.296, 0.725, 1.154, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.725 std_dev=0.429
OP2 A 0, 0.328, 0.781, 1.234, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.781 std_dev=0.453
O3' B 0, 0.251, 0.710, 1.169, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.710 std_dev=0.459
O2' B 0, 0.346, 0.820, 1.293, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.820 std_dev=0.473
OP1 A 0, 0.322, 0.831, 1.339, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.831 std_dev=0.508
N3 B 0, 0.562, 1.332, 2.102, 1.821 max_d=1.821 avg_d=1.332 std_dev=0.770
C1' B 0, 0.303, 1.104, 1.904, 1.877 max_d=1.877 avg_d=1.104 std_dev=0.801
C4 B 0, 0.313, 1.138, 1.962, 2.330 max_d=2.330 avg_d=1.138 std_dev=0.824
C6 B 0, 0.628, 1.487, 2.346, 2.002 max_d=2.002 avg_d=1.487 std_dev=0.859
C3' B 0, 0.359, 1.221, 2.082, 2.037 max_d=2.037 avg_d=1.221 std_dev=0.862
O4 B 0, 0.574, 1.604, 2.633, 2.874 max_d=2.874 avg_d=1.604 std_dev=1.030
C2 B 0, 0.494, 1.532, 2.571, 2.493 max_d=2.493 avg_d=1.532 std_dev=1.039
C5 B 0, 0.820, 1.942, 3.063, 2.633 max_d=2.633 avg_d=1.942 std_dev=1.122
O4' B 0, 0.441, 2.074, 3.708, 3.679 max_d=3.679 avg_d=2.074 std_dev=1.634
C4' B 0, 0.575, 2.398, 4.220, 4.166 max_d=4.166 avg_d=2.398 std_dev=1.823
O2 B 0, 0.577, 2.670, 4.763, 4.724 max_d=4.724 avg_d=2.670 std_dev=2.093
C5' B 0, 0.986, 3.583, 6.181, 6.062 max_d=6.062 avg_d=3.583 std_dev=2.598
O5' B 0, 1.206, 3.973, 6.740, 6.564 max_d=6.564 avg_d=3.973 std_dev=2.767
P B 0, 1.697, 5.514, 9.332, 9.079 max_d=9.079 avg_d=5.514 std_dev=3.818
OP2 B 0, 1.942, 6.069, 10.196, 9.881 max_d=9.881 avg_d=6.069 std_dev=4.127
OP1 B 0, 1.798, 5.995, 10.192, 9.948 max_d=9.948 avg_d=5.995 std_dev=4.197

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.10 0.10
C2 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.16 0.07 0.12 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.11 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.04 0.05
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.04 0.03 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.05 0.03
C4 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.14 0.10 0.15 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.04 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.05
C5 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.09 0.01 0.10 0.13 0.18 0.12
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.04 0.05 0.09 0.06 0.09 0.04 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.02 0.05 0.09 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.10 0.01 0.08 0.12 0.18 0.14
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.07 0.12 0.10
N3 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.02 0.09 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.18 0.07 0.14 0.09
N4 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.14 0.12 0.17 0.11
O2 0.03 0.00 0.11 0.11 0.01 0.06 0.03 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.12 0.02 0.17 0.08 0.12 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.03 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.06 0.07
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.02 0.09 0.01 0.10 0.03 0.03 0.05 0.12 0.03 0.00 0.02 0.06 0.17 0.09 0.04
O4' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.09 0.13 0.13
O5' 0.06 0.16 0.04 0.01 0.14 0.00 0.10 0.00 0.08 0.11 0.18 0.14 0.17 0.01 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.07 0.05 0.09 0.10 0.04 0.13 0.05 0.12 0.07 0.07 0.12 0.08 0.04 0.17 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.12 0.04 0.05 0.15 0.04 0.18 0.01 0.18 0.12 0.14 0.17 0.12 0.06 0.09 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.09 0.05 0.03 0.10 0.05 0.12 0.01 0.14 0.10 0.09 0.11 0.09 0.07 0.04 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.26 0.08 0.48 0.33 0.90 0.61 1.79 0.51 0.04 0.06 0.63 0.45 0.30 0.39 0.27 1.69 3.04 1.98 2.30
C2 0.11 0.14 0.12 0.37 0.17 1.03 0.34 1.76 0.31 0.07 0.06 0.32 0.43 0.28 0.18 0.51 1.37 2.67 1.36 1.87
C2' 0.24 0.22 0.05 0.39 0.41 0.66 0.67 1.51 0.52 0.03 0.06 0.61 0.33 0.25 0.51 0.09 1.44 2.75 1.75 2.03
C3' 0.28 0.18 0.08 0.32 0.49 0.37 0.70 1.13 0.52 0.06 0.14 0.54 0.19 0.19 0.60 0.18 1.12 2.19 1.40 1.61
C4 0.14 0.13 0.14 0.21 0.07 0.95 0.03 1.37 0.05 0.10 0.10 0.17 0.31 0.25 0.08 0.59 0.77 1.77 0.47 1.05
C4' 0.35 0.27 0.04 0.40 0.51 0.42 0.79 1.26 0.60 0.04 0.11 0.72 0.32 0.18 0.62 0.22 1.41 2.47 1.86 1.95
C5 0.11 0.11 0.14 0.18 0.08 0.83 0.05 1.20 0.05 0.09 0.10 0.13 0.32 0.25 0.08 0.45 0.65 1.54 0.38 0.89
C5' 0.41 0.23 0.06 0.28 0.57 0.09 0.78 0.78 0.57 0.08 0.19 0.62 0.23 0.05 0.69 0.47 1.02 1.72 1.42 1.40
C6 0.14 0.12 0.13 0.31 0.13 0.85 0.23 1.40 0.19 0.07 0.06 0.24 0.39 0.29 0.15 0.34 1.01 1.98 0.90 1.33
N1 0.14 0.17 0.11 0.40 0.20 0.95 0.39 1.69 0.33 0.05 0.05 0.39 0.43 0.29 0.23 0.39 1.38 2.59 1.42 1.85
N3 0.12 0.10 0.13 0.29 0.09 1.02 0.16 1.61 0.17 0.09 0.08 0.16 0.37 0.26 0.08 0.60 1.09 2.27 0.90 1.49
N4 0.21 0.20 0.14 0.13 0.13 0.92 0.15 1.20 0.09 0.12 0.14 0.35 0.25 0.23 0.16 0.67 0.51 1.43 0.28 0.72
O2 0.11 0.17 0.12 0.42 0.23 1.07 0.46 1.90 0.41 0.08 0.06 0.43 0.45 0.29 0.26 0.52 1.59 3.04 1.71 2.20
O2' 0.27 0.30 0.06 0.47 0.49 0.71 0.83 1.66 0.65 0.04 0.07 0.79 0.38 0.26 0.61 0.11 1.73 3.19 2.27 2.46
O3' 0.33 0.21 0.11 0.26 0.57 0.17 0.77 0.91 0.55 0.07 0.19 0.60 0.12 0.14 0.71 0.36 0.97 1.98 1.33 1.46
O4' 0.25 0.28 0.07 0.54 0.40 0.82 0.71 1.72 0.58 0.03 0.06 0.71 0.44 0.30 0.48 0.15 1.76 2.95 2.11 2.33
O5' 0.31 0.11 0.09 0.10 0.51 0.11 0.58 0.40 0.40 0.08 0.27 0.27 0.06 0.01 0.62 0.46 0.41 0.97 0.55 0.65
OP1 0.10 0.50 0.55 0.16 0.91 0.61 0.89 0.38 0.68 0.44 0.73 0.37 0.53 0.01 1.02 0.65 0.22 0.25 0.21 0.21
OP2 0.03 0.46 0.34 0.19 0.49 0.44 0.31 0.42 0.19 0.24 0.54 0.55 0.59 0.01 0.55 0.38 0.76 0.52 1.04 0.78
P 0.13 0.29 0.30 0.02 0.55 0.36 0.51 0.11 0.36 0.20 0.44 0.22 0.33 0.01 0.63 0.48 0.18 0.11 0.18 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.22 0.02 0.01 0.05 0.11 0.03 0.26 0.05 0.00 0.11 0.13 0.30 0.07
C2 0.06 0.00 0.25 0.23 0.03 0.12 0.02 0.49 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.04 0.04 0.16 0.13 0.42 0.56 0.10
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.05 0.01 0.13 0.30 0.20 0.02 0.19 0.42 0.00 0.01 0.06 0.00 0.23 0.19 0.17 0.26
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.26 0.01 0.21 0.02 0.17 0.17 0.26 0.24 0.03 0.01 0.27 0.01 0.07 0.09 0.07 0.04
C4 0.04 0.03 0.05 0.26 0.00 0.12 0.01 0.59 0.02 0.03 0.01 0.03 0.12 0.17 0.01 0.03 0.16 0.47 0.79 0.16
C4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.12 0.00 0.08 0.00 0.05 0.06 0.14 0.10 0.29 0.02 0.14 0.01 0.01 0.12 0.03 0.03
C5 0.01 0.02 0.13 0.21 0.01 0.08 0.00 0.51 0.01 0.02 0.01 0.02 0.31 0.18 0.01 0.08 0.21 0.30 0.84 0.17
C5' 0.22 0.49 0.30 0.02 0.59 0.00 0.51 0.00 0.41 0.40 0.58 0.43 0.04 0.23 0.62 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.17 0.02 0.05 0.01 0.41 0.00 0.01 0.01 0.03 0.33 0.10 0.02 0.13 0.24 0.17 0.71 0.18
N1 0.01 0.02 0.02 0.17 0.03 0.06 0.02 0.40 0.01 0.00 0.02 0.03 0.09 0.04 0.04 0.02 0.18 0.23 0.55 0.11
N3 0.05 0.01 0.19 0.26 0.01 0.14 0.01 0.58 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.09 0.03 0.13 0.13 0.51 0.67 0.14
O2 0.11 0.01 0.42 0.24 0.03 0.10 0.02 0.43 0.03 0.03 0.02 0.00 0.43 0.10 0.05 0.23 0.11 0.44 0.49 0.08
O2' 0.03 0.16 0.00 0.03 0.12 0.29 0.31 0.04 0.33 0.09 0.07 0.43 0.00 0.02 0.12 0.18 0.12 0.04 0.20 0.15
O3' 0.26 0.04 0.01 0.01 0.17 0.02 0.18 0.23 0.10 0.04 0.09 0.10 0.02 0.00 0.21 0.30 0.12 0.44 0.11 0.21
O4 0.05 0.04 0.06 0.27 0.01 0.14 0.01 0.62 0.02 0.04 0.03 0.05 0.12 0.21 0.00 0.04 0.15 0.55 0.83 0.18
O4' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.03 0.13 0.02 0.13 0.23 0.18 0.30 0.04 0.00 0.31 0.06 0.42 0.25
O5' 0.11 0.13 0.23 0.07 0.16 0.01 0.21 0.01 0.24 0.18 0.13 0.11 0.12 0.12 0.15 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.13 0.42 0.19 0.09 0.47 0.12 0.30 0.05 0.17 0.23 0.51 0.44 0.04 0.44 0.55 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.56 0.17 0.07 0.79 0.03 0.84 0.02 0.71 0.55 0.67 0.49 0.20 0.11 0.83 0.42 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.10 0.26 0.04 0.16 0.03 0.17 0.02 0.18 0.11 0.14 0.08 0.15 0.21 0.18 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00