ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52803

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.004, 0.020, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.004, 0.022, 0.039, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.008, 0.042, 0.076, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.042 std_dev=0.034
N4 A 0, 0.012, 0.071, 0.130, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.071 std_dev=0.059
C2' A 0, 0.140, 0.409, 0.678, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.409 std_dev=0.269
O4' A 0, 0.082, 0.351, 0.620, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.351 std_dev=0.269
O2' A 0, 0.177, 0.454, 0.731, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.454 std_dev=0.277
O3' B 0, 0.212, 0.541, 0.871, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.541 std_dev=0.330
P B 0, 0.239, 0.590, 0.941, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.590 std_dev=0.351
O5' B 0, 0.163, 0.588, 1.013, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.588 std_dev=0.425
C4' A 0, 0.138, 0.564, 0.990, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.564 std_dev=0.426
C3' A 0, 0.163, 0.601, 1.039, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.601 std_dev=0.438
P A 0, 0.292, 0.734, 1.176, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.734 std_dev=0.442
C3' B 0, 0.247, 0.698, 1.148, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.698 std_dev=0.450
C4' B 0, 0.246, 0.710, 1.175, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.710 std_dev=0.464
O2' B 0, 0.155, 0.629, 1.103, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.629 std_dev=0.474
O5' A 0, 0.205, 0.727, 1.248, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.727 std_dev=0.522
O3' A 0, 0.199, 0.740, 1.281, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.740 std_dev=0.541
C2' B 0, 0.231, 0.861, 1.491, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.861 std_dev=0.630
O4' B 0, 0.298, 0.991, 1.685, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.991 std_dev=0.694
OP2 B 0, 0.333, 1.027, 1.722, 1.687 max_d=1.687 avg_d=1.027 std_dev=0.695
C5' A 0, 0.378, 1.111, 1.843, 1.894 max_d=1.894 avg_d=1.111 std_dev=0.733
C5' B 0, 0.085, 0.845, 1.604, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.845 std_dev=0.759
OP1 B 0, 0.272, 1.100, 1.929, 2.164 max_d=2.164 avg_d=1.100 std_dev=0.828
OP2 A 0, 0.528, 1.396, 2.264, 2.364 max_d=2.364 avg_d=1.396 std_dev=0.868
OP1 A 0, 0.391, 1.360, 2.328, 2.716 max_d=2.716 avg_d=1.360 std_dev=0.969
C1' B 0, 0.172, 1.175, 2.177, 2.508 max_d=2.508 avg_d=1.175 std_dev=1.003
N1 B 0, 0.236, 1.756, 3.275, 3.998 max_d=3.998 avg_d=1.756 std_dev=1.520
O2 B 0, 1.046, 2.600, 4.155, 3.858 max_d=3.858 avg_d=2.600 std_dev=1.554
C2 B 0, 0.614, 2.325, 4.035, 4.543 max_d=4.543 avg_d=2.325 std_dev=1.710
C6 B 0, 0.410, 2.193, 3.976, 4.960 max_d=4.960 avg_d=2.193 std_dev=1.783
N3 B 0, 0.540, 2.791, 5.041, 6.009 max_d=6.009 avg_d=2.791 std_dev=2.251
C5 B 0, 0.381, 2.707, 5.032, 6.420 max_d=6.420 avg_d=2.707 std_dev=2.326
C4 B 0, 0.189, 2.838, 5.488, 7.009 max_d=7.009 avg_d=2.838 std_dev=2.649
O4 B 0, 0.080, 3.228, 6.376, 8.243 max_d=8.243 avg_d=3.228 std_dev=3.148

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.21 0.20 0.48 0.10
C2 0.01 0.00 0.10 0.13 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.15 0.02 0.31 0.09 0.56 0.14
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.09 0.06 0.15 0.00 0.03 0.02 0.20 0.13 0.64 0.21
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.09 0.00 0.06 0.05 0.08 0.06 0.13 0.10 0.17 0.01 0.01 0.01 0.23 0.25 0.62 0.30
C4 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.13 0.02 0.37 0.12 0.53 0.16
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.07 0.05 0.03 0.00 0.02 0.24 0.36 0.08
C5 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03 0.36 0.11 0.51 0.16
C5' 0.03 0.08 0.03 0.05 0.11 0.01 0.13 0.00 0.13 0.08 0.10 0.11 0.08 0.04 0.08 0.02 0.01 0.36 0.21 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.32 0.09 0.51 0.15
N1 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.29 0.12 0.53 0.13
N3 0.00 0.00 0.09 0.13 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.17 0.02 0.35 0.10 0.56 0.15
N4 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.02 0.39 0.17 0.51 0.17
O2 0.01 0.00 0.15 0.17 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.19 0.03 0.27 0.11 0.57 0.13
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.06 0.06 0.10 0.00 0.05 0.06 0.08 0.08 0.60 0.16
O3' 0.02 0.15 0.03 0.01 0.13 0.03 0.08 0.08 0.08 0.07 0.17 0.15 0.19 0.05 0.00 0.02 0.24 0.35 0.61 0.35
O4' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.00 0.22 0.40 0.32 0.22
O5' 0.21 0.31 0.20 0.23 0.37 0.02 0.36 0.01 0.32 0.29 0.35 0.39 0.27 0.08 0.24 0.22 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.20 0.09 0.13 0.25 0.12 0.24 0.11 0.36 0.09 0.12 0.10 0.17 0.11 0.08 0.35 0.40 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.48 0.56 0.64 0.62 0.53 0.36 0.51 0.21 0.51 0.53 0.56 0.51 0.57 0.60 0.61 0.32 0.04 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.14 0.21 0.30 0.16 0.08 0.16 0.01 0.15 0.13 0.15 0.17 0.13 0.16 0.35 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.38 0.32 0.41 0.89 0.45 1.20 0.61 1.08 0.59 0.53 0.49 0.10 0.31 0.95 0.44 0.24 0.81 0.54 0.12
C2 0.47 0.57 0.33 0.40 1.20 0.53 1.46 0.72 1.27 0.76 0.80 0.40 0.13 0.24 1.32 0.55 0.34 0.94 0.57 0.24
C2' 0.12 0.23 0.12 0.22 0.61 0.28 0.91 0.42 0.80 0.32 0.30 0.54 0.14 0.15 0.68 0.25 0.13 0.76 0.64 0.06
C3' 0.17 0.32 0.16 0.19 0.33 0.25 0.61 0.32 0.55 0.17 0.24 0.68 0.31 0.17 0.37 0.22 0.09 0.71 0.61 0.02
C4 0.50 0.67 0.30 0.31 1.29 0.53 1.48 0.73 1.26 0.81 0.92 0.40 0.15 0.12 1.42 0.58 0.39 0.97 0.58 0.29
C4' 0.06 0.30 0.08 0.21 0.33 0.25 0.65 0.36 0.61 0.17 0.23 0.70 0.16 0.21 0.35 0.19 0.12 0.67 0.51 0.06
C5 0.47 0.59 0.29 0.32 1.14 0.54 1.34 0.75 1.18 0.75 0.81 0.35 0.14 0.12 1.24 0.57 0.35 0.90 0.57 0.20
C5' 0.20 0.50 0.20 0.18 0.29 0.16 0.40 0.22 0.38 0.20 0.44 0.84 0.31 0.20 0.32 0.14 0.18 0.57 0.53 0.21
C6 0.44 0.48 0.31 0.38 1.00 0.53 1.25 0.70 1.12 0.68 0.67 0.35 0.13 0.22 1.08 0.53 0.29 0.83 0.54 0.14
N1 0.43 0.48 0.33 0.40 1.04 0.51 1.32 0.69 1.17 0.69 0.67 0.40 0.12 0.27 1.13 0.51 0.30 0.87 0.55 0.17
N3 0.50 0.65 0.32 0.36 1.31 0.53 1.52 0.73 1.30 0.82 0.92 0.40 0.14 0.18 1.45 0.58 0.38 0.97 0.58 0.29
N4 0.51 0.75 0.27 0.26 1.38 0.50 1.52 0.68 1.27 0.85 1.02 0.47 0.16 0.08 1.54 0.59 0.40 0.96 0.59 0.34
O2 0.46 0.56 0.35 0.41 1.22 0.52 1.50 0.71 1.29 0.76 0.80 0.43 0.12 0.27 1.35 0.54 0.34 0.95 0.56 0.24
O2' 0.17 0.28 0.19 0.29 0.67 0.30 0.99 0.44 0.88 0.38 0.36 0.60 0.10 0.23 0.74 0.27 0.15 0.77 0.62 0.07
O3' 0.31 0.51 0.26 0.21 0.21 0.27 0.40 0.28 0.37 0.22 0.40 0.87 0.44 0.20 0.21 0.28 0.08 0.69 0.62 0.02
O4' 0.36 0.31 0.33 0.44 0.71 0.47 1.05 0.60 0.98 0.51 0.39 0.54 0.15 0.40 0.74 0.44 0.23 0.72 0.47 0.09
O5' 0.10 0.32 0.12 0.01 0.14 0.09 0.31 0.19 0.30 0.08 0.25 0.61 0.22 0.01 0.15 0.07 0.26 0.32 0.88 0.37
OP1 0.29 0.53 0.14 0.11 0.31 0.37 0.14 0.38 0.13 0.29 0.49 0.75 0.18 0.02 0.34 0.37 0.28 0.43 0.47 0.29
OP2 0.27 0.28 0.22 0.09 0.19 0.18 0.25 0.14 0.23 0.21 0.22 0.41 0.33 0.02 0.20 0.25 0.29 0.44 0.69 0.28
P 0.10 0.27 0.08 0.00 0.04 0.09 0.20 0.12 0.20 0.05 0.20 0.50 0.09 0.00 0.05 0.06 0.13 0.30 0.62 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.21 0.19 0.30 0.21
C2 0.01 0.00 0.25 0.10 0.00 0.07 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.41 0.19 0.01 0.16 0.37 0.30 0.78 0.48
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.09 0.01 0.17 0.04 0.22 0.04 0.19 0.43 0.00 0.05 0.11 0.01 0.26 0.31 0.23 0.26
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.24 0.01 0.39 0.03 0.39 0.14 0.11 0.28 0.02 0.00 0.26 0.02 0.33 0.37 0.27 0.32
C4 0.01 0.00 0.09 0.24 0.00 0.17 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.23 0.00 0.07 0.69 0.60 1.53 0.93
C4' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.17 0.00 0.21 0.01 0.18 0.08 0.12 0.08 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.11 0.18 0.01
C5 0.01 0.00 0.17 0.39 0.00 0.21 0.00 0.45 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.41 0.00 0.06 0.83 0.73 1.65 1.06
C5' 0.05 0.24 0.04 0.03 0.43 0.01 0.45 0.00 0.37 0.23 0.35 0.17 0.08 0.07 0.49 0.02 0.00 0.20 0.34 0.02
C6 0.00 0.00 0.22 0.39 0.00 0.18 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.40 0.01 0.12 0.77 0.65 1.31 0.89
N1 0.01 0.00 0.04 0.14 0.00 0.08 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.10 0.01 0.03 0.44 0.36 0.81 0.52
N3 0.01 0.00 0.19 0.11 0.00 0.12 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00 0.38 0.14 0.01 0.15 0.52 0.43 1.14 0.70
O2 0.01 0.00 0.43 0.28 0.00 0.08 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.63 0.43 0.01 0.22 0.23 0.21 0.45 0.30
O2' 0.03 0.41 0.00 0.02 0.22 0.09 0.04 0.08 0.08 0.13 0.38 0.63 0.00 0.11 0.25 0.09 0.09 0.21 0.19 0.12
O3' 0.04 0.19 0.05 0.00 0.23 0.01 0.41 0.07 0.40 0.10 0.14 0.43 0.11 0.00 0.25 0.01 0.33 0.28 0.59 0.37
O4 0.01 0.01 0.11 0.26 0.00 0.20 0.00 0.49 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.25 0.00 0.10 0.74 0.66 1.71 1.04
O4' 0.00 0.16 0.01 0.02 0.07 0.00 0.06 0.02 0.12 0.03 0.15 0.22 0.09 0.01 0.10 0.00 0.16 0.06 0.23 0.15
O5' 0.21 0.37 0.26 0.33 0.69 0.01 0.83 0.00 0.77 0.44 0.52 0.23 0.09 0.33 0.74 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.19 0.30 0.31 0.37 0.60 0.11 0.73 0.20 0.65 0.36 0.43 0.21 0.21 0.28 0.66 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.30 0.78 0.23 0.27 1.53 0.18 1.65 0.34 1.31 0.81 1.14 0.45 0.19 0.59 1.71 0.23 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.21 0.48 0.26 0.32 0.93 0.01 1.06 0.02 0.89 0.52 0.70 0.30 0.12 0.37 1.04 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00