ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52804

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.007, 0.029, 0.050, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.011, 0.045, 0.079, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.045 std_dev=0.034
C2' B 0, -0.092, 0.403, 0.897, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.403 std_dev=0.494
O2' B 0, 0.214, 0.732, 1.250, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.732 std_dev=0.518
O4' A 0, 0.288, 0.984, 1.680, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.984 std_dev=0.696
C2' A 0, 0.310, 1.057, 1.805, 1.601 max_d=1.601 avg_d=1.057 std_dev=0.748
C3' B 0, 0.130, 1.142, 2.154, 2.461 max_d=2.461 avg_d=1.142 std_dev=1.012
C3' A 0, 0.430, 1.475, 2.519, 2.291 max_d=2.291 avg_d=1.475 std_dev=1.045
C4' A 0, 0.457, 1.564, 2.670, 2.394 max_d=2.394 avg_d=1.564 std_dev=1.106
O2' A 0, 0.481, 1.650, 2.818, 2.567 max_d=2.567 avg_d=1.650 std_dev=1.169
C1' B 0, 0.442, 1.665, 2.888, 2.903 max_d=2.903 avg_d=1.665 std_dev=1.223
O3' A 0, 0.529, 1.829, 3.129, 2.902 max_d=2.902 avg_d=1.829 std_dev=1.300
OP1 B 0, 0.440, 1.808, 3.175, 3.306 max_d=3.306 avg_d=1.808 std_dev=1.367
O5' B 0, 0.573, 1.980, 3.387, 3.138 max_d=3.138 avg_d=1.980 std_dev=1.407
C4' B 0, 0.587, 2.013, 3.439, 3.125 max_d=3.125 avg_d=2.013 std_dev=1.426
P B 0, 0.631, 2.157, 3.683, 3.306 max_d=3.306 avg_d=2.157 std_dev=1.526
C5' A 0, 0.661, 2.256, 3.851, 3.394 max_d=3.394 avg_d=2.256 std_dev=1.595
C5' B 0, 0.677, 2.310, 3.944, 3.473 max_d=3.473 avg_d=2.310 std_dev=1.633
O4' B 0, 0.608, 2.251, 3.893, 3.873 max_d=3.873 avg_d=2.251 std_dev=1.642
OP2 B 0, 0.616, 2.342, 4.068, 4.109 max_d=4.109 avg_d=2.342 std_dev=1.726
O3' B 0, 0.704, 2.598, 4.492, 4.461 max_d=4.461 avg_d=2.598 std_dev=1.894
P A 0, 0.784, 2.684, 4.584, 4.141 max_d=4.141 avg_d=2.684 std_dev=1.900
OP2 A 0, 0.793, 2.707, 4.621, 4.067 max_d=4.067 avg_d=2.707 std_dev=1.914
O5' A 0, 0.804, 2.750, 4.695, 4.214 max_d=4.214 avg_d=2.750 std_dev=1.946
OP1 A 0, 0.813, 2.786, 4.758, 4.301 max_d=4.301 avg_d=2.786 std_dev=1.972
N1 B 0, 0.659, 2.663, 4.668, 4.835 max_d=4.835 avg_d=2.663 std_dev=2.004
O2 B 0, 0.765, 2.838, 4.910, 4.893 max_d=4.893 avg_d=2.838 std_dev=2.073
C2 B 0, 0.952, 3.271, 5.591, 5.122 max_d=5.122 avg_d=3.271 std_dev=2.320
C6 B 0, 0.565, 3.236, 5.908, 6.543 max_d=6.543 avg_d=3.236 std_dev=2.672
N3 B 0, 1.278, 4.487, 7.695, 7.316 max_d=7.316 avg_d=4.487 std_dev=3.208
C5 B 0, 0.935, 4.468, 8.001, 8.638 max_d=8.638 avg_d=4.468 std_dev=3.533
C4 B 0, 1.338, 5.171, 9.004, 9.165 max_d=9.165 avg_d=5.171 std_dev=3.833
O4 B 0, 1.679, 6.370, 11.061, 11.159 max_d=11.159 avg_d=6.370 std_dev=4.691

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.00 0.17 0.18 0.28 0.03
C2 0.01 0.00 0.15 0.20 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.09 0.40 0.36 0.24 0.28
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.04 0.01 0.10 0.11 0.14 0.02 0.12 0.05 0.26 0.00 0.00 0.01 0.09 0.16 0.61 0.31
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.29 0.01 0.27 0.01 0.22 0.18 0.26 0.32 0.15 0.02 0.01 0.02 0.06 0.05 0.33 0.16
C4 0.01 0.00 0.04 0.29 0.00 0.13 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.17 0.02 0.65 0.58 0.49 0.54
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.00 0.20 0.00 0.19 0.08 0.06 0.14 0.07 0.21 0.01 0.00 0.01 0.17 0.20 0.03
C5 0.01 0.00 0.10 0.27 0.00 0.20 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.36 0.19 0.11 0.72 0.62 0.51 0.59
C5' 0.03 0.03 0.11 0.01 0.16 0.00 0.23 0.00 0.21 0.07 0.07 0.18 0.09 0.08 0.13 0.01 0.01 0.25 0.10 0.01
C6 0.00 0.00 0.14 0.22 0.00 0.19 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.34 0.12 0.14 0.63 0.52 0.32 0.45
N1 0.00 0.00 0.02 0.18 0.00 0.08 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.03 0.01 0.42 0.36 0.21 0.26
N3 0.01 0.00 0.12 0.26 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.09 0.06 0.52 0.46 0.36 0.41
N4 0.01 0.01 0.05 0.32 0.00 0.14 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.21 0.02 0.70 0.64 0.61 0.62
O2 0.01 0.01 0.26 0.15 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.11 0.17 0.26 0.25 0.18 0.16
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.26 0.21 0.36 0.08 0.34 0.15 0.12 0.28 0.16 0.00 0.01 0.15 0.05 0.11 0.69 0.29
O3' 0.18 0.03 0.00 0.01 0.17 0.01 0.19 0.13 0.12 0.03 0.09 0.21 0.11 0.01 0.00 0.11 0.10 0.12 0.18 0.07
O4' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.02 0.00 0.11 0.01 0.14 0.01 0.06 0.02 0.17 0.15 0.11 0.00 0.22 0.33 0.15 0.14
O5' 0.17 0.40 0.09 0.06 0.65 0.01 0.72 0.01 0.63 0.42 0.52 0.70 0.26 0.05 0.10 0.22 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.18 0.36 0.16 0.05 0.58 0.17 0.62 0.25 0.52 0.36 0.46 0.64 0.25 0.11 0.12 0.33 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.24 0.61 0.33 0.49 0.20 0.51 0.10 0.32 0.21 0.36 0.61 0.18 0.69 0.18 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.28 0.31 0.16 0.54 0.03 0.59 0.01 0.45 0.26 0.41 0.62 0.16 0.29 0.07 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.69 0.06 0.12 0.86 0.24 0.79 0.14 0.63 0.53 0.82 0.73 0.28 0.11 0.95 0.33 0.34 0.28 0.33 0.27
C2 0.46 1.05 0.15 0.32 1.46 0.05 1.36 0.22 1.10 0.85 1.34 1.05 0.35 0.36 1.63 0.33 0.34 0.28 0.54 0.35
C2' 0.59 0.83 0.42 0.34 1.03 0.34 1.00 0.29 0.87 0.75 0.95 0.80 0.53 0.28 1.10 0.53 0.58 0.49 0.67 0.54
C3' 0.39 0.62 0.20 0.15 0.73 0.32 0.65 0.29 0.54 0.50 0.71 0.64 0.25 0.17 0.79 0.41 0.30 0.20 0.38 0.16
C4 0.59 1.22 0.29 0.53 1.95 0.32 1.89 0.56 1.53 1.11 1.66 1.04 0.32 0.65 2.19 0.48 0.46 0.26 0.80 0.50
C4' 0.35 0.53 0.03 0.04 0.56 0.46 0.44 0.46 0.36 0.40 0.59 0.57 0.08 0.09 0.61 0.50 0.38 0.29 0.10 0.23
C5 0.56 1.09 0.32 0.55 1.74 0.34 1.75 0.53 1.46 1.04 1.45 0.88 0.31 0.71 1.90 0.43 0.41 0.23 0.77 0.46
C5' 0.36 0.51 0.07 0.13 0.50 0.49 0.41 0.53 0.36 0.41 0.54 0.55 0.08 0.21 0.53 0.48 0.38 0.33 0.15 0.25
C6 0.43 0.92 0.24 0.41 1.36 0.18 1.35 0.29 1.14 0.84 1.18 0.80 0.31 0.54 1.47 0.24 0.29 0.24 0.58 0.32
N1 0.41 0.92 0.15 0.28 1.25 0.08 1.18 0.14 0.97 0.75 1.14 0.90 0.32 0.34 1.36 0.26 0.31 0.27 0.48 0.30
N3 0.54 1.19 0.21 0.43 1.79 0.18 1.68 0.42 1.36 1.01 1.58 1.12 0.35 0.50 2.02 0.41 0.41 0.27 0.68 0.44
N4 0.67 1.28 0.33 0.61 2.21 0.44 2.15 0.74 1.73 1.22 1.80 1.06 0.31 0.73 2.55 0.62 0.58 0.26 0.95 0.62
O2 0.45 1.00 0.09 0.25 1.32 0.06 1.20 0.12 0.95 0.76 1.25 1.07 0.35 0.25 1.49 0.35 0.35 0.29 0.47 0.33
O2' 0.50 0.67 0.31 0.26 0.94 0.42 0.92 0.39 0.77 0.63 0.82 0.61 0.42 0.21 1.03 0.56 0.61 0.52 0.69 0.58
O3' 0.35 0.62 0.12 0.05 0.74 0.43 0.61 0.47 0.47 0.46 0.73 0.62 0.14 0.13 0.82 0.47 0.28 0.25 0.38 0.11
O4' 0.29 0.57 0.16 0.18 0.62 0.38 0.50 0.33 0.37 0.37 0.65 0.65 0.28 0.13 0.68 0.38 0.34 0.30 0.04 0.23
O5' 0.17 0.29 0.07 0.06 0.22 0.35 0.15 0.38 0.10 0.17 0.29 0.38 0.12 0.01 0.25 0.27 0.28 0.35 0.44 0.25
OP1 0.39 0.34 0.37 0.14 0.30 0.53 0.31 0.68 0.33 0.35 0.32 0.37 0.55 0.04 0.29 0.50 0.54 0.55 0.68 0.56
OP2 0.40 0.49 0.46 0.26 0.55 0.13 0.55 0.22 0.51 0.46 0.53 0.50 0.56 0.02 0.58 0.17 0.15 0.15 0.81 0.32
P 0.08 0.15 0.09 0.01 0.13 0.25 0.12 0.35 0.12 0.09 0.15 0.20 0.11 0.01 0.15 0.12 0.23 0.35 0.56 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.02 0.00 0.22 0.09 0.32 0.22
C2 0.01 0.00 0.18 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.26 0.00 0.08 0.31 0.18 0.79 0.42
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.08 0.01 0.16 0.10 0.19 0.03 0.13 0.33 0.00 0.08 0.08 0.01 0.42 0.41 0.44 0.44
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.16 0.07 0.13 0.24 0.02 0.01 0.10 0.01 0.35 0.47 0.16 0.32
C4 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.07 0.00 0.02 0.43 0.43 1.13 0.66
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.08 0.03 0.01 0.06 0.16 0.03 0.05 0.01 0.01 0.03 0.28 0.06
C5 0.01 0.00 0.16 0.14 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.34 0.12 0.01 0.06 0.49 0.56 1.12 0.74
C5' 0.02 0.01 0.10 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.02 0.03 0.05 0.04 0.14 0.08 0.01 0.01 0.29 0.43 0.02
C6 0.01 0.01 0.19 0.16 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.31 0.15 0.01 0.09 0.49 0.49 0.90 0.65
N1 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.11 0.01 0.01 0.35 0.26 0.69 0.44
N3 0.01 0.00 0.13 0.13 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.20 0.00 0.06 0.36 0.27 0.99 0.53
O2 0.02 0.00 0.33 0.24 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.42 0.01 0.13 0.23 0.06 0.67 0.30
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.27 0.16 0.34 0.04 0.31 0.13 0.17 0.26 0.00 0.15 0.30 0.11 0.23 0.17 0.31 0.24
O3' 0.19 0.26 0.08 0.01 0.07 0.03 0.12 0.14 0.15 0.11 0.20 0.42 0.15 0.00 0.06 0.12 0.18 0.38 0.37 0.18
O4 0.02 0.00 0.08 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.06 0.00 0.03 0.41 0.44 1.21 0.68
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.06 0.13 0.11 0.12 0.03 0.00 0.01 0.12 0.02 0.02
O5' 0.22 0.31 0.42 0.35 0.43 0.01 0.49 0.01 0.49 0.35 0.36 0.23 0.23 0.18 0.41 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.18 0.41 0.47 0.43 0.03 0.56 0.29 0.49 0.26 0.27 0.06 0.17 0.38 0.44 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.32 0.79 0.44 0.16 1.13 0.28 1.12 0.43 0.90 0.69 0.99 0.67 0.31 0.37 1.21 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.42 0.44 0.32 0.66 0.06 0.74 0.02 0.65 0.44 0.53 0.30 0.24 0.18 0.68 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00