ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52805

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.001, 0.007, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N1 A 0, -0.001, 0.012, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.013
N3 A 0, -0.001, 0.015, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.016
C2 A 0, -0.001, 0.019, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.020
C4 A 0, -0.001, 0.019, 0.039, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.020
C6 A 0, -0.002, 0.019, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.021
C1' A 0, -0.003, 0.028, 0.059, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.028 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.001, 0.052, 0.104, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.052 std_dev=0.051
C2' A 0, 0.014, 0.080, 0.145, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.065
O2 A 0, -0.008, 0.060, 0.129, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.060 std_dev=0.068
O2' A 0, 0.028, 0.117, 0.207, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.117 std_dev=0.090
O4' A 0, -0.010, 0.090, 0.189, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.090 std_dev=0.099
C3' A 0, -0.001, 0.130, 0.262, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.130 std_dev=0.131
C4' A 0, -0.021, 0.138, 0.297, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.138 std_dev=0.159
O5' A 0, 0.047, 0.227, 0.408, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.227 std_dev=0.181
O3' A 0, 0.003, 0.193, 0.383, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.193 std_dev=0.190
P A 0, 0.084, 0.295, 0.505, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.295 std_dev=0.210
OP1 A 0, 0.066, 0.280, 0.494, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.280 std_dev=0.214
C5' A 0, -0.005, 0.231, 0.467, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.231 std_dev=0.236
OP2 A 0, 0.096, 0.372, 0.648, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.372 std_dev=0.276
O3' B 0, 0.114, 0.405, 0.696, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.405 std_dev=0.291
C2' B 0, 0.124, 0.452, 0.780, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.452 std_dev=0.328
C3' B 0, 0.135, 0.489, 0.842, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.489 std_dev=0.354
O2' B 0, 0.124, 0.576, 1.027, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.576 std_dev=0.452
C2 B 0, 0.101, 0.576, 1.051, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.576 std_dev=0.475
O2 B 0, 0.103, 0.580, 1.056, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.580 std_dev=0.476
N1 B 0, 0.125, 0.634, 1.143, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.634 std_dev=0.509
N3 B 0, 0.079, 0.588, 1.098, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.588 std_dev=0.509
C4' B 0, 0.174, 0.690, 1.206, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.690 std_dev=0.516
C1' B 0, 0.141, 0.658, 1.175, 1.263 max_d=1.263 avg_d=0.658 std_dev=0.517
C6 B 0, 0.138, 0.725, 1.313, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.725 std_dev=0.588
C5' B 0, 0.193, 0.801, 1.409, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.801 std_dev=0.608
C4 B 0, 0.088, 0.706, 1.323, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.706 std_dev=0.618
O4' B 0, 0.166, 0.790, 1.415, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.790 std_dev=0.624
C5 B 0, 0.125, 0.784, 1.443, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.784 std_dev=0.659
O4 B 0, 0.087, 0.750, 1.412, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.750 std_dev=0.662
OP2 B 0, 0.233, 0.903, 1.572, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.903 std_dev=0.670
P B 0, 0.221, 0.891, 1.562, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.891 std_dev=0.670
OP1 B 0, 0.204, 0.921, 1.637, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.921 std_dev=0.716
O5' B 0, 0.166, 0.891, 1.615, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.891 std_dev=0.724

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.07 0.01 0.03 0.01 0.04 0.12 0.07 0.04
C2 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.04 0.08 0.10 0.06 0.06
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.13 0.05
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.10 0.04 0.14 0.10
C4 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.13 0.10 0.03 0.09
C4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.02 0.09 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.13 0.09 0.04 0.09
C5' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.08 0.01 0.02
C6 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.10 0.09 0.07 0.06
N1 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.08 0.11 0.07 0.06
N3 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03 0.11 0.11 0.04 0.09
N4 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.14 0.09 0.03 0.10
O2 0.07 0.00 0.06 0.04 0.01 0.07 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.06 0.08 0.03 0.08 0.08 0.03
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.06 0.12 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.11 0.02
O3' 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.16 0.12 0.17 0.16
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.08 0.01 0.04 0.00 0.07 0.18 0.04 0.07
O5' 0.04 0.08 0.04 0.10 0.13 0.02 0.13 0.01 0.10 0.08 0.11 0.14 0.03 0.03 0.16 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.10 0.03 0.04 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.11 0.11 0.09 0.08 0.07 0.12 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.06 0.13 0.14 0.03 0.05 0.04 0.01 0.07 0.07 0.04 0.03 0.08 0.11 0.17 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.06 0.05 0.10 0.09 0.02 0.09 0.02 0.06 0.06 0.09 0.10 0.03 0.02 0.16 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.22 0.19 0.06 0.14 0.10 0.13 0.06 0.16 0.21 0.18 0.28 0.36 0.08 0.14 0.21 0.08 0.14 0.27 0.12
C2 0.13 0.12 0.07 0.09 0.06 0.04 0.05 0.06 0.07 0.10 0.09 0.17 0.19 0.14 0.06 0.09 0.10 0.09 0.21 0.07
C2' 0.26 0.20 0.22 0.09 0.10 0.12 0.10 0.05 0.14 0.20 0.14 0.27 0.40 0.03 0.09 0.21 0.08 0.14 0.27 0.12
C3' 0.29 0.19 0.28 0.14 0.06 0.16 0.07 0.05 0.13 0.20 0.11 0.26 0.47 0.10 0.05 0.23 0.10 0.13 0.25 0.10
C4 0.01 0.01 0.02 0.14 0.03 0.09 0.04 0.11 0.04 0.02 0.02 0.03 0.11 0.17 0.01 0.04 0.14 0.04 0.16 0.03
C4' 0.32 0.24 0.28 0.14 0.12 0.18 0.12 0.07 0.17 0.24 0.17 0.30 0.49 0.08 0.11 0.27 0.09 0.13 0.25 0.11
C5 0.04 0.02 0.05 0.12 0.01 0.09 0.02 0.11 0.01 0.02 0.01 0.05 0.14 0.17 0.03 0.03 0.15 0.07 0.21 0.05
C5' 0.31 0.20 0.29 0.17 0.08 0.18 0.09 0.05 0.14 0.21 0.13 0.26 0.48 0.16 0.07 0.26 0.11 0.11 0.21 0.08
C6 0.13 0.10 0.12 0.05 0.06 0.02 0.06 0.06 0.07 0.10 0.07 0.13 0.24 0.13 0.07 0.07 0.12 0.11 0.25 0.09
N1 0.18 0.16 0.12 0.05 0.09 0.04 0.09 0.05 0.11 0.15 0.12 0.21 0.27 0.12 0.10 0.13 0.09 0.12 0.25 0.10
N3 0.05 0.05 0.02 0.12 0.03 0.07 0.03 0.09 0.03 0.04 0.04 0.09 0.12 0.17 0.02 0.03 0.12 0.05 0.16 0.04
N4 0.07 0.08 0.06 0.15 0.10 0.13 0.11 0.13 0.10 0.09 0.10 0.05 0.08 0.17 0.06 0.09 0.14 0.01 0.11 0.01
O2 0.15 0.13 0.09 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.12 0.09 0.18 0.22 0.11 0.05 0.13 0.08 0.11 0.21 0.09
O2' 0.28 0.23 0.21 0.08 0.13 0.12 0.12 0.05 0.16 0.22 0.18 0.30 0.38 0.04 0.13 0.23 0.08 0.13 0.27 0.11
O3' 0.32 0.21 0.31 0.18 0.06 0.20 0.07 0.08 0.14 0.22 0.12 0.28 0.51 0.17 0.04 0.27 0.09 0.14 0.26 0.11
O4' 0.32 0.26 0.25 0.10 0.18 0.14 0.17 0.08 0.20 0.26 0.21 0.32 0.44 0.06 0.17 0.26 0.08 0.16 0.27 0.14
O5' 0.09 0.01 0.12 0.01 0.09 0.02 0.08 0.12 0.04 0.01 0.06 0.05 0.27 0.02 0.08 0.03 0.26 0.06 0.14 0.05
OP1 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.09 0.03 0.15 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.03 0.07 0.22 0.14 0.24 0.05
OP2 0.02 0.02 0.12 0.01 0.05 0.13 0.07 0.26 0.06 0.03 0.03 0.04 0.17 0.01 0.03 0.10 0.39 0.10 0.14 0.11
P 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.08 0.06 0.16 0.04 0.03 0.06 0.01 0.12 0.00 0.05 0.05 0.26 0.09 0.19 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.11 0.05
C2 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.07 0.09 0.09 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.21 0.26 0.14
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.21 0.23 0.12
C4 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.06 0.00 0.02 0.09 0.04 0.02 0.04
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.10 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.11 0.04 0.03 0.04
C5' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.12 0.08 0.04 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.09 0.10 0.08 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.01 0.02 0.07 0.06 0.05 0.04
O2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.03 0.06 0.11 0.11 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.04 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.19 0.24 0.10
O3' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.08 0.07 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.22 0.24 0.11
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.00 0.02 0.09 0.03 0.02 0.05
O4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.07 0.03 0.02
O5' 0.08 0.07 0.04 0.03 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.09 0.07 0.06 0.01 0.09 0.09 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.13 0.09 0.21 0.21 0.04 0.14 0.04 0.09 0.08 0.10 0.06 0.11 0.19 0.22 0.03 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.09 0.26 0.23 0.02 0.10 0.03 0.04 0.04 0.08 0.05 0.11 0.24 0.24 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.14 0.12 0.04 0.04 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.06 0.10 0.11 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00