ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52807

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.001, 0.020, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.004, 0.029, 0.055, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.029 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.009, 0.035, 0.061, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.035 std_dev=0.026
N4 A 0, -0.002, 0.039, 0.081, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.039 std_dev=0.041
O2 A 0, 0.017, 0.067, 0.118, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.067 std_dev=0.050
O2' B 0, 0.089, 0.327, 0.566, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.327 std_dev=0.238
O5' B 0, 0.141, 0.500, 0.859, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.500 std_dev=0.359
O4' A 0, 0.150, 0.528, 0.905, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.528 std_dev=0.377
P B 0, 0.147, 0.553, 0.959, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.553 std_dev=0.406
C2' A 0, 0.177, 0.618, 1.058, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.618 std_dev=0.440
C3' B 0, 0.171, 0.619, 1.067, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.619 std_dev=0.448
C2' B 0, 0.205, 0.702, 1.199, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.702 std_dev=0.497
P A 0, 0.208, 0.743, 1.278, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.743 std_dev=0.535
C4' B 0, 0.232, 0.801, 1.371, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.801 std_dev=0.569
O3' B 0, 0.204, 0.777, 1.350, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.777 std_dev=0.573
C4' A 0, 0.247, 0.876, 1.506, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.876 std_dev=0.629
OP1 A 0, 0.138, 0.779, 1.420, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.779 std_dev=0.641
O5' A 0, 0.237, 0.934, 1.631, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.934 std_dev=0.697
O2' A 0, 0.300, 1.025, 1.751, 1.539 max_d=1.539 avg_d=1.025 std_dev=0.725
C3' A 0, 0.288, 1.015, 1.742, 1.667 max_d=1.667 avg_d=1.015 std_dev=0.727
C5' A 0, 0.280, 1.009, 1.738, 1.694 max_d=1.694 avg_d=1.009 std_dev=0.729
C1' B 0, 0.313, 1.082, 1.851, 1.716 max_d=1.716 avg_d=1.082 std_dev=0.769
C5' B 0, 0.307, 1.103, 1.898, 1.846 max_d=1.846 avg_d=1.103 std_dev=0.795
OP2 B 0, 0.355, 1.223, 2.090, 1.919 max_d=1.919 avg_d=1.223 std_dev=0.867
O4' B 0, 0.395, 1.349, 2.304, 2.054 max_d=2.054 avg_d=1.349 std_dev=0.954
N1 B 0, 0.458, 1.572, 2.685, 2.443 max_d=2.443 avg_d=1.572 std_dev=1.114
C6 B 0, 0.461, 1.592, 2.722, 2.518 max_d=2.518 avg_d=1.592 std_dev=1.130
O3' A 0, 0.493, 1.711, 2.928, 2.732 max_d=2.732 avg_d=1.711 std_dev=1.217
OP2 A 0, 0.492, 1.716, 2.941, 2.773 max_d=2.773 avg_d=1.716 std_dev=1.224
OP1 B 0, 0.571, 1.960, 3.348, 3.050 max_d=3.050 avg_d=1.960 std_dev=1.389
C5 B 0, 0.615, 2.100, 3.585, 3.156 max_d=3.156 avg_d=2.100 std_dev=1.485
C2 B 0, 0.733, 2.504, 4.276, 3.791 max_d=3.791 avg_d=2.504 std_dev=1.771
C4 B 0, 0.773, 2.644, 4.516, 4.064 max_d=4.064 avg_d=2.644 std_dev=1.871
N3 B 0, 0.848, 2.900, 4.953, 4.437 max_d=4.437 avg_d=2.900 std_dev=2.052
O2 B 0, 0.915, 3.128, 5.341, 4.786 max_d=4.786 avg_d=3.128 std_dev=2.213
O4 B 0, 0.924, 3.175, 5.426, 4.965 max_d=4.965 avg_d=3.175 std_dev=2.251

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.03 0.05 0.05 0.02 0.13 0.01 0.15 0.16 0.58 0.25
C2 0.03 0.00 0.12 0.20 0.03 0.07 0.03 0.08 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.10 0.03 0.14 0.09 0.54 0.21
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.11 0.08 0.02 0.10 0.07 0.21 0.01 0.01 0.00 0.25 0.43 0.88 0.52
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.24 0.01 0.20 0.02 0.16 0.15 0.23 0.26 0.19 0.02 0.01 0.02 0.11 0.27 0.49 0.24
C4 0.04 0.03 0.06 0.24 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.18 0.19 0.04 0.14 0.05 0.44 0.17
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.06 0.08 0.09 0.08 0.21 0.00 0.00 0.03 0.05 0.28 0.09
C5 0.03 0.03 0.06 0.20 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.19 0.18 0.05 0.13 0.05 0.37 0.14
C5' 0.05 0.08 0.11 0.02 0.11 0.01 0.10 0.00 0.10 0.07 0.09 0.11 0.08 0.10 0.14 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01
C6 0.03 0.02 0.08 0.16 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.17 0.12 0.06 0.15 0.08 0.41 0.17
N1 0.01 0.01 0.02 0.15 0.03 0.06 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.11 0.06 0.02 0.14 0.10 0.51 0.21
N3 0.03 0.01 0.10 0.23 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.13 0.15 0.03 0.14 0.07 0.50 0.19
N4 0.05 0.04 0.07 0.26 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.20 0.23 0.04 0.13 0.03 0.42 0.15
O2 0.05 0.01 0.21 0.19 0.04 0.08 0.04 0.08 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.03 0.11 0.04 0.14 0.09 0.58 0.22
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.18 0.21 0.19 0.10 0.17 0.11 0.13 0.20 0.03 0.00 0.01 0.14 0.15 0.34 0.94 0.48
O3' 0.13 0.10 0.01 0.01 0.19 0.00 0.18 0.14 0.12 0.06 0.15 0.23 0.11 0.01 0.00 0.10 0.27 0.19 0.27 0.15
O4' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.03 0.04 0.04 0.14 0.10 0.00 0.06 0.14 0.30 0.04
O5' 0.15 0.14 0.25 0.11 0.14 0.03 0.13 0.01 0.15 0.14 0.14 0.13 0.14 0.15 0.27 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.16 0.09 0.43 0.27 0.05 0.05 0.05 0.03 0.08 0.10 0.07 0.03 0.09 0.34 0.19 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.58 0.54 0.88 0.49 0.44 0.28 0.37 0.10 0.41 0.51 0.50 0.42 0.58 0.94 0.27 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.21 0.52 0.24 0.17 0.09 0.14 0.01 0.17 0.21 0.19 0.15 0.22 0.48 0.15 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.66 0.25 0.27 0.30 0.21 0.11 0.28 0.12 0.32 0.60 0.99 0.09 0.09 0.30 0.29 0.18 0.69 0.25 0.16
C2 0.28 0.51 0.21 0.23 0.14 0.26 0.25 0.34 0.25 0.25 0.42 0.82 0.09 0.08 0.10 0.32 0.19 0.74 0.33 0.19
C2' 0.45 0.83 0.47 0.47 0.45 0.31 0.13 0.31 0.12 0.47 0.76 1.16 0.34 0.33 0.45 0.38 0.04 0.62 0.36 0.07
C3' 0.21 0.70 0.25 0.21 0.37 0.12 0.05 0.18 0.08 0.29 0.68 1.04 0.07 0.11 0.41 0.12 0.36 0.90 0.07 0.35
C4 0.26 0.36 0.18 0.19 0.14 0.29 0.37 0.37 0.32 0.20 0.23 0.62 0.11 0.04 0.15 0.33 0.17 0.72 0.37 0.19
C4' 0.27 0.80 0.24 0.22 0.52 0.11 0.16 0.16 0.09 0.39 0.80 1.12 0.02 0.15 0.57 0.19 0.25 0.69 0.12 0.20
C5 0.27 0.39 0.19 0.20 0.11 0.28 0.33 0.37 0.29 0.21 0.26 0.64 0.11 0.04 0.11 0.33 0.17 0.68 0.29 0.16
C5' 0.32 0.86 0.28 0.26 0.61 0.11 0.28 0.16 0.19 0.47 0.87 1.17 0.03 0.17 0.66 0.23 0.17 0.53 0.15 0.11
C6 0.28 0.50 0.21 0.24 0.13 0.25 0.22 0.32 0.21 0.24 0.40 0.78 0.10 0.07 0.09 0.31 0.17 0.66 0.24 0.14
N1 0.28 0.56 0.22 0.24 0.18 0.24 0.19 0.31 0.20 0.26 0.47 0.86 0.09 0.08 0.16 0.30 0.18 0.71 0.27 0.17
N3 0.27 0.42 0.19 0.20 0.10 0.27 0.33 0.36 0.29 0.21 0.31 0.71 0.10 0.05 0.08 0.33 0.18 0.73 0.37 0.19
N4 0.24 0.26 0.15 0.15 0.23 0.29 0.46 0.37 0.38 0.18 0.13 0.49 0.12 0.02 0.29 0.33 0.17 0.68 0.41 0.20
O2 0.28 0.56 0.21 0.24 0.18 0.26 0.23 0.34 0.23 0.27 0.48 0.87 0.09 0.10 0.15 0.31 0.20 0.75 0.34 0.20
O2' 0.42 0.75 0.42 0.45 0.38 0.35 0.09 0.38 0.10 0.42 0.68 1.07 0.30 0.34 0.38 0.39 0.08 0.46 0.52 0.11
O3' 0.09 0.61 0.10 0.13 0.35 0.26 0.07 0.29 0.15 0.19 0.63 0.94 0.14 0.18 0.42 0.17 0.45 0.98 0.07 0.42
O4' 0.23 0.68 0.15 0.18 0.37 0.14 0.08 0.21 0.10 0.31 0.66 0.99 0.06 0.20 0.40 0.22 0.25 0.67 0.14 0.18
O5' 0.27 0.70 0.28 0.27 0.44 0.07 0.18 0.11 0.12 0.36 0.67 0.98 0.10 0.01 0.47 0.17 0.17 0.50 0.22 0.10
OP1 0.04 0.34 0.11 0.07 0.21 0.11 0.23 0.09 0.23 0.13 0.31 0.59 0.08 0.02 0.24 0.06 0.28 0.44 0.22 0.24
OP2 0.46 0.16 0.37 0.20 0.34 0.52 0.54 0.45 0.60 0.40 0.18 0.16 0.58 0.03 0.31 0.56 0.47 0.72 0.08 0.41
P 0.08 0.24 0.10 0.03 0.10 0.18 0.26 0.15 0.29 0.07 0.20 0.50 0.21 0.01 0.12 0.14 0.30 0.53 0.10 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.06 0.17 0.10
C2 0.02 0.00 0.12 0.10 0.03 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.12 0.03 0.01 0.21 0.12 0.43 0.22
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.17 0.03 0.07 0.27 0.00 0.02 0.05 0.01 0.19 0.19 0.18 0.17
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.17 0.00 0.34 0.01 0.35 0.10 0.01 0.32 0.01 0.01 0.18 0.00 0.28 0.33 0.16 0.23
C4 0.01 0.03 0.06 0.17 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.20 0.00 0.02 0.45 0.31 0.93 0.52
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.10 0.00 0.20 0.00 0.21 0.05 0.01 0.17 0.06 0.02 0.10 0.01 0.01 0.11 0.12 0.02
C5 0.01 0.03 0.15 0.34 0.01 0.20 0.00 0.30 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.38 0.02 0.03 0.55 0.38 1.06 0.63
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.17 0.00 0.30 0.00 0.29 0.08 0.04 0.19 0.07 0.03 0.18 0.00 0.01 0.22 0.23 0.01
C6 0.01 0.01 0.17 0.35 0.01 0.21 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.37 0.02 0.03 0.49 0.30 0.83 0.52
N1 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.05 0.02 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.00 0.27 0.15 0.48 0.28
N3 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.12 0.01 0.02 0.02 0.31 0.19 0.65 0.35
O2 0.04 0.01 0.27 0.32 0.04 0.17 0.04 0.19 0.02 0.01 0.03 0.00 0.22 0.37 0.04 0.02 0.10 0.06 0.20 0.08
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04 0.07 0.06 0.03 0.12 0.22 0.00 0.06 0.06 0.06 0.11 0.13 0.10 0.11
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.20 0.02 0.38 0.03 0.37 0.09 0.01 0.37 0.06 0.00 0.22 0.02 0.30 0.43 0.19 0.27
O4 0.01 0.03 0.05 0.18 0.00 0.10 0.02 0.18 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.22 0.00 0.03 0.48 0.37 1.04 0.58
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02 0.03 0.00 0.09 0.11 0.02 0.06
O5' 0.10 0.21 0.19 0.28 0.45 0.01 0.55 0.01 0.49 0.27 0.31 0.10 0.11 0.30 0.48 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.06 0.12 0.19 0.33 0.31 0.11 0.38 0.22 0.30 0.15 0.19 0.06 0.13 0.43 0.37 0.11 0.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.43 0.18 0.16 0.93 0.12 1.06 0.23 0.83 0.48 0.65 0.20 0.10 0.19 1.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.22 0.17 0.23 0.52 0.02 0.63 0.01 0.52 0.28 0.35 0.08 0.11 0.27 0.58 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00