ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52808

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.025 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.009, 0.036, 0.064, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.036 std_dev=0.027
C2' B 0, 0.101, 0.394, 0.688, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.394 std_dev=0.294
C2' A 0, 0.181, 0.660, 1.140, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.660 std_dev=0.480
O4' A 0, 0.165, 0.674, 1.182, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.674 std_dev=0.508
O2' A 0, 0.263, 0.981, 1.700, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.981 std_dev=0.718
C4' A 0, 0.291, 1.051, 1.812, 1.775 max_d=1.775 avg_d=1.051 std_dev=0.761
C3' A 0, 0.313, 1.095, 1.876, 1.773 max_d=1.773 avg_d=1.095 std_dev=0.781
O2' B 0, 0.127, 0.960, 1.794, 2.032 max_d=2.032 avg_d=0.960 std_dev=0.833
C6 B 0, 0.345, 1.378, 2.410, 2.486 max_d=2.486 avg_d=1.378 std_dev=1.033
O3' A 0, 0.451, 1.569, 2.688, 2.527 max_d=2.527 avg_d=1.569 std_dev=1.119
O3' B 0, 0.466, 1.594, 2.722, 2.441 max_d=2.441 avg_d=1.594 std_dev=1.128
C1' B 0, 0.251, 1.416, 2.581, 2.854 max_d=2.854 avg_d=1.416 std_dev=1.165
N1 B 0, 0.313, 1.532, 2.751, 2.983 max_d=2.983 avg_d=1.532 std_dev=1.219
C3' B 0, 0.525, 1.794, 3.063, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.794 std_dev=1.269
C5' A 0, 0.281, 1.627, 2.972, 3.295 max_d=3.295 avg_d=1.627 std_dev=1.346
C5 B 0, 0.550, 1.905, 3.260, 3.041 max_d=3.041 avg_d=1.905 std_dev=1.355
O5' A 0, 0.121, 1.849, 3.577, 4.157 max_d=4.157 avg_d=1.849 std_dev=1.728
O4' B 0, 0.669, 2.645, 4.621, 4.749 max_d=4.749 avg_d=2.645 std_dev=1.976
C2 B 0, 0.838, 2.867, 4.897, 4.417 max_d=4.417 avg_d=2.867 std_dev=2.030
C4 B 0, 0.855, 2.936, 5.017, 4.575 max_d=4.575 avg_d=2.936 std_dev=2.081
P A 0, 0.119, 2.223, 4.327, 5.047 max_d=5.047 avg_d=2.223 std_dev=2.104
OP1 A 0, 0.098, 2.289, 4.481, 5.243 max_d=5.243 avg_d=2.289 std_dev=2.191
C4' B 0, 0.875, 3.090, 5.304, 5.075 max_d=5.075 avg_d=3.090 std_dev=2.214
N3 B 0, 1.011, 3.452, 5.893, 5.232 max_d=5.232 avg_d=3.452 std_dev=2.441
O2 B 0, 1.075, 3.691, 6.306, 5.757 max_d=5.757 avg_d=3.691 std_dev=2.616
O4 B 0, 1.058, 3.709, 6.359, 6.034 max_d=6.034 avg_d=3.709 std_dev=2.650
O5' B 0, 1.283, 4.380, 7.478, 6.585 max_d=6.585 avg_d=4.380 std_dev=3.097
C5' B 0, 1.320, 4.536, 7.752, 7.086 max_d=7.086 avg_d=4.536 std_dev=3.216
OP2 A 0, -0.172, 3.171, 6.514, 7.794 max_d=7.794 avg_d=3.171 std_dev=3.343
P B 0, 1.736, 5.937, 10.139, 9.106 max_d=9.106 avg_d=5.937 std_dev=4.202
OP2 B 0, 1.810, 6.187, 10.564, 9.455 max_d=9.455 avg_d=6.187 std_dev=4.377
OP1 B 0, 2.172, 7.419, 12.666, 11.249 max_d=11.249 avg_d=7.419 std_dev=5.247

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.28 0.00 0.10 0.23 0.61 0.23
C2 0.01 0.00 0.11 0.16 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.26 0.32 0.04 0.16 0.37 0.98 0.31
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.21 0.10 0.02 0.08 0.02 0.20 0.00 0.02 0.02 0.50 0.17 0.90 0.45
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.21 0.01 0.24 0.05 0.22 0.12 0.18 0.23 0.21 0.01 0.02 0.02 0.22 0.14 0.27 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.21 0.00 0.08 0.00 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.11 0.05 0.24 0.51 1.20 0.39
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.06 0.04 0.07 0.09 0.03 0.23 0.04 0.00 0.03 0.11 0.02 0.03
C5 0.01 0.00 0.07 0.24 0.00 0.08 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.07 0.10 0.22 0.56 1.12 0.36
C5' 0.08 0.11 0.21 0.05 0.22 0.01 0.24 0.00 0.21 0.13 0.16 0.24 0.05 0.04 0.14 0.01 0.01 0.30 0.22 0.02
C6 0.01 0.00 0.10 0.22 0.01 0.06 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.06 0.11 0.16 0.51 0.95 0.30
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.16 0.02 0.13 0.38 0.87 0.28
N3 0.01 0.00 0.08 0.18 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.30 0.25 0.02 0.21 0.43 1.14 0.37
N4 0.01 0.00 0.02 0.23 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.31 0.12 0.05 0.27 0.53 1.29 0.43
O2 0.02 0.00 0.20 0.21 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.28 0.50 0.10 0.14 0.29 0.89 0.29
O2' 0.03 0.26 0.00 0.01 0.28 0.23 0.23 0.04 0.17 0.17 0.30 0.31 0.28 0.00 0.02 0.15 0.41 0.13 0.89 0.40
O3' 0.28 0.32 0.02 0.02 0.11 0.04 0.07 0.14 0.06 0.16 0.25 0.12 0.50 0.02 0.00 0.20 0.12 0.38 0.30 0.31
O4' 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.00 0.10 0.01 0.11 0.02 0.02 0.05 0.10 0.15 0.20 0.00 0.14 0.24 0.23 0.08
O5' 0.10 0.16 0.50 0.22 0.24 0.03 0.22 0.01 0.16 0.13 0.21 0.27 0.14 0.41 0.12 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.23 0.37 0.17 0.14 0.51 0.11 0.56 0.30 0.51 0.38 0.43 0.53 0.29 0.13 0.38 0.24 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.61 0.98 0.90 0.27 1.20 0.02 1.12 0.22 0.95 0.87 1.14 1.29 0.89 0.89 0.30 0.23 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.23 0.31 0.45 0.04 0.39 0.03 0.36 0.02 0.30 0.28 0.37 0.43 0.29 0.40 0.31 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.64 0.68 0.22 0.83 0.59 0.77 0.76 0.84 0.79 0.63 0.63 0.95 0.07 1.30 0.58 0.78 1.02 1.24 1.39 1.24
C2 0.63 0.92 0.24 0.76 0.78 0.67 0.84 0.92 0.82 0.70 0.92 1.27 0.21 1.18 0.80 0.65 1.22 1.69 1.84 1.60
C2' 0.58 0.81 0.17 0.62 0.53 0.58 0.47 0.64 0.50 0.56 0.76 1.12 0.35 1.07 0.54 0.62 0.83 1.07 1.18 1.04
C3' 0.25 0.57 0.30 0.39 0.27 0.28 0.11 0.44 0.15 0.26 0.53 0.87 0.67 0.73 0.30 0.28 0.67 0.92 1.03 0.85
C4 0.55 1.05 0.25 0.65 0.85 0.57 0.77 0.95 0.73 0.70 1.06 1.41 0.38 0.97 0.88 0.47 1.31 1.80 2.02 1.73
C4' 0.57 0.40 0.29 0.98 0.49 0.88 0.71 0.93 0.74 0.54 0.38 0.51 0.25 1.39 0.47 0.78 1.03 1.06 1.18 1.12
C5 0.58 0.95 0.26 0.65 0.71 0.54 0.69 0.82 0.70 0.68 0.90 1.30 0.32 0.98 0.70 0.50 1.15 1.46 1.67 1.46
C5' 0.68 0.48 0.59 1.28 0.63 1.04 0.80 1.07 0.82 0.66 0.49 0.36 0.19 1.69 0.61 0.83 1.19 1.07 1.25 1.20
C6 0.63 0.80 0.25 0.74 0.61 0.63 0.70 0.76 0.72 0.65 0.74 1.11 0.13 1.16 0.60 0.64 1.03 1.28 1.45 1.29
N1 0.64 0.81 0.24 0.78 0.66 0.69 0.77 0.83 0.79 0.66 0.77 1.12 0.10 1.22 0.66 0.69 1.09 1.41 1.57 1.38
N3 0.59 1.02 0.24 0.70 0.86 0.63 0.83 0.98 0.80 0.71 1.04 1.38 0.33 1.07 0.90 0.56 1.31 1.87 2.04 1.76
N4 0.47 1.12 0.24 0.58 0.94 0.56 0.74 1.03 0.66 0.67 1.19 1.48 0.48 0.83 1.01 0.36 1.40 1.98 2.25 1.90
O2 0.64 0.91 0.23 0.78 0.80 0.71 0.87 0.94 0.86 0.71 0.92 1.25 0.18 1.22 0.82 0.69 1.23 1.74 1.87 1.62
O2' 0.62 0.84 0.18 0.63 0.63 0.58 0.61 0.63 0.62 0.63 0.81 1.12 0.27 1.03 0.64 0.65 0.83 1.05 1.18 1.03
O3' 0.24 0.57 0.48 0.24 0.32 0.14 0.16 0.33 0.16 0.27 0.55 0.85 0.84 0.39 0.36 0.24 0.58 0.89 0.96 0.76
O4' 0.75 0.55 0.44 1.09 0.70 1.01 0.95 1.04 0.98 0.73 0.54 0.64 0.17 1.55 0.68 0.96 1.14 1.26 1.36 1.30
O5' 0.24 0.18 0.42 1.05 0.26 0.52 0.37 0.60 0.38 0.25 0.18 0.24 0.17 1.50 0.25 0.21 0.86 0.83 1.03 0.90
OP1 0.68 0.55 0.38 0.37 0.63 0.38 0.69 0.29 0.70 0.64 0.56 0.47 0.76 0.69 0.62 0.77 0.31 0.10 0.34 0.24
OP2 0.73 1.15 1.03 1.22 0.97 0.51 0.74 0.58 0.66 0.86 1.15 1.37 0.99 1.38 1.01 0.34 0.87 0.83 1.06 0.85
P 0.32 0.44 0.51 1.03 0.37 0.38 0.31 0.42 0.29 0.35 0.43 0.53 0.19 1.38 0.38 0.16 0.72 0.52 0.82 0.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.29 0.02 0.00 0.06 0.29 0.13 0.33
C2 0.02 0.00 0.21 0.21 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.41 0.09 0.01 0.14 0.14 0.44 0.38 0.49
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.09 0.01 0.19 0.15 0.22 0.04 0.15 0.39 0.00 0.01 0.09 0.01 0.36 0.24 0.37 0.45
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.46 0.00 0.53 0.00 0.47 0.26 0.32 0.19 0.00 0.00 0.49 0.02 0.03 0.22 0.16 0.04
C4 0.02 0.01 0.09 0.46 0.00 0.20 0.01 0.24 0.01 0.02 0.00 0.02 0.28 0.24 0.00 0.02 0.44 0.44 0.57 0.37
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.20 0.00 0.28 0.00 0.26 0.10 0.10 0.12 0.27 0.04 0.21 0.00 0.00 0.04 0.05 0.08
C5 0.01 0.01 0.19 0.53 0.01 0.28 0.00 0.39 0.01 0.01 0.01 0.02 0.32 0.29 0.01 0.12 0.67 0.43 0.78 0.42
C5' 0.04 0.04 0.15 0.00 0.24 0.00 0.39 0.00 0.35 0.09 0.07 0.19 0.11 0.15 0.26 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00
C6 0.01 0.01 0.22 0.47 0.01 0.26 0.01 0.35 0.00 0.00 0.01 0.02 0.32 0.19 0.02 0.16 0.59 0.34 0.58 0.30
N1 0.00 0.01 0.04 0.26 0.02 0.10 0.01 0.09 0.00 0.00 0.02 0.02 0.18 0.03 0.02 0.00 0.17 0.34 0.20 0.31
N3 0.02 0.01 0.15 0.32 0.00 0.10 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.37 0.09 0.01 0.09 0.20 0.46 0.42 0.44
O2 0.03 0.01 0.39 0.19 0.02 0.12 0.02 0.19 0.02 0.02 0.01 0.00 0.68 0.26 0.02 0.24 0.32 0.50 0.59 0.64
O2' 0.01 0.41 0.00 0.00 0.28 0.27 0.32 0.11 0.32 0.18 0.37 0.68 0.00 0.03 0.31 0.20 0.24 0.04 0.40 0.34
O3' 0.29 0.09 0.01 0.00 0.24 0.04 0.29 0.15 0.19 0.03 0.09 0.26 0.03 0.00 0.29 0.21 0.15 0.61 0.45 0.33
O4 0.02 0.01 0.09 0.49 0.00 0.21 0.01 0.26 0.02 0.02 0.01 0.02 0.31 0.29 0.00 0.02 0.48 0.47 0.66 0.40
O4' 0.00 0.14 0.01 0.02 0.02 0.00 0.12 0.01 0.16 0.00 0.09 0.24 0.20 0.21 0.02 0.00 0.07 0.31 0.09 0.25
O5' 0.06 0.14 0.36 0.03 0.44 0.00 0.67 0.00 0.59 0.17 0.20 0.32 0.24 0.15 0.48 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.29 0.44 0.24 0.22 0.44 0.04 0.43 0.02 0.34 0.34 0.46 0.50 0.04 0.61 0.47 0.31 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.38 0.37 0.16 0.57 0.05 0.78 0.03 0.58 0.20 0.42 0.59 0.40 0.45 0.66 0.09 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.33 0.49 0.45 0.04 0.37 0.08 0.42 0.00 0.30 0.31 0.44 0.64 0.34 0.33 0.40 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00