Doublet Group distance statistics: 52809

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C4	A	0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N3	A	0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C5	A	0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C2	A	0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N1	A	0, 0.008, 0.031, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C6	A	0, 0.004, 0.028, 0.051, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.023
C1'	A	0, 0.012, 0.041, 0.070, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.041 std_dev=0.029
O2	A	0, -0.005, 0.060, 0.125, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.060 std_dev=0.065
N4	A	0, 0.001, 0.073, 0.145, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.073 std_dev=0.072
O4'	A	0, 0.033, 0.116, 0.199, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.116 std_dev=0.083
C4'	A	0, 0.015, 0.165, 0.315, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.165 std_dev=0.150
C2'	A	0, -0.004, 0.156, 0.316, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.156 std_dev=0.160
P	A	0, 0.009, 0.267, 0.524, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.267 std_dev=0.257
OP1	A	0, 0.002, 0.260, 0.518, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.260 std_dev=0.258
C5'	A	0, -0.006, 0.253, 0.511, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.253 std_dev=0.258
O5'	A	0, 0.048, 0.309, 0.569, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.309 std_dev=0.261
O2'	A	0, -0.017, 0.260, 0.538, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.260 std_dev=0.278
C3'	B	0, 0.075, 0.353, 0.632, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.353 std_dev=0.279
O3'	B	0, 0.062, 0.345, 0.629, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.345 std_dev=0.283
C3'	A	0, -0.049, 0.247, 0.543, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.247 std_dev=0.296
OP2	A	0, 0.051, 0.355, 0.658, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.355 std_dev=0.303
C4'	B	0, 0.107, 0.415, 0.724, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.415 std_dev=0.309
C2'	B	0, 0.064, 0.392, 0.720, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.392 std_dev=0.328
C5'	B	0, 0.106, 0.439, 0.771, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.439 std_dev=0.332
O5'	B	0, 0.107, 0.461, 0.815, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.461 std_dev=0.354
O4'	B	0, 0.114, 0.491, 0.867, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.491 std_dev=0.376
C1'	B	0, 0.065, 0.524, 0.983, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.524 std_dev=0.459
O2'	B	0, 0.045, 0.559, 1.074, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.559 std_dev=0.515
O3'	A	0, -0.100, 0.422, 0.944, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.422 std_dev=0.522
N1	B	0, 0.041, 0.632, 1.224, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.632 std_dev=0.592
C6	B	0, 0.062, 0.704, 1.346, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.704 std_dev=0.642
C2	B	0, -0.034, 0.771, 1.577, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.771 std_dev=0.805
OP2	B	0, -0.096, 0.765, 1.627, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.765 std_dev=0.861
O2	B	0, -0.035, 0.829, 1.694, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.829 std_dev=0.865
C5	B	0, -0.006, 0.936, 1.877, 2.224 max_d=2.224 avg_d=0.936 std_dev=0.942
N3	B	0, -0.107, 0.926, 1.959, 2.368 max_d=2.368 avg_d=0.926 std_dev=1.033
P	B	0, -0.107, 0.930, 1.967, 2.377 max_d=2.377 avg_d=0.930 std_dev=1.037
C4	B	0, -0.096, 1.034, 2.164, 2.606 max_d=2.606 avg_d=1.034 std_dev=1.130
O4	B	0, -0.143, 1.247, 2.637, 3.187 max_d=3.187 avg_d=1.247 std_dev=1.390
OP1	B	0, -0.437, 1.653, 3.742, 4.601 max_d=4.601 avg_d=1.653 std_dev=2.090

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.07	0.01	0.03	0.05	0.01	0.03	0.01	0.02	0.03	0.06	0.06	0.11	0.02	0.01	0.01	0.06	0.10	0.11	0.10
C2	0.07	0.00	0.08	0.14	0.01	0.09	0.02	0.07	0.02	0.02	0.00	0.03	0.00	0.04	0.15	0.07	0.04	0.08	0.13	0.09
C2'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.12	0.02	0.11	0.01	0.09	0.06	0.10	0.14	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.07	0.04
C3'	0.03	0.14	0.00	0.00	0.21	0.00	0.23	0.01	0.21	0.14	0.17	0.23	0.10	0.01	0.01	0.02	0.10	0.07	0.16	0.12
C4	0.05	0.01	0.12	0.21	0.00	0.10	0.01	0.08	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.06	0.27	0.04	0.05	0.10	0.12	0.09
C4'	0.01	0.09	0.02	0.00	0.10	0.00	0.10	0.01	0.10	0.08	0.09	0.11	0.10	0.09	0.02	0.00	0.03	0.04	0.04	0.01
C5	0.03	0.02	0.11	0.23	0.01	0.10	0.00	0.10	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.07	0.29	0.04	0.06	0.09	0.09	0.07
C5'	0.01	0.07	0.01	0.01	0.08	0.01	0.10	0.00	0.10	0.07	0.07	0.08	0.08	0.10	0.03	0.01	0.01	0.06	0.01	0.01
C6	0.02	0.02	0.09	0.21	0.01	0.10	0.01	0.10	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.06	0.23	0.03	0.04	0.08	0.10	0.07
N1	0.03	0.02	0.06	0.14	0.02	0.08	0.01	0.07	0.01	0.00	0.02	0.03	0.04	0.03	0.14	0.04	0.03	0.09	0.12	0.09
N3	0.06	0.00	0.10	0.17	0.01	0.09	0.02	0.07	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.05	0.21	0.06	0.04	0.10	0.14	0.10
N4	0.06	0.03	0.14	0.23	0.01	0.11	0.01	0.08	0.01	0.03	0.03	0.00	0.03	0.08	0.31	0.04	0.07	0.10	0.10	0.09
O2	0.11	0.00	0.08	0.10	0.01	0.10	0.03	0.08	0.03	0.04	0.01	0.03	0.00	0.04	0.09	0.12	0.03	0.07	0.13	0.08
O2'	0.02	0.04	0.01	0.01	0.06	0.09	0.07	0.10	0.06	0.03	0.05	0.08	0.04	0.00	0.04	0.07	0.08	0.07	0.09	0.07
O3'	0.01	0.15	0.00	0.01	0.27	0.02	0.29	0.03	0.23	0.14	0.21	0.31	0.09	0.04	0.00	0.02	0.23	0.23	0.32	0.26
O4'	0.01	0.07	0.01	0.02	0.04	0.00	0.04	0.01	0.03	0.04	0.06	0.04	0.12	0.07	0.02	0.00	0.08	0.13	0.09	0.11
O5'	0.06	0.04	0.01	0.10	0.05	0.03	0.06	0.01	0.04	0.03	0.04	0.07	0.03	0.08	0.23	0.08	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.10	0.08	0.01	0.07	0.10	0.04	0.09	0.06	0.08	0.09	0.10	0.10	0.07	0.07	0.23	0.13	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.11	0.13	0.07	0.16	0.12	0.04	0.09	0.01	0.10	0.12	0.14	0.10	0.13	0.09	0.32	0.09	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.10	0.09	0.04	0.12	0.09	0.01	0.07	0.01	0.07	0.09	0.10	0.09	0.08	0.07	0.26	0.11	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.29	0.20	0.25	0.19	0.07	0.20	0.09	0.12	0.05	0.17	0.10	0.32	0.43	0.17	0.13	0.26	0.11	0.83	0.05	0.38
C2	0.24	0.19	0.22	0.19	0.04	0.17	0.03	0.14	0.06	0.17	0.10	0.28	0.38	0.14	0.07	0.21	0.09	1.23	0.20	0.56
C2'	0.17	0.08	0.15	0.10	0.28	0.12	0.30	0.08	0.19	0.07	0.14	0.19	0.35	0.10	0.37	0.16	0.23	0.69	0.16	0.26
C3'	0.07	0.23	0.07	0.10	0.53	0.08	0.55	0.14	0.41	0.24	0.38	0.13	0.19	0.10	0.63	0.08	0.39	0.45	0.34	0.10
C4	0.21	0.15	0.22	0.21	0.03	0.19	0.05	0.21	0.11	0.17	0.08	0.19	0.33	0.14	0.03	0.21	0.17	1.53	0.37	0.73
C4'	0.13	0.08	0.09	0.06	0.31	0.10	0.33	0.08	0.23	0.08	0.17	0.12	0.25	0.06	0.38	0.13	0.28	0.38	0.24	0.12
C5	0.23	0.13	0.24	0.22	0.05	0.20	0.03	0.21	0.08	0.16	0.07	0.18	0.35	0.14	0.09	0.22	0.15	1.41	0.30	0.66
C5'	0.05	0.18	0.05	0.07	0.40	0.07	0.42	0.11	0.33	0.19	0.29	0.11	0.10	0.06	0.47	0.07	0.33	0.28	0.27	0.08
C6	0.25	0.16	0.24	0.20	0.09	0.19	0.08	0.16	0.06	0.15	0.09	0.23	0.40	0.15	0.13	0.23	0.10	1.15	0.17	0.52
N1	0.26	0.18	0.24	0.19	0.07	0.18	0.08	0.14	0.06	0.16	0.10	0.28	0.40	0.16	0.11	0.23	0.10	1.08	0.14	0.49
N3	0.22	0.18	0.22	0.20	0.03	0.18	0.03	0.18	0.10	0.18	0.10	0.24	0.35	0.14	0.03	0.21	0.13	1.44	0.31	0.68
N4	0.19	0.13	0.21	0.22	0.09	0.21	0.14	0.26	0.19	0.19	0.08	0.12	0.28	0.13	0.05	0.22	0.26	1.71	0.49	0.84
O2	0.24	0.21	0.22	0.17	0.03	0.15	0.04	0.12	0.05	0.17	0.12	0.31	0.37	0.13	0.06	0.20	0.09	1.15	0.16	0.52
O2'	0.21	0.14	0.17	0.09	0.22	0.11	0.27	0.11	0.17	0.09	0.09	0.29	0.38	0.09	0.30	0.17	0.29	0.48	0.25	0.14
O3'	0.12	0.35	0.12	0.18	0.72	0.13	0.74	0.24	0.58	0.36	0.53	0.19	0.16	0.16	0.84	0.12	0.56	0.13	0.60	0.16
O4'	0.28	0.18	0.23	0.18	0.06	0.19	0.09	0.10	0.04	0.15	0.08	0.29	0.39	0.16	0.12	0.25	0.11	0.65	0.03	0.30
O5'	0.01	0.21	0.02	0.00	0.46	0.03	0.47	0.05	0.36	0.20	0.34	0.11	0.15	0.01	0.53	0.01	0.30	0.57	0.22	0.19
OP1	0.08	0.31	0.04	0.05	0.55	0.06	0.56	0.06	0.45	0.30	0.42	0.22	0.07	0.02	0.62	0.07	0.41	0.12	0.38	0.08
OP2	0.15	0.44	0.07	0.02	0.66	0.03	0.64	0.07	0.51	0.38	0.56	0.35	0.05	0.00	0.73	0.08	0.20	1.18	0.08	0.45
P	0.06	0.28	0.02	0.02	0.50	0.04	0.50	0.02	0.40	0.26	0.39	0.20	0.09	0.01	0.56	0.02	0.28	0.67	0.19	0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.03	0.04	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.04	0.09	0.01	0.01	0.05	0.00	0.04	0.63	0.03	0.13
C2	0.05	0.00	0.06	0.15	0.02	0.08	0.04	0.08	0.03	0.01	0.01	0.01	0.05	0.14	0.03	0.05	0.04	0.76	0.10	0.11
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.08	0.02	0.07	0.01	0.06	0.04	0.07	0.08	0.01	0.01	0.09	0.01	0.01	0.87	0.08	0.29
C3'	0.03	0.15	0.00	0.00	0.22	0.00	0.22	0.00	0.20	0.14	0.18	0.13	0.01	0.00	0.23	0.02	0.09	0.77	0.01	0.27
C4	0.04	0.02	0.08	0.22	0.00	0.10	0.02	0.09	0.02	0.02	0.01	0.02	0.00	0.28	0.01	0.03	0.05	0.71	0.13	0.08
C4'	0.01	0.08	0.02	0.00	0.10	0.00	0.09	0.01	0.09	0.07	0.09	0.10	0.13	0.02	0.11	0.00	0.02	0.31	0.01	0.08
C5	0.03	0.04	0.07	0.22	0.02	0.09	0.00	0.08	0.01	0.02	0.02	0.05	0.03	0.29	0.02	0.02	0.05	0.61	0.13	0.07
C5'	0.01	0.08	0.01	0.00	0.09	0.01	0.08	0.00	0.08	0.07	0.08	0.10	0.13	0.03	0.10	0.01	0.01	0.08	0.01	0.01
C6	0.02	0.03	0.06	0.20	0.02	0.09	0.01	0.08	0.00	0.01	0.02	0.04	0.03	0.24	0.02	0.02	0.04	0.59	0.10	0.08
N1	0.02	0.01	0.04	0.14	0.02	0.07	0.02	0.07	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.14	0.02	0.03	0.03	0.68	0.08	0.10
N3	0.04	0.01	0.07	0.18	0.01	0.09	0.02	0.08	0.02	0.01	0.00	0.00	0.04	0.21	0.02	0.04	0.04	0.78	0.11	0.10
O2	0.09	0.01	0.08	0.13	0.02	0.10	0.05	0.10	0.04	0.04	0.00	0.00	0.07	0.09	0.02	0.09	0.06	0.77	0.10	0.11
O2'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.13	0.03	0.13	0.03	0.01	0.04	0.07	0.00	0.07	0.00	0.09	0.09	0.68	0.00	0.17
O3'	0.01	0.14	0.01	0.00	0.28	0.02	0.29	0.03	0.24	0.14	0.21	0.09	0.07	0.00	0.32	0.02	0.20	0.63	0.10	0.20
O4	0.05	0.03	0.09	0.23	0.01	0.11	0.02	0.10	0.02	0.02	0.02	0.02	0.00	0.32	0.00	0.04	0.07	0.69	0.16	0.08
O4'	0.00	0.05	0.01	0.02	0.03	0.00	0.02	0.01	0.02	0.03	0.04	0.09	0.09	0.02	0.04	0.00	0.06	0.32	0.02	0.01
O5'	0.04	0.04	0.01	0.09	0.05	0.02	0.05	0.01	0.04	0.03	0.04	0.06	0.09	0.20	0.07	0.06	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.63	0.76	0.87	0.77	0.71	0.31	0.61	0.08	0.59	0.68	0.78	0.77	0.68	0.63	0.69	0.32	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.03	0.10	0.08	0.01	0.13	0.01	0.13	0.01	0.10	0.08	0.11	0.10	0.00	0.10	0.16	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01
P	0.13	0.11	0.29	0.27	0.08	0.08	0.07	0.01	0.08	0.10	0.10	0.11	0.17	0.20	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00