ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52810

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O3' A 0, 0.000, 0.082, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.082 std_dev=0.082
O2 A 0, 0.000, 0.083, 0.166, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C3' A 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
O4' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C4' A 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C2' A 0, 0.000, 0.156, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.156 std_dev=0.156
C5' A 0, 0.000, 0.297, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.297 std_dev=0.297
O2' A 0, 0.000, 0.308, 0.616, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.308 std_dev=0.308
O5' A 0, 0.000, 0.313, 0.626, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.313 std_dev=0.313
O2 B 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335
N3 B 0, 0.000, 0.360, 0.720, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.360 std_dev=0.360
O4 B 0, 0.000, 0.363, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.363 std_dev=0.363
C2 B 0, 0.000, 0.444, 0.887, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.444 std_dev=0.444
P A 0, 0.000, 0.469, 0.938, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.469 std_dev=0.469
C4 B 0, 0.000, 0.480, 0.960, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.480 std_dev=0.480
O3' B 0, 0.000, 0.485, 0.970, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.485 std_dev=0.485
OP2 A 0, 0.000, 0.530, 1.061, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.530 std_dev=0.530
C2' B 0, 0.000, 0.542, 1.085, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.542 std_dev=0.542
C3' B 0, 0.000, 0.546, 1.093, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.546 std_dev=0.546
OP1 A 0, 0.000, 0.601, 1.202, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.601 std_dev=0.601
O2' B 0, 0.000, 0.610, 1.220, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.610 std_dev=0.610
N1 B 0, 0.000, 0.650, 1.299, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.650 std_dev=0.650
C1' B 0, 0.000, 0.701, 1.401, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.701 std_dev=0.701
C4' B 0, 0.000, 0.704, 1.408, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.704 std_dev=0.704
O5' B 0, 0.000, 0.721, 1.443, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.721 std_dev=0.721
C5 B 0, 0.000, 0.729, 1.458, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.729 std_dev=0.729
O4' B 0, 0.000, 0.780, 1.561, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.780 std_dev=0.780
C5' B 0, 0.000, 0.784, 1.569, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.784 std_dev=0.784
C6 B 0, 0.000, 0.799, 1.598, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.799 std_dev=0.799
OP1 B 0, 0.000, 0.905, 1.809, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.905 std_dev=0.905
P B 0, 0.000, 0.905, 1.809, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.905 std_dev=0.905
OP2 B 0, 0.000, 0.952, 1.903, 1.903 max_d=1.903 avg_d=0.952 std_dev=0.952

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.01
C2 0.04 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02
C2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01
C4 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.00
C5 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01
C5' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00
C6 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.09 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01
N1 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00
N3 0.04 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02
N4 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01
O2 0.07 0.00 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.10 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.12 0.03 0.02 0.03 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.02 0.09 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04
O3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01
O4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.12 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.01
O5' 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.06 0.01 0.05 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.06 0.03 0.00 0.00 0.02
OP2 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.06 0.08 0.06 0.05 0.06 0.09 0.06 0.12 0.10 0.04 0.03 0.10 0.03 0.05 0.07 0.04 0.02 0.14 0.03
C2 0.15 0.11 0.16 0.12 0.10 0.13 0.16 0.12 0.20 0.17 0.08 0.08 0.19 0.08 0.08 0.14 0.09 0.01 0.13 0.01
C2' 0.09 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.11 0.07 0.13 0.12 0.07 0.06 0.11 0.05 0.09 0.08 0.06 0.01 0.13 0.02
C3' 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.09 0.04 0.10 0.10 0.05 0.03 0.08 0.04 0.07 0.06 0.04 0.02 0.13 0.03
C4 0.11 0.10 0.11 0.08 0.09 0.10 0.14 0.10 0.17 0.14 0.07 0.08 0.12 0.03 0.08 0.11 0.08 0.01 0.11 0.01
C4' 0.06 0.04 0.06 0.05 0.03 0.04 0.07 0.04 0.09 0.08 0.03 0.00 0.07 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.12 0.02
C5 0.04 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.02 0.04 0.04 0.00 0.03 0.05 0.07 0.03 0.09 0.02
C5' 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.06 0.05 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.11 0.03
C6 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.06 0.05 0.07 0.08 0.07 0.02 0.03 0.04 0.00 0.03 0.05 0.07 0.02 0.09 0.01
N1 0.10 0.08 0.11 0.09 0.07 0.09 0.11 0.09 0.15 0.13 0.05 0.05 0.12 0.04 0.06 0.10 0.07 0.01 0.12 0.00
N3 0.16 0.12 0.16 0.12 0.11 0.14 0.18 0.12 0.21 0.18 0.09 0.09 0.18 0.07 0.09 0.14 0.09 0.02 0.12 0.01
N4 0.11 0.10 0.11 0.07 0.11 0.10 0.16 0.10 0.18 0.14 0.08 0.08 0.12 0.02 0.09 0.11 0.07 0.00 0.12 0.00
O2 0.19 0.13 0.20 0.15 0.11 0.16 0.19 0.14 0.23 0.20 0.08 0.08 0.24 0.12 0.09 0.17 0.10 0.02 0.13 0.01
O2' 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.14 0.10 0.16 0.14 0.11 0.10 0.12 0.07 0.13 0.11 0.10 0.04 0.09 0.03
O3' 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.05 0.10 0.04 0.12 0.10 0.05 0.04 0.09 0.04 0.07 0.06 0.04 0.02 0.13 0.03
O4' 0.07 0.04 0.07 0.06 0.03 0.05 0.07 0.05 0.10 0.09 0.02 0.00 0.08 0.02 0.03 0.06 0.03 0.02 0.13 0.02
O5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.04
OP1 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00
OP2 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.12 0.03
P 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02
C2 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.03
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05
C4' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.08 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02
C6 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00
N1 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00
N3 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.00 0.04
O2 0.05 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01
O2' 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01
O3' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.03
O4 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.07 0.06 0.09
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02
O5' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.07 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.05 0.04 0.07 0.09 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.07 0.06 0.09 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04
P 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00