ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52811

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O2 B 0, 0.000, 0.262, 0.523, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.262 std_dev=0.262
O2' B 0, 0.000, 0.407, 0.814, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.407 std_dev=0.407
C1' B 0, 0.000, 0.415, 0.830, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.415 std_dev=0.415
C2' A 0, 0.000, 0.468, 0.937, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.468 std_dev=0.468
O4' A 0, 0.000, 0.473, 0.947, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.473 std_dev=0.473
C2' B 0, 0.000, 0.576, 1.151, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.576 std_dev=0.576
O4' B 0, 0.000, 0.746, 1.492, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.746 std_dev=0.746
O2' A 0, 0.000, 0.810, 1.619, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.810 std_dev=0.810
C4' A 0, 0.000, 0.846, 1.693, 1.693 max_d=1.693 avg_d=0.846 std_dev=0.846
C3' A 0, 0.000, 0.935, 1.871, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.935 std_dev=0.935
C5' A 0, 0.000, 0.980, 1.960, 1.960 max_d=1.960 avg_d=0.980 std_dev=0.980
C2 B 0, 0.000, 1.055, 2.111, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.055 std_dev=1.055
N1 B 0, 0.000, 1.433, 2.866, 2.866 max_d=2.866 avg_d=1.433 std_dev=1.433
C4' B 0, 0.000, 1.502, 3.005, 3.005 max_d=3.005 avg_d=1.502 std_dev=1.502
O3' A 0, 0.000, 1.505, 3.011, 3.011 max_d=3.011 avg_d=1.505 std_dev=1.505
OP2 A 0, 0.000, 1.580, 3.161, 3.161 max_d=3.161 avg_d=1.580 std_dev=1.580
C3' B 0, 0.000, 1.635, 3.269, 3.269 max_d=3.269 avg_d=1.635 std_dev=1.635
O5' A 0, 0.000, 1.849, 3.698, 3.698 max_d=3.698 avg_d=1.849 std_dev=1.849
N3 B 0, 0.000, 2.080, 4.159, 4.159 max_d=4.159 avg_d=2.080 std_dev=2.080
O3' B 0, 0.000, 2.245, 4.489, 4.489 max_d=4.489 avg_d=2.245 std_dev=2.245
C5' B 0, 0.000, 2.283, 4.565, 4.565 max_d=4.565 avg_d=2.283 std_dev=2.283
P A 0, 0.000, 2.345, 4.689, 4.689 max_d=4.689 avg_d=2.345 std_dev=2.345
O5' B 0, 0.000, 2.675, 5.350, 5.350 max_d=5.350 avg_d=2.675 std_dev=2.675
C6 B 0, 0.000, 2.742, 5.483, 5.483 max_d=5.483 avg_d=2.742 std_dev=2.742
C4 B 0, 0.000, 3.419, 6.839, 6.839 max_d=6.839 avg_d=3.419 std_dev=3.419
P B 0, 0.000, 3.515, 7.031, 7.031 max_d=7.031 avg_d=3.515 std_dev=3.515
OP1 A 0, 0.000, 3.641, 7.281, 7.281 max_d=7.281 avg_d=3.641 std_dev=3.641
C5 B 0, 0.000, 3.721, 7.441, 7.441 max_d=7.441 avg_d=3.721 std_dev=3.721
OP2 B 0, 0.000, 3.791, 7.582, 7.582 max_d=7.582 avg_d=3.791 std_dev=3.791
OP1 B 0, 0.000, 3.990, 7.980, 7.980 max_d=7.980 avg_d=3.990 std_dev=3.990
O4 B 0, 0.000, 4.238, 8.476, 8.476 max_d=8.476 avg_d=4.238 std_dev=4.238

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.24 0.00 0.26 0.43 0.17 0.24
C2 0.01 0.00 0.13 0.22 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.19 0.07 0.07 0.60 1.05 0.48 0.63
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.17 0.11 0.01 0.10 0.02 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.23 0.03
C3' 0.00 0.22 0.01 0.00 0.32 0.00 0.31 0.00 0.25 0.20 0.28 0.34 0.16 0.04 0.01 0.01 0.06 0.13 0.07 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.32 0.00 0.11 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.30 0.12 0.02 0.87 1.58 0.77 0.98
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.11 0.00 0.14 0.00 0.14 0.08 0.07 0.11 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
C5 0.01 0.01 0.07 0.31 0.01 0.14 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.17 0.04 0.91 1.57 0.79 1.01
C5' 0.06 0.02 0.17 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.10 0.03 0.06 0.12 0.02 0.08 0.17 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00
C6 0.01 0.01 0.11 0.25 0.01 0.14 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.26 0.10 0.07 0.78 1.21 0.61 0.80
N1 0.00 0.01 0.01 0.20 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.04 0.00 0.58 0.93 0.43 0.58
N3 0.01 0.00 0.10 0.28 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.02 0.06 0.74 1.35 0.63 0.82
N4 0.02 0.01 0.02 0.34 0.01 0.11 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.16 0.03 0.93 1.77 0.86 1.09
O2 0.02 0.00 0.22 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.19 0.11 0.46 0.85 0.37 0.49
O2' 0.01 0.19 0.00 0.04 0.30 0.26 0.30 0.08 0.26 0.19 0.25 0.32 0.10 0.00 0.05 0.17 0.09 0.10 0.16 0.03
O3' 0.24 0.07 0.00 0.01 0.12 0.01 0.17 0.17 0.10 0.04 0.02 0.16 0.19 0.05 0.00 0.18 0.12 0.18 0.07 0.18
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.11 0.17 0.18 0.00 0.26 0.33 0.27 0.23
O5' 0.26 0.60 0.01 0.06 0.87 0.01 0.91 0.00 0.78 0.58 0.74 0.93 0.46 0.09 0.12 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.43 1.05 0.14 0.13 1.58 0.01 1.57 0.01 1.21 0.93 1.35 1.77 0.85 0.10 0.18 0.33 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.17 0.48 0.23 0.07 0.77 0.02 0.79 0.03 0.61 0.43 0.63 0.86 0.37 0.16 0.07 0.27 0.01 0.02 0.00 0.02
P 0.24 0.63 0.03 0.06 0.98 0.00 1.01 0.00 0.80 0.58 0.82 1.09 0.49 0.03 0.18 0.23 0.00 0.00 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.34 0.35 0.34 1.04 0.30 1.10 0.48 0.86 0.50 0.67 0.12 0.25 0.10 1.16 0.30 0.71 0.79 1.04 0.87
C2 0.11 0.09 0.39 0.72 0.23 0.61 0.28 0.89 0.24 0.16 0.14 0.05 0.28 0.42 0.24 0.41 1.13 1.36 1.58 1.37
C2' 0.37 0.41 0.53 0.46 1.09 0.43 1.25 0.55 1.04 0.64 0.68 0.05 0.04 0.08 1.20 0.43 0.72 0.79 1.00 0.86
C3' 0.30 0.45 0.26 0.06 1.32 0.15 1.50 0.20 1.19 0.68 0.81 0.05 0.19 0.33 1.49 0.31 0.32 0.29 0.50 0.41
C4 0.00 0.28 0.34 0.96 0.76 0.79 0.67 1.06 0.46 0.26 0.58 0.01 0.27 0.88 0.93 0.40 1.18 1.52 1.55 1.42
C4' 0.41 0.68 0.30 0.00 1.63 0.14 1.82 0.20 1.48 0.90 1.09 0.11 0.17 0.50 1.77 0.38 0.35 0.28 0.52 0.43
C5 0.01 0.28 0.32 0.86 0.62 0.68 0.56 0.85 0.40 0.25 0.49 0.07 0.27 0.82 0.73 0.33 0.87 1.12 1.05 1.01
C5' 0.49 0.64 0.29 0.10 1.37 0.10 1.62 0.06 1.42 0.90 0.93 0.16 0.02 0.50 1.43 0.39 0.10 0.02 0.15 0.12
C6 0.05 0.05 0.34 0.62 0.01 0.49 0.06 0.63 0.08 0.03 0.06 0.12 0.29 0.43 0.04 0.29 0.71 0.86 0.91 0.84
N1 0.12 0.13 0.37 0.57 0.43 0.48 0.48 0.68 0.40 0.24 0.26 0.10 0.28 0.25 0.45 0.34 0.87 1.02 1.20 1.04
N3 0.05 0.11 0.38 0.88 0.34 0.74 0.26 1.06 0.15 0.07 0.27 0.01 0.28 0.69 0.45 0.42 1.27 1.60 1.76 1.55
N4 0.03 0.41 0.32 1.07 1.24 0.91 1.14 1.22 0.79 0.43 0.87 0.04 0.24 1.12 1.54 0.41 1.30 1.78 1.71 1.59
O2 0.15 0.21 0.40 0.67 0.56 0.58 0.57 0.89 0.46 0.29 0.38 0.02 0.27 0.30 0.64 0.43 1.18 1.42 1.70 1.46
O2' 0.19 0.34 0.40 0.32 1.12 0.26 1.22 0.44 0.95 0.52 0.68 0.14 0.08 0.11 1.32 0.26 0.70 0.82 1.16 0.91
O3' 0.41 0.75 0.28 0.04 1.80 0.18 1.88 0.25 1.45 0.90 1.22 0.22 0.22 0.44 2.09 0.43 0.44 0.36 0.68 0.55
O4' 0.28 0.60 0.29 0.13 1.42 0.19 1.49 0.33 1.19 0.75 1.00 0.05 0.31 0.39 1.52 0.33 0.55 0.54 0.79 0.66
O5' 0.05 0.06 0.23 0.52 0.77 0.29 1.08 0.41 0.88 0.34 0.31 0.36 0.45 0.73 0.84 0.03 0.50 0.63 0.60 0.53
OP1 0.25 0.41 0.66 0.90 0.08 0.62 0.39 0.92 0.29 0.14 0.27 0.69 0.64 0.83 0.10 0.36 1.24 1.47 1.65 1.40
OP2 0.37 0.41 0.70 1.02 0.04 0.77 0.15 1.04 0.06 0.25 0.28 0.61 0.48 0.88 0.00 0.54 1.29 1.41 1.48 1.37
P 0.02 0.08 0.42 0.74 0.44 0.44 0.73 0.69 0.61 0.17 0.09 0.39 0.42 0.77 0.47 0.15 0.92 1.11 1.18 1.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.17 0.00 0.00 0.10 0.07 0.21 0.15
C2 0.00 0.00 0.12 0.35 0.01 0.31 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.04 0.01 0.24 0.55 0.52 0.47 0.52
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.11 0.00 0.09 0.22 0.01 0.02 0.00 0.02 0.24 0.18 0.27 0.24
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.12 0.00 0.09 0.02 0.15 0.07 0.29 0.57 0.01 0.00 0.13 0.02 0.03 0.10 0.15 0.09
C4 0.00 0.01 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.03 0.00 0.00 0.12 0.26 0.44 0.30
C4' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00 0.21 0.00 0.26 0.02 0.23 0.59 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.21 0.00 0.47 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.00 0.17 0.66 0.86 1.16 0.95
C5' 0.03 0.43 0.12 0.02 0.08 0.00 0.47 0.00 0.53 0.05 0.30 0.90 0.00 0.13 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.11 0.15 0.00 0.26 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.00 0.22 0.74 0.85 1.14 0.96
N1 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.09 0.00 0.01 0.11 0.14 0.31 0.21
N3 0.00 0.00 0.09 0.29 0.00 0.23 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.01 0.27 0.04 0.01 0.16 0.40 0.36 0.29 0.35
O2 0.00 0.00 0.22 0.57 0.01 0.59 0.01 0.90 0.00 0.00 0.01 0.00 0.35 0.14 0.02 0.44 1.19 1.20 1.26 1.24
O2' 0.03 0.27 0.01 0.01 0.18 0.11 0.06 0.00 0.01 0.12 0.27 0.35 0.00 0.08 0.21 0.03 0.21 0.11 0.32 0.21
O3' 0.17 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.12 0.13 0.16 0.09 0.04 0.14 0.08 0.00 0.01 0.12 0.15 0.36 0.35 0.27
O4 0.00 0.01 0.00 0.13 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.21 0.01 0.00 0.01 0.10 0.26 0.43 0.28
O4' 0.00 0.24 0.02 0.02 0.00 0.00 0.17 0.01 0.22 0.01 0.16 0.44 0.03 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06
O5' 0.10 0.55 0.24 0.03 0.12 0.00 0.66 0.01 0.74 0.11 0.40 1.19 0.21 0.15 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.07 0.52 0.18 0.10 0.26 0.05 0.86 0.05 0.85 0.14 0.36 1.20 0.11 0.36 0.26 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.47 0.27 0.15 0.44 0.01 1.16 0.00 1.14 0.31 0.29 1.26 0.32 0.35 0.43 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.52 0.24 0.09 0.30 0.01 0.95 0.01 0.96 0.21 0.35 1.24 0.21 0.27 0.28 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00