ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52813

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.001, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N4 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
O2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2' A 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
O4' A 0, 0.000, 0.209, 0.419, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.209 std_dev=0.209
O2' A 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C4' A 0, 0.000, 0.286, 0.572, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.286 std_dev=0.286
C3' A 0, 0.000, 0.315, 0.630, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.315 std_dev=0.315
O3' A 0, 0.000, 0.423, 0.845, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.423 std_dev=0.423
O4' B 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
C1' B 0, 0.000, 0.456, 0.911, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.456 std_dev=0.456
N1 B 0, 0.000, 0.464, 0.928, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.464 std_dev=0.464
O4 B 0, 0.000, 0.472, 0.943, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.472 std_dev=0.472
C2' B 0, 0.000, 0.489, 0.979, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.489 std_dev=0.489
C5' A 0, 0.000, 0.505, 1.009, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.505 std_dev=0.505
C4 B 0, 0.000, 0.518, 1.036, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.518 std_dev=0.518
O2' B 0, 0.000, 0.518, 1.037, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.518 std_dev=0.518
C4' B 0, 0.000, 0.549, 1.098, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.549 std_dev=0.549
C3' B 0, 0.000, 0.557, 1.114, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.557 std_dev=0.557
C5' B 0, 0.000, 0.583, 1.165, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.583 std_dev=0.583
O5' B 0, 0.000, 0.655, 1.310, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.655 std_dev=0.655
O3' B 0, 0.000, 0.662, 1.325, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.662 std_dev=0.662
P A 0, 0.000, 0.709, 1.418, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.709 std_dev=0.709
OP2 A 0, 0.000, 0.753, 1.506, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.753 std_dev=0.753
O5' A 0, 0.000, 0.773, 1.545, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.773 std_dev=0.773
P B 0, 0.000, 0.829, 1.657, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.829 std_dev=0.829
N3 B 0, 0.000, 0.892, 1.785, 1.785 max_d=1.785 avg_d=0.892 std_dev=0.892
OP1 B 0, 0.000, 0.907, 1.814, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.907 std_dev=0.907
OP2 B 0, 0.000, 0.918, 1.837, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.918 std_dev=0.918
OP1 A 0, 0.000, 0.981, 1.963, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.981 std_dev=0.981
C2 B 0, 0.000, 1.050, 2.100, 2.100 max_d=2.100 avg_d=1.050 std_dev=1.050
C6 B 0, 0.000, 1.485, 2.971, 2.971 max_d=2.971 avg_d=1.485 std_dev=1.485
C5 B 0, 0.000, 1.594, 3.189, 3.189 max_d=3.189 avg_d=1.594 std_dev=1.594
O2 B 0, 0.000, 2.112, 4.223, 4.223 max_d=4.223 avg_d=2.112 std_dev=2.112

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.36 0.10 0.11
C2 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.27 0.55 0.21 0.27
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.23 0.39 0.13 0.17
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.30 0.37 0.13 0.18
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.40 0.66 0.32 0.40
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.23 0.03 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.43 0.65 0.33 0.41
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.22 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.38 0.58 0.27 0.33
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.51 0.20 0.24
N3 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.34 0.62 0.27 0.34
N4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.43 0.68 0.36 0.44
O2 0.01 0.00 0.10 0.10 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.02 0.19 0.50 0.16 0.21
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.07 0.26 0.04 0.06
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.02 0.11 0.00 0.00 0.00 0.22 0.29 0.08 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.26 0.04 0.01
O5' 0.11 0.27 0.23 0.30 0.40 0.01 0.43 0.01 0.38 0.27 0.34 0.43 0.19 0.07 0.22 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.36 0.55 0.39 0.37 0.66 0.23 0.65 0.22 0.58 0.51 0.62 0.68 0.50 0.26 0.29 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.21 0.13 0.13 0.32 0.03 0.33 0.03 0.27 0.20 0.27 0.36 0.16 0.04 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.27 0.17 0.18 0.40 0.00 0.41 0.01 0.33 0.24 0.34 0.44 0.21 0.06 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.35 0.24 0.20 0.04 0.23 0.13 0.19 0.08 0.17 0.26 0.57 0.30 0.21 0.01 0.22 0.31 0.50 0.38 0.38
C2 0.14 0.45 0.12 0.07 0.06 0.12 0.40 0.09 0.36 0.07 0.33 0.85 0.17 0.04 0.08 0.15 0.23 0.41 0.28 0.28
C2' 0.13 0.31 0.14 0.09 0.06 0.11 0.28 0.07 0.22 0.07 0.22 0.57 0.19 0.11 0.10 0.10 0.49 0.64 0.55 0.54
C3' 0.21 0.31 0.21 0.13 0.10 0.14 0.00 0.08 0.04 0.19 0.25 0.43 0.24 0.12 0.06 0.16 0.53 0.69 0.58 0.59
C4 0.05 0.38 0.01 0.07 0.11 0.02 0.46 0.01 0.45 0.01 0.26 0.80 0.04 0.14 0.13 0.07 0.13 0.32 0.16 0.18
C4' 0.36 0.32 0.38 0.32 0.28 0.32 0.32 0.27 0.36 0.35 0.28 0.30 0.38 0.32 0.23 0.33 0.36 0.58 0.45 0.45
C5 0.07 0.29 0.01 0.06 0.09 0.05 0.33 0.01 0.31 0.01 0.19 0.60 0.11 0.13 0.11 0.10 0.14 0.33 0.17 0.19
C5' 0.48 0.30 0.47 0.42 0.47 0.40 0.66 0.34 0.69 0.51 0.32 0.12 0.43 0.36 0.42 0.43 0.31 0.57 0.37 0.41
C6 0.15 0.29 0.12 0.05 0.04 0.13 0.22 0.08 0.19 0.08 0.19 0.54 0.23 0.01 0.07 0.16 0.21 0.40 0.25 0.27
N1 0.17 0.38 0.16 0.11 0.02 0.16 0.26 0.12 0.22 0.10 0.27 0.67 0.24 0.09 0.06 0.18 0.25 0.44 0.30 0.31
N3 0.08 0.45 0.04 0.01 0.10 0.06 0.49 0.03 0.46 0.02 0.32 0.90 0.09 0.06 0.12 0.10 0.18 0.36 0.21 0.22
N4 0.01 0.37 0.08 0.13 0.15 0.04 0.53 0.07 0.53 0.06 0.25 0.82 0.05 0.21 0.16 0.02 0.08 0.26 0.10 0.11
O2 0.16 0.49 0.14 0.10 0.04 0.15 0.41 0.12 0.36 0.09 0.38 0.91 0.18 0.09 0.07 0.16 0.26 0.44 0.32 0.31
O2' 0.13 0.28 0.15 0.14 0.08 0.14 0.29 0.12 0.22 0.06 0.19 0.53 0.20 0.19 0.14 0.11 0.50 0.64 0.58 0.56
O3' 0.18 0.25 0.18 0.12 0.11 0.10 0.05 0.06 0.08 0.17 0.21 0.32 0.21 0.12 0.07 0.12 0.64 0.78 0.71 0.70
O4' 0.38 0.37 0.39 0.35 0.23 0.37 0.20 0.32 0.25 0.33 0.31 0.43 0.43 0.36 0.17 0.37 0.21 0.44 0.31 0.31
O5' 0.20 0.40 0.21 0.12 0.14 0.07 0.07 0.00 0.06 0.18 0.34 0.58 0.18 0.01 0.15 0.15 0.57 0.64 0.48 0.57
OP1 0.05 0.26 0.13 0.00 0.04 0.15 0.28 0.28 0.29 0.01 0.19 0.50 0.18 0.00 0.03 0.08 0.03 0.16 0.03 0.06
OP2 0.17 0.20 0.08 0.12 0.39 0.19 0.82 0.26 0.81 0.27 0.06 0.66 0.03 0.01 0.38 0.20 0.26 0.52 0.10 0.31
P 0.02 0.26 0.07 0.00 0.11 0.08 0.39 0.16 0.40 0.04 0.17 0.56 0.09 0.00 0.10 0.05 0.27 0.43 0.15 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.12 0.16 0.01
C2 0.02 0.00 0.04 0.22 0.00 0.33 0.00 0.49 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.17 0.00 0.30 0.91 0.87 0.72 0.85
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.28 0.01 0.16
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.10 0.00 0.33 0.01 0.37 0.06 0.12 0.48 0.00 0.00 0.09 0.00 0.30 0.37 0.04 0.24
C4 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.03 0.27 0.12 0.06 0.11
C4' 0.00 0.33 0.01 0.00 0.09 0.00 0.39 0.00 0.45 0.05 0.21 0.70 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.13 0.23 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.33 0.00 0.39 0.00 0.66 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.31 0.00 0.26 0.31 0.55 0.84 0.59
C5' 0.01 0.49 0.01 0.01 0.17 0.00 0.66 0.00 0.71 0.09 0.32 1.07 0.03 0.02 0.16 0.00 0.01 0.16 0.33 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.37 0.00 0.45 0.00 0.71 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.32 0.00 0.33 0.43 0.58 0.90 0.66
N1 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.20 0.13 0.12 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.12 0.00 0.21 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.09 0.00 0.19 0.79 0.76 0.65 0.75
O2 0.02 0.00 0.07 0.48 0.00 0.70 0.00 1.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.32 0.40 0.00 0.56 1.54 1.56 1.43 1.56
O2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.03 0.03 0.16 0.03 0.19 0.02 0.10 0.32 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.15 0.09 0.02
O3' 0.00 0.17 0.01 0.00 0.11 0.01 0.31 0.02 0.32 0.05 0.09 0.40 0.02 0.00 0.10 0.01 0.24 0.41 0.08 0.25
O4 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.03 0.32 0.16 0.02 0.17
O4' 0.00 0.30 0.01 0.00 0.03 0.00 0.26 0.00 0.33 0.02 0.19 0.56 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.30 0.11
O5' 0.10 0.91 0.22 0.30 0.27 0.01 0.31 0.01 0.43 0.20 0.79 1.54 0.04 0.24 0.32 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.12 0.87 0.28 0.37 0.12 0.13 0.55 0.16 0.58 0.13 0.76 1.56 0.15 0.41 0.16 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.72 0.01 0.04 0.06 0.23 0.84 0.33 0.90 0.12 0.65 1.43 0.09 0.08 0.02 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.85 0.16 0.24 0.11 0.02 0.59 0.01 0.66 0.06 0.75 1.56 0.02 0.25 0.17 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00