ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52823

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 8, 16, 13, 4, 1, 2, 22, 16, 7, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.011, 0.016, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.012, 0.021, 0.029, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.013, 0.023, 0.032, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.015, 0.025, 0.036, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.029 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.020, 0.037, 0.054, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.037 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.017, 0.036, 0.055, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.036 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.023, 0.044, 0.065, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.044 std_dev=0.021
OP1 B 0, 0.278, 0.524, 0.771, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.524 std_dev=0.246
P B 0, 0.324, 0.610, 0.896, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.610 std_dev=0.286
OP2 B 0, 0.311, 0.718, 1.125, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.718 std_dev=0.407
O5' B 0, 0.311, 0.754, 1.197, 3.512 max_d=3.512 avg_d=0.754 std_dev=0.443
C5' B 0, 0.304, 0.927, 1.550, 5.151 max_d=5.151 avg_d=0.927 std_dev=0.623
O3' A 0, 0.107, 0.771, 1.434, 2.603 max_d=2.603 avg_d=0.771 std_dev=0.664
O4' A 0, 0.042, 0.763, 1.484, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.763 std_dev=0.721
C2' A 0, 0.034, 0.757, 1.480, 2.023 max_d=2.023 avg_d=0.757 std_dev=0.723
C3' A 0, 0.060, 0.822, 1.585, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.822 std_dev=0.763
C4' B 0, 0.215, 1.000, 1.784, 6.998 max_d=6.998 avg_d=1.000 std_dev=0.785
C3' B 0, -0.087, 0.699, 1.486, 8.146 max_d=8.146 avg_d=0.699 std_dev=0.786
O3' B 0, -0.272, 0.564, 1.401, 8.593 max_d=8.593 avg_d=0.564 std_dev=0.836
C4' A 0, 0.056, 1.041, 2.027, 2.276 max_d=2.276 avg_d=1.041 std_dev=0.986
C2' B 0, -0.055, 0.959, 1.973, 10.363 max_d=10.363 avg_d=0.959 std_dev=1.014
O4' B 0, 0.241, 1.308, 2.375, 8.279 max_d=8.279 avg_d=1.308 std_dev=1.067
O2' B 0, -0.113, 0.998, 2.110, 11.450 max_d=11.450 avg_d=0.998 std_dev=1.112
O2' A 0, 0.110, 1.231, 2.352, 3.427 max_d=3.427 avg_d=1.231 std_dev=1.121
C1' B 0, 0.158, 1.324, 2.490, 10.300 max_d=10.300 avg_d=1.324 std_dev=1.166
C6 B 0, 0.244, 1.571, 2.897, 9.922 max_d=9.922 avg_d=1.571 std_dev=1.327
N1 B 0, 0.225, 1.577, 2.929, 10.993 max_d=10.993 avg_d=1.577 std_dev=1.352
C5 B 0, 0.329, 1.936, 3.542, 10.983 max_d=10.983 avg_d=1.936 std_dev=1.606
C2 B 0, 0.286, 1.919, 3.553, 13.102 max_d=13.102 avg_d=1.919 std_dev=1.634
O2 B 0, 0.263, 1.940, 3.616, 14.300 max_d=14.300 avg_d=1.940 std_dev=1.677
N3 B 0, 0.382, 2.289, 4.196, 13.883 max_d=13.883 avg_d=2.289 std_dev=1.907
C4 B 0, 0.412, 2.348, 4.284, 13.032 max_d=13.032 avg_d=2.348 std_dev=1.936
O5' A 0, 0.114, 2.069, 4.024, 4.447 max_d=4.447 avg_d=2.069 std_dev=1.955
C5' A 0, 0.077, 2.205, 4.332, 4.635 max_d=4.635 avg_d=2.205 std_dev=2.128
O4 B 0, 0.519, 2.772, 5.026, 14.213 max_d=14.213 avg_d=2.772 std_dev=2.254
OP1 A 0, 0.693, 3.062, 5.432, 6.410 max_d=6.410 avg_d=3.062 std_dev=2.370
P A 0, 0.260, 3.106, 5.951, 6.476 max_d=6.476 avg_d=3.106 std_dev=2.846
OP2 A 0, 1.316, 4.565, 7.815, 8.153 max_d=8.153 avg_d=4.565 std_dev=3.249

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.22 0.01 0.06 0.72 0.12 0.26
C2 0.04 0.00 0.19 0.07 0.01 0.53 0.00 0.75 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.62 0.40 0.53 0.82 2.05 1.70 1.55
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.12 0.01 0.09 0.22 0.13 0.07 0.17 0.18 0.11 0.04 0.03 0.00 0.02 0.02 0.16 0.71 0.16 0.20
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.08 0.05 0.06 0.05 0.08 0.03 0.01 0.01 0.04 0.31 0.56 0.31 0.14
C4 0.02 0.01 0.12 0.03 0.00 0.24 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.35 0.28 0.28 0.33 1.42 0.88 0.87
C4' 0.05 0.53 0.01 0.00 0.24 0.00 0.09 0.01 0.21 0.27 0.40 0.51 0.13 0.17 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.27 0.26 0.06
C5 0.01 0.00 0.09 0.04 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.23 0.13 0.15 1.30 0.75 0.70
C5' 0.07 0.75 0.22 0.04 0.20 0.01 0.09 0.00 0.16 0.68 0.51 0.69 0.07 0.54 0.20 0.08 0.18 0.02 0.01 0.15 0.08 0.01
C6 0.02 0.00 0.13 0.04 0.01 0.21 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.38 0.27 0.24 0.32 1.61 1.13 1.01
C8 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.27 0.00 0.68 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.10 0.26 0.49 0.54 0.21 0.12
N1 0.03 0.00 0.17 0.05 0.01 0.40 0.00 0.51 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.54 0.35 0.41 0.63 1.96 1.56 1.40
N3 0.04 0.00 0.18 0.06 0.00 0.51 0.00 0.69 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.57 0.39 0.53 0.75 1.83 1.42 1.35
N6 0.02 0.01 0.11 0.05 0.01 0.13 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.24 0.17 0.21 1.51 1.05 0.90
N7 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.17 0.00 0.54 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.13 0.13 0.37 0.78 0.27 0.19
N9 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.19 0.01 0.09 0.91 0.31 0.37
O2' 0.02 0.62 0.00 0.01 0.35 0.13 0.25 0.08 0.38 0.21 0.54 0.57 0.32 0.11 0.09 0.00 0.06 0.06 0.21 0.70 0.15 0.21
O3' 0.22 0.40 0.02 0.01 0.28 0.02 0.23 0.18 0.27 0.10 0.35 0.39 0.24 0.13 0.19 0.06 0.00 0.16 0.28 0.30 0.53 0.07
O4' 0.01 0.53 0.02 0.04 0.28 0.01 0.13 0.02 0.24 0.26 0.41 0.53 0.17 0.13 0.01 0.06 0.16 0.00 0.06 0.63 0.17 0.26
O5' 0.06 0.82 0.16 0.31 0.33 0.01 0.15 0.01 0.32 0.49 0.63 0.75 0.21 0.37 0.09 0.21 0.28 0.06 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.72 2.05 0.71 0.56 1.42 0.27 1.30 0.15 1.61 0.54 1.96 1.83 1.51 0.78 0.91 0.70 0.30 0.63 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 1.70 0.16 0.31 0.88 0.26 0.75 0.08 1.13 0.21 1.56 1.42 1.05 0.27 0.31 0.15 0.53 0.17 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.26 1.55 0.20 0.14 0.87 0.06 0.70 0.01 1.01 0.12 1.40 1.35 0.90 0.19 0.37 0.21 0.07 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.57 0.74 0.32 0.23 0.92 0.38 0.89 0.36 0.79 0.70 0.85 0.68 0.23 0.15 1.00 0.61 0.34 0.12 0.23 0.31
C2 0.61 0.74 0.45 0.31 0.84 0.39 0.80 0.31 0.73 0.69 0.80 0.71 0.43 0.18 0.88 0.57 0.33 0.15 0.13 0.22
C2' 0.69 0.84 0.48 0.38 0.96 0.51 0.90 0.45 0.82 0.78 0.92 0.82 0.42 0.28 1.02 0.71 0.37 0.12 0.19 0.26
C3' 0.57 0.72 0.36 0.29 0.87 0.41 0.83 0.37 0.74 0.68 0.81 0.68 0.28 0.20 0.94 0.61 0.34 0.16 0.23 0.27
C4 0.54 0.67 0.34 0.23 0.82 0.35 0.80 0.32 0.71 0.64 0.75 0.62 0.29 0.11 0.87 0.55 0.33 0.13 0.18 0.28
C4' 0.18 0.34 0.15 0.19 0.58 0.08 0.58 0.12 0.45 0.32 0.46 0.25 0.31 0.41 0.68 0.22 0.12 0.14 0.15 0.14
C5 0.49 0.61 0.31 0.22 0.75 0.33 0.75 0.31 0.67 0.59 0.68 0.56 0.26 0.11 0.80 0.50 0.32 0.13 0.19 0.28
C5' 0.64 0.53 0.84 0.81 0.32 0.70 0.29 0.61 0.34 0.49 0.42 0.66 1.04 0.99 0.32 0.54 0.50 0.48 0.34 0.36
C6 0.50 0.59 0.36 0.25 0.69 0.34 0.68 0.28 0.62 0.57 0.64 0.56 0.34 0.14 0.72 0.49 0.31 0.15 0.14 0.23
C8 0.55 0.70 0.31 0.25 0.87 0.39 0.86 0.39 0.76 0.67 0.79 0.63 0.21 0.19 0.94 0.60 0.35 0.11 0.25 0.32
N1 0.59 0.69 0.44 0.32 0.76 0.39 0.75 0.31 0.69 0.66 0.73 0.67 0.43 0.20 0.79 0.56 0.32 0.16 0.13 0.21
N3 0.58 0.72 0.39 0.27 0.85 0.37 0.82 0.32 0.74 0.68 0.80 0.68 0.36 0.12 0.90 0.57 0.33 0.14 0.16 0.25
N6 0.46 0.51 0.34 0.25 0.58 0.32 0.59 0.26 0.54 0.50 0.54 0.49 0.34 0.16 0.60 0.45 0.30 0.15 0.13 0.21
N7 0.50 0.63 0.29 0.23 0.80 0.35 0.79 0.35 0.70 0.61 0.71 0.56 0.20 0.16 0.85 0.54 0.33 0.11 0.24 0.32
N9 0.55 0.70 0.32 0.23 0.87 0.37 0.85 0.36 0.75 0.67 0.80 0.64 0.23 0.14 0.94 0.59 0.34 0.12 0.22 0.31
O2' 0.90 1.08 0.68 0.55 1.15 0.68 1.05 0.58 0.97 0.99 1.15 1.09 0.66 0.43 1.22 0.90 0.44 0.14 0.16 0.27
O3' 0.70 0.86 0.45 0.32 0.97 0.48 0.90 0.40 0.81 0.79 0.94 0.85 0.40 0.19 1.04 0.72 0.32 0.17 0.18 0.22
O4' 0.26 0.41 0.09 0.13 0.65 0.12 0.66 0.17 0.53 0.40 0.53 0.33 0.20 0.33 0.73 0.31 0.17 0.10 0.17 0.21
O5' 0.46 0.39 0.70 0.68 0.25 0.53 0.24 0.46 0.22 0.34 0.31 0.53 0.89 0.89 0.28 0.35 0.33 0.28 0.21 0.20
OP1 0.48 0.50 0.38 0.49 0.87 0.56 1.00 0.73 0.87 0.61 0.64 0.33 0.39 0.54 0.95 0.63 0.82 1.04 1.09 1.07
OP2 0.24 0.35 0.21 0.15 0.70 0.16 0.78 0.26 0.62 0.39 0.48 0.28 0.44 0.28 0.80 0.30 0.48 0.63 0.75 0.68
P 0.15 0.20 0.31 0.26 0.48 0.14 0.56 0.17 0.42 0.20 0.29 0.26 0.56 0.47 0.58 0.13 0.28 0.44 0.52 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.05 0.14 0.06
C2 0.01 0.00 0.10 0.10 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.02 0.03 0.12 0.11 0.21 0.15
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.09 0.16 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.08 0.18 0.08
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.09 0.04 0.09 0.15 0.02 0.01 0.07 0.02 0.10 0.13 0.14 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.01 0.04 0.21 0.25 0.40 0.30
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03 0.06 0.00 0.02 0.04 0.17 0.06
C5 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.03 0.23 0.27 0.42 0.32
C5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.15 0.01 0.18 0.00 0.16 0.08 0.10 0.05 0.06 0.03 0.16 0.02 0.01 0.09 0.09 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.02 0.03 0.20 0.21 0.30 0.24
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.13 0.11 0.19 0.14
N3 0.01 0.00 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.01 0.04 0.16 0.17 0.30 0.22
O2 0.02 0.01 0.16 0.15 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.21 0.02 0.04 0.08 0.07 0.18 0.10
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.02 0.07 0.13 0.00 0.04 0.06 0.03 0.04 0.07 0.25 0.09
O3' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.09 0.03 0.07 0.03 0.09 0.04 0.14 0.21 0.04 0.00 0.12 0.02 0.09 0.16 0.18 0.09
O4 0.02 0.02 0.06 0.07 0.01 0.06 0.02 0.16 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.12 0.00 0.05 0.22 0.28 0.46 0.34
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.00 0.05 0.07 0.13 0.07
O5' 0.07 0.12 0.09 0.10 0.21 0.02 0.23 0.01 0.20 0.13 0.16 0.08 0.04 0.09 0.22 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.05 0.11 0.08 0.13 0.25 0.04 0.27 0.09 0.21 0.11 0.17 0.07 0.07 0.16 0.28 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.21 0.18 0.14 0.40 0.17 0.42 0.09 0.30 0.19 0.30 0.18 0.25 0.18 0.46 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.15 0.08 0.08 0.30 0.06 0.32 0.01 0.24 0.14 0.22 0.10 0.09 0.09 0.34 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00