ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52824

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 18, 12, 5, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.004, 0.019, 0.033, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.019 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.005, 0.027, 0.049, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.027 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.003, 0.029, 0.054, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.029 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.003, 0.032, 0.061, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.032 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.029, 0.076, 0.123, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.076 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.028, 0.085, 0.141, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.085 std_dev=0.057
O2' A 0, 0.051, 0.113, 0.174, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.113 std_dev=0.061
C4' A 0, 0.047, 0.115, 0.184, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.115 std_dev=0.068
C3' A 0, 0.043, 0.118, 0.192, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.118 std_dev=0.074
O3' A 0, 0.074, 0.176, 0.278, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.176 std_dev=0.102
O5' A 0, 0.095, 0.202, 0.309, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.202 std_dev=0.107
C5' A 0, 0.075, 0.194, 0.312, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.194 std_dev=0.119
C2' B 0, 0.098, 0.219, 0.339, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.219 std_dev=0.120
OP1 B 0, 0.108, 0.231, 0.355, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.231 std_dev=0.124
O5' B 0, 0.093, 0.225, 0.357, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.225 std_dev=0.132
O2' B 0, 0.102, 0.243, 0.384, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.243 std_dev=0.141
P B 0, 0.078, 0.221, 0.363, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.221 std_dev=0.142
C3' B 0, 0.081, 0.224, 0.368, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.224 std_dev=0.143
C5' B 0, 0.109, 0.261, 0.413, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.261 std_dev=0.152
P A 0, 0.087, 0.240, 0.393, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.240 std_dev=0.153
C4' B 0, 0.087, 0.249, 0.410, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.249 std_dev=0.162
C1' B 0, 0.086, 0.249, 0.412, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.249 std_dev=0.163
C6 B 0, 0.061, 0.226, 0.392, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.226 std_dev=0.166
O4' B 0, 0.093, 0.264, 0.436, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.264 std_dev=0.172
N1 B 0, 0.078, 0.253, 0.427, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.253 std_dev=0.174
OP2 B 0, 0.109, 0.284, 0.459, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.284 std_dev=0.175
O3' B 0, 0.064, 0.267, 0.470, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.267 std_dev=0.203
C5 B 0, 0.039, 0.251, 0.462, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.251 std_dev=0.211
OP1 A 0, 0.078, 0.306, 0.534, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.306 std_dev=0.228
OP2 A 0, 0.060, 0.290, 0.521, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.290 std_dev=0.231
C2 B 0, 0.087, 0.320, 0.553, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.320 std_dev=0.233
C4 B 0, 0.040, 0.304, 0.568, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.304 std_dev=0.264
N3 B 0, 0.070, 0.338, 0.606, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.338 std_dev=0.268
O2 B 0, 0.105, 0.379, 0.653, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.379 std_dev=0.274
O4 B 0, 0.056, 0.376, 0.696, 2.169 max_d=2.169 avg_d=0.376 std_dev=0.320

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.12 0.08 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.11 0.20 0.12 0.12
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.12 0.06
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.13 0.07
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.10 0.17 0.12 0.10
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.10 0.17 0.14 0.11
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.08 0.06 0.09 0.08 0.07 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.11 0.18 0.14 0.11
C8 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.09 0.14 0.15 0.11
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.11 0.20 0.13 0.11
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.11 0.18 0.11 0.11
N6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.11 0.18 0.14 0.11
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.10 0.16 0.16 0.12
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.14 0.11 0.08
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.08 0.11 0.05
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.06 0.17 0.10
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.14 0.07 0.07
O5' 0.05 0.11 0.04 0.05 0.10 0.01 0.10 0.01 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.10 0.08 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.20 0.06 0.04 0.17 0.06 0.17 0.06 0.18 0.14 0.20 0.18 0.18 0.16 0.14 0.08 0.06 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.12 0.12 0.13 0.12 0.07 0.14 0.07 0.14 0.15 0.13 0.11 0.14 0.16 0.11 0.11 0.17 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.12 0.06 0.07 0.10 0.02 0.11 0.01 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.08 0.05 0.10 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.12 0.08 0.05 0.17 0.06 0.16 0.09 0.13 0.11 0.14 0.10 0.14 0.05 0.20 0.07 0.06 0.11 0.05 0.05
C2 0.14 0.20 0.12 0.09 0.26 0.09 0.23 0.09 0.18 0.17 0.24 0.20 0.18 0.12 0.31 0.13 0.10 0.11 0.10 0.08
C2' 0.07 0.09 0.07 0.07 0.15 0.07 0.15 0.10 0.11 0.09 0.12 0.08 0.13 0.09 0.18 0.06 0.06 0.10 0.05 0.05
C3' 0.07 0.07 0.07 0.06 0.11 0.06 0.11 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.12 0.10 0.13 0.06 0.05 0.11 0.05 0.05
C4 0.11 0.14 0.10 0.07 0.20 0.06 0.19 0.09 0.15 0.13 0.17 0.13 0.18 0.09 0.23 0.09 0.07 0.11 0.06 0.06
C4' 0.06 0.07 0.06 0.04 0.11 0.05 0.11 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.03 0.13 0.04 0.05 0.11 0.05 0.05
C5 0.12 0.14 0.12 0.09 0.20 0.08 0.20 0.09 0.16 0.13 0.17 0.13 0.18 0.10 0.22 0.11 0.08 0.10 0.07 0.06
C5' 0.07 0.08 0.05 0.03 0.10 0.03 0.10 0.06 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.02 0.12 0.04 0.03 0.13 0.04 0.05
C6 0.14 0.17 0.12 0.10 0.24 0.09 0.23 0.10 0.18 0.16 0.21 0.16 0.17 0.11 0.26 0.13 0.11 0.11 0.10 0.09
C8 0.11 0.11 0.12 0.09 0.15 0.07 0.16 0.09 0.13 0.11 0.13 0.11 0.19 0.10 0.17 0.09 0.06 0.11 0.05 0.06
N1 0.15 0.20 0.12 0.10 0.27 0.09 0.24 0.10 0.19 0.18 0.25 0.20 0.17 0.12 0.31 0.14 0.11 0.11 0.11 0.09
N3 0.13 0.17 0.11 0.08 0.23 0.07 0.20 0.09 0.16 0.15 0.21 0.17 0.18 0.10 0.27 0.10 0.08 0.11 0.08 0.07
N6 0.15 0.18 0.12 0.10 0.24 0.10 0.23 0.11 0.19 0.17 0.21 0.17 0.15 0.11 0.26 0.15 0.12 0.11 0.11 0.10
N7 0.12 0.12 0.14 0.10 0.16 0.09 0.17 0.09 0.15 0.12 0.14 0.12 0.19 0.11 0.18 0.11 0.07 0.11 0.06 0.06
N9 0.10 0.12 0.09 0.06 0.17 0.06 0.17 0.08 0.13 0.11 0.14 0.11 0.18 0.07 0.20 0.07 0.06 0.11 0.05 0.05
O2' 0.07 0.10 0.07 0.06 0.16 0.06 0.16 0.09 0.12 0.09 0.13 0.08 0.13 0.07 0.20 0.05 0.06 0.10 0.06 0.06
O3' 0.09 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08 0.11 0.07 0.09 0.08 0.08 0.10 0.11 0.13 0.12 0.08 0.05 0.11 0.05 0.05
O4' 0.09 0.11 0.09 0.08 0.14 0.08 0.13 0.11 0.11 0.10 0.13 0.11 0.12 0.06 0.17 0.09 0.08 0.12 0.07 0.07
O5' 0.07 0.07 0.04 0.02 0.08 0.03 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.01 0.09 0.03 0.03 0.14 0.04 0.05
OP1 0.21 0.25 0.16 0.06 0.26 0.08 0.25 0.07 0.25 0.24 0.26 0.23 0.19 0.01 0.27 0.17 0.11 0.24 0.14 0.15
OP2 0.07 0.12 0.03 0.07 0.10 0.09 0.08 0.16 0.07 0.08 0.12 0.14 0.06 0.01 0.11 0.06 0.15 0.18 0.15 0.15
P 0.10 0.12 0.06 0.01 0.11 0.02 0.10 0.05 0.10 0.11 0.12 0.13 0.08 0.00 0.12 0.07 0.04 0.16 0.05 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.15 0.07 0.07
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.05 0.11 0.13 0.11 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.18 0.08 0.09
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.14 0.04 0.06
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.16 0.13 0.14 0.12
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.03 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.10 0.05 0.04
C5 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.18 0.14 0.13 0.12
C5' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.10 0.06 0.08 0.10 0.02 0.02 0.10 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.15 0.13 0.10 0.10
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.10 0.13 0.08 0.07
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.14 0.12 0.13 0.10
O2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.01 0.08 0.10 0.13 0.12 0.09
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.00 0.05 0.06 0.01 0.07 0.20 0.09 0.11
O3' 0.04 0.06 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.08 0.05 0.00 0.06 0.03 0.03 0.14 0.05 0.05
O4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.00 0.02 0.17 0.13 0.16 0.13
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.08 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.15 0.08 0.07
O5' 0.05 0.11 0.06 0.04 0.16 0.01 0.18 0.01 0.15 0.10 0.14 0.10 0.07 0.03 0.17 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.13 0.18 0.14 0.13 0.10 0.14 0.04 0.13 0.13 0.12 0.13 0.20 0.14 0.13 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.11 0.08 0.04 0.14 0.05 0.13 0.03 0.10 0.08 0.13 0.12 0.09 0.05 0.16 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.09 0.06 0.12 0.04 0.12 0.01 0.10 0.07 0.10 0.09 0.11 0.05 0.13 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00